系统发育树的编辑.docx

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1、.系统发育树的编辑与图形输出* 可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：http:/evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html#Plotting http:/bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.htmlDendroscope 的使用* 该软件可免费下载，地址是：http:/www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/dendros

2、cope* 该软件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页内的“Dowload ”条目下点击“Obtain a license key online ”Use of the program requires a license. Academic licenses are freely available to all academic users. Usage in non-academic settings requires a free commerical license. All uses of the program must be acknowledged

3、 by citing our paper on Dendroscope. Obtain a license key online. Your personal licence-key is:fuiceGUANGXI NORMAL11590779一、树的导入和选择运行 “Dendroscope”，点击 “ Fil e Open”，在弹出的 “打开” 对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。如果一个文件中包含多棵树，可用“ Tree Next Tree ”和“Tree PreviousTree ”菜单命令选择。用“ Fil e Recent Files”可直接打开最近编辑过的树

4、文件。用“ Window s Enter Tree”菜单命令可以在弹出的“Input ”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick格式的树。二、树的编辑1. 分支的选择：用“ Select ”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。“ Select Select All ”：选择全部分支和节点。用“ Select Deselect All ”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。“ Select SelectNodes”：选择全部分支节点，包括末端分类单元；按住“Shift ”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“Select Deselect Nodes”可取消对节点的选择。“ Sel

5、ect SelectEdges”：选择全部分支；按住“Shift ”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。用“ Select Deselect Edges ”可取消对分支的选择。“ Select Select Labeled Nodes ”：选择有标签的节点；按住“ Shift ”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“ Select Deselect Nodes ”可取消对这些节点的选择。“ Select Select Labeled Leaves”：选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“ Shift ”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支末端。用“Select Deselect N

6、odes”可取消对这些分支末端的选择。“ Select Select Root”：选择树根节点，用“Select Deselect Nodes”可取消对树根节点的选择。.“ Select Select Non-terminal”：选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift ”键点击鼠标左键可选定任意数量的非末端分支。用“Select Deselect Edges”可取消对这些分支的选择。“ Select InvertSelection”：可选定与刚才的选定的对象相反的对象。例如，先用 “ Select SelectNodes”命令选定分支节点，则用“Select Invert Selecti

7、on”命令可转而选定所有分支；先用“Select SelectNon-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Select InvertSelection”命令可转而选定所有的与分支末端相连的分支；先用“Select Select Root”选定了树根节点，则用“Select Invert Selection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；其余类推。2. 分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像“ Optio nCollapse ”： Collapse selected nodes可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。 用“Optio n Uncoll

8、apse ”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio n UncollapseSubtree ”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“ Optio nCollapse Complement”： Collapse the complement of currently selected nodes使当前选定节点的互补分支（即与选定节点构成单系的分支？）塌陷。用“Optio n Uncollapse ”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio nUncollapse Subtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“ Optio nCollapse At Level”： Col

9、lapse all nodes at given depth in tree在指定的分支水平上使分支塌陷；分支水平的计算方法是从树根算起，第1 个不与末端分支直接连接的分支为1 级分支， 1 级分支之后的不与末端分支直接连接的分支为2 级分支，其余类推。用“Optio n Uncollapse ”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Optio n Uncollapse Subtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“ Optio nExtract Subtree ”： Extracts the subtree induced by the set of selected nodes 提

10、取由选定的节点集形成的子树。“ Optio nLoad Taxon Images ”： Load taxon images from a directory ，从指定路径导入分类单元图像（导入后若想删除，应该如何操作？ ）。“ Optio nSet Image Size”：可设置导入的分类单元图像的高度。“ Optio nImage Position”：Set layout of images to the given position of label调节分类单元图像在与分支末端标签（分类单元名称）的相对位置。* 在“ Optio n”菜单命令下还可生成不同要求的合一树，但一般用户不会使用该

11、功能。3. 线条及分支末端标签（分类单元名称）的编辑（ 1）一般特性的编辑选定分支或分支末端标签，点击“Edit Format ”菜单命令（或将鼠标移到选定的对象上单击右键，在弹出菜单中选择 “Edit Edge Label ”选项），在弹出来的 “ Format”对话框中可编辑线条粗细 （ Edge width ）、线条形状（ Edge style）、节点大小（ Node size）、节点形状（ Node shape）、线条和末端标签的颜色（在调色板 Swatches 中调节，要选中“ Line color ”和“ Label color ”才能调节，“ Recent”小调色板记录了最近使用

