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基因与蛋白质预测分析案列,第一部分ORF预测,请到教学材料上机实验中调取P序列 试分析： 1.该序列中可能包含的开放阅读框,将预测的开放阅读框序列在DDBJ中比对，推测该开放阅读框编码什么基因； 2.试预测该基因的调控序列,CpG岛与polyA的结合位点的位置； 3.试分析该序列中基因编码的蛋白质的基本理化性质（分子量、等电点和不稳定系数）； 4.试预测该序列中基因编码的蛋白质的跨膜区； 5.试预测该序列中基因编码的蛋白质的二级结构； 6.试预测该序列中基因编码的蛋白质的三维结构。,I 序列调取,II 1.该序列中可能包含的开放阅读框,将预测的开放阅读框序列在DDBJ中比对，推测该开放阅读框编码什么基因？,第一个可能的基因，不完整舍去！,第二个预测的基因具有完整的调控区：具有启动子（Prom）；有外显子（intr），有转录终止区（Term），有PolyA位点（PlyA），故为本题目标序列。,预测的蛋白质多肽序列，可用Blast P推测,预测基因的编码区（CDS）序列，可用Blast N推测,III 登陆DDBJ/NCBI比对，运用DDBJ中Blast N推测基因编码的蛋白名称,或通过NCBIBLAST P推测该基因编码蛋白种类,或通过EMBL的Blast（FASTA）查询该推测基因的蛋白质名称,三种方式都说明这个基因是视紫质或视网膜紫质;考试时任选一种方式证明就行。,