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1、如何利用Internet 化学化工资源,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 （原化工冶金所）,如何利用网络化学化工资源？ (How to find Internet chemical information?),对象：信息资源 学科：化学相关 平台：Internet,获取的方法、工具,40个学时,内容提要,为什么？ 网络平台化学信息检索步骤 检索策略、文献管理工具EndNote 主要检索工具 主流工具及其工作原理、功能特点 全文获取及其发展趋势 主流期刊全文数据库、全文传递 Repository、Open access 其他全文：专利、学位论文、科技报告 小结,为什么？,信息获取贯穿科研工作的各
2、个环节 信息缺失的代价 信息时代 信息获取方式的改变 Internet 信息检索的机遇与挑战,为什么？,获取信息: R&D不可或缺、贯穿整个过程 选题 及方案制定 方向如何、可行否？ 做实验 (计算) 如何做？ 数据处理 如何处理？ 总结规律 结果如何？,信息获取和利用,为什么?,信息获取/分析是终身需要的基本技能 职业素养的培养 整体水平的差距 有 可利用资源的差距 有 交流渠道的差距 有 美国 经常性讲座 获取信息的习惯与意识的差距 ？ 日本, 澳大利亚,为什么？ - 信息缺失的代价,重复性研究 低水平 1960s, 美国，调研计算机用于信息检索, Lockheed Missiles an
3、d Space Company “ A common statement around Lockheed at the time was that it is usually easier, cheaper, and faster to redo scientific research than to determine whether it has been done previously” 灾难后果,Roger Summit, Reflections on Beginning of Dialog (1972-2002) The Birth of Online Information Acc
4、ess, June, 2002,信息灾难 2001年 2001年夏一位参加John Hopkins大学医疗哮喘研究项目的志愿者因吸入hexamethonium死亡. 文献数据库Pubmed: 1966 - Web Hexamethonium副作用报道 - 1950s 可检索文献数据库Toxline,Susan Feldman, The high cost of not finding information, KMWorld, Vol 13 (3), Mar. 2004,六甲铵 降血压,为什么？ - 信息缺失的代价,http:/www.zakon.org/robert/internet/tim
5、eline/,为什么？ - Internet的影响 (1969 - ),http:/www.zakon.org/robert/internet/timeline/,为什么？ - Web的影响 (1990 目前可用工具的基础),Chemistry on the Internet: The Library on Your Computer,Chemical Engineering,为什么？- 网络对专业信息获取的影响 Gary Wiggins, 1998 文章 我国1994正式接入互联网 我们开始建立ChIN, 1997,为什么？- 网络对科研方式的影响 JACS, 2003 社论 出版专著Int
6、ernet化学化工资源, 2000 我开课: 2001 -2003(所里), 2004 (研究生院),“电子化、互联网已经改变了科学研究的方式、研究成果传播方式、学生学习的方式”,Editorial, J. AM. CHEM. SOC. 2003, 125, p1-8,化学化工文献检索方式的改变,检索工具 CA, EI,原始文献 (纸介质) 期刊文章、专利、专著、报告、会议文集等 其他,原始文献 (纸介质 + 电子化) 期刊文章、专利、专著、 报告、会议文集等 其他各类Web信息,检索工具 CA, EI 门户 搜索引擎 数据库引擎,图书馆,图书馆,Internet (实验室),为什么：机遇与挑
7、战,(网络)信息资源的特点 Scattered No one knows what exists or where it is No single unified access point 信息检索的要求 Thoroughly (信息完整性 Internet, Yes, but) Critically (信息的仔细评估 ?) Timely (信息的及时性 Internet ) 如何获取 非常重要,2010: 网络化行为模式 碎片化的时代？ 注意力转移快？,如何利用Internet化学化工资源？,目标 掌握信息源基本知识 What information is accessible? 信息检索方
8、法与策略 How to retrieve it? 更多信息或求助来源 Ask for more info 运用Internet已有工具 传统文献源+网络检索 (完整性要求) 获取信息意识 观念 - 理性的态度 (facts),网络化学信息检索的基本步骤,明确信息需求 找什么？ 问题 模型化(主题/关键词、同行) 整理检索起点 已知什么？ 直接、简介 选择检索工具 信息源知识 设计检索策略 如何检索？ 结合(问题描述 + 工具功能) 评价检索结果 (个性化 复杂) 结果满意吗？ 新的线索,循环 满意！,检索 - 没有标准答案 检索结果 自我评价,信息检索的基本步骤,明确信息需求/整理检索起点 举
9、例 音乐之声插曲 - 雪绒花的歌词 (英语) 工具：Google， 可能的策略？(不讨论baiduMP3),已知：音乐之声 模型化：雪绒花 + 歌词 +英语 找不到! 挖掘线索：歌词 “small and white”或者歌名/歌词原文“Edelweiss” 注意：Edelweiss仅为一种植物，应该加限制条件，如Edelweiss + music (电影名称原文的一部分) 注意：早期例子，由于Google索引覆盖面扩大，结果不同了，思路供参考,为什么？,为什么？,Google是全文检索,Google是通用搜索 增加限制条件可锁定目标,信息检索的基本步骤,明确信息需求/整理检索起点 举例 一个
