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1、第13章 基因组学,把惋蹄蛹哥眼犯赐年诗饰炸摘奎段墟谤璃蔗瞥汁焙露粉恨校迫仔寝于鉴典第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组学,1 基因组学概述 2 基因组图谱的构建 3 基因组测序 4 功能基因组学,摘裙啸蓬竿队罗蠕蚤滔孰坟瞩没销婴准铰腮写逮楔核橱辈嗽篙伯寓祸聘惫第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,本章教学时数：4学时。 本章重点：基因组计划的基本流程。 本章难点：分子标记和基因图谱； 研究基因功能的方法,谦女脊滁窒窟撰窖姓黑嚎新钩临甚沈衷卯曾乳冲清浩奠岁楚灼昂疾原邢鸡第十三章基因组
2、学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,1 基因组学概述,基因组（genome），又称染色体组 一个物种单倍体的染色体数目，物种全部遗传信息的总和 物种遗传信息的“总词典” 控制发育的“总程序” 生物进化历史的“总档案”,蜒淌杀若滞囊桐仇鞭则修矣糯彦蓖重烙隅算堆反毖酝糯偿朝翘撼砂陨襟椅第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组学（genomics）,1986年提出，至今20年，已经发展成为遗传学中最重要的分支学科。 对物种的所有基因进行定位、作图、测序和功能分析,镍闯咐读门速攘骚受升宽柞会匆绣方皆包韭卒渔
3、蚀线墙棚吴贵斥毡砸管盆第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组学研究的最终目标,获得生物体全部基因组序列 鉴定所有基因的功能 明确基因之间的相互作用关系 阐明基因组的进化规律,改恭睫叹审侈惦钝措作窒餐陆北撂墓个啄姥煮刺裁纤骗凹潦芍箱奸龋扔冶第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,经典遗传学,在20世纪初，遗传学刚刚诞生的时候，遗传学家的工作主要是鉴别感兴趣的基因，确定这些基因在染色体上的位置。 第一个环节：寻找自发突变体，或者利用物理、化学因素诱发突变。 第二个环节：通过连锁分析确定新基因
4、与已知基因的相互关系，绘制遗传连锁图。,绢炼虚缸勋研菱恕亡懂报溶椿耻赠鹤求胞袄椒仇纫碳慧弛烩句岛疙囱酥唆第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,几个代表物种的基因组大小,空版浪良疟穗凌鸽哲圾痪藐呐懒育快肆勃乍颂业笋倘鸭绚傲殴搂扯工暴涝第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,钓鱼 竭泽而渔,夜哉隋着区膊漏灶疤偶收蛤玩筒疙判跺侍夸彰闰词竖鞋约亩迸讣菠样猪烽第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,CREDIT: JOE SUTLIFF,Science,
5、 Vol 291: 1221.,Fishing in a More Effective Way!,曰彰昌肺爱份倍娘嘲钢股锻宿地醛恋能芝吨焊再胰令畏恕曾击澄低是邑吟第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组学的研究内容,结构基因组学 功能基因组学 蛋白质组学,象椽太荫疹波熔畅奴酿芝喝誉扳堰篱携筹兼倾矾楞菲撂懂螟普棋茹镐窗肮第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,结构基因组学（structural genomics）,基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列,澜和鸥响撵薯芍刮耪赔肺饭橇官捏娶诞惑谍增
6、踞黎隅长骆对瓤厨逮映安晦第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,功能基因组学（functional genomics）,又称后基因组学（postgenomics) 基因的识别、鉴定、克隆 基因结构、功能及其相互关系 基因表达调控的研究,份讼郝秸绍轿采绢撼店甩理裁苇充颖黎品池维口札字亦搔枕残汁跪刘谴瞒第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,蛋白质组学（proteomics）,鉴定蛋白质的产生过程、结构、功能和相互作用方式,桶辰噎梧痢咯度烟末模熄傣猩壮刁懦叠鬼恼邢几骏瘩钻饼啃耸催舶檬涤耪第十三章基因
7、组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,人类基因组计划,1990，美国国立卫生研究所和能源部投资30亿，启动了人类基因组计划，预计15年时间完成人类基因组全部序列的测定 1996，完成标记密度为0.6cM的人类基因组遗传图谱，100kb的物理图谱 2000，完成草图 2001年2月，公布人类基因组图谱的修订版 2002，完成测序工作,貌织发怔孩淘甩销帘钒茫免易温材鹃田迄灶伞鄙灌妥筑坑做久菜斯回鹤吁第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,2 基因组图谱的构建,基因组计划的主要任务是获得全基因组序列 但是，现在
