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1、Con trol-Shift-Middle-Click确定旋转中心右键+中间键拖动分子show/hide lines显示/隐藏全部show/hide sticks 棒状显示Cartoon:主链，mesh：网孔结构，spheres：球状结构；ribbon :线条；surface:表面结构基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单）pwd# show curre nt directorydir# list file in the curre nt directorycd directory #cha nge directoryload xxx#注意要打上扩展名，例如 1LMK.pdb，否则会e
2、rrorcreat n ame, (select ion) #n ame=object to creat, selecti on=atom to in clude in the new object, 非常实用的功能Mani pulati ng object: show represe ntati on, (select ion)hide represe ntati on, (select ion)#the available represe ntati ons are:(前面是个人比较常用的)lin es, spheres, ribb on, cartoon, sticks, surface
3、, / mesh, dots, labels, exte nt 例如：stick mol1 & resi 100# mol1为显示在 pymol右边的分子名称Turn an object on and off:(这个直接用鼠标就 ok 了)en able/disable, object- name #tur n on/off all represe ntati on缩写n.<>例子:r.<>i.<>c.<>e.<>show cartoo n, (n. 1LDK/)Basic atom select ions: n ame &l
4、t;atom n ames> resn< residue types> resi<residue nu mber> cha in <cha in ID> elem<eleme nt symbol>Select ion algebra:就是怎么选择交集是 and、&，例如 1LDK and chain A and i. 1-103 并集是or/|,补集是not/!Change your point of view:zoom, (select ion) #fit the select ion to scree norie nt, (se
5、lecti on)#alig n molecular axiscen ter, (select ion) # size not cha ngedturn axis, an gle #rotate cameramove axis, dista nee #tra nslate cameraAlign （个人认为最重要的功能）： alig n (source), (target) #the source object will be moved and rotated to fit the target object例如： alig n (prot1 and cha in A), (prot2 an
6、d chain B)按整条链叠合alig n mol1 & resi N1, mol2 & resi N2按某一个残基叠合align mol1 & resi N1-N2 & name n+ca+c+o , mol2 & resi N3-N4 & name n+ca+c+o 按 某段残基的主链进行叠合在align的过程中会产生一个root mean square deviation (RMSD),这个值可在一定程度上衡量alignment 的效果。Set con trol (可以通过这个命令来调整所有参数的值，可惜没有什么详细的介绍)例女口 set sphere_scale, 0.5, (n. Fe) #decrease Fe atom size to 0.5set bg_rgb, 1,1,1 #set backgro und as whiteset ribb on _sampli ng, 1Measureme nt (又一个十分重要的功能，可以真正挖掘结构的意义)dist#测量两个原子之间的距离，ctrl+右键选择第一个原子，ctrl+中键选择第二个原子，然后测量dist。an gel#测三个原子之间的夹角，ctrl +中键选择第三个原子，然后测量an gledihedral #测量四个原子之间的二面角