10、站点杂志及创办人 间接线索 线索: 访谈杂志，曾访谈“Wendy Warr” Google “wendy warr“得到访谈文章 从文章链接 Reports” 利用Google/ChIN检索“”或 直接利用域名到杂志站点得知期刊创办人为”David Bradley”,为什么？,Google是 全文检索,信息检索的基本步骤,明确信息需求/整理检索起点 举例 院士张春霆研究组的网页 线索：天津大学、生物信息学、张春霆 线索：Zcurve方法 Google “张春霆”、“生物信息学” “天津大学” No Google “Zcurve” 学生网页Link to 张group 注意：早期例子，由于Goo
11、gle索引覆盖面扩大，结果不同了，思路供参考,信息检索的基本步骤,科研项目信息检索的起点 建议 课题组原有的积累 (工作+文献) Review文章 近期的文章 经典文章 引用,相关术语 检索关键词 同行及课题组 学术会议、论坛,检索步骤：选择检索工具 - 信息源知识的重要性 一公司合成出某化学品、欲知其分析方法及物性 (2010) 网络：找到一部分，无法得出严谨的结论 所里可用的信息源受限制 线索：清华有SciFinder (美国化学文摘CA) SciFinder上不去 - busy 意外发现另一个工具可用 CrossFire (Beilstein有机合成手册、Gmelin手册) 结果：Cro
12、ssFire给出了系统的结果,信息源知识的重要性 需要积累 了解科学院、研究所订阅情况 方法：检索CSDL、“查看具体研究所” 了解各种可能的来源 图书馆/ ChIN 免费资源 馆际互借 文献传递 互相帮忙 论坛、其他求助,检索步骤 设计检索策略的重要性 举例 从NSFC检索与Internet有关的资助项目 检索输入：“Internet”,检索步骤 设计检索策略的重要性 举例 从NSFC检索与Internet有关的资助项目 检索输入：“Internet” (猜测检索字段：项目名称),检索步骤 设计检索策略的重要性 举例 从NSFC检索与Internet有关的资助项目 检索输入：“互联网”,检索
13、步骤 设计检索策略的重要性 举例 从NSFC检索与Internet有关的资助项目 术语规范化 影响检索准确性的基本问题 Synonymy (一义多词、多形态) Polysemy (一词多义),文献数据库 信息加工水平的标志 是否有可控词库(主题词表)？ 是否有叙词表？,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,检索步骤 设计检索策略的重要性 举例,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,检索步骤 设计检索策略的重要性 举例,观察检索结果标题 “分析”相关术语： “测定” “显色反应” ,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,检索步骤 设计检索策略的重要性 举例,检
14、索步骤 检索策略优化 合适的检索工具 利用检索工具的主题词表、索引 例如EI browse indexes 关键词(术语)的优化 检索字段调整、优化 扩大检索范围： 标题(TI) 主题词 (subject/keywords/CV),李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,化学化工文献检索流程 (3步),原始文献 (纸介质 + 电子化) 期刊文章、专利、专著、 报告、会议文集等 其他各类Web信息,(Web)检索工具 摘要库 (CA, EI) 门户 搜索引擎 数据库引擎,Internet,检索结果保存 复印、打印 文献管理工具,文献管理工具,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9
15、,文献管理工具,EndNote (中科院统一订阅) Reference Manager ProCite Thomson ResearchSoft 1000种文献格式,Niles Software Research Information Systems (RIS),李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,文献管理工具 建立自己的文献数据库,导入 参考文献信息 手工 检索结果文件 - 自动导入 在线检索 - 直接自动导入 导出 论文参考文献插入与格式自动生成 EndNote - WORD (论文写作) 投国际期刊、论文修改 EndNote内置其文献格式,李晓霞 中国科学院过程工程研究所
16、2013.4,EndNote 建立自己的文献数据库,信息检索结果评价 估计,相关文档 (Rel) 应该得到的 检索结果 (Retr) 所得到的 查全率 (Recall) 查准率 (Precision),Retr,Rel,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,主要检索工具 - 类型 (Index),文献数据库(Web) 摘要库 学科资源导航(信息源知识) ChIN: http:/ 资源搜索引擎 通用：Google, 百度 科技搜索：SciRus, Google Scholar 化学专业：Pubchem, （我们）,期刊文章、专利、专著、 学位论文、报告等,Web信息,系统,部分,李晓霞
17、 中国科学院过程工程研究所 2007.9,主要检索工具：文献摘要库 平台,在线系统STN、Dialog、QuestelOrbit 联机系统(online service, 1972 - ) 磁带 (1967 ) 光盘 (正在消亡) Internet：基于Web的摘要数据库 ( 1995 -),文献摘要数据库 bibliographic database,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,文摘数据库 (各有特色、互有重叠) CA (Chemical Abstracts, SciFinder) 化学 EI (Engineering Village 2) 化学化工 15% Curren
