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1、周文琦 中南大学医药信息系,2012.10.17,英文医学数据库检索,2,主要内容,重要外文检索系统及其获取 Pubmed文献检索系统 Elsevier: ScienceDirect,引文检索,一、重要外文检索系统及获取,5,外文文摘数据库 MEDLINE/Pubmed、EMBASE、SciFinder Scholar、BioSIS Previews、Engineering Village、Dialog 外文全文数据库 OVID Full Text、EBSCOhost、Elsevier:Sciencedirect 、SpringLink、ProQues Medical Library、Kluw
2、er Online Journals、OCLC FirstSearch,外文检索系统,6,中南大学医学图书馆外文数据库资源,7,中南大学校本部图书馆外文数据库（部分）,8,公共网可获取外文文献数据库,Pubmed文献检索系统 www.pubmed.gov (文摘，部分全文） 2. Google学术论文检索：(文摘，中外文，部分全文） 3. Scirus科学搜索引擎 (文摘）,引文检索,二、 Pubmed文献检索系统,1.PubMed概述,什么是PubMed？ PubMed的收录范围 PubMed的记录来源 PubMed的常用字段 PubMed的界面结构,12,什么是PubMed? www.p
3、ubmed.gov,PubMed的收录范围,MEDLINE收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据。 部分文献可直接获取全文，包括： PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Access，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epub ahead of print（先于印刷版期刊发表的电子文献）或Epub,PubMed的记录来源,Medline：PubMed主体部分。 PubMed-indexed for MEDLINE Publisher sup
4、plied citations：出版商通过电子方式提交的且还没有进入到In-process阶段的最新医学文献；2003年底之前进入PubMed但没有被Medline收录的期刊文献或该篇文献出版之后其期刊才被Medline收录。 PubMed-as supplied by publisher In-process citations： 尚未进行MeSH主题词标引的最新文献； PubMed-in Process PubMed：受NIH资助项目的作者因遵循“NIH Public Access”向PMC提交的论文手稿；其所在期刊未被MEDLINE收录，但出版商因该文献需遵循“NIH Public Ac
5、cess”而提交给PMC的文献；选择性收录非MEDLINE收录的文献。 PubMed OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献。 PubMed-OLDMEDLINE,记录标识（1）,PubMed indexed for Medline,PubMed - in process, PubMed - as supplied by publisher,记录标识（2）,PubMed - OLDMEDLINE,PubMed,PubMed记录的主要字段,字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors
6、 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number,字段标识：字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title
7、TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/Abstract,PubMed界面的结构,高级检索,基本检索,20,2.PubMed的基本检索,自动词语匹配功能:智能检索 强制检索 使用 “ ” - 截词检索 使用* 字段限定检索 主题检索 作者检索 期刊检索 布尔逻辑检索,检索词,Mesh转换表,期刊名转换表,作者索引表,经过转换后的检索式,Pubmed系统进行检索,Details分析,21,作者姓名转换表,PubMed的基本检索之一,自动词语匹配功能,自动词语匹配应用例1,检索“肝纤维
8、化与P53基因关系的文献” 分析相关概念：肝纤维 p53基因 确定英文关键词： 肝纤维化liver fibrosis P53基因p53 gene,Step1: 输入提问式,Step2:获取检索结果,解读检索式,(“liver cirrhosis“MeSH Terms OR (“liver“All Fields AND “cirrhosis“All Fields) OR “liver cirrhosis“All Fields OR (“liver“All Fields AND “fibrosis“All Fields) OR “liver fibrosis“All Fields) AND (“g
9、enes, p53“MeSH Terms OR (“genes“All Fields AND “p53“All Fields) OR “p53 genes“All Fields OR (“p53“All Fields AND “gene“All Fields) OR “p53 gene“All Fields),26,细化检索式,(“liver cirrhosis“MeSH Terms) AND (“genes, p53“MeSH Terms),调整后重新检索,28,检索结果显示,PubMed检索结果显示默认为Summary格式。,题名,作者,出处,相关文献链接,相关文献链接按相关性排序,检索结
10、果显示格式转换,检索结果保存及输出,自动词语匹配应用例2,35,Q：如何查找“治疗鼻咽癌的新突破”网页文章的原始文献来源？,Yi-xin zeng chromosome 4,zeng yxAuthor AND (“chromosomes, human, pair 4“MeSH Terms OR “chromosome 4“All Fields),来源,题名,作者,作者单位,获取全文,40,Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索式。 有较好的查全率，同时保证一定的查准率。 下列情形不进行自动词语匹配 截词检索,如bacter* 短语检索,如“kidney allograft
11、” 破折号时,如kidney-allograft History检索,如#1 AND # 字段检索,如toothacheti,问题？,Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能？ 例如：单细胞 Single cell,41,自动词语匹配,42,？,强制检索,检索词加上“ ”, -进行强制检索 系统不进行自动词语匹配，不扩展检索 single cell 直接输入 “single cell“ 或者 single-cell,43,PubMed的基本检索之二,强制检索,44,PubMed的基本检索之三,截词检索 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，提高查全率：截词符“*”可代表多个字符，将*加在检
