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1、.分子内坐标输入以含 H2O 的高斯输入格式为例：# p HF/STO-3G Water energy0 1OH 1 0.956H 1 0.956 2 104.5计算的最基本格式如上例所示，第一行表示计算方法和基组，然后空一行， 第三行表示名称，然后空一行， 蓝色的一行两个数字分别表示分子电荷和自旋多重度，红色部分为分子内坐标。在分子内坐标系中，分子中每个原子的相对位置是用与它成键的另一原子间键长、该键与另一化学键间的键角，以及后者与和它有一条公共边的另一键角所成的二面角来确定。可以理解为原子在空间的相对位置， 取分子中的一个原子作为参考原子逐步确定其他原子的位置。需注意：键长 的默认单位为?
2、；0o 键角 180o。二面角 的定义为包含原子A、1 、2 的平面与包含原子1、2、 3 的平面所成的夹角，其取值区间为 -180o, 180o。二面角所取的正负符号由“右旋法则 ”确定。用“右旋法则” 确定二面角的正负时，取包含参考3 个原子的平面为基准面、参考原子2 指向参考原子1 的位矢方向为基转轴的正方向。若被定义的原子A 与参考原子1、 2 构成的平面位于基准面的逆时针方位，则其二面角参量为正号，否则为负号。以上是关于内坐标的解释，我们在输入分子内坐标时大多依靠软件（chem3D 和 gaussview）进行。下面以甲烷为例说明:首先使用 chem3D 画一个甲烷分子；.然后另存为格式为gjf使用记事本打开保存的文件，如果是内坐标表示完成；如果显示的是笛卡尔坐标如下.关掉文件，再使用gauss view 打开文件后，右击，选择file save.文件储存类型选择 Gaussian Input Files（ *gjf ），write Cartesians （表示的是笛卡尔坐标）前面不打勾。保存的文件即为甲烷的内坐标。.