《附录1常用基本词汇表.doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《附录1常用基本词汇表.doc（17页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、附录 1常用基本词汇表英文名词中文名词解释A （ Adenine ）腺嘌呤作为碱基的两种嘌呤中的一种。active site活化位点蛋白质三维表面催化作用发生的区域。alignment比对为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差异而进行的配对称为比对。alignment of alignments比对的比对即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。alleles等位基因一个基因的不同版本。alpha carbon碳在氨基酸中与侧链 （ R-基团）相连的中心碳原子。alternative splicing可变剪接从一个单独的 hnRNA生成两个或多个mRNA分子的过程。aminoterminu
2、s氨基端（ N 端）在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应(N-terminal)于基因的 5-端。anti-parallel反向平行表示相反的方向； 在双链 DNA中，这意味着如果一条链是 5' 到 3'的，则其互补链方向是3' 到5'的。backbone (ofan amino（氨基酸的）骨架包含一个氨基， 一个 碳和一个羧酸或羧基。acid)base pair碱基对（ 1）在双链 DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指 A 和 T 之间， G 和 C 之间）；（ 2）双链DNA序列长度的基本单位。beta turns 转角在反向平行的 折叠片中， 当
3、链反转方向的时候蛋白质内部形成的U型结构。Bioinformatics生物信息学应用信息科学的理论、方法和技术， 管理、分析和利用生物分子数据。Biocomputing生物计算本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子数据。BasicLocalAlignment基本的局部比对搜索工具一种常用的序列数据库搜索工具。Search Tool( Blast)（Blast）blotting and hybridization印迹和杂交将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。bootstrap test自举检验对置信程度进行量化的检验。branch a
4、nd bound method分支约束法一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。branches分支在系统发生树中，通过分支连接两个节点。C ( Cytosine)胞嘧啶作为碱基的两种嘧啶中的一种。CAAT boxCAAT 盒大多数真核启动子具有的一段短序列， 其片段模式为 C-A-A-T ，通常出现在转录起始位点上游80个核苷酸的地方。 许多因子可以与CAAT盒结合。carboxy terminus羧基端在多肽链中，含有羧酸基团( COOH) 的分子端，对应于基因的 3'-端。cDNAComplementarycDNA 互补 DNA通过逆转录酶从 RNA 模板合成的
5、 DNA 。DNAcDNA librarycDNA 文库从 mRNA 序列中产生的所有DNA 序列的集合。这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA （基因）。central dogma中心法则从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（ DNA RNAprotein）。character特征在系统发生树中，具有有限状态数的特征。charged amino acid带电氨基酸在一定的生物 pH 值下，带有正电或负电的氨基酸。chromatin染色质在真核生物细胞核内部由大量DNA 以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。chromosome染色体在原核生物， 包含一个细胞基因组的DNA分子
6、称为染色体。在真核生物中， 与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。clone克隆无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。cloning克隆在类染色体载体中插入特定的DNA 一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。coding sequence编码序列DNA 序列中为蛋白质编码的部分。codon密码子基因编码部分的三核苷酸组合， 对应于一个特定的氨基酸。Complementary互补的（ 1）通过氢键连接的核苷酸对（G 和C;A和 T;A 和 U）；（2）核苷酸链的反向平行对。Computational Molecular计算分子生物学主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析B
7、iology工具。conformation构象蛋白质的空间构象。consensus sequence一致序列在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。conserved sequence保守序列在进化过程中基本保持不变得核酸与蛋白质序列，它们往往与特定得功能相对应。contig连续交叠群基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很长的连续片段。convergent evolution趋同进化指相似基因型或表型性状的独立进化。例如，眼睛在各种生物体 （如哺乳动物、 软体动物以及昆虫）中独立进化，结构各异。CpG islandCpG 岛在哺乳类动物基因组中的一个500bp
