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1、ncbi中查找基因序列的方法和三个号码.例子：查找酿酒酵母（ Saccharomyces cerevisiae里的海藻糖合成酶基因（tpsl）百耳J IL八Mjlkintil Library erMudkincNatknal Lisin utm cf HcallliPdbMedAll DalabasesBLASTOMIMBooksTaxBrawserStructureSearch CoreNucl&otidev for Saccharomyces enevisi日己 tpwLTD 'v'ArI? 'CtCrctL即可出现很多条目，找到 Saccharomyces
2、 cerevisiae的就是NC_001134 了，点击后就进入该 基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tpsl就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GenelD:852423都可以出现相关链接！当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GenelD: 852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！二. 基因CDS区界面的3个号码http:/www. ncbi. nlm. nih.gov/e ntrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386&am
3、p; view=gbwithparts找到后，我发现该界面有3个标记，一个是 NC_001134，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么 地方呢？尝试中，终于发现，在 Search “ Nucleotide ” 或者“ Core Nucleotide ”时，for 后面是 NC_001134，最终 go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？在 Search “ Nucleotide ” 或者“ Core Nucleotide ”时，for
4、后面是 50593115，最终 go 到 该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？在Search “Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以 852423应该 是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在 ncbi中的位置就记住这个GenelD !其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。我们在文献中查到的基因往往给的是Ge ne ID三. 引物设计第一步-找编码序列的方法在Search “Gene”时，for后面是852423，最终go到目的基因的信息 1: TPS1subunittti* 打单treh
5、alos*:found tin ah inducedby the stressand repressed by the RasAMP pathway | Sacc/iaramyceff cerevise GenelD; S52423updated 06-Jan-2QD8Sumimarvt XGone fianieTP51Primary sourcegGD:S00a00D30Locus tsqYBRleCGene typeprotiin codingiRefSeiq statusReviewedrgani5nn-ic&r&visiae Zstraj/?:弦8穴Lineage貝畑y
6、g可 刊祸 刈韓恸畑审?幵0丙冶； 就匚加呼眉幅S；Also knarfn asTSS1; GLC6;右GS1; FDP1; CIF1; BYPLLinksNUCLEOTIDE LINKS FA ST A卜 GENBANK点击中的FASTA,获得的就是 mRNA的非模板链（其实就是 mRNA里的U换成了 T）,也可以说是 CDNA的互补片段，因为与编码的 蛋白质一一对应，所以也就是引物设计真正的模板！引物设计后面的PCR要克隆的就是这段序列！所以千万不要搞错了！点击 GENBANK，获得的是CDS区的序列和相关信息，这 个CDS区包括CDNA，也包括其他不编码的序列，所以PCR没必要把CDS区
7、全部克隆出来！其实在CDS界面（或者说点击 GENBANK后出现的界面里），把Display里的GENBANK（full）改成FASTA也可以！其实在该界面中我们还可以了解到其他信息1.点击referenee sequenee details，可以看到 NP_009684.1，点击他，可以看到目的蛋白质 的信息Se& TPS1 in2.点击获得的是目的基因的图谱，然后点击MRPL36 t sgd sv pr dl mm kn external Mitochondrial ribosomal protein of the large subunitTPS1+ ggd sv £r
8、 dl mm hm external Synthase subumt of trehalose-6-phosphate synthase+ sgd sy pr dl mm hm external Protein of unknown function, overproduction blocksTPS1后面的sv，也可以看到编码序列了，当然这里的DNA序列和蛋白质一一对应，更说明是设计引物的模板 （这个图谱界面也可以在 2的点击GENBANK后获得的CDS区中点击 852423链接获得，或者说条条链接通罗马！）四. 关于CDS和CDNA的关系ncbi中的CDS就是编码序列，包括 CDNA全部，也含有其他序列，毕竟CDNA是人为根据mRNA反转录得到的，而 CDS区生物本身的，有些不编码的序列，好像CDNA是纯净物，CDS有点渣子，呵呵。CDNA的互补序列既然是与编码的蛋白质一一对应的，当然 是ATG起始的，TAA TAG TGA 终止的。