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1、miRN前名规范一、miRNA的定义miRNA（microRNA）是一组由基因组编码的长度约2023个核昔酸的非编码 RNA通过和靶基因 mRN硒基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRN减阻碍其翻译。miRNA在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNAft细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。二、miRNA数据库miRBase序列数据库是存储 miRNA信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNAf列及注释信息。目前 miRBase（Release 记录了 182
2、26 个 miRNA三、miRNA名称与编号1） miRNA成熟体命名规则（以动物miRNA为例）确定命名规则之前发现的miRNA则保留原来名字，如 hsa-let-7 。miRNA成熟体简写成 miR,再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122 ;高度同源的 miRNA在数字后机上英文小写字母（a,b,c,），如 hsa-miR-34a , hsa-miR-34b , hsa-miR-34c 等；由不同染色体上的 DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA则在后面机上阿拉伯数字以示区分，如 hsa-miR-199a-1 和 hsa-miR-199
3、a-2 ;通常一个miRNA前体长度大约为7080nt ,很可能两个臂分别产生miRNA以前的做法是：表达水平较高的 miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNAt面加上*号，如rno-miR-9* 。有时带*的 miRN顺根本不出现。而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“ -3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5P和hsa-miR-26b-3P ,分别表明从hsa-mir-26b前体的5端臂和3端臂加工而来的。在以前的命名中，有时也会以“ -s”和“ -as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。注意：miRBase对miRNAt熟体的名称进行了大量的修改，很多带“ *
4、”的 miRNA都变成了 “ -5p”或 “-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。案例请见：2） miRNA编号及名称（以动物miRNA为例）miRBase记录了 miRNA前体序列及 miRNA成熟体序列，其中：miRNA前体发夹状结构的miRNA前体转录本以“ mir”命名，其编号以“ MI”编号，如人的 miRNA 122的前体ID 为 hsa-mir-122 , Accession 为 MI0000442。miRNA成熟体大约2023nt的miRNA成熟体以“ miR命名，其编号以“ MIMAT编号，如人的miR-122有两个成熟 体，其中之一 ID 为 hsa-miR-122
5、-5p , Accession 为 MIMAT0000421;另一个为 ID 为 hsa-miR-122-3p , Accession 为 MIMAT000 4590。案例请见:3)不同物种命名方式差别动物:miRNA前体：以动物物种缩写- + mir+ - +命名顺序，如 hsa-mir-122 ；miRNA成熟链：以动物物种缩写+ “ - + miR+ “ -” +命名顺序，如 hsa-miR-122-5p ;植物：miRNA前体：以植物物种缩写+ “ - + MIR+#名顺序，如 ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名 顺序之间没有“-”；miRNA成熟链：以植物物种缩写+
6、 “ - + miR+命名顺序，如 ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命 名顺序之间没有“-”；病毒：miRNA前体：以病毒物种缩写+ - + mir+命名顺序，如 bhv1-mir-B1 ;miRNA成熟链：以病毒物种缩写+ - + miR+命名顺序，如 bhv1-miR-B1。四、miRNA加工及作用机制(以动物为例)miRNA是一类基因组转录出来的基因表达调控元件编码基因，在动物中多位于基因间隔区及基因内含 子。1)绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶II的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA(primarymiRNA pri- miRNA)。2) Pri-miRN
7、A 在Drosha-DGCR8M合体的作用下形成长度约60-70个核昔酸的发夹状 RNA成为前体miRNA(precursor miRNA , pre-miRNA)。3)随后，pre-miRNA在Exprotin-5 复合物2的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNAM合体，miRNAM合物(RNA-induced silencing comlex, RISC)与该 miRNA的 3翻译区(3 UTR)吉合到位于胞浆的 P-body(processing bady) 中。4)作用方式与匹配程度有关：如果miRNA与靶mRNAE配完全，则该复合体降解 mRNA若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5端2-8个被称为种子序列(seed sequence)的核昔酸与靶mRN院全匹配，则通过抑制靶 mRNA勺翻译来沉默特定基因。有报道指出，有些 miRNA可以通过与DNAE配的方式进而调控表观遗传学变化。此外，某些 miRNA如miRNA-16能够特异结合于某些基因 3 UTR的富含AU元件(AU rich element,ARE),指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应 mRNA勺半衰期，加速靶 mRNA勺 降解。