8、 到 3000bp的区域，该区域中的二核苷酸CpG的含量比其他区域的正常水平要高。 通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。crystal晶体由分子的规则排列组成的固体结构。degeneracy简并性指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。denatured protein变性蛋白质指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。deoxyribonucleicacid脱氧核糖核酸（ DNA）由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体，其核苷(DNA)酸含有脱氧糖基。 DNA是遗传的分子基础。dipeptide二肽由一个肽键连成的两个氨基酸。di
9、sulfide bond二硫键二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键。DNADNA参见 脱氧核糖核酸。domain域（结构域）指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。dot plot点阵图对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。dynamic programming动态规划一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。enhancer增强子可以与真核转录因子特异性结合的DNA序列片段。增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。enzyme酶一种
10、生物催化剂 （通常是蛋白质） ，能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。EST （ Expressed sequenceEST 表达序列标签从 cDNA 的 5' 或 3' 端获取的短的DNA 片段。tags）euchromatin常染色质指真核生物中组蛋白高度甲基化并且DNA 低度甲基化的开放染色质。exhaustive search穷举搜索对问题所有可能的解进行评估。exon外显子一个 hnRNA 分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成 mRNA 。expression profile表达谱基因在不同时空的表达模式。family家族在整个长度范围内有多于 50的氨
11、基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。fold折叠通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。fourfold degenerate site四重简并位点指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。G （Guanine）G（鸟嘌呤）两种嘌呤中的一种。gap penalty空位罚分为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减分的操作。gaps空位在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。GC contentGC 含量在 DNA 序列中，核苷酸 G、C 的丰度的相对于
12、A 、T 的度量。gel electrophoresis凝胶电泳指在电场的作用下， 使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。gene基因DNA 或 RNA 中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。gene content基因内容一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因内容。gene expression基因表达利用存储在 DNA 中的信息来合成RNA 分子，进而生成相应蛋白质的过程。gene identification基因识别利用各种方法识别基因组中的基因序列。gene ontology基因本
13、体论关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、 进行数据转换、 开展数据挖掘的基础。gene order基因次序基因在染色体上的排列顺序。gene tree基因树基于同源基因分析得到的系统发生树。genetic map遗传图谱以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。genome基因组一个生物体全部遗传物质的总和。genomics基因组学研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。genomic library基因文库包含有基因组 DNA 插入的克隆片断集合。genotype基因型一个个体或群体全部或部分的基因组成。gl