12、索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacteria, bacteremia, bacteriophage等词。截词检索时，系统会关闭自动词语匹配功能。,45,PubMed的基本检索之三：截词检索,PubMed的基本检索之四,字段限定检索 PubMed字段限定检索的格式是： 检索词字段标识符。字段限定检索可提高查准率。 如：aspirinti ；brain stem infarctions/drug therapymajr；neoplasms mh:noexp ； Clin Infect Dista；smith abau；zhongshan hospital
13、ad；2008:2010 dp 。,作者检索 在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索。 例如， 检索Bonnie W. Ramsey撰写的有关“囊性纤维化基因治疗”的文献，在输入框中输入： cystic fibrosis gene therapy ramsey bw 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母。 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索。 例如，输入Smith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献。,PubMed的基本检索之五,48,为提高查准率，可将著者与
14、著者单位、主题等信息结合起来检索。 2002年起，Medline在同时采用结合缩写与全称两种方式来处理作者姓名，作者姓名缩写放入AU字段，全称放入FAU字段。例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。 西文检索工具对中国人名的处理较混乱。如Xia Jia-hui文献可能被分散在“Xia JH”及“ Xia J”下面，检索时需综合考虑，尽可能查全。 也可利用高级检索中的下拉式菜单选择作者字段进行作者检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au。,49,PubMed的基本
15、检索之五：作者检索,50,PubMed的基本检索之五：作者检索,期刊检索 在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文献： 刊名全称：如the American Journal of Pathology 标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol 期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号 当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检索。例如Gene Therapy、Science、Cell，为避免误检，可采用刊名字段限定检索。 如Cell transplantationTA可检索出在期刊Cell transplant
16、ation 被PubMed收录的所有文献 利用PubMed的Journals Database可查找期刊的详细信息,PubMed的基本检索之六,52,PubMed的基本检索之六：期刊检索,53,PubMed的基本检索之六：期刊检索,54,PubMed的基本检索之七 逻辑组配检索,PubMed支持逻辑算符AND、OR、NOT的组配检索，逻辑运算符前后都要有一个空格。不输入默认为AND，如 t regulatory cells systemic lupus erythematosus t regulatory cells and systemic lupus erythematosus,56,Fi
17、nd citations on DNA that were authored by Dr. Crick in 1993 Find citations on the effects of heat or humidity on multiple sclerosis Find citations about arthritis excluding the Publication Type Letter,dna mh AND crick au AND 1993 dp,(heat OR humidity) AND multiple sclerosis,arthritis NOT letter pt,P
18、ubmed对检索式的运算自左至右 common cold AND (vitamin c OR zinc)vitamin c OR zinc AND common cold,3.限定检索,检索举例:某儿科医生欲了解临床核心期刊中最近5年关于儿童地中海贫血方面的随机对照临床试验（RCT）文献。,60,4.高级检索,Search builder,Search history,限定字段检索,浏览索引选词,检索史（Search History）,点击Search History，显示检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数 保存检索策略，检索史最多保留8小时 修改检索策略,例：查找“泰素
19、治疗肺癌和肝癌”的文献,67,5.使用主题词检索PubMed MeSH Database,MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率 主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索（点选Do Not Explode this term则不进行扩检） 应用Major Topic（主要主题词）检索，可以使检索结果更加准确 注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文献，不检索PubMed其他来源的文献（包括in-process， supp
20、lied by publisher, OLDMEDLINE等）,68,例1：查找“泰素治疗肝癌”方面的文献,69,方法 一,点击MeSH Database，进入主题词检索界面在检索提问框内输入liver cancer, 点击Search按钮,71,返回相应的主题词选项。,反馈检索结果。 找到了相匹配 的主题词,选中Liver Neoplasms，选择逻辑符AND，点击Add to search builder.,输入第二个检索词taxol，点击Search PubMed,选中Paclitaxel，点击Add to search builder，再点击Search PubMed.,系统返回检索结