18、t Contents - ISI Web of Knowledge 多学科、全文链接 * CSA (剑桥科学文摘) 材料 BIOSIS PubMed 医学(免费) 重庆维普中文科技期刊全文数据库, CNKI, NSTL (面向全国) 其他,主要检索工具：文献摘要库,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,文摘数据库 会议录ISTP - ISI Web of Knowledge PQDT.B学位论文数据库 Dewent世界专利索引 - ISI Web of Knowledge 免费专利检索 (USPTO、世界各国专利espcenet等) 美国科技报告检索 (NTIS等) 其他,主要检索工
19、具：文献摘要库,趋势：文献摘要数据库 对应的全文链接 并不意味着：摘要库与全文库是同一个库,文献摘要数据库 工作原理及检索功能,文献数据库检索 文献著录信息 - 数据库 (类似图书馆卡片) 经过人加工、格式规范 可检索字段 Title, Author, Keywords 原理：检索式 = (匹配) 被检索字段值 检索结果 组合检索 布尔代数 检索结果子集 逻辑运算 运算符：AND, OR, NOT AND (intersection) 交集 OR (union) 并集 NOT (complement) 补集,推荐： 高级检索,索引 - 关系数据库,检索策略比较： 检索式：“EI”? OK, 结
20、果较多 检索式：“Village”? better! 检索式：“工程索引” ? No!,文献摘要数据库检索,组合检索 布尔代数 举例 检索结果子集 逻辑运算 运算符：AND, OR, NOT 例如：我们组的化合物搜索引擎的组合检索功能 () 逐步增加检索条件 - 供应商(中文名称 ) 检索：苏州生物制药方面的公司,高级检索 细化,文献摘要数据库检索,组合检索 布尔代数 举例 检索结果子集 逻辑运算 运算符：AND, OR, NOT 例如：我们组的化合物搜索引擎的组合检索功能 () 逐步增加检索条件 - 产品(中文名称 +分子式),文献摘要数据库检索,组合检索 布尔代数 为什么能够检索？ 经过人
21、的组织、加工 数据库管理,文献摘要数据库检索,组合检索 主流数据库基本功能,信息检索基本问题,有效交流 - 相同的语言 检索 (匹配) 一致表达 Polysemy (一词多义) 同一个词有不同的含义, e.g. “扩散” 社会学里：“内部传达，不要扩散” - 传播、流传 健康领域：癌症：“扩散”- 转移 化学：分子/离子在一相分散的过程，从浓度高向低 Synonymy (一义多词) 同一个概念用不同的 词表达 (习惯),文献数据库加工、格式规范,文章索引标准化 - standardized terminology 受控词表 文献数据库规范化术语索引 (防漏检) Controlled Vocab
22、ularies / Controlled Terms 如：主题词表(subject headings) 叙词表 (Thesauri) 以自己熟悉的词为起点 词之间的关系 缩小、扩大概念范围 相关词汇,文献摘要数据库加工 - 受控词表,受控词表 Controlled Vocabularies / Controlled Terms,文献摘要数据库加工 - Stemming,术语规范化 不同词性/形式 词根(stem) 检索工具：打开或关闭stemming,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2012,ISI Current Contents Connect检索 检索结果分析 例：Data minin
23、g + 化学领域 如果TI/TS=(data mining), 按领域分析 (结果页右侧上方图标) CC CLASSIC SEARCH TI=(data mining) DIS=(chem*) 结果分析 (国家, 2010无此字段选项，2011有),文献摘要数据库 分析功能 (策略优化依据),ISI Current Contents Connect,检索结果分析 时间限制：2009,ISI Current Contents Connect,检索结果分析 引文报告(2013),检索步骤 检索策略优化 合适的检索工具 推荐检索模式：高级检索 (更好地描述检索策略) 利用检索工具的主题词表、索引 例
24、如EI browse indexes 关键词(术语)的优化 检索字段调整、优化 扩大检索范围： 标题(TI) 主题词 (subject/keywords/CV) 容易重名的字段(缩写加重这一问题，例：Web of Knowledge) 作者名 作者单位名,李晓霞,中国科学院过程工程所 2013,通用资源搜索引擎 Google、百度(中文杂项) 科学搜索引擎 Scirus, Google Scholar, Google Books 百科全书(科技)：wiki 化学化工专业搜索引擎 文本搜索：C 化合物数据搜索： PubChem, eMolecule (Chmoogle), ChemSpider
25、ChemDB Portal (我们：),主要检索工具：搜索引擎,可检索词 文档中的所有词 (every word) 文档未经过人工加工 (文献数据库 人加工) 计算机 文本规范性处理建索引 停用词过滤 (a, the, we, chemistry?) 词干归一化(stemming) 检索结果的打分、排序 例如：词频统计 检索结果 太多 高级检索 检索策略,Google是通用搜索 增加限制条件可锁定目标 例：Edelweiss + music,主要检索工具：搜索引擎 检索 全文检索,李晓霞,中国科学院过程工程所 2013,ChIN 国内权威、国际承认 (since 1997) 化学信息源知识 帮