14、obal alignment全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。GU-AG ruleGU AG 规则这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是 RNA 内含子序列 5' 端的起始两个核苷酸总是 5'-GU-3' ，并且其 3'端的最后两个核苷酸总是 5'-AG-3' 。hairpin turn发夹环在 RNA 链中自身反转允许形成分子内碱基配对的位置。Hash tableHash 表一种数据结构， 可以存储多个数值； 不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数， hash可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。Hidden Ma
15、rkov Models隐马尔柯夫模型 （ HMM ） 在序列分析中常用的一种数学模型。(HMM)heterochromatin异染色质指转录停滞、紧密包裹着的染色质；和高度DNA甲基化以及低度的组蛋白甲基化有关。heuristic methods启发式方法反复试验，利用经验解决问题的一种方法。homologs同源序列具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer基因水平转移基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。Human Genome Project, HGP人类基因组计划通过全球合作，绘制人类基
16、因组的全部序列图谱。housekeeping gene管家基因发育过程中在任何时间、 在任何器官都高度表达的基因。H-P (hydrophobic-polar)H-P （疏水极性）模型以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨model基酸残基的简单网格模型。hydrogen bonding氢键由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。hydrophilic亲水的很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和水易处的。hydrophobic疏水的难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。hydrophobic amino acid疏水氨基酸含有一个全部由碳和氢组成的R 基团的
17、氨基酸；它不可能和水分子形成氢键。hydrophobic collapse疏水折叠将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。indel插入或删除插入或删除。inferred ancestor推断祖先通过系统发生树推断而得到的祖先。inferred tree推断树对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的描述，是它们真正关系的一个近似。informative有信息（位点）在简约性分析中的提供有用信息位点；与此对应的是无信息位点。ingroup内群（或内部物种）一个物种或一个分歧不大的物种系列；与此相对应的是外群。Inhibitor抑制
18、剂任何可以降低酶促反应速度的物质。initiation complex起始复合物一系列自身相互作用的转录因子形成复合体，作用与一个基因的启动子区域，从而促进基因的转录启动。initiator (Inr) sequence起始序列insertion sequence插入序列internal node内部节点intrinsic terminator固有终止子intron内含子isochores等值区junk DNA垃圾 DNAkilobabse(kb)千碱基lead compound先导化合物LINELINElinkage map连锁图谱local alignment局部比对lock and ke
19、y approach锁 -钥方法log odds matrix对数几率矩阵match score匹配得分maximumlikelihood最大似然法approach真核基因中与转录起始位点密切相关的核苷酸；在人类中，该一致序列是 5'-44CARR-3'。指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的转座子元件； 当被插入到一个基因中， 它将破坏其正常的结构以及基因的功能。在一棵系统发生树中，不对应真正数据的节点，这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖先。在原核生物中终止转录的特殊信号； 指在新转录的 RNA中可以形成二级结构的核苷酸序列， 其后跟随一串尿嘧啶。在剪切时被切除的内部
20、序列；出现在真核基因的初级转录物 (hnRNAs)中，而不是在 mRNA中。在真核基因组中具有相似碱基比例的区域。没有意义的 DNA 序列；也指那些目前还不知道其作用的序列。DNA序列的长度单位，1000 个碱基为1kb。指在药物设计中一个可行的候选分子。长散布（核）元件。见“遗传图谱” 。一种寻找匹配子序列的序列比对方法。两个对接分子的构象被固定的对接方法。矩阵元素是每一个氨基酸替换概率的对数的矩阵。序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。指在一系列的序列比对中，考虑每一个核苷酸被替代的概率的一种系统发生学方法；也是一种基于纯统计的系统发生重建方法。methylation甲基化一个甲基 ( C
21、H 3)附着在一个核苷酸的含氮碱基或者蛋白质上。microarray微阵列在一个固体基片上的已知位置固定了DNA 探针的有序网格。microsatellite微卫星在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，例如串接出现 5'-CA-3' 的重复序列；通常在个体间变化很大。minisatellite小卫星指在基因组中长度从5 个碱基对到几十个碱基对重复序列串连出现的区域； 在个体间变化可能很大。mismatch score失配打分在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时所赋予的罚分。molecular clock分子钟这是一个有争议性的假设， 指对于所有的进化谱系，任何一段给定
