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1、组织处理、包埋程序及质量控制组织固定、脱水、透明、浸蜡直至包埋，是制作优质切片的关键过程。该过程也称为组织处理。一旦组织处理有欠缺，往往导致无法挽回的后果。固定后的组织不能直接用蜡渗透，首先要脱去组织中的水分。通常经过一系列的梯度乙醇脱水，如80% 95% 100% 。 第一步也可使用乙醇和福尔马林混合液。也可以用其它脱水剂。丙酮脱水非常快，但容易燃烧，为了安全，只有在手工处理组织时可少量使用。大多数脱水剂不能与石蜡直接相溶，所以脱水后必须再经过透明剂作用，才能对组织进行浸蜡。最后用石蜡包埋组织块。透明剂即可以与脱水剂相溶又能和石蜡相溶。透明剂是脱水和浸蜡的媒介剂，在组织处理中起着桥梁作用，当
2、组织被透明剂浸透后，组织呈透明状态。透明剂作用于组织的过程，称为组织透明。最常用的透明剂是二甲苯。甲苯的作用非常好，组织中剩余少量水分也能使组织透明，但价格比二甲苯贵的多。使用氯仿透明对人的健康有危害。水杨酸甲脂也可以用于组织透明，但很少使用，主要是价格太贵。组织经过二甲苯透明后，浸泡在熔化的石蜡中，组织浸蜡一般要通过2 3 个蜡缸（蜡1、 蜡 2、 蜡 3），最终以石蜡替换出组织中的透明剂。石蜡的熔点一般为56 58，浸蜡的温度通常比蜡的熔点高2左右。上述组织处理过程一般由脱水机自动处理（也可手工操作）。组织在脱水机中从一个缸内移到另一个缸内，从一种试剂移到另一种试剂中，完全按照预先设置的时间和温度程序自动完成。高档的脱水机是由电脑控制，对试剂的密闭效果好，具有真空和加热功能，使组织的处理更加完善。