核磁处理软件5.ppt

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1、MestreC WINNMR,核磁处理软件,核磁数据处理软件 有:NUTS、MestRe-C、Gifa等; NUTS可以处理一维及二维核磁数据,其功能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作软件的功能;其演示版在http:/下载,MestRe-C为处理一维二维核磁数据的免费软件,功能完善。其最新版本为2.3,有兴趣可在 http:/qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html处查看有关信息即下载;或所内网站上下载; Gifa可以处理一至三维核磁数据,为运行在LINUX操作系统中X-Window上的免费软件,有关信息可查看

2、http:/www.cbs.univmontp1.fr/GIFA,核磁处理软件,MestreC,软件安装,从ftp上下载软件,安装完毕后,将crack软件解压缩后将其拷贝到安装程序所在文件夹,覆盖原文件即可,获取核磁数据,软件本身带有一个ftp客户端软件 可以从网络下载数据,打开已经下载的数据,软件可以自动识别核磁数据的格式(不同仪器产生的数据格式不同) 对于所有的仪器,原始的核磁数据文件名为fid 对于bruker仪器产生的数据,因其可以保存处理好的数据,可由Mestre-C软件直接打开,文件名1D为 1r,2D为 2rr,核磁数据的目录结构,Bruker仪器: 文件名编号,原始数据存储在这

3、个文件夹中 Fileopen文件所存盘文件名样品编号pdata处理编号文件类型(all files)文件名1D为 1r,2D为 2rr ,处理过的数据存储在这个文件夹中,一维数据处理的步骤,打开原始数据文件 fid文件,是一个递减的波形文件 进行傅立叶变换,设置参数,最重要的是set functions中的第一个参数(窗函数) 调整相位 基线校正 积分,定标,标记化学位移等,谱图处理设置窗函数,单击ft按钮,在对话框中点击set function(s) 在打开的对话框中,修改exponentia的值 缺省是0.5Hz,增加此项数值将会是峰型变宽,但可消除裂分,相位校正,可选择自动相位校正 如果

4、效果不好,可使用手动校正 点击手动相位校正按钮 在对话框中点击biggest按钮 在对话框中间部分按住鼠标左键,调整最高峰附近的峰的相位 在对话框中间部分按住鼠标右键,调整远离最高峰的其他峰的相位 调到峰行对称,基线校正,点击工具按钮上基线校正按钮,在菜单中选择full auto即可,核磁画图,可以不做以上操作直接进入图谱按以下操作 进行图谱处理。,1D处理 标记峰 定标 积分 谱图显示 2D处理,标记峰,找出变换好的图谱路径如下: Fileopen文件所存盘文件名样品编号pdata文件类型(所有文件all files)文件名1D为 1r,2D为 2rr 1D点击Peak Picking按钮,

5、使用鼠标在谱图中进行标记,点击Peak Picking按钮,使用鼠标选中(框住)在谱图中进行标记,化学位移保留小数点后位: options/properties/peak pick/decimal,测试参数显示双击鼠标左键跳出对话框选择show spectrum parameter/ok上面有仪器频率,定标,如果化学位移出现偏差,可使用工具条上标 有TMS的按钮进行定标: 单击TMS按钮,鼠标指针变为十字型 在标准峰上单击鼠标 在弹出的对话框中输入化学位移值,积分,点击积分按钮,使用鼠标进行积分 可使用自动积分 积分值可以到出到文件,点击积分按钮,按住鼠标左键拉动进行积分,用鼠标双击某一积分面

6、积跳出对话框把它定为1对积分面积进行调整,后copy到word,鼠标拉倒边框处,点右键对边框进行调整,谱图显示,可使用工具按钮上有关谱图显示的按钮进行谱图放大,缩小等操作,Mestre-C有关参数的设置,窗口背景,optionsseting 谱图参数,optionsproperties 找出变换好的图谱路径如下: Fileopen文件所存盘文件名样品编号pdata文件类型(所有文件all files)文件名1D为 1r,2D为 2rr,2D 处理,2D粘贴1D:从上面图标上点击setup 1D Traces 再从跳出的 对话框中点击lead from disk选择1D查找范围,样品所在, 样品

7、名,图谱编号pdat/1r双击。,调整1D:如图按左边对话进行调整。,选中1D上边(或左边),双击鼠标左键跳出对话框用箭头调整1D,2D校正:advance/ shift spectrum vector/ points to 增减。 添加方框线:options/ setting/ gride. 选为黑色,画图:选择从上面图标上点击红色方框,再从跳出的对话 框中点击红色方框图旁边的第二个圆圈图。,2D去边框: 粘贴好1D后,选中1D上边(或左边),点击鼠标右键/properties/set/none/ok/apply/ok,2D去边框: 粘贴好1D后,选中1D上边(或左边),点击鼠标右/prop