22、的DNA 序列以相同的速率突变。molecular clones分子克隆指一段 DNA 序列的多数相同拷贝，一般地在例如质粒或病毒等载体中进行， 使得它们可以在细菌培养物中生存并传播。molecular graphics分子图形学分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结合，使得分子模型化方法取得成功。molecular modeling分子模型化分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术。Monte Carlo algorithmMonte Carlo 算法一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将能量最小作为评价一般解的方法。
23、motif序列模式指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片段。multiplesequence多重序列比对三个或更多条序列的比对。alignmentmutation突变由于 DNA 复制或者修复错误导致核苷酸序列发生的变化；严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发生的变化。native structure天然结构在一个活细胞内， 特定的蛋白质通常折叠成的唯一结构。naturalselection自然选择个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子(selection)代的差异现象；导致等位基因频率改变的进化。nearest neighbor classifier最近邻分类法一种根据物体特征相似性对它们
24、进行分类的一种统计学方法。negative regulation负调控可以阻止转录发生的调控蛋白的结合。neighbor-joining method邻近归并法一种聚类方法， 在聚类之前， 所有对象以单个节点表示，然后逐步合并相邻节点。nucletide核苷酸核酸分子的基本单位， 其组成方式为碱基 - 戊糖 -磷酸。neural network神经网络一种可以通过学习来仿效一些神经元的功能计算机程序；能够用来根据统计相似性预测数据集的特定属性。neutral mutation中性突变不影响生物适应性的突变。NMRNMR核磁共振用于解析蛋白质结构的技术。nodes节点在一棵系统发生树中， 以节点
25、代表一个分类单元（物种、序列） 。nondegenerate site非简并位点突变总是导致蛋白质氨基酸序列发生替换的密码子位置。nonsynonymous异义替换可以使氨基酸发生变化的密码子中核苷酸的替substitution换。openreadingframe开放阅读框（ ORF ）一段由密码子组成的核苷酸序列， 在相同阅读框(ORF)中没有终止密码子出现。operator sequence操纵子序列原核生物调控蛋白结合的与基因启动子相关的一段核苷酸序列。operon操纵子包含有结构基因和调控元件、在转录中产生mRNA分子的一组相关的基因。origination penalty起始罚分用来
26、评估一系列新空位的罚分；序列比对中空位罚分的一部分。orthologs直向（直系）同源物那些具有相似性的序列， 由于物种形成事件而使得它们从一个祖先序列独立进化。outgroup外群（外部参考物种）指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物种。PAM unitPAM 单位一种进化单位；特别地，指被观察的对象中每100 个残基发生一个替换所需要的平均进化时间。paralogs共生（旁系）同源物那些具有相似性的序列， 它们都是被复制的祖先基因的后裔。parsimony简约性指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程。physical map物理图谱关于基因组中特异性序列排列
27、和间距的信息，建立物理图谱实际上是为全基因组测序建立“路标”，是测序的前一步工作。peptide肽一条含有多个氨基酸的链。peptide bond肽键在肽连接中碳氮之间的共价键。pharmacogenomics药物基因组学一门利用个体的遗传信息获取最好的疗效，同时具有最小副作用的研究领域。phenotype表型生物体由于和其基因型和环境相互作用而产生的可见属性。phosphodiester bond磷酸二酯键连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个的脱氧核糖的共价键。phylogenetic tree系统发生树对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关系的图形化表示。point accepted mu
28、tation点接受突变（ PAM ）指被自然选择接受的突变。(PAM)polar amino acid极性氨基酸通常指侧链上包含氧和 （或）氮并且很容易和水形成氢键的氨基酸。polar bond极性键在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分子之间发生的相互作用。polyadenylation多聚腺苷酸化指用一个基因核苷酸序列中不被读出的一段长约 250 个碱基 A 组成的序列替代真核 hnRNA3'端的过程。polycistronic多顺反子包含多个基因的遗传信息（顺反子）。polymerase chain reaction聚合酶链反应一种在体外快速、 大量地合成给定DNA片段的技术，
