《oncomine应用实例.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《oncomine应用实例.ppt（27页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、Oncomine数据库的应用,Oncomine简介,Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库，涵盖65个基因芯片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据，可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等，并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类，还可依据已知的基因药物分析寻找可能的分子标记物与治疗靶点。下面仅介绍如何分析表达差异，更多内容可参考网站 online help,一、账号注册,需要非盈利机构邮箱：大学或研究机构 免费使用可满足一般需要，若想导出数据需要付费（我们可以通过手动输入数据，对数据进行简单分析）,二、键入用户名和密码,三、登陆后的用户主界面,四、键入要搜
2、索的基因,五、限制搜索条件,1、Analysis Type-Differential Analysis-Cancer vs. Normal Analysis,3、Cancer Type-Prostate Cancer,4、Sample Type-Clinical Specimen,5、Data Type-mRNA,我们选定的条件会出现在筛选框中,点击搜索，右边的界面如下图,六、按限定的条件搜索,右边的柱状图默认为第一个机构的研究结果,勾选各研究机构所做的研究,七、对多组数据进行meta分析,对所勾选的结果进行合并，进行meta分析,研究结果为该基因高表达的机构,研究结果为该基因相对低表达的机构
3、,选择一个较为可信的机构作数据统计并分析,八、结果分析,展开该机构右边的下拉箭头，点击其下方的研究，会出现右边所示柱状图,将鼠标移至每个柱子上，会分别跳出一个说明框，统计每个柱子的Expression value,分别统计正常前列腺和前列腺癌的expression value并用GraphPad Prism 5作图,九、作散点图,录入正常前列腺和前列腺癌的expression value,点击Graphs下方的 Data 1即显示最侧散点图,点击Results出现右方对话框，点击OK,继续点击OK,自动计算出P值，按P0.05，差异有统计学意义,十、结论,对于该基因，Yu Prostate机构的研究表明，该基因在前列腺癌组织中相对正常前列腺组织低表达且具有统计学意义,谢谢！,