毕业设计（论文）-生物信息数据库网站的设计与实现.doc

《毕业设计（论文）-生物信息数据库网站的设计与实现.doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《毕业设计（论文）-生物信息数据库网站的设计与实现.doc（33页珍藏版）》请在三一文库上搜索。

1、生物信息数据库东北农业大学学士学位论文 学号： 生物信息数据库网站的设计与实现学生姓名： 指导教师：所在院系：工程学院所学专业：计算机科学与技术研究方向：Web开发摘 要随着社会经济的迅速发展和科学技术的全面进步，计算机事业的飞速发展，以计算机与通信技术为基础的信息系统正处于蓬勃发展的时期。随着人类基因组计划顺利实施，产生了大量的生物分子数据。只有充分利用这些数据，揭示数据内涵，才能得到对人类有用的信息。生物信息学正是在这种背景下发展起来的一门由分子生物学和计算机信息处理技术相结合的，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的交叉学科。它以计算机、网络为工具，采用教学和信息科学的理论、方法

2、和技术去研究生物大分子，其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括他们的序列、结构和功能。同样，随着计算机科学的发展，数据库技术在Internet中的应用越来越广泛，为生物信息的共享和存储提供了很好的服务。个性化已逐渐成为当今Web应用的潮流。本文研究了一种基于Web应用的生物数据库网站，此方案与现今网上已采用的一些方案相比，具有用户使用更简单、界面更直观等优点。随着生物信息的不断更新和增加，建立这样的生物信息数据库网站会加快生物信息的共享和生物科学的发展。本程序的设计是基于HTML语言，利用PHP语言为源代码的编程技术，以Apache为服务平台，实现网上生物信息数据库的构建。本篇论文介绍

3、了网站开发环境和运行平台、PHP、HTML脚本及PERL。而后台的数据库则使用MYSQL数据库管理整个生物信息数据库的后台数据。本系统界面友好，操作简单，比较实用。关键词：生物信息数据库；PHP；MYSQL数据库The System of Bioinformatics DatabaseAbstractWith the rapid development of social economy, science and technology progress, the rapid development of computer career in the computer and communica

4、tion technology, on the basis of information systems are being vigorous development period. With the Human Genome Projects successful implementation, resulting in a large number of bio-molecular data. Only make full use of the data, reveal the content of data to humans, can be get the useful informa

5、tion to human.Bioinformatics is in this context developed by molecular biology and computer information processing technology, combining with the computer as a tool to store, retrieve and analysis biological information of interdisciplinary. It make computer, network for tools, using information sci

6、ence and teachings theories, methods and technology to research on biological macromolecules, which main research targets are in nucleic acid and protein two aspects, including their sequence, structure and function.Meanwhile, with the development of computer science, database technology in Internet

7、 is widely used for the biological information sharing, and store offers good service. Personalized has gradually become the tidal current Web application. This paper researches a Web application based on database website, the case compare with some present solutions of Internet users, which more si

8、mple and intuitive interface, etc. With constantly updated biological information and to increase the establishment of such a biological information database site will speed up the sharing of biological information and biological science and development.This program is designed based on the HTML cod

9、e, using PHP language for the programming technology; use Apache for service platform of Internet information database construction of biological. This paper introduces the web development environment and operation platform, PHP, HTML scripts and PERL. And the database is using MYSQL database manage

10、s the whole background of data biological information database. The interface of system is friendly, the operation is simple, is more practical.Keywords: Bioinformatics database; PHP; PERL ; MYSQL database目 录摘 要IAbstractII1 前言11.1 系统设计的背景11.2 生物学数据库背景11.3 系统设计的目的和意义21.4 PHP的技术介绍22 开发工具及技术选择32.1 B/S结

11、构概述32.2 Cavy架构42.3 APACHE简介52.4 MYSQL数据库62.5 客户与服务器62.6 开发工具的使用83系统实现目标103.1 系统总体目标设计103.2 系统的可行性研究103.3 需求分析113.4 系统功能结构图124 系统设计134.1 系统设计134.2 开发运行环境134.3 数据库设计135 系统的详细设计165.1 网站前台页面165.2 生物信息数据库网站主要功能175.3 网站论坛功能185.4 网站后台管理系统205.4.1 后台管理系统的数据管理模块215.4.2 后台管理系统的用户管理模块266 前台页面技术276.1静态网页设计技巧276.