26、助选择不同类型工具 本身也是一个精选资源检索工具,主要检索工具：导航 系统(门户),61,日本同行建立了ChIN的日文版(2008 -),化学信息检索工作原理及功能,工具类型：化学数据库 化学结构检索 化学结构 (1D, 2D, 3D) 1D SMILES, InChI (New): 检索途径 2D MOL, RDF, : 检索途径 3D MOL, PDB, CIF (几何优化) 应用：3D构象搜索、优化 - 药物设计、分子模拟 目前国际化学数据库发展趋势：2D结构的检索 全结构(exact match) 唯一 子结构 (substructure) 相似性检索 基于fingerprint 举例
27、：我们的化合物搜索引擎 举例：Web of Knowledge的化学模块,1D 2D结构 可互相转化,化学结构 的组合检索,数值型数据库,NIST：Chemistry WebBook,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,70,Internet化学化工数据库,举例： 从NIST Chemistry WebBook检索苯的数据 数据全 (物化性质、谱图、基元反应等),李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,全文获取及趋势,一次文献类型及其所占比例,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Internet化学化工电子期刊进展,电子期刊全文 (文本 No Eqs.,
28、Graphs) Journal of Medicinal Chemistry, 1000篇文章, 试用, 1980 16种ACS期刊全文通过BRS在线, 1982 ACS期刊全文上线STN, 1983 1986 RSC, Elsevier, John Wiley , 1983 1986,STN - 1995 美国化学会ACS: 19种 英国化学会RSC: 10种 Elsevier: 4种 Wiley: 5种,Before Internet,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2012.10,基于Web电子期刊全文,Science AAAS, HighWire 1995 - ScienceDire
29、ct Elsevier 1997 1100 journals 1800 journals STM (科学、技术、医学) ACS journals - 美国化学会 1997 免费试用 1998 收费服务 InterScience John Wiley (400) SpringerLink (1600),1994我国加入Internet Netscape beta 版,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Internet化学化工电子期刊进展,基于Web的期刊电子化 Science 1995 - 整个刊物的电子化 (backfiles) 美国物理学会 美国化学会 - 2002 (200
30、0秋季宣布) 1879 - 1997 英国皇家化学会 - (2003春季宣布) 1841 - 1996 Elsevier - (2004.7宣布完成, 3年) John Wiley (2004.11, 完成11种期刊),83%科技期刊已上网 Accounts of Chemical Research, 37(3), 2004,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2012.10,CSDL订阅的电子期刊全文库,ScienceDirect Elsevier (1800) Wiley-Balckwell online library (2011- ) Wiley InterScience John Wi
31、ley (400) Blackwell Synergy SpringerLink Springer (1600) ACS journals - 美国化学会 (30) RSC journals 英国皇家化学会 (30) Nature, Science CNKI 国内中文科技期刊 (8000) 重庆维普 中文科技期刊 (7953) More?,查看CSDL,摘要检索工具(EI, Web of Knowledge) 检索摘要的范围囊括了这些全文库 +其他出版商的期刊 出版商的全文库 均有自己的检索引擎,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Internet化学化工电子期刊 附加数据,举例
32、：E. J. Corey发表2002年在JACS上的一篇论文附带的数据 Ref: JACS, 124(27), 7904- 7905 步骤 从ChIN定位到ACS期刊检索页 直接定位文章 / 通过检索定位文章 下载附带数据: 点击、另存 (.cif) 下载Viewer: Rasmol (课件) 观看数据,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,详细的实验过程 更完整的数据,ACS期刊: 附带数据 课件：ACS-corey-supporting-info-2002.cif RasMol: raswin-272.exe,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2012.10,Open Acce
33、ss (开放获取),“journals that use a funding model that does not charge readers or their institutions for access. - DOAJ.ORG,Demo,网络期刊的影响 出版商,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Open Access BioMed Central Publication is the last phase of Research process 作者交出版费 (科研经费的一部分) 同行评审 标准 130种期刊 (2005.11) ISI, Scopus, Google