12、过的颜色，因此，只要小调色板中有需要的颜色，也可以从小调色板中选择调整）、标签的字体（Font） /字号（ Size） /粗体（ Bold ）/斜体（ Italic ）甚至旋转标签（ “ rotate labe left ”和“ rotate label right ”图标，要使标签恢复原来的位置，点击“ View Reposition labels ”菜单命令）。（ 2）末端分支标签的查找与替换用“ Edi t Find/Replace”菜单命令可以查找指定的末端分支标签并用新的标签替换。选定末端分支标签后单击右键，在弹出菜单中点击“Edit Node Label ”选项将弹出“Input

13、”对话框，在“ Edit Node Label ”栏内输入新的标签名称，点击“OK”按钮即可替换原来的标签。4. 系统发育树的图形布局编辑使用“ Tree”菜单命令可以选择自己喜欢的或符合需要的图形布局。.5. 图形的缩放与节点 /线条标签的显示及隐藏。（ 1）图形的放大与缩小：点击“ View Fully Contract ”或“ View Zoom to Fit ”菜单命令可以使树紧缩而在屏幕上显示整棵树的轮廓；点击“Vie w Fully Expand ”菜单命令可以使树的分类单元紧密排列但又可以清楚浏览（程序默认的最佳显示比例）；将鼠标移到树的区域内的任何位置，滚动鼠标滚轮可调节树的分

14、类单元之间的间隔（即紧缩或扩展程度），以便浏览；点击“View Use Magnifier”菜单命令可以显示放大镜用于放大和缩小图的显示比例（放大镜以鱼眼方式显示树的分类单元之间的间隔，即屏幕中间的分类单元之间间隔最宽，两侧依次紧缩，一般情况下不必使用），再次点击该命令可以隐藏放大镜。将鼠标移到窗口右侧的滚动条区域，滚动鼠标滚轮可以上下滚动浏览树的分支，也可直接用鼠标拖动滚动条或点击滚动条上下两端的“”和“”图标来滚动浏览。（ 2）节点 /线条标签的显示、隐藏及查找/替换用“ Vie w Show Node Labels ”菜单命令可以显示节点标签，用“Vie w Hide Node Labe

15、ls”可以隐藏节点标签。用“ Vie w Show Edge Weights ”或“ View Show Edge Labels ”菜单命令可以显示线条标签，“ Vie w Hide Edge Labels ”可以隐藏线条标签。“ Vie wSparse Labels ”： Show sparse non-overlapping subset of all labels.“ Vie wRadial Labels ”： Rotate labels to match directions of edges.“ Vie wReposition Labels ”： Reset the position

16、s of all labels.三、树的输出1. 以文本形式保存树文件经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“Fil e Save As”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。保存时要注意选用合适的文件格式，可选 “ *.den”/“ *.dendro ”格式或其它格式“All Files ”。若用“ Fil eExport ”菜单命令，则可选择“Dendro”、“Newick ”或“ Nexus”格式。2. 以图形形式输出树文件发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“Fil e Export image”菜单命令输出为图形文件。输出图形前可将鼠

17、标移到系统发育树的区域内（见图形的缩放），通过滚动鼠标转轮将分支之间的间距调整到最佳状态， 必须以矢量图格式（ *.eps）输出图形， 以便保证图形放大缩小时分辨率不发生改变。FigTree v1.1.2.exe 使用说明* 该软件必须在Java 环境下才能运行。FigTree requires a Java Virtual Machine to run. Many systems willalready have this installed. It requires at least version 1.5 of Java to run. The latest versions of Ja

18、va can be downloaded from: http:/ .* 该软件可很方便地选择树的分支并根据需要设置不同的颜色，选择合适的图形布局，对树重新赋根，调节树的分支线的粗细，显示或隐藏节点和分支标签及调整比例尺等，但尚不知道如何编辑分类单元名称。一、导入树文件该软件是一个免安装可执行文件，可与树文件一起拷贝到一个独立的文件夹下使用。双击该程序文件，用弹出来的“打开”对话框指定并打开需要编辑的树文件。与其它许多软件不同，该软件必须在导入树文件时才能运行，无法空载运行；程序启动后若要打开另外一个树文件，则可点击“Fil e Open”菜单命令，程序将在一个新窗口中打开树文件。.二、编辑树