12、2 CSS样式277 结论28参考文献29致 谢30-28-1 前言1.1 系统设计的背景Internet是世界上最大，信息资源最丰富的网络，他已经悄然地融入了我们的生活。它不仅摆脱了传统的空间概念，使得地理上的相隔遥远的双方可以轻而易举地相互传递数据和信息。也使得不计其数的各种各样的网站如雨后春笋般地不断涌现，E-mail地址，Web页地址，网上购物，网上挂号，网上拍卖，网上教学，网上股市实时行情与行情分析，评论，网上图书馆在电视里，在报纸上，在广告中已经越来越多地听到或看到他们的名字，越来越多的人开始了解和使用Internet了。在上网的时候我们接触最多的是Web页面，一个Web站点通常与

13、另一个相应的URL相联系，通常，这些较大的站点多位于服务器里的目录或文件夹内，在其主站点下，还会有几个子文件夹保存了这个Web站点其他组成部分的内容。Web服务器处理Web浏览器对该服务器站点的HTML页面的请求。当浏览器请求站点中一个网页时，浏览器建立Web连接，服务器接受连接后，发送给浏览器所要求的页面内容。但是，一个网站仅仅拥有简单的静态主页是远远不够的。互联网上任何一个成功的站点都必然拥有一个或多个强大的后台数据库资源。网络上浩如烟海的数据库资源无疑是网络令人趋之若鹜的重要原因之一。因此，建立一个网络数据库对于一个成功的网站而言是极其重要的。1.2 生物学数据库背景Nucleic Ac

14、ids Research杂志连续七年在其每年的第一期中详细介绍最新版本的各种数据库。在2000年1月1日出版的28卷第一期中详细地介绍了115种通用和专用数据库，包括其详尽描述和访问网址。迄今为止，生物学数据库总数已达500个以上。在DNA序列方面有GenBank、EMBL和DDBJ等。在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等。在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等。在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等。应该指出，几乎所有这些数据库对学术研究部门或人员来说都是免费的，可以免费下载或提供免费服务。但是鉴于相当多的数据库的经营者们面临着财务紧缺的境地，这种免费的局

15、面还能维持多久就不得而知了。有的数据库，如SWISS-PROT，已开始向商业用户每年收取数千至数万美元不等的使用费。其它数据库暂时还是免费的，但不知是否永远免费。如果一些重要的数据库对学术研究部门开始收费，这对于我国生物信息学的发展是非常不利的。中国是一个基因信息资源大国，我们应当抓紧建设我国自有的数据库，在世界上做出我们自己的贡献，在平等的基础上与国外共享生物信息资源。1.3 系统设计的目的和意义随着计算机科学的发展，数据库技术在Internet中的应用越来越广泛，为生物信息的共享和存储提供了很好的服务。个性化已逐渐成为当今Web应用的潮流。本网站是一种基于Web应用的生物数据库网站，此方案

16、与现今网上已采用的一些方案相比，具有用户使用更简单、界面更直观等优点。随着生物信息的不断更新和增加，建立这样的生物信息数据库网站会加快生物信息的共享和生物科学的发展。1.4 PHP的技术介绍PHP，一个嵌套的缩写名称，是英文超级文本预处理语言（PHP:Hypertext Preprocessor）的缩写。PHP 是一种 HTML 内嵌式的语言，PHP与微软的ASP颇有几分相似，都是一种在服务器端执行的嵌入HTML文档的脚本语言，语言的风格有类似于C语言，现在被很多的网站编 程人员广泛的运用。PHP 独特的语法混合了 C、Java、Perl 以及 PHP 自创新的语法。它可以比 CGI 或者 P

17、erl 更快速的执行动态网页。用PHP做出的动态页面与其他的编程语言相比，PHP是将程序嵌入到HTML文档中去执行，执行效率比完全生成HTML标记的 CGI要高许多；与同样是嵌入HTML文档的脚本语言JavaScript相比，PHP在服务器端执行，充分利用了服务器的性能；PHP执行引擎还会将用 户经常访问的PHP程序驻留在内存中，其他用户再一次访问这个程序时就不需要重新编译程序了，只要直接执行内存中的代码就可以了，这也是PHP高效率的体 现之一。PHP具有非常强大的功能，所有的CGI或者JavaScript的功能PHP都能实现，而且支持几乎所有流行的数据库以及操作系统。PHP的特性包括：开放的