34、 Scholar 免费全文,网络期刊的影响 出版商,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Open Access BioMed Central,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Open Access BioMed Central,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2013.,Open Access 美国2013 (文章发表1年后免费),李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Open Access Chemistry Central,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Repository PubMed Central NCBI, NLM,
35、 NIH 永久保藏 213种期刊 (2005.11) 版权仍属于原出版者 NIH资助项目：作者提交文章 免费全文,网络期刊的影响 信息服务者,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Repository PubMed Central,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,Repository PubMed Central,Demo,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2012.10,网络期刊的影响 读者,获取一篇文章的全文 过去 检索工具,图书馆书架(字母序)、全文传递服务 现在(1995 -) 摘要检索工具(Web of Knowledge) - 期刊出版者网站 检索 全
36、文 (无缝) 出版商摘要检索工具 全文 (无缝) (Scirus, SciVerse) 图书馆摘要检索工具(图书馆收藏目录) 全文 (NSTL、CSDL全文传递) 搜索引擎 全文 (无缝, 作者网页) 搜索引擎 全文 (无缝, 作者单位网页) 检索工具 全文 (无缝, Repository),李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,期刊文章全文获取,中国科学院订阅的期刊全文 CSDL 是否全院订阅、是否所里订阅? 文章是否在订阅库的覆盖范围？ 是否已经电子化？ 免费途径 全文传递 ( - 1995, 早期文献) 全国期刊联合目录 NSTL 其他 向作者索要,李晓霞 中国科学院过程工程
37、研究所 2007.10,引用与研究者影响,科学家访谈：2008年之后在sciencewatch,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,引用与研究者影响,热门文章：2008年之前在in-cites,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,引用与研究者影响 更早访谈,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,世界主要国家专利全文数据库,欧洲专利局espcenet (2011 V.5) 世界专利检索 免费 Coverage (60个国家、时间) 整篇专利下载、利用同族专利选择合适语种阅读 检索功能 专利号码 专利分类 高级检索 快速检索 检索历史 (2011, 需要在s
38、etting中打开) 、导出结果 教程 espcenet assistant http:/www.european-patent-office.org/wbt/espacenet/assistant.php,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.10,中国专利,国家知识产权局 - 专利公告 国家知识产权局 - 专利全文数据库 图像全文 专用插件、 逐页下载 专利法律状态 中国知识产权网 专利全文 (整篇下载) 法律状态专题库 例如：无效专利的利用,李晓霞，中国科学院过程工程研究所, 2009.8,Internet化学化工资源检索工具,博硕士学位论文库全文获取 美国UMI公司 ProQue
39、st 博士论文PDF全文中国集团联盟 全文：1998 - 检索结果 大大少于PQDT-B 先检索摘要库，拿到具体目标后，看全文是否存在 可使用浏览方式 分辨率有限,学位论文库全文ProQuest - 2012,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,Internet化学化工资源检索工具,美国政府科技报告 未经评审、详细数据、解密 DE报告 (DOE，能源) - NASA报告 (航天) - NTRS AD报告 (国防) - SCINET PB (综合) - NTIS,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,Internet化学化工资源检索工具,PB报告 (综合) NTIS (部分
40、全文免费) PB (Ofiice of the Publication Board, Department of Commerce) 40年代(10万号之前) 德、日、意、奥, 1500吨 50年代 政府科技报告部分国外 NTIS 中心数据库 (AD, PB, DOE, NASA) 1990 http:/www.ntis.gov/,李晓霞 中国科学院过程工程研究所 2007.9,Internet化学化工资源检索 求助途径,科图 学科馆员 NSTL 在线咨询,内容小结,网络平台化学信息检索步骤 检索策略、文献管理工具EndNote 主要检索工具 主流工具及其工作原理、功能特点 全文获取及其发展趋势 主流期刊全文数据库、全文传递 Repository、Open access 其他全文：专利、学位论文、科技报告 信息源知识 ChIN,ChIN: http:/,谢 谢！,