19、文件1. 查找FigTree v1.1 提供了多种类型的查找功能，可用工具栏图标或菜单命令“Edit Find Ctrl+F”打开查找功能，最常用的应该是根据分类单元名称查找。2. 树的分支选择及相关编辑 ：窗口上方的工具栏中有分支选择模式图标，用于设置分支选择模式（ Selection Mode ）。（ 1）节点选择模式 （ Node）：在该选择模式下，用鼠标左键单击分支可以选定单一分支，按住“ Shift ”键用鼠标左键单击可选定多个分支，用“Edi t Select all Ctrl+A”可以选定全部分支。（ 2）分支选择模式（ Clade）：在该模式下，用鼠标左键单击某一分支可选定组成

20、该单系分支的所有子分支（ subclade），即选定一个单系群（ Monophyly ）。（ 3）分类单元选择模式（ Taxa）：该模式用于选择和 编辑 ？分类单元标签。一旦选定全部或部分分支，窗口上方工具栏中分支选择模式图标左边的图标将被激活，由灰色显示变为深色显示，可用于对树进行编辑，与这些图标功能对应的菜单命令均在“Tree”菜单命令下。最常用的功能选项有：（ 1）用“ Colour ”图标设置选定分支的颜色；（ 2）用“ Rotate”图标调换选定分支下的两个二歧子分支的位置；（ 3）用“ Reroot”图标以选定分支为参照重新对树赋根。若要取消重新赋根的操作，则在窗口左边工具栏的“

21、Tree”选项下取消“ Root tree”选项，或用“ Tree Clear rooting ”菜单命令即可） 。3. 编辑树的图形布局在 FigTree 窗口的左边有一列工具栏（如左下图），第一项即为 “ Layout ”功能。点击靠左边的 “”按钮，可显示该功能选项的下拉菜单选项（如右下图）。其它功能选项的选择操作与“Layout ”相同。.：这三个按钮用于选择树的不同布局形状；表示“ rectangular layout ”，即直角分支形状，表示“ Polar layout ”，表示“ Radial layout ”。“ Zoom ”：放大或缩小树的显示比例。 “ Expansion”

22、：调整分支之间的距离。“ Fish Eye”：调整树的广角效果，即中间分支间隔较宽，上下两边分支间隔较窄。 “ Root Length ”：调整根的长度。“ Curvature ”：调整分支的曲度“ Align Tip Label ”：选择物种名称（或标识符）是否右对齐。选择“ Polar layout ”形状时，将出现以下几个选项： “ Root angle”、“ Aangle range ”、“ Root length ”可供调节。若需对树的形状作更多的调整，需要使用窗口左边工具栏中“Tree”选项下的“ Order nodes”和“transformbranches”选项，前者可以按节点

23、顺序（升序 increasing 或降序 decreasing）排列树的分支，后者可按“等长”（ equal）、“进化分支图” （ cladogram）和“根据比例显示” （ proportional ）等显示树的形状。4. 选择树：用“ Current tree”选项可以选择需要显示和编辑的树（如果树文件中保存有多棵树），也可以通过“ Tree Next tree/Previous tree”来选择。5. 调整分支线条粗细： 用“ Appearance”选项下的 “ Line weight ”选项可以调整树的分支线条粗细 （左下图）。6. 调整树：用“ Tree”选项可以对树根 “ root

24、 tree”、节点顺序 order nodes 和分支改变 （ transform branches）等进行调整；“ transform branches”选项下有 “ equal”、“ cladogram”（进化分支图， 进化树） 和“ proportional ”.三个选项。 调整树的更多选项可参考“2. 树的分支选择及相关编辑”和“3. 编辑树的图形布局” 。7. 调整树的末端标签：用“ Tip labels ”选项可以对树的末端标签进行设置。8. 调整节点标签：用“ Node labels”选项可以对树的节点标签进行设置。9. 调整分支标签：用“ Branch lab ”选项可以对树的

25、分支标签进行设置。10. 调整比例尺：用“ Scale Bar”选项可以对比例尺进行设置。11. 调整比例尺基准线（ Axis ）：用“ Scale axis”选项可以对树的比例尺基准线进行设置。三、输出树文件1. 以文本形式保存树文件经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“Fil e Save As”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。2. 以图形形式输出树文件发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“Fil e Export GraphicCtrl+E”菜单命令输出为图形文件。FigTree 以某些格式输出图形文件时背景色为彩色，这是软件本身