18、源代码：所有的PHP源代码事实上都可以得到。PHP是免费的。基于服务器端：由于PHP是运行在服务器端的脚本,可以运行在UNIX、LINUX、WINDOWS下。嵌入HTML：因为PHP可以嵌入HTML语言，所以学习起来并不困难。简单的语言：PHP坚持脚本语言为主，与Java以C+不同。效率高：PHP消耗相当少的系统资源。图像处理：用PHP动态创建图像。2 开发工具及技术选择2.1 B/S结构概述B/S结构，即Browser/Server(浏览器/服务器)结构，是随着Internet技术的兴起，对C/S结构的一种变化或者改进的结构。在这种结构下，用户界面完全通过WWW浏览器实现，一部分事务逻辑在前

19、端实现，但是主要事务逻辑在服务器端实现，形成所谓3-tier结构。B/S结构利用不断成熟和普及的浏览器技术实现原来需要复杂专用软件才能实现的强大功能，并节约了开发成本，是一种全新的软件系统构造技术。这种结构更成为当今应用软件的首选体系结构，也是在这样一种背景下被提出来的架构，但微软的方案只是一种构想，要成为现实还需要几年，而JAVA技术已经是很成熟的应用了。目前大多数应用软件系统都是Client/Server形式的两层结构，现在的软件应用系统正在向分布式的Web应用发展，内部的和外部的用户都可以访问新的和现有的应用系统，Web和Client/Server 应用都可以进行同样的业务处理，不同的应

20、用模块共享逻辑组件，通过现有应用系统中的逻辑可以扩展出新的应用系统，这也就是目前应用系统的发展方向。管理软件的主流技术与管理思想一样，也经历了三个发展时期：界面技术从DOS字符界面，到Windows图形界面（或图形用户界面GUI），直至今天的Browser浏览器界面。最新浏览器界面，不仅直观和易于使用，更主要的是基于浏览器平台的任何应用软件其界面风格一致，用户对操作培训的要求大为下降，软件可操作性增强，平台体系结构也从单机单用户发展到文件服务器（FS）体系，再到客户机服务器（CS）体系和浏览器服务器（BS）体系。传统的CS体系结构虽然采用的是开放模式，但这只是系统开发一级的开放性，在特定的应用

21、中无论是Client端还是Server端都还需要特定的软件，没能提供用户真正期望的开放环境。BS结构则不同，它的前端是以TCPIP协议为基础的，企业内的WWW服务器可以接受安装有Web浏览程序的Internet终端的访问，作为最终用户，只要通过Web浏览器，各种处理任务都可以调用系统资源来完成，这样大大简化了客户端，减轻了系统维护与升级的成本和工作量，降低了用户的总体拥有成本（TCO）。越来越厚的使用说明书和越来越花时间的培训，并不能称为良好的售后服务，真正好的产品在功能越来越复杂的同时应该使产品的使用越来越简单，使用浏览器作为软件界面不但容易统一各种应用系统，也非常便于使用。在工作节奏越来越

22、紧张的今天调集大批的职员进行培训是很困难的，时间和人力都难以集中，浏览器这种易于使用几乎不需要培训的方式是最好的选择。2.2 Cavy架构图2-1 Cavy架构访问页面流程图Cavy框架是一个PHP的MVC框架，它模仿Ruby On Rails的行为，致力于提升开发速度及提高代码质量。Cavy框架通过提供一个非常高效的MVC框架来提升代码质量和提升复用性。Cavy框架主要通过下面几种手段来提升开发效率。符合DRY思想（Dont Repeat Yourself），规范重于配置。通过Cavy_Model基类为model类提供复用性。通过Cavy_Db_Base为数据库的model类提供ORM的支持

23、，减少代码量。通过Cavy_View及自带的Helper对象为页面模版提供各种绘制及数据的api，减少代码量，在复用性基础上提升页面品质。2.3 APACHE简介Apache是世界使用排名第一的Web服务器。它可以运行在几乎所有广泛使用的计算机平台上。Apache源于NCSAhttpd服务器，经过多次修改，成为世界上最流行的Web服务器软件之一。Apache取自“a patchy server”的读音，意思是充满补丁的服务器，因为它是自由软件，所以不断有人来为它开发新的功能、新的特性、修改原来的缺陷。Apache的特点是简单、速度快、性能稳定，并可做代理服务器来使用。本来它只用于小型或试验In

