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1、宏病毒组I病毒序列相互关系网络图今天继续给大家介绍宏病毒组V3.0的个性化分析点。本期将要介绍的个性化分析点是病毒序 列相互关系网络图！个性化分析一、病毒序列相互关系网络图病毒序列相互关系网络图主要用来研究病毒contigs之间的丰度相关性。具体分析基于病 毒contigs丰度表，使用R corr. test包计算病毒contigs之间的相互关系(spearmen),然 后使用Cytoscape软件绘制相互关系网络图。二、病毒序列相互关系网络图适用场景通过病毒序列相互关系网络图可以直观清晰的展示出病毒contigs之间的丰度相关性，从 而寻找病毒之间互作强弱关系及聚类情况，方便快速锁定关键的核
2、心病毒，为后续分析奠定基 础。三、案例分析病毒序列相互关系网络图在宏病毒组研究中具有重要的意义，下面给大家分享几个研究例 子，研究中皆运用到病毒序列相互关系网络图，大家可以通过阅读例子理解噬菌体宿主预测的 意义及适用场景。案例一：土壤巨病毒的隐藏多样性作者：Frederik Schulz期刊：Nature Communications时间：2018. 11目前已研究的巨病毒(nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV)只有小部分巨病 毒能被成功分离，可能的原因是难以找到适合的宿主供病毒培养，并且缺乏有效从宏基因组中 挖掘巨病毒的数据的方法，这导致巨病毒
3、多样性研究难以开展。作者采用不依赖培养的“微型 宏基因组”方法从土壤中获得16个巨病毒基因组，扩展了对巨病毒的认知，并且通过衣壳蛋 白基因(MCP)的研究发现，巨病毒的遗传多样性超乎我们的想象。作者根据巨病毒基因组之间的基因共享特征绘制了网络图，进一步研究已知巨病毒和新巨 病毒的的进化关系。网络图结果与进化树结果相似，属于Mimiviridae家族中的 Megamimivirinae, Klosneuvirinae和Cafeteriavirus类别的巨病毒基因组的基因共享性较 高，与其他NCLDV共享性较低的是solumvirus和solivirus,但是他们之间的基因共享性也 较低，这与进化
4、树结果存在出入，作者推测是在有限数量的情况下绘制进化树未能准确反映真 实性，并期望更多巨病毒基因组被发现，丰富目前的系统进化树。核质巨DNA病毒(NCLDV)基因共享网络案例二：蜜蜂肠道病毒群落结构和宿主的相互关系期作者：Germdn Bonilla-Rosso 等期刊：PNAS时间：2020. 01本文作者用微生物群落相对简单、研究透彻的蜜蜂肠道作为模型，用宏病毒组手段对蜜蜂 肠道的病毒群落结构进行鉴定，同时监控了病毒的时空差异，也对分离培养噬菌体进行了宿主 预测，详细探讨了病毒群落结构和宿主之间复杂的相互关系。为了实现198个contigs的分类和vOTUs划分，保留的病毒序列连同病毒数据
5、库的参考序 列，以及来自蜜蜂肠道278个基因组的原噬菌体序列做了进化网络分析。为了关注活跃的噬菌 体，把网络中reads比对为参考序列或者序列低覆盖序列所在的node去除，最后网络得到了 118个病毒簇(VCs) oArai cusier (VC) o Contig of temperate phage Contig of tytic rhageSequence similanty ( Lactobaciius FirmSLaaobacHus Firm4Lactobus Firm5/cun*ee/ 8tfo0adenumSnodgrasses BtoneflaFrisch3a G.XVamef
6、fa Ohers Undass*ied病毒contig和病毒参考序列、原噬菌体序列的进化网络图案例三：噬菌体多样性、基因组学和系统发育作者：Moira B. Dion 等期刊：Nature Reviews Microbiology时间:2020. 02. 03Phi6M13取鳏勺尊j枝枝A”0在这篇综述中，作者讨论了噬菌体在结构、基因组和群落水平上的多样性，以及因其基因 组的镶嵌性所介导的噬菌体之间复杂的进化关系。如图描述了一种使用网络方式来显示噬菌体进化关系的复杂性，以及噬菌体是如何相互联 系的新方法。这里使用vConTACT2（基于网络的系统发育程序）来分析噬菌体之间的关系，并使 用Cyt
7、oscape v3. 7. 1使网络可视化。系统发育网络提高了我们对噬菌体进化关系的认识，因 为它提供了水平基因转移的信息，这种水平基因转移普遍存在于噬菌体中，因此更具代表性。O Node (viral qenome)Edge (similarity between two viral genomes)0 Mycobacterium phage0 Streptococcus phage0 Eschehclra phage0 Pseudomoncs phage Gorrfoniaphage0 Lactococcus phage Salmonella phage Cyanophage (Prochhrococcus and Synethcxxccus)PhiKV4氐卜。0_q o-o qqo-0 q。上 q q 。乂噬菌体系统发育网络参考文献LI- Hidden diversity of soil giant viruses2j Honey bees harbor a diverse gut virome engaging in nested strain-level interactions with the microbiota3 Phage diversity, genomics and phylogeny