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1、个人总结及展望,主讲人：胡玲玲,下一步工作,主要工作介绍,毕业提纲设想,所学所感,目录,其他工作,所学所感,习惯与养成,QQ？ 新浪？ 微博？ ,1. 养成习惯，每天至少收一次邮件，最好用foxmail或outlook随时收邮件 2. 学会用中国知网、学术Google搜索论文 3.每周实验室都会有组会，文体活动，希望积极参加去 4.论坛59.77.16.75注册并仔细读实验室工作板块的置顶帖子 ,所学所感,研究生的开始,一个简单的网站，根据用户输入的身份证前17位，计算第18位。,主要工作介绍-简介,数据挖掘流程,(1). 确定业务对象 (2). 数据准备 1)、数据的选择 2)、数据的预处理
2、 3)、数据的转换 (3). 数据挖掘 (4). 结果分析 (5). 知识的同化,主要工作介绍-miRNA简介,介绍microRNA,MicroRNA（miRNA），是一种长度约为18-29个核苷酸（nucleotides）的非编码小分子RNA。作为小分子RNA 家族中的一员MicroRNA已经受到广泛的关注, 在2006年度诺贝尔生理学或医学奖就颁发给了小分子RNA的研究者。,主要工作介绍-miRNA简介,介绍microRNA,生物合成图,主要工作一介绍-miRNA预测综述,二级结构对RNA正常功能非常重要，有时甚至于较序列重要，这可以帮助用于分析 非编码RNA，生物信息学的应用会使用一些二
3、级结构的概念来分析RNA，所以我们分 析了不同的二级结构预测软件。,主要工作一介绍-miRNA预测综述,主要工作二介绍-miRNA前体预测,microRNA序列,预处理,特征提取,预测,分类器投票,结果,主要工作二介绍-miRNA前体预测,预测结果,主要工作三介绍-miRNA家族分类,研究显示miRNA有利于疾病和药物设计的发展，我们发现同样的家族总是拥有同样的发病机制和类似的工作机制，家族的研究一定程度上利于疾病和药物研究，我们提出了一种分层思想的家族预测方法，有效地预测miRNA的家族进而从PubMed中挖掘这个家族与一些疾病的关系。,特征提取方法：n-gram,miRNA一共有四种碱基（
4、A,C,G,U）,对于N-Gram我们使用N=1,2,3为了提取n-grams，用一个大小为n的滑动窗口在miRNA序列的5到3之间扫描，在序列上的每一个位置，被长度为n的滑动窗口覆盖的子序列都对应与一个n-gram，随着窗口移动，每一个遇到的n-gram的出现频率被记录下来。,用n-gram特征提取,分层预测,主要工作三介绍-miRNA家族分类,主要工作四介绍-miRNA物种差异,miRNA 的降解或翻译抑制, 对多种生物学过程起调控作用，在植物和动物中，miRNA 执行这种调控作用的机理却不尽相同。同时miRNA 在动植物体内的形成过程也存在很多的不同之处。,1）植物miRNA前体的茎环结
5、构更大、更复杂，大约是动物中的3 倍长。 2）加工方式不同 3）植物miRNA具有较高的进化保守性，因此，对植物miRNA 目标基因的预测要相对简单。,4）基因组上的存在位置不同。 5）植物miRNA长度多为21 nt，而动物miRNA长度多为2223 nt。 6）作用机制不同,主要工作四介绍-miRNA物种差异,主要工作四介绍-miRNA物种差异,在生物进化过程中，动、植物从最后的共同祖先分化后，各自miRNA基因的进化是彼此独立的。但miRNA依然普遍存在于动、植物中，从一定侧面证明了miRNA对于生物个体形成和发展具有重要的意义。,其他工作,其他工作,其他工作,毕业论文,实习,毕业提纲设
6、计,microRNA(miRNA )的研究是目前生物信息学领域最重要的课题之一，MicroRNA已经受到广泛的关注, 在2006年度诺贝尔生理学或医学奖就颁发给了小分子RNA的研究者。研究表明人类全部基因的三分之一都受到miRNA调控，miRNA重要的调控表达作用使越来越多的生物信息学研究人员致力于miRNA的预测，分类以及功能研究。本文从分析miRNA前体预测软件，家族分类以及不同种族miRNA功能差异分析出发，发掘最优miRNA前体预测分析软件，用最有软件预测前体miRNA，然后使用数据挖掘方法高效判定前体miRNA所属家族，最后对miRNA不同物种功能特性进行分析。,毕业提纲设计,（1）对从头计算的的microRNA识别方法，软件的基准比较。 （2）microRNA家族分类以研究其生物医学应用 （3）miRNA及其在不同物种中的差异,Thanks!,