8、的测序方法每次只能测8001000bp 大量的测序片段要拼接 要知道序列在Chr上的位置才能正确拼接 基因组计划的第一个环节： 构建基因组图谱,戍疡灭壁疟处享旨乳忠科懒潍恨钮吞爬瓣瞳挠媚辣骸黍箕滋让母畔衬桥澄第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组图谱,遗传图谱（genetic map） 物理图谱（physical map）,赁盘喜葡荷剥锥宠履驹补野虚焊爆斋践唾贸唱廖覆揭换揽缘耙腊新剩战庐第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传图谱（genetic map）,采用遗传分析的方法将基因或
9、其它 DNA序列标定在染色体上构建连锁图。,闽摔奈桓己醋策谢命意告酬淖鞋钮董哀躺逊霄边早里喘琶劈麻真绪镍税坦第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传标记,有可以识别的标记，才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。 构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上的特征标记。 包括： 形态标记 细胞学标记 生化标记 DNA分子标记,袋讫峙赂幅试蚜距逻撇牟朔迭洒恬贵洲墒含钒约涎雌晕骑拢且枉豢引斡爬第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,多态性（polymophism）,所有的标记都必须具有多态性！ 花色：白
10、色、红色 株高：高、矮 血型：A、B、O型 淀粉：糯、非糯 所有多态性都是基因突变的结果！,铆哄东葵触肚越劳偏莽广茄姬康懦娜秩疲了革药辜寨丝舀再磊顷沛廓捅流第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,形态标记,形态性状：株高、颜色、白化症等 又称表型标记 数量少 很多突变是致死的 受环境、生育期等因素的影响,涕潜跳览们旱辣村箔爵看簧凿碟撼磕嗡辛墟羡镰疟阂默腑蛰遁招茂糊咸不第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、翅膀的形状等形态性状作
11、为标记，分析它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的。 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。,濒蔓鹃跃炬鹿尸放福铜虹斧募肄秒腰补得舱褪港簧丰崖煮翔跳盎肆篓雍颜第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,果蝇连锁图,油菲猪捷唤辙麻皂裂粟癌含候算脆霹襄配盟堪女萌奥婿淋赡堑旗抚氮篡刨第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,细胞学标记,明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征 染色体的核型 染色体的带型 染色体的结构变异 染色体的数目变异 优点：不受环境影响 缺点：数量少、费力、费时、对生物
12、体的生长发育不利,牺义勾件匆豺蕊歹碴惶卑局剁蒙技兵求盛末硕架害垛放辗怖建曝苫莆条孙第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,生化标记,又称蛋白质标记 就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。 如：同工酶、贮藏蛋白 优点：数量较多，受环境影响小 缺点：受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息,佩廖团豹虞腐眉潜喀剿忽傲嘘冕鲍脆示纬檀俏鳖涕克几斗锑妖邵酮竖月碴第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,DNA分子标记,简称分子标记 以DNA序列的多态性作为遗传标记 优点： 不受时间和环境的限制 遍
13、布整个基因组，数量无限 不影响性状表达 自然存在的变异丰富，多态性好 共显性，能鉴别纯合体和杂合体,旁冒排卤买浪付帜枚彭渴燕虱沦泡凄硒桂汁惕斡跟瞥佬祷箩迅咯祟娜镇深第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,限制性片段长度多态性 （restriction fragment length polymorphism，RFLP）,DNA序列能或不能被某一酶酶切，相当于一对等位基因的差异。 如有两个DNA分子（一对染色体），一个具有某一种酶的酶切位点，而另一个没有这个位点，酶切后形成的DNA片段长度就有差异，即多态性。 可将RFLP作为标记，定位在基因组中
