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1、Lammps初学者in文件中文解析（1）初始化Units :一iUnits宿务是101我元强以而欣予兆瓦一一一一一“一一一“一一一“1 i ： IUnits style （lammps现在提供的有 style=LJ、real、metal、si、cgs、electron） iLJ是硬球模型IReal是真实的原子模型|Metal是金属原子模型iSi是硅（半导体）原子模型iICgs IElectron是电子模型jDimension :一”6濡/江彳希务画家 康极欣而而11族次卜箴 E三S二一”一一一一”一”一j !Dimension N （N=2, 3）jBoundary :Boundary命令是用
2、来设定模拟的边界条件。|IBoundary x y z （x, y, z=p, s, f, m四种类型中的一种或者两种） |P是周期性边界条件|iS是自由边界条件（但是具有收缩性）IIF是固定边界条件1i I M是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性）|Atom-style :Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。Delete-atoms :Pair-style :一Pair-style 一而乙“柞定知|函明一一而扬肃!一”一一(2)原子定义1、Read-data/read-restart :Read-dat read-restart为从data或restart文件中读取内容来定
3、义原子。2、Lattice :lattice是用来原子类型构建模型品格结构。Lattice style scale keyword values.Style 表示点阵类型，点阵类型有 none sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale表示构建的点阵类型的单位长度Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字，关键字有origin、orient、spacing a1、a2、a3、basis各关键字意思为:LRegion:Create-box :I Create-box命务用于左region box命务孑旨定而区领内创还一下模手以而盒 | ii
4、：；I子。I!i!Create_box N region-IDIiiin为使用该原子类型进行模拟iiiIIIa|Region-ID为使用区域的ID使用模拟域|Create-atoms :；Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。tl1IIIIIIIII| Create_atoms type style args keyword values .1ii1I I(3)设定：力场系数Pair-coeff ：模拟参数Neighbor|Neighbor是定义iI!Neighbor skin styleiiiSkin 为iiStyle 可取 bin、nsq、multijNeighb
5、or-modify :Group：Timestep :Timestep是定义模拟的时间步长!Timestep dt1IiDt为时间步长（时间单位），默认为ips!Reset-timestep :Fix： Fix为定殳后部分潺符素综而in吊。：IIIIjhttp:/lammps.sandia.gov/doc/fix.htmliFix ID group-ID style args1IIID二指定的操作名称编号（如1、2、3.），IGroup-ID=制定操作范围的原子（如all）II!Style啾作内容，如何操作!j人0$=相关操作内容的相关操作参数Fix-nvt:恒定N （原子数量）、V （体积）
6、、T （温度）对时间积分Fix-npt:恒定N、P、T对时间积分Unfix :Compute/compute-modify :输出选项Thermo :iThermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。，jThermo Ni每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log文件iThermo_style :Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容，即输出到屏幕或者LOG 1| 文件事的内容。 (http:/lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.htmiJ ! Thermo_style style argsi一I I Style=ona mul
7、ti、customj Args特定的参数列表 iOne args=nonei ；!Multi args=noneI !Custom args=list of attributesI1 Ij Possible attributes=step elaosed elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu iAtoms、temp、press pe、ke、otatal、enthalpy、Evdwl、ecoul、epair、ebonck eangla ediheck eimp、 iEmol、elong、etail、 iIVol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、
8、II IXy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、iCella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、I!c_ID、c_IDI、c_IDIJ、I|f_ID、f_IDI、f_IDIJ、iV_nameDump :i Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。Dump ID group-ID style N file argsI ID:自己给这个dump命令定义的一个代号（自定义） !I group-ID:那些信息需要被输出的原子群（预先定义好group）iStyle：
9、类型jN:每经过多少时间步输出信息IFile：输出名称I!Args：相关参数（每个类型不同）Restart:（4）运行Run：Minimize :例一units metal # 单位为 lammps 中的 metel 类型boundary p p p #周期性边界条件atom_style atomic # 原子模式lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数 3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小create_box 1 box #将上述区域指定为模拟的盒子create_atoms 1 box #将原子按
10、品格填满盒子pair_style eam #选取 Cu的EAM 势作为模型pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称run 0 #运行0步，仅为启动lammps的热力学数据计算variable E equal pe #定义变量 E为系统总势能variable N equal atoms #定义变量 N为系统总原子数print the number of atoms & system energy now are $N $E #打印信息create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在该位置插入一个原子min_style sd # 能量最
11、小化模式， sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化参数， 指数越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $Efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、体积和温度保持不变;T=100Ktimestep 0.005 # 步长 0.005fsrun 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy i
12、s $Efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由 100K 到 0.0001Krun 1000 # 运行 1000 步print nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $Ecompute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原子数dump 1 all custom 1 dump.atom id xs
13、 ys zs c_3 c_4 c_5 #将信息写入dump.atommin_style sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 #再次能量最小化print the final state: $N atoms, total energy is $E # 打印信息 例二boundary p s s# 边界条件，拉伸方向是周期性， 其余是自由边界； 如果是薄膜拉伸则是两个周期性， 块体则是三个周期性units metal#单位制定义为 metalregion 2 block 29 INF INF INF INF INFatom_style atomicneigh
14、bor 2.0 binneigh_modifydelay 1 check yes#create geometrylattice fcc 3.61格常数 3.61Aregion box block 0 30 0 3 0 330，宽和高是3create_box 1 boxcreate_atoms 1 boxmass 1 63.546是 63.546# potentialspair_style eampair_coef * * Cu_u3.eam#define groupsregion 1 block INF 1 INF INF INF INF1 的区域groupleft#定义此区域里的原子叫lef
15、t叫 2 的区域groupright region 2定义此区域里的原子叫 rightgroupboundary union left rightright = boundary#原子类型自动#截断半径相关的东西# 邻近原子列表更新速度# 定义晶胞为fcc ，晶#定义一个长方体区域叫box,长#创建了这样一个box#在 box 里创建了一种原子#定义这种原子的质量# 定义势函数是EAM#势所需要的参数在此文件里# 定义了一个叫region1#定义了一个#定义 left+mobile subtract all leftgroupmobile= all - left# initialvelocit
16、iesvelocity left set 0.0 0.0 0.0原子初速度为 0computep all pressure thermo_tempvariablepressx equal c_p1的意思是 p 里第一个值variable pressy equal c_p2的意思是p 里第二个值variable pressz equal c_p3的意思是p 里第三个值# 定义# 设置# 计算应力，计算结果记为 p#定义变量pressx=c_p1,c_p1#定义变量pressy=c_p2,c_p2#定义变量pressz=c_p3,c_p3thermo_style custom step temp
17、etotal press v_pressx v_pressy v_pressz voldump 1 all atom 1000 dump.tensile# 输出结果到dump.tensileminimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000# 驰豫fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL#固定左边的原子fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0thermo 1000#每 1000 步输出一次结果timestep 0.002#时间步长0.002psrun
18、10000#运行10000 步unfix2fix 3 all nvefix4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0fix5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x 方向拉伸， 应变率为 0.002(1/ps)#计算每个原子上#将 s 里第一个值求和，计# 定义变量 stressa=computes all stress/atom的应力，计算结果记为 scomputestrea all reduce sum c_s1算结果记为 streavariablestressa equal c_strea/volstrea/vol, vol 是体积computestreb all reduce sum c_s2variablestressb equalc_streb/volcomputestrec all reduce sum c_s3variablestressc equal c_strec/vol thermo_style custom step tempetotal press v_stressav_stressb v_stressc volrun 300000