26、的缺陷，因此输出时要选用那些背景色为白色的图形格式。TreeView 的使用一、树的导入和选择运行 Treeview ，点击“ Fil e Open”菜单命令，在“打开”对话框中将“文件类型”设置为“All files（ *.* ）”，选定要打开的树文件，点击“打开”按钮即可导入树文件。也可直接在相应的文件夹下选定要打开的树文件， 点击右键，在弹出的菜单中选择 “打开”，然后在弹出的 “打开方式” 对话框中选择 “ TreeView ”，点击“确定”按钮。当一个树文件中包含有多棵树时，用TreeView 打开文件时显示的是文件中的第1 棵树。要显示其它.的树，可通过“Tree Choose”菜

27、单命令选择或直接使用窗口上方的工具栏图标；前一种方式可任意选择，后一种方式只能按顺序选择。二、树的编辑1. 树的图形形状选择（ 1）树的形状风格（Tree style）可直接通过窗口上方工具栏图标选择。 通过“ Edit Preferences ”菜单命令选择，在弹出来的“ Preferences”窗口的“ Tree style 标签”中为何不能设置树的形状风格？ “ Radial tree”：无根树，与“ Tree Unrooted ”菜单命令对应。 “ Cladogram ”：与“ Tree Slanted cladogram ”菜单命令对应。“ Rectangular cladogram

28、 ”：与“ TreeRectangular cladogram ”菜单命令对应。 “ Phylogram ”：与“ Tree Phylogram ”菜单命令对应。（ 2）树的节点顺序：可通过“Tree Oder”菜单命令进行设置。2. 树的分支编辑通过“ Edit Edittree Ctrl+E ”菜单命令， 可以打开 “Tree Editor ”窗口对树进行编辑。 “ Tree Editor ”窗口上方工具栏中有一排快捷编辑图标，各图标的功能如下：“ Move branch ”：“ Collapse branch”：打破该分支与邻近分支之间的系统发育关系。要恢复被打破的系统发育关系，点击“

29、Edit Undo Collapse branch”菜单命令即可；该命令只能恢复前一步的操作，无法前几步的操作。“ Collapse clade”：打破该分支上的所有分类单元间的系统发育关系。恢复操作则点击 “ Edit UndoCollapse clade”菜单命令。“ Reroot tree”：以指定的分支对树重新赋根。恢复操作则点击 “ Edit Undo Reroot tree”菜单命令。对树重新赋根也可通过“ Tree Define outgroup”菜单命令指定外群，然后点击“Tree Root withoutgroup ”菜单命令来实现（不可选择“ Radial tree”或点击

30、“ TreeUnrooted ”菜单命令，否则无法赋根）。“ Rotate descendants”：转换后裔（ descendant）位置。 “ Swap descendants”：交换后裔。“ Laderise left ”：.“ Laderise right ”：“ Label internal node ”：标注内部节点。选择该按钮后将鼠标移到相应的分支上，当分支呈灰色显示时单击左键，在谈弹出的“Edit Node Label ”小窗口中输入节点标记数值，点击“OK”按钮即可。要取消，进行同样的操作，删除“Node Label ”框中的数值，点击“OK ”即可。3. 分类单元名称的编辑

31、用“ Styl e Plain/Bold/Italic/Size/Font”菜单命令可以编辑分类单元名称的字体（包括加粗和斜体）和字号，但无法更改分类单元名称？4. 树的内缘标签编辑：通过“Tree Show internal edge labels”菜单命令可显示或隐藏树的内缘标签，通过“Tree Internal label font”菜单命令可以设置内缘标签的字体和字号。三、树的保存及图形输出1. 以文本形式保存树：编辑后的树可以文本形式另存备用，点击“Fil e Save as ”菜单命令。2. 用于发表论文的图形格式的系统发育树可用“Tree Print trees ”菜单命令输出，在弹出的“ Printtrees”窗口中点击“Print ”按钮，再在弹出“打印”窗口中设置相关打印参数（一般不需设置），点击“确定”按钮，在弹出来的“另存为”窗口中选择保存路径， “ *.tif ”格式的系统发育树图形将保存在指定的位置。也可以使用“ File Print ”菜单命令，将直接弹出“打印”窗口，其它操作相同。.