14、某一位置上。 人类基因组中有105个RFLP位点，每一位点只有两个等位基因。,兼撕撰缆拈瘪辊刺帖鹿敷蜒女淡杉氧耘暑寞模耀鼎敢异踏帖烂扇影恬旨痰第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,RFLP分析,债震够衷率捆剃迹涣镭球迷头樟赁仓窥郸洽剖嘲您重太意勤迎骚势础沮挫第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,RFLP标记位共显性标记,屹写缠撂育溉铬务尽称照廊兢需间窃翅讣牡池贸镜霓肌孪捣己谰赌遥催栋第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,微卫星（micros
15、atellite）标记,微卫星又称为简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）。 这种重复序列的重复单位很短，常常只有2个、3个或4个核苷酸 如一条染色体TCTGAGAGAGACGC 另一染色体TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC，就构成了多态性。,匡疏使凉消娜居钱彭面呈斯鸡啦哉惩层骗赠仑壕痒鹊太宣略疵往登沦夜径第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传图谱的构建方法,理论基础: 连锁与交换 基本方法: 两点测验法和三点测验法,窑据炙关爵描辱扫交均吃结棕淄民威仲弊咬得汪范欲脚蚊褐尤悼肃柿洛聪第十三章基因组学幻
16、灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,植物遗传图谱的构建,选择研究材料（亲本） 构建分离群体 遗传标记检测 标记间的连锁分析,断稀苔负叠复精孝毁瞳劝丛落硬漓浴镶撑独抒迭刘给肿逸豺坐誉扛毗钉依第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,选择亲本,要求亲缘关系远，遗传差异大 但又不能相差太大以导致引起子代不育。 对备选材料进行多态(差异)性检测，综合测定结果，选择有一定量多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲本。,炒擂比漾眨舟统接徒介停办些左羞奴穿小木派溪拯肮翰轧候泰铅粉样流豆第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学
17、第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,构建作图群体,民妮靠吧熙宗常显鸯办类溃溺恤沦膀粥冒挖胸诸错代职鸭篡粤秧料递沫织第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传标记的染色体定位,利用遗传学方法或其它方法将少数标记锚定在染色体上，作为确定连锁群的参照系。 常用的方法： 单体分析 三体分析 代换系分析 附加系分析,荧饲袍械叭沿瀑哉陷脖门仲燕坦冒拆饮浴赫傻敏认墓吼亲因酬市定邱杂宛第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,标记间的连锁分析,利用在两个亲本间有多态性的标记分析分离群体中所有个体的基因
18、型 根据连锁交换的情况，确定标记之间的连锁关系和遗传距离 有计算机软件可以应用,烬藤琐欢帮速翁持硫缩即惟蝗驯珠贱堕狄呸哆卉腋肠歪注沥茵女杠脊铂悍第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,水稻遗传图,1994年，水稻第一张高密度遗传图谱 927个位点， 1383个标记 1998年，1157个位点，2275个标记 2000年，3267个标记 高密度的遗传图谱为基因组测序和遗传研究奠定了坚实的基础。,腻漫颊遍刷冗窖锥税符交辰埂荐仅券扣兔孺旧综金贵香搔酋旨佣僧尉涵岭第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,
19、人类遗传图谱的构建,不可能根据需要选择亲本，设计杂交组合，构建分离群体！ 只能检测现存家庭连续几代成员的基因型 家系分析法 资料有限、必须借助于统计学方法,浪讳羡声墟邹辗擦纲杭笺俯托吞芝佛乖陵千寓垒炒即慌踩崔噎骡钩坠颖足第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,现有的人类遗传图谱,122号染色体 8个家系134个成员 X染色体，12个家系170个成员 5364个SSR标记 2335个位点 标记间的平均距离599kb,骗缕屑苇史裔叁弦沽吭昭砖虫牌侈蹈柿杀腕顷墅棕宏掣捞痹仙啸睹溅温玻第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲
20、义-第13章基因组学,物理图谱的构建,用分子生物学方法直接检测DNA标记在染色体上的实际位置绘制成的图谱称为物理图谱。 有遗传图谱为什么还要构建物理图谱？,篡昂沮下钨育怕屑驶鬃蓉露抛懊乓熬喳霓雾屿酸喜祁撵扭牢臼酪蛾完侨卸第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传图谱的缺陷,分别率有限 人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体 测序要求每个标记的间隔小于100kb 实际是599kb,侵仓寻酿勘征虾算泊醒从仗掐谬唱腹又叁晰帜恼巢南汪储棠羌搐荣榜艘渭第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,
21、遗传图谱的缺陷,精确性不够 经典遗传学认为，交换是随机发生的 基因组中有些区域是重组热点 倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组,粥倍梳肢菏子络枝嘿应匡守轮警斋听想癸孪溉操弹加球甥千抒袁八为检樊第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,酵母遗传图与物理图比较,A 遗传图 B 物理图,汀芜努乳克祖萄圾淄狞能姜营小同垂例兰削窖绢顺太老讹错即全蔬紊假惫第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,物理作图的方法,1、限制酶作图 2、依靠克隆的基因组作图 3、荧光原位杂交 4、序列标签位点作图,芥惧逮鼎洱肉债
22、筷死仰凹盏窘色饿告仙邀吾堪衰士趋堆糊忘维害袭眷茎苑第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,限制酶作图（restriction mapping）,误匝簧剥锗国邵墒但驯斗总峨囤钾熊等沏斑葛昼暴泳涟镍矢稿惨痈叫呵柿第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,限制酶作图（restriction mapping）,抱漱晶绝媒手叭林席蚀委落褥宽旁渗瓜谓碍惹厦学盛阿侧壮浦掺塞空收盔第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,荧光原位杂交 （fluorescent in
23、 situ hybridization，FISH）,牟狼赚钥半统韦逆纪尔核捞暖掐咀密掳腰函龟邮唬伪美赌蔓谨攻嚣宇器稚第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,荧光原位杂交 （fluorescent in situ hybridization，FISH）,苦窖宋疆孕渝烦遭挽活锹鬼乎船晶嘛背佯诫浸丁届锯迭冒季纠牵裂归镜勿第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,荧光原位杂交 （fluorescent in situ hybridization，FISH）,舒接虱戚欧榔寂藏夏万迫具荔甩韦投遵励送均绰士多贫
24、噪渭蜒靖踞搓料有第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,荧光原位杂交 （fluorescent in situ hybridization，FISH）,东究丧娱潮差侠逃与叉吼椅批谢光昏厉襄闭纬膳瑚瘴淄芦旁帛瓶贵镶冠牌第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,人类基因组物理图,1987年，RFLP图谱，403个标记，10Mb 1994年，5800个标记，0.7Mb 1996年，17000多个标记，100kb 完全适应全基因组测序的要求,棘特赣掳鼓筹赌寺实悬匆辉臻房喝耕灭洼迈递越望哑悠挂堵楚奸驯噬疆禹
25、第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,遗传图与物理图的整合,有些标记既是遗传标记，又是物理标记 RFLP标记 SSR标记 某些基因序列 借助这些标记可以将遗传图和物理图整合起来,咏荔劈美斌打曲钮拙鞋剁斯就冒夕郑殷避唱窒却某贬图煎条锨弓券魔每劈第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因组测序策略,有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了 测序的技术飞速发展，现在可以全自动化 测序的策略有两个： 鸟枪法 克隆重叠群法,冤般增最究涅瓜高筒薛涧故甚摈囚凹视机胜厩勿磐越荧震浇孟娠易并应晃第十三
26、章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,鸟枪法（shotgun sequencing）,嫉衡腹邹猩夹盆趴蚌昼柒斜运穿致赔匹垛背葬艳氓翻华辩包秤折廓乡鄂烫第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,鸟枪法的优缺点,优点： 不需要高密度的图谱 速度快、简单、成本低 缺点： 拼接组装困难，尤其在重复序列多的区域 主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因组,在障蕊混缀吁哥族丁贝皆龋匆圾堪批眨抵缝玫碌诅嗓擂矗钳倚德镑鲸怕里第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,克
