《发育系统树与遗传距离的算法.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《发育系统树与遗传距离的算法.docx（3页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、如何建系统发育树和计算遗传距离：1、先在NCBI上找到要比较的序列，并且把序列复制到写字板中，格式如下所示:（>Fu$coporia邓花 11）a tg ttttg tagaa tgta tcgcc tttaggcgaag tc taiaa tzicaac tttcaacaacg ga tetcttg g ttetegca h:ga tgaa ga aegca gcgaaa tgcga taag taa tg tgaa ttgcagaa ttcag t gaa tea tega a tctttgaacgcaccttgcgccctttgg tattccgaagg gca tgcctgttt
2、gag tg teatta ta tteteaac 忙 h:ttga tttEttttggaccgctggiagttgga tttggiaeg tge tggee gttaggg a-tegcctec tc ttaa ataagcttttacttg a tggca tgtg tag taa ttatcttcacca g tg itagebgttega ateg ta tee tg teggg ageataiagaaaa-agggcaacctttctecttggctctcttgaccttaiacgagtciiggactaicc>P.lint*U£（AF534070）tegag t
3、ttttggagcg a ggcttgc tgc tgg tgegg aaaegegea tg tgeaegge tttege getea aa tccac teaacccctgtg tgeace ttlr ta tc ttg tegaagegag tag tttgagaecg tccccca tg ggggg g aegg ttageegg tagaaaggg a>g gg taaca gctcca ttegaaag gcgggg gggagagcecc ta aetetegagegaa age tttggcttgta ttta taaa tea cag ttga tg tc ttgt
4、ga a tgtga tgc teettg tgggcgaaaa tgaaa taca a>c tttca ac aacggatetctljg g tte bzgea tega tgaagaacgcagcgaaatgcga taag taa tgiljga a ttgcag aattca g tgaa tea tegaa tctttgaacgcacc ttgcgccccttgg 拍 tteeg aggggca tgcetgtttgag tg teatg ttaatctcaaa teactcg tcttttttaa bzgaaa ggcttg tgg tttgg 讶 c ttggagg t
5、ttttgctggctccg g tcggctcc te 心宥 a tgea tt2、打开Clustal X2软件，界面如下 ClustalX 2. 113回区EMxExit EditMi EminentIxees CdLots Quality Help妙.Dd Cont'letr AllEnrorntCtM+L ：Do Guide Tree （kilyCtrl+GEJletdjt Alignment Jrees Qplors Quality 也IpLoad SeoucinciEsCtrl*0Appcn-d SeQucncesSave Sequences as, ，-CtrltSLoa
6、d Profile 1Load Profile 2Save F*rafile 1 as,Save Profile 2 也Write AliEnncnt as Postscript Ctrl+Pfcite Profile! 1 as PostscriptWrite Profile 2 as PostscriptQuitCtrl*Q点击File选择Load Sequences,选择刚才编辑好的写字板，注意写字板必须存放在英文字母的文件夹中。3、点击Alignment中的第一项，进行各序列比对， 比对结束之后，点击Output Format Option 选择保存格式，点击确定。最后的格式会保存写字
7、板所在的地方。 ClustalX 2. 1K errr 职 G CT EUXT13TT CJJ心 C CT S* GT 心£ CT T T CT HI E： W *L X M El ET d GU CT L 8 m FuCruCruaCCCiJUliAlkTm-TiJCGCH'GTGCluCdiiWTfifTttMitCCUCrCrCUULCCCCfl-iuCliJCCTf rtiCThir.r.ChCTiimrrmiX'KIfT'rT'-iayCrXCTTCXT-TcmcrcrraaacccCin'nTiCMCTT 虬 ； :CTTdT* G
8、EGGUGUGGJkQlLCGCGGUGTGClhf+MCCTT iTCCT'：A*T EDULTTnLI.I：CCC7GTGnkrCTTJkT'； hr .AiTTTTiJdrikGUC'JliviJijCTTGkrUCTU. t . .rTT JT.扣 cwfiTtiawficrr吁wmcraKMCTCTTRMEiTg xftr:tr. t . imhTifircflffT'TTTiimiTrrrrii uult c ctt cm izixi. ccjlctgt gcjutt t t uvr t hAAA-'KckEwHI “ su sa cc mr
9、rr a g gjlttu. i: cnXAETiTTiClE源4JEM湛虹'J'Ji：TCKTThM.T'：lLITlh.Tk rTTTlLTTT 击EElOCTTGUAGtr WEifiT >；E*«UE明m糖QCTQ1CE匪血Hlkvr的1 WUGC8* 0.TCHTCnttECT狼帽IcnlcTg叫血Do Alignment from Guide TreeRealign Sele'Cted Sequenc-esRealign Selected Residuue Rang.eAlign. Profile 2 to Profile 1Alig
10、n. Profiles from Guide TreesAlign SequerKts to Profile 1Align Sequernz-es to Profile 1 firm TreeAlignment ParametersIterationOutput Farmat OptionsSet All Pararcters to defaultSIFuscopozri agilva. slI3、Aln 格式 转换成 mega格 式:打开已经保存好的这个软件上面黄色标志的第二个标志，出现如下界面：接着点击 Utilities,在其下拉菜单中点击第一个选项,W4- Text File Editor ind .Select File and Format-ulXafca lie tacwivErt|.驴 |CLJli5TAU算匚亦h|出现对话框，点击OK,出现l ! UdlCLri iTJKT话框，把mega格式保存起来。4、遗传距离和系统发育树的建立：打开MEGA软件，点击Fild打开mega格式数据，分离点击Plylogeny和Distence建树和计 算其遗传距离。