24、ternet网络，后来逐步扩充到各种Unix系统中，尤其对Linux的支持相当完美。Apache有多种产品，可以支持SSL技术，支持多个虚拟主机。Apache是以进程为基础的结构，进程要比线程消耗更多的系统开支，不太适合于多处理器环境，因此，在一个Apache Web站点扩容时，通常是增加服务器或扩充群集节点而不是增加处理器。到目前为止Apache仍然是世界上用的最多的Web服务器，市场占有率达60%左右。世界上很多著名的网站如A、Yahoo!、W3 Consortium、Financial Times等都是Apache的产物，它的成功之处主要在于它的源代码开放、有一支开放的开发队伍、支持跨平

25、台的应用（可以运行在几乎所有的Unix、Windows、Linux系统平台上）以及它的可移植性等方面。 Apache的诞生极富有戏剧性。当NCSA WWW服务器项目停顿后，那些使用NCSA WWW服务器的人们开始交换他们用于该服务器的补丁程序，他们也很快认识到成立管理这些补丁程序的论坛是必要的。就这样，诞生了Apache Group，后来这个团体在NCSA的基础上创建了Apache。Apache服务器拥有以下特性：（1）支持最新的HTTP/1.1通信协议；（2）拥有简单而强有力的基于文件的配置过程；（3）支持通用网关接口；（4）支持基于IP和基于域名的虚拟主机；（5）支持多种方式的HTTP认证

26、；（6）集成Perl处理模块；（7）集成代理服务器模块；（8）支持实时监视服务器状态和定制服务器日志；（9）支持服务器端包含指令(SSI)；（10）支持安全Socket层(SSL)；（11）提供用户会话过程的跟踪；（12）支持FastCGI；（13）通过第三方模块可以支持Java Servlets。 2.4 MYSQL数据库MySQL是一个可运行在Windows平台和大多数的Linux平台上的半商业数据库。MySQL的普及很大程度上源于它的宽松，其中MySQL的Windows版本在任何情况下都不免费，而在包括Linux在内的任何UNIX平台下使用MySQL都是免费的。MySQL客户库是客户/服

27、务器结构的C语言库，它意味着一个客户能查询驻留在另一台机器的一个数据库。然而MySQL真正的强项在于该库中的语言包装器，Perl、Pathon和PHP只是一部分。Apache的Web服务器也有许多模块，例如目录存取文件等允许各种各样的Apache配置信息。使用MySQL，应用程序接口简单、一致并且相当完整，而且多平台ODBC驱动程序都能够自由获得。MySQL包含一些与SQL标准不同的转变，大多数被设计成是对SQL脚本语言的不足的一种补充。但是另一些扩展确实使 MySQL与众不同，例如LINK子句搜索是自动地忽略大小写的。而且MySQL也允许用户自定义SQL函数，也就是一个程序员可以编写一个函数

28、然后集成到MySQL中，其表现与任何基本函数没有什么不同。MySQL可以说是数据库领域的中间派，它缺乏一个全功能数据库的大多数主要特征，但是又有比类似Xbase记录存储引擎更多的特征。它需要一个服务守护程序，但是不像它们那样消费资源；查询语言允许复杂的连接查询，但是MySQL的主要的缺陷之一是缺乏标准的参考完整性机制，所有的参考完整必须由程序员强制保证。可能有些数据库管理员会觉得系统缺乏主要数据库功能，但是MySQL对简单数据库是有其价值的。2.5 客户与服务器WWW世界里可以包括现有Internet各种网络资源服务。通过统一资源定位器(Uniform Resource Location,UR