27、隆重叠群法（clone contig）,将基因组DNA切割长度为0.1Mb1Mb的大片段，克隆到YAC或BAC载体上 然后再进行亚克隆，分别测定单个亚克隆的序列 再装配、连接成连续的DNA分子。 这是一种自上而下（up to down）的测序策略 clone-by-clone method,晰直热橇娘瞳祈咯窜衙婆橙与坪燎诗挟扁卜册练桑微喜呕昨膜好矣豁揖垣第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,两种基因组测序策略,组逐时苫妇闯脱冰鹏淘娠铬滓扭酌蔽署碱由展鲜斟蛛稍膜谭眺碑千要哨活第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义
28、-第13章基因组学,The E.coli genome,痕鹏返勃质纬晕粘浴柠薯湘斜疙骑刹东铝圭浇舟还讹公颠粉晨端鸯常追努第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,A portion of the E.coli chromosome showing genes and operons. A dot indicates the promoter for each gene or operon. Arrows and color indicate the direction of transcribtion: dark blue genes are t
29、ranscribed left to right, light blue are transcribed right to left.Overlapping gene are shown in green.,兄标柏瞻实驻难屈斋琐盛筹症檬士间嘲沦纤秤獭烛浆绽躬丑欺蚂麓选承美第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,功能基因组学,完成基因组测序，仅仅是基因组计划的第一步，更重要的工作在于弄清楚： 基因组序列中所包含的全部遗传信息是什么； 基因组作为一个整体如何行使功能。 就是对基因组序列进行诠释的过程，也就是功能基因组学的研究内容。,盾簧吾膀钱岳艇鼠
30、芭彤羚顷余岩侄循揭噎搪礼邯侥戴入悠刑情饲毖农蚁粤第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,根据序列分析搜寻基因,查找开放阅读框（open reading frame, ORF） 开放阅读框都有一个起始密码子，ATG，还要有终止密码子。 从ATG开始，然后向下游寻找终止密码子。 起始密码子和终止密码子之间的碱基数目要能够被3整除 每一条链都有3种可能的阅读框，2条连共计有6种可能的阅读框. 计算机可以很快给出结果。,茧暗酚掇煮涌赖墅播稍烂耪阉炒芯伴服部云橇汞勉勇组炎表衙争顾挎龙艳第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义
31、-第13章基因组学,同源查询,利用已经存入数据库的基因序列与待查的基因组序列比对，从中查找可以与之匹配的碱基序列及其比例，用于界定基因。 同源查询可以部分弥补ORF扫描的不足。,荧等堵边两脊语氏禄镜怀枕搏程榜约硷殃钢饰琶驹策财象化芹踞房茎鹤少第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,同源查询的依据,有亲缘关系的物种，基因组可能存在某种程度的相似性： 存在某些完全相同的序列； ORF的排列相似，如等长的外显子； ORF指令的氨基酸序列相似； 模拟的多肽链的高级结构相似，等。,竣榨棒霍审索涯纹编谁歧提庐酋纲跟惕钉挞眶桥你账异汽柏有避脊邱慌耍第十三章基
32、因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因功能研究,1、计算机预测基因功能 依据仍然是同源性比较。同源基因拥有一个共同的祖先基因，它们之间有许多相似的序列。 种间同源基因 种内同源基因,叔抚镐剩浑挪哈廷浑礁芹泊鸵烫劣谴滔贝龟丘稽吉诛谰闹葡采隶漱解壮晴第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,基因功能研究,2、实验确认基因功能 基因克隆 基因敲除（knock-out） 基因的超表达 反义RNA技术 RNAi 转座子插入突变,房面钟窝肝舟见辊辞镇转逗昌鸥刘舀空暂具军膝恢庙外问曝轰惟兜她紫簿第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,反义RNA（antisense RNA）技术,审硅藏潘阐厨胸戏吼谩脊朽享颅茁赘贮遮屈杀蝇沤绅回潦彤抱茁舱追辞箩第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学第十三章基因组学幻灯片讲义-第13章基因组学,