29、首先将双链 DNA分离成两个互补的单链， 再用 DNA聚合酶将每一个单链合成双链， 如此重复下去。Polynucleotide多核苷酸一条核苷酸的聚合链； DNA或 RNA分子。polypeptide多肽一条氨基酸的聚合链；蛋白质。position-specific scoring位置特异性打分矩阵一个矩阵，矩阵中的每一个数表示某个特定的氨matrix基酸占据多序列比对中某个位置的频率。positive regulation正调控一个调控蛋白的结合使得 RNA聚合酶更容易启动转录的情况。primary structure一级结构组装成蛋白质的氨基酸序列。probe探针一块被标记的可以特异性和感
30、兴趣的分子发生相互作用的 DNA （或 RNA 或抗体）。promoter sequence启动子序列指和一个基因相关联的可以被RNA 聚合酶识别的序列。protein backbone蛋白质骨架多肽链中的非侧链原子。protein electrophoresis蛋白质电泳根据蛋白质的基本特征（如大小、带电性）在电场下分离并比较蛋白质的方法。protein sequencing蛋白质测序对给定蛋白质的氨基酸进行测序的过程；通常根据 Edman 方法，每次从多肽的羧基端移走一个氨基酸。protein threading蛋白质结构预测线索法首先假设多肽的构象，然后根据得到的结构计算出其能量的方法。
31、 通过计算各种已知结构的能量， 可以得出与给定蛋白质序列最符合的构象。 因为该结构是假设的而不是计算出来的， 所以线索法有时指的就是“反向蛋白质折叠” 。proteome蛋白质组一个生物体的所有蛋白质总和。Proteomics蛋白质组学蛋白质组学是研究细胞内所有蛋白质及其动态变化规律的科学。pseudogene伪基因发生突变之后失去功能以及转录活性的基因。pseudoknot伪结当环内的碱基和环外的碱基形成配对的时候就是一个假结体； RNA结构中最难预测的类型。purine嘌呤碱基具有双环结构的核苷酸；通常指鸟嘌呤和腺嘌呤。pyrimidine嘧啶碱基具有单环结构的核苷酸；通常指胞嘧啶、 胸腺
32、嘧啶和尿嘧啶。quaternary structure四级结构当若干个多肽相互结合时分子内部发生的相互作用；相互作用的蛋白质形成的整体结构。reading frame阅读框在蛋白质编码基因中， 以起始密码子开始、 终止密码子结束的一段线性密码子序列。regulatory调控在特定的条件下允许或阻止一个基因的表达；对应于结构蛋白。residue残基作为多肽链一部分的氨基酸；在关于蛋白质或肽的语境中，残基通常指氨基酸。restriction enzymes限制性（内切）酶指在它们遇到特定的核苷酸序列的时候在DNA分子中引入双链缺口的蛋白质。restriction mapping限制性酶切图谱用两个
33、或多个限制性酶进行同步消化来决定DNA分子中的限制性酶识别序列的相对位置。restriction site限制性（酶切）位点retroposon逆转录转座子retrotransposition逆转录转座reverse transcriptase逆转录酶ribosome核糖体ribozyme核酶RNA （Ribonucleic Acid）核糖核酸RNA polymeraseRNA 聚合酶rooted tree有根树satellite DNA卫星DNAscaled tree标度树scoring matrix打分矩阵secondary structure二级结构semiglobal alignmen
34、t准全局比对sequence序列被限制性酶识别的核苷酸序列； 限制性酶识别位点。一个被 RNA媒介传输的转座元件。包含一个RNA媒介的转座。一种用来将RNA变成 DNA的特殊的酶。指负责催化翻译过程的蛋白质和rRNA 的复合体。指可以加速特定化学反应（例如自切割）的 RNA 分子。RNA是单链的核酸分子。负责转录的酶；将 DNA 分子中的信息转移到 RNA 分子中。含有一个被认为是公共祖先的节点、并且该节点到其他节点只存在唯一路径的一棵系统发生树。指相对于其他的基因组数据而言，重复性很大、存储的信息量很少的真核 DNA 片段。指分支长度和相邻节点对之间的差异成比例的系统发生树。在序列比对中，
35、用来对每一个非空位置进行打分的矩阵。指源自蛋白质一级结构的 螺旋、折叠等局部结构特征。指出现在序列头尾的空位不影响比对得分的序列比对。（ 1）DNA 或 RNA 分子核苷酸的线性排列或者蛋白质中氨基酸的排列； （ 2）对分子中的核苷酸或者氨基酸的线性排列进行定序的操作。sequencing测序测定生物分子序列的过程称为测序。serial analysisof gene基因表达的串形分析用来评估基因表达水平的实验方法。expression (SAGE)(SAGE)side chain侧链附着在氨基酸中心碳原子的短链或者原子基团。SINESINE短散布（核）元件。SNPs（ Single nucl
36、eotideSNPs（单核苷酸多态性）SNPs 对人类遗传学研究和医学应用具有重要的polymorphisms ）意义，如人类种群遗传学的研究，疾病易感性分析，药物基因组研究，个体化医疗。species tree物种树表示物种之间关系的系统发生树。spliceosomes剪接体真核生物中负责剪接的酶复合体。splicing剪接指剪掉真核 hnRNA 内部序列（内含子）再将与之相邻的外显子连接起来的过程。start codon起始密码子引导原核和真核生物核糖体开始翻译mRNA 的三联密码子（特别是 AUG ）。stem茎干一个 RNA 分子内部碱基配对的区域。stop codon终止密码子不再使核糖体插入氨基酸而使mRNA 翻译终止的密码子（特别是 UGA, UAG和 UAA ）。structural protein结构蛋白通常指可以维持细胞或组织形状的蛋白质，它们可以为骨骼或连接组织提供支撑的硬骨架。STS （ sequencetagged序列标记位点这些位点所对应的序列在基因组中可以作为特site ）定的标记。substitution替换在一定水平上通过选择过滤的突变。