29、L)指明通讯协定以及地址的方式，取得网络上各种的服务。Web由客户与服务器组成，如图2-2所示。图2-2 Web的组成客户由TCP/IP加上Web浏览器组成，Web服务器由HTTPD加后台数据库组成。HTTPD是Web服务器的通用名称，通过程序在服务器上运行Web服务器程序。客户的浏览器和服务器用TCP/IP的HTTP(超文本传输协议)建立连接，使得客户与服务器二者的超文本传输变得很容易。所有的客户及Web服务器统一使用TCP/IP，统一分配IP，使得客户和服务器的逻辑连接变成简单的点对点连接。URL实现了单一文档能在整个国际互联网主机中的定位。客户的请求通过Web服务器的公用网关接口(CGI

30、,Common Gateway Interface)可以很好地与后台的各种类型数据接口。 HTTP是基于客户机/服务器模型的信息分布方式，原意为“请求/响应模型”，即信息文件存放在中心机(服务器)上，用户(客户)通过程序向中心机发出请求并访问中心机上的数据。HTTP通过客户机和服务器彼此互相发送消息的方式工作。 客户机可向服务器按多用途的国际邮件扩充协议(MIME,Multipurpose Internet Mail Extension Protocol)类型发送或接收信息。 最常用的是GET，HEAD和POST。客户机按格式发送请求：GET URL，接着收到从服务器指定地点返回的文档或文件。

31、 包括HTTP的版本、请求的状态(成功、没找到、被否认等)和文档MIME类型。 HEAD请求则是要求服务器发送文件头消息，和GET请求的返回相比，仅少了文档主体。POST请求则是要求服务器接收信息，信息的形式可以是发向新闻组的信息形式，也可以通过Web页面向服务器提交信息，通过服务器设定的CGI完成。 正是如此巨大的需求促进了Web开发技术的飞速进步。 从JavaScript到Java Applet到Flash，从Html到Dhtml到Xml，从CGI到PHP，WEB开发技术已远非当年的吴下阿蒙了。 如今的Web开发无论是前台界面的表现形式与技术，还是后台数据的计算、管理和维护，都已发生了深刻

32、的变化。这些现代Web技术为网站或应用开发提供了强有力的支持，他们正向着现代软件技术所倡导的组件化、框架化稳步前进。2.6 开发工具的使用图2-3 工具DreamweaverDreamweaver在多媒体方面颇有建树的Macromedia公司推出的可视化网页制作工具，它与Flash、Fireworks合在一起被称为网页制作三剑客，这三个软件相辅相承，是制作网页的最佳选择。其中，Dreamweaver主要用来制作网页文件，制作出来的网页兼容性比较好，制作效率也很高，Flash用来制作精美的网页动画，而Fireworks用来处理网页中的图形。Dreamweaver字面意思为“梦幻编织”，这一软件有

33、着不断变化的丰富内涵和经久不衰的设计思维，它能充分展现制作者的创意，实现制作者的想法，锻炼制作者的能力，使制作者成为真正的网页设计大师。在开始用Dreamweaver制作网页时，首先要定义一个本地站点。作为一个网站，里面有很多网页文件、图片，甚至Flash动画等，如果不进行管理归档，分散在硬盘的各个地方就无法方便地进行网页发布。定义本地站点，就是在硬盘上建立一个目录，将所有的网页和相关的文件都放在里面，以便进行网页的制作和管理。 单击“Site”菜单下的“New Site”命令，弹出“Site Definition”（定义站点）对话框。在“Category”列表中的第一项“Local Info

34、”被选中，用来定义一些本地信息。在网站做到一定规模时，文件的数量会很多，相互之间的链接更是数不清。有时需要更改文件名、目录名，或是改变文件的目录，但由于这些文件名可能是某些超级链接所链接的对象，如果按照常规的方法去更改文件名，不仅工作量大，而且有可能由于工作的疏忽而造成某些链接找不到相应的链接对象，从而影响到网站的形象，利用Site功能可以大大简化这一工作。图2-4 工具RegexTestRegexTest此软件用于正则表达式匹配数据使用，当要用正则匹配数据时，为了确认并编写正则表达式是否正确，应使用该软件，可以快速并准确写出正则表达式。软件左侧文本框用于写所需数据的正则表达式，右侧上文本框为