21、果,思考：用基本检索呢？,检索结果为什么会有区别呢？,78,方法 二 ?,利用History功能。,80,例2：近5年来有关“空气污染与肺癌流行病学”方面的文献。,81,点击MeSH Database，进入主题词检索界面在检索提问框内输入air pollution, 点击Search按钮,选中air pollution,点击Add to search builder，选择AND,输入第二个检索词lung cancer，点击Search PubMed,返回相应的主题词选项，点击Lung Neoplasms下的超链,到达Lung Neoplasms的详细信息页面,详细信息页面,详细信息页面,选择相
22、应的副主题词epidemiology，选择逻辑符AND,点击Add to search builder，再点击Search PubMed,系统返回检索结果,作时间限定后，系统返回125条记录,处于激活状态的检索限定,92,通过MeSH Database检索，要注意以下几点： 当一个课题含有多个主题词时，在MeSH Database中的操作往往需要重复多次。根据需要来选择正确的逻辑符，以便与下一次的主题词进行相应的逻辑关系组配。也可以先用一个一个主题词单独检索，然后进入History，利用检索式序号对多个主题词进行逻辑组配； 进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有
23、更加合适的主题词； 同时选多个副主题时，其间的逻辑关系是OR； 系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要进行下位词扩检，选Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy； 通过MeSH Database检索，查不到PreMedline和OldMedline中的记录。,6. PubMed个性化检索,Journals in NCBI database：期刊检索 Single Citation Matcher：查找某篇文献准确信息 Batch Citation Matcher：批量核对文献信息 Clinical
24、 Queries：专供查找临床信息 Topic-Specific Queries：供查找专题文献信息,(1)Journals in NCBI database,例：查看JAMA的信息并检索JAMA中发表的论文情况。,97,获取JAMA相关信息,98,检索JAMA期刊上的文献,99,How do I find a specific citation? I have some information such as the author, journal name and the year the article was published.,举例,查找夏家辉教授发表在“Nat Genet，199
25、8；20（4）：370-3”的关于神经性耳聋基因的论文及相关信息,（2）Single Citation Matcher,输入已知条件,显示结果,104,（3）Batch Citation Matcher,105,（4）Clinical Queries临床文献查询,临床询问和系统综述。点击“Clinical Queries”进入。 是一个专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服务，按临床问题分类检索。有以下三个方面的检索：,106,Search by Clinical Study Category： 供查询疾病的therapy(治疗)、diagnosis(诊断)、etiology(病因)、 p
26、rognosis (预后)和clinical prediction guides （临床预报指南）五个方面的文献。选项“broad, sensitive search” 和“narrow, specific search”称为检索过滤器(Search Filter)，用来表示倾向查全还是查准。 Systematic Reviews： 供检索疾病的systematic reviews(系统评论)、meta-analysis（meta分析）, reviews of clinical trials（临床试验评论）, evidence-based medicine（循证医学）等方面的文献。 Medic
27、al Genetics Searches： 供检索医学遗传学方面的文献。,107,110,（5）Topic-Specific Queries,特定主题查询：是针对不同的用户、不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物伦理）、Cancer（癌症）、Complementary Medicine（替代医学）、health literacy（健康素养）等专题检索。,111,临床试验数据库（Clinical Trials）,点击PubMed主页More Resources栏目下的Clinical Trials，进入美国国立医学图书馆
28、研制开发的临床试验数据库。 http:/clinicaltrials.gov/ Clinical Trials收录了美国及全世界180多个国家经注册登记的134，112个临床试验的详细信息，是十分重要的循证医学信息资源。 （2012.10.16 12：28）,外部链接（LinkOut）,PubMed主页More Resources栏目下有LinkOut外部链接 PubMed及NCBI的其他数据库通过LinkOut与其他外部资源与服务建立链接，包括在线全文数据库、生物学数据库、图书馆馆藏信息、消费者健康信息、研究工具等。,如何一次检索多个数据库？,选择：all databases,统一检索界面,
29、医学图书馆：pubmed,校园网PubMed链接1检索结果,校园网PubMed链接2检索结果,7.如何查到自己满意的文献,分析课题，选择最准确的提问词 选择最合适的检索功能 充分利用超链接功能获取丰富资源： Related Article、 Linkout、 Links 结果不理想时的调整方法,选择最合适的检索功能,课题 1：查找苯丙酮尿（phenylketonuria，PKU) 最近五年的英文研究资料，要全文 课题2：疯牛病的流行病学研究 Mesh Database 课题3：皮质类固醇（corticosteroids）治疗早产儿（Infant, premature）的系统评价 Clinica
30、l Queries,如何利用PubMed扩大检索,自动词语转换 截词检索 增加OR组配面以增加相关词 减少AND组配面 扩展检索 Related Articles,如何利用PubMed缩小检索,字段限定检索 主题词检索及组配特定副主题词检索 加权检索 增加AND组配面，减少OR组配面 自由词检索加引号 用NOT排除次要概念,PubMed的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制比较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能 主题词检索是PubMed最具特色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations） 熟练运用PubMed 的检索限定、临床查询、引文匹配等工具，能大大提高检索效率。,小结,谢谢!,