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密码子结构与氨基酸性质密码子的3个碱基决定编码氨基酸的性质。第1位碱基是G的密码子，编码的氨基酸是代谢途径起始的氨基酸。以Asp为出发点的一族氨基酸，密码子第1位都是A。以Glu为出发点的一族氨基酸，密码子第1位都是C。芳香族氨基酸的密码子以U作为第1位碱基。但也有例外，如Leu的密码子是CUN和UUA(G)，Ala的密码子是GCN，Val的密码子是GUN，这3种氨基酸都由丙酮酸代谢而来；His的密码子是CAU(C)，His是从PRPP代谢而来的唯一氨基酸。Leu、Ser和Arg等3种氨基酸的额外密码子也不服从这种规律。第2位碱基是U的密码子编码疏水性氨基酸；Pro、Val、Leu、Ile、Met第2位碱基是A的密码子编码亲水性氨基酸；Tyr、His、Gln、Asn、Lys、Asp、Glu第2位碱基是G或C的密码子编码亲水性和疏水性居中的氨基酸。C：Ser、Pro、Thr、AlaG：Cys、Trp、Arg、Ser、Gly对8种第3位碱基N同功的密码子（Leu、Val、Pro、Thr、Ala、Gly、Ser、Arg），除Arg外其它氨基酸分子量都较小、侧链简单。