35、文本文件或是需要匹配的内容文件，点击右侧文件夹图标可以浏览并打开文本文档内容，当编写此内容中需要匹配的正确正则表达式时，会在右侧下面文本框得到所需要得内容。3系统实现目标3.1 系统总体目标设计网站分为两部分，第一部分为网站前台部分，包括网站前台页面和论坛，其中论坛还分论坛页面和论坛后台管理程序，主要负责论坛版块的添加，论坛用户的管理和论坛其它管理等，在网站前台可以根据个人需要进行生物数据的搜索查询等功能，还可以注册论坛用户，与大家在论坛进行信息的传递和交流，为生物科学的发展做出自己的一部分贡献。网站第二部分为生物信息数据库后台管理部分，主要分为生物数据管理和后台用户管理两部分，分别针对生物数

36、据的上传、修改、更新和用户的管理。3.2 系统的可行性研究可行性分析（Feasibility Analysis）也称为可行性研究，是在系统调查的基础上，针对新系统的开发是否具备必要性和可能性，对新系统的开发从技术、经济、社会的方面进行分析和研究，以避免投资失误，保证新系统的开发成功。可行性研究的目的就是用最小的代价在尽可能短的时间内确定问题是否能够解决。该系统的可行性分析包括以下几个方面的内容。（1）经济可行性主要是指估算一个新的系统开发需要的投资费用和收来的运行费用，并发估计的新系统收益进行比较，看是否有利。（2）时间可行性这包括系统在目前环境下能否正常运行，运行后所引起的各方面变化，以及这

37、些变化对社会活人的因素所产生的影响。（3）技术可行性利用现有的设备，软件及技术人员，新系统的目标能否达到，这也是可行性研究中常要考虑的一个问题。（4）社会可行性系统是否适应人类社会文明的发展，是否能够真正为社会所承认并能为社会所利用，是否具有很好的社会意义。决定可能性的主要因素是：只要资源和时间不加以限制，所有的项目都是可行的。然由于资源缺乏和交付时间限制的困扰，使得基于计算机的系统开发变得比较困难。因此，尽早对软件项目的可行性做出细致而谨慎的评估是十分必要的。如果在定义阶段及早发现将来可能出现的问题，及早做出决定，可以避免大量的人力财力时间上的浪费。3.3 需求分析在做前要对所做系统进行了解

38、分析，熟知其特点，然后根据特点实现其功能。生物信息数据库具有以下特点：1. 数据库种类的多样性。生物信息各类数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。2. 数据库的更新和增长快。数据库的更新周期越来越短，有些数据库每天更新，数据的规模以指数形式增长。3. 数据库的复杂程度不断增加。数据库中除了基本数据之外，还包括大量的注释、链接、参考文献等信息。4. 数据库使用网络化。几乎所有的数据库都可以在互联网上访问，并且公共数据库之间相互链接，使用户可以迅速得到大量的相关生物分子信息。根据以上特点，生物信息数据库主要功能为：（1）对生物信息的随时更新、修改、上传；（2）生物信息的上传时，能够批量上传；（3）根

39、据后台上传数据的管理员设定不同权限，根据不同权限来设定操作权限；（4）超级管理员对用户的管理；（5）在前台页面能够对生物信息的检索；（6）添加论坛，为大家提供学习交流平台。3.4 系统功能结构图生物信息数据库网站生物信息检索前台页面后台管理程序论坛前台页面论坛后台管理数据管理模块后台用户管理模块论坛数据上传数据的更新和修改用户的添加和删除权限和密码的修改图3-1 生物信息数据库网站功能结构图4 系统设计4.1 系统设计网站主要包括网站前台页面，网站后台管理，论坛，论坛后台管理4大部分。前台页面主要为用户提供生物信息的检索功能，还为用户提供了到论坛和其它相关资源的链接接口。网站后台主要是为了网站

40、管理员对网站的信息的维护和管理员的用户维护等。论坛则是为了大家交流学习而建立的，供大家在上面发贴、回帖、交换生物信息用。论坛后台管理主要是为了维护论坛所用，如板块的设置、帖子管理、论坛用户管理、论坛人员权限等。4.2 开发运行环境硬件平台：(1) CPU：P4 1.8GHz；(2) 内存：256MB以上。软件平台：(1) 操作系统：Windows xp/ Windows 2000；(2) 数据库：MYSQL5；(3) 浏览器：IE5.0，推荐使用IE6.0以上；(4) Web服务器：Apache2.2；分辨率：最佳效果1280800像素4.3 数据库设计本系统数据库采用MYSQL数据库，系统数

