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1、选取物种,AlignmentsSelect All Mouse over the sequence identifer for sequence title 1 MGSGDAENGKKIFVQKCAQCHTYEVGGKHKVGPNLGGVVGRKCGTAAGYKYTDANIKKGVTWTEGNLDEY LKDPKKYIPGTKMVFAGLKKAEERADLIAFLKSNK- MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE MGDV
2、EKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWKEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKTEREDLIAYLKKATNE MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEREDLIAYLKKATNE MGDIEKGKKIFVQKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAEGFSYTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKK
3、SERVDLIAYLKDATSK MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEREDLIAYLKKATNE MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGFSYTDANKNKGITWGEETLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKTGERADLIAYLKKATKE MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYL
4、ENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAAGFSYTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGERADLIAYLKKATNE MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKTGQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFVG IKKKEERADLIAYLKKATNE MGDVEKGKKIFVQKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLNDLFGRKTGQAEGFS
5、YTDANKNKGITWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFAG IKKKGEGADLIAYLKVATAK MGDVEKGKKVFVQKCAQCHTVENGGKHKVGPNLWGLFGRKTGQAEGFSYTDANKSKGIVWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKMIFA GIKKKGERADLIAYLKSATS-,序列1是远端序列，无法和其他全序列进行比较，故clustal分析时删去序列1，其余序列按顺序递次下排，同时后续分析均不考虑。,氨基酸序列对比，同时标尺中表示出保守区，一般突变区和易突变区,得出结论： 从11个序列对比中我们可以看出： 1.哺乳类，鸟类，鱼类可能有一个共
6、同祖先（从细胞色素c序列大体得出），因为其细胞色素c序列大体相同。 2.突变氨基酸通常不是芳香氨基酸，只有一种芳香氨基酸突变为另一种芳香氨基酸，其他突变均没有芳香氨基酸参与。推测，这可能与芳香氨基酸特有的苯环有关，（1）苯环结构较大，空间位阻较大，对蛋白质结构的影响较大苯环 3.序列的突变区较短，夹在保守区中间，通常仅有1-2个氨基酸 4.突变氨基酸有的有很大区别，有从亲水氨基是突变为疏水氨基酸的，还有的突变会造成电荷变化等 5.通过细胞色素c的突变个数及相似程度，可以得出一个进化树：,蛋白质中氨基酸突变的数目很小，对其总体形态和功能也影响很小，那为什么能形成稳定的突变，即稳定性差异呢？ 通过
7、SMART软件（http:/smart.embl-heidelberg.de/）进行分析，可发现这些微小的改变对其结构域和跨膜区有一定影响。 下面举智人和斑马鱼作对比：,智人,斑马鱼,由图可得，智人和斑马鱼在其对应结构中的连接方式有明显不同，而细胞色素c的氨基酸序列的稳定性改变过程中，这正有可能是突变的选择因素之一。,总结： 1.细胞色素c的保守区通常由结构和功能决定 （1）空间位阻较大的芳香氨基酸和空间位阻最小的甘氨酸对结构影响最大，所以一般不会发生改变（芳香氨基酸之间的除外） （2）对细胞色素c的功能起决定性作用的氨基酸序列往往不发生改变，因为有氧呼吸生物体内的细胞色素c都是起同样作用 2.细胞色素c的突变区往往和其结构有关，不同生物体内的细胞色素c的外环境不同，与其连接的蛋白质数目种类有不同，即由不同的连接方式。这可能导致了不同种生物中，细胞色素c氨基酸序列的稳定性差异。,