8、erties/set/none/ok/apply/ok NOESY, QC需要照以下路径操作: 界面左边lev/negative 调为(),C 和DEPT,依次打开C和 DEPT; 将C谱取峰,校正,确定C谱范围; 将DEPT打开,并确定成与C谱相同范围 将C谱复制edit/copy spectrum 在打开的DEPT中将复制的C谱粘贴 在工具栏stack 随后通过工具栏“左右居”中将两张谱对齐 以下操作类推即可,此时需用edit/select all spectrum 工具选择所用图谱,然后再copy,分别打开13和dept,固定化学位移路径如下,view/zoom/manual zoom,

9、取消纵坐标,击鼠标右击properties/vertical scale/ 选择show scale,取消dept中的横坐标和纵坐标,击鼠标右击properties/vertical scale (horz scale)/ 选择show scale,取消dept中的边界线,击鼠标右击properties/spectrum/spectrum borders/set/none/ok,将C谱复制edit/copy spectrum在新打开文件中,再把DEPT复制至其中,拉动边框使其左右对齐,,做好的13C dept,核磁处理软件,WINNMR,网络版WINNMR软件,从ftp上下载该软件 在安装界面

10、中选择安装: WINNMR 1D:1D Post processing WINNMR 2D:2D Post processing WIBu key 2.52asoftware protection 安装完后在c:windowsd2nmr.init中加入 settings Network=1 Nethasp=1,网络版WINNMR软件,此软件对1D谱放大及DEPT画图较好。 找出变换好的图谱路径如下: Fileopen文件所存盘文件名样品编号1D为1r,2D为 2rr点开 1D点击Peak Picking按钮,使用鼠标在谱图中进行标记 添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参数/sho

11、w select/ok,标记峰 图谱路径如下analysis/peapking/pc/ok;点击对图谱调整添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参数。,analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所 需的峰/return analysis/Calibration/calibraic/return analysis/integration/点击积分按钮,使用鼠标左键右键把光标放到最小的峰上进行积分/return/yes 打印output/printer set up/set up/布局/横向/确定/ok (此设置好后即可),标峰、校准及积分路径如下:,调

12、整图谱,点击左边preview 鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠标左键选中参数栏,将其拖到图谱右边。 鼠标左键选中图谱,向上下、左右拉动边框,用鼠标点击*2/2调整图谱峰高。,打印: 点击preview/yes 选中参数把参数拖到适当位置print or edit/copy到word,点击界面左上角nmr zoom 进行放大,C 和DEPT,按照氢谱做法打开碳谱,进行校准标峰后点击preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和xstop化学位移固定,把颜色改为黑色点击ok,再file/save metafile/确定/yes储存,return。 照上述操作打开dept/previ

13、ew/调整图谱放在中间,删除参数,双击取消axis、fram ,选定star、stop/ok/在file/open metafile/确定 调整13C/save metafile/确定/yes,Fileopen文件所存盘文件名碳谱编号1r analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所需的峰,点击preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和xstop化学位移固定,固定谱宽化学位移,鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠标左键选中参数栏,将其拖到图谱右边。鼠标左键选中图谱,向下拉动上边边框,缩小到页面1/3处,用鼠标点击*2/2调整图谱峰高。,鼠标,照上

14、述操作打开dept/preview/调整图谱放在中间,删除参数,双击取消axis、fram ,选定star、stop固定化学位移/ok/在file/open metafile/确定 调整dept/save metafile/确定/yes,*2/2调整谱峰度,拉大、缩小边框,选中取消,照上述操作打开dept135/preview重复上述操作/open metafile/确定 调整13C/print or copy到,2D处理,找出变换好的图谱路径如下: Fileopen文件所存盘文件名样品编号2rr 粘贴1r图谱路径如下: Utilities/f1-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样品编

15、号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept Utilities/f2-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样品编号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept,可以拉大边框对图谱大小调整,拉后要选中上边和左边的1D调整,点击右面automatic factor改为2调整画面。,放大图谱只要用鼠标框中2D在点击鼠标左右键,然后分别用鼠标点击上边和左边的1D调整,通过点击一边把一边变为灰色,另一边变为蓝色进行调整(灰色不变,蓝色变)。,打印要把右面colors设置为黑色,对于2D(hsqc、roesy)需要点击左上角/对正负面选择恰当的一面进行处理。下图为点击/前,处理前图谱不理想,处理后较好图谱,下图为点击/后,打印设置,要把打印output/printer set up/set up/布局/横向/确定/ok (一此设置好后即可)或者在preview里面output/printer set up/set up/布局/横向/ok (一此设置好后即可) 要点击colors/monochrom变为黑色,MestreC软件对2D图谱处理较为方便。 网络版WINNMR软件对1D图谱处理较为方便,特别适用DEPT图谱的处理,该软件只 能在所内区域网上使用。,

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