41、据库名称为bioinformatics_db。数据库bioinformatics_db中包含97张表。（1） 其中admin表的具体字段：表4-1 admin表admin列名属性NULL注释idint(11)NOT NULL主键|自增长accountvarchar(10)NOT NULL用户名passwordvarchar(32)NOT NULL用户密码rolesint(255)NOT NULL用户权限说明：admin保存的是后台管理员的帐号和权限信息。见4-1表。（2） 其中element表的具体字段是：表4-2 element表element列名属性NULL注释Idint(11)NOT N

42、ULL主键|自增长element_namevarchar(50)NOT NULL顺式元件名称gene_namevarchar(50)NOT NULL所在基因名listvarchar(50)NOT NULL核心序列element_legthint(11)NOT NULL顺式元件长度element_numvarchar(50)NOT NULL顺式元件编号说明：element表保存的是顺式元件数据信息。见4-2表。（3） 其中motif表的具体字段是：表4-3 motif表motif列名属性NULL注释idint(11)NOT NULL主键|自增长descriptionTextNOT NULLdes

43、cription模式数据p_valuetextNOT NULLp-value模式数据block_diagramstextNOT NULLblocks-diagrams模式数据blocks_formattextNOT NULLblocks-format模式数据scoring_matrixtextNOT NULLscoring-matrix模式数据probability_matrixtextNOT NULLprobability-matrix模式数据regular_expressiontextNOT NULLregular-expression模式数据sourcedata_idint(11)NOT

44、 NULLsourcedata表外键说明：motif表保存的是meme文本中的七种模式数据。见4-3表。（4） 其中sourcedata表的具体字段是：表4-4 sourcedata表sourcedata列名属性NULL注释idint(11)NOT NULL主键|自增长training_settextNOT NULL源数据说明：sourcedata表保存的是生成meme文本的基因数据源数据，此表主键为Motif表的外键。见4-4表。5 系统的详设计5.1 网站前台页面图5-1 网站前台页面因为美工可能差点，所以前台页面不是特别的华丽，但页面整洁紧凑，功能也达到目标要求。在前台页面右侧你可以看到

45、用户登录、进论坛、后台管理系统的链接和相关资源链接等。页面主体部分为生物信息的检索，下面会有图片介绍。右侧为滚动菜单，主要显示论坛热帖的内容。5.2 生物信息数据库网站主要功能图5-2 在网站前台页面检索生物信息页面在网站前台主体部分，你会看到检索条件和输入检索内容的地方，当中有两部分数据，Motif数据和顺式元件数据，你可以进行这两部分数据的检索，如选择”顺式元件数据”、”Element Length”、内容输入”9”，点击检索你会获得顺式元件数据，如5-2图所示。5.3 网站论坛功能图5-3 网站论坛在前台页面帐号密码处输入正确的帐号密码，点击登录可以登录到网站论坛，如图5-3所示，如果没

46、有帐号密码，可以注册新用户，如果想以游客身份登录，点击网站右侧菜单栏的”论坛”即可。在网站右侧还有”论坛热帖”，可以直接点击进入热门帖子浏览信息和回帖，如图5-4所示。本论坛的架设主要给大家提供交流和共同学习的平台。图5-4 点击论坛热帖直接进入热帖内容图5-5 论坛后台管理系统登录管理员可以用”admin”账户登录论坛后台管理系统，登录后会进入图5-6页面，在此页面可以对论坛进行维护和管理，如论坛板块、论坛帖子、论坛用户、扩展设置等。图5-6 论坛管理系统页面5.4 网站后台管理系统图5-7 后台管理系统登录页面点击前台页面的”后台管理系统链接”会跳到如图5-7后台管理系统登录页面，在此登录后台管理系统如图5-8。图5-8 后台管理系统页面5.4.1 后台管理系统的数据管理模块图5-9 数据管理模块页面数据管理模块有两部分，分别为Motif数据和顺式元件数据，如图5-9可见，两部分数据功能基本一样，现拿Motif数据模块进行介绍。本模块分为上传数据和查找数据。上传数据主要是通过页面点击”浏览”选择meme数据文件，在程序中获得文件内容，进行正则匹配，把需要的数据提取出来，然后存入数据库中。如图5-10所示。图5-10 上传数据页面正则匹配数据