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1、第七章 定性分析,本章将学到: 数据分析主菜单的特征 熟练处理数据的性能 积分参数 利用反检索 (PBM) 进行定性分析 自动谱库检索及报告 参数恢复 如何自建库,定性分析,加载数据文件 放大缩小 获得质谱图 扣除本底谱图 检查峰纯度 库检索,常用的定性程序,数据分析中鼠标的功能,按相对丰度显示质谱图,选用命令行tools/option/command line 输入normal 100 按enter键 从spectrum/tabulate可列出相对丰度表 继续键入draw 按enter键.即可按相对丰度显示质谱图,测定信噪比的方法（仅对5973A）,调用相应的数据文件 选用命令行 键入mac
2、ro,回车 从load macro 栏目中选择sig_n.mac,双击 在命令行键入sig_n.mac 当被问到是否使用当前文件时回答yes 键入目标离子或输入0表示用总离子流图 拖住左键指定信号范围 拖住左键指定噪音范围 工作站自动从打印机输出报告,用于设置 RTE 积分参数 用于保存当前 RTE 积分参数 用于加载，修复，保存 RTE积分参数,RTE 积分参数,峰起点与终点丰度差与峰高相比,基线位置。分离相邻两峰的最少扫描次数,基线落下或切线,峰位置（顶点或峰重心,最小峰面积,最多峰数目,RTE积分文件扩展名为 .P,关于RTE积分的说明,Data point sampling :。采样点
3、数 默认值为1。 ，即每个点都用，选择 2则每隔一点取一个点，选择 3 每隔 2 点取一个点等等，其范围从 1-9，负值是不允许的。对毛细管色谱柱在扫描方式 (Scan) 采集的数据通常采样点数设为 1，在 SIM 采集的数据或噪音大的数据（任何时候积分器都显示是分叉的峰）一般设为 2 或 3。这个参数在早期版本的PTINT 中称作束 (bench)。扫描方式采集选1；SIM方式可以选2或3 smoothing: 默认值为不选，即不做平滑处理 detection filtering:用来改善色谱噪音 start threshold:默认值为0.2，很少 改变 stopthreshold;用于改
4、善拖尾峰的积分情况，阈值越大，拖尾峰的面积越大 baseline reset(#points):是分开两个相邻色谱峰的最小扫描数。如果相邻两个峰之间的扫描数小于该值，划出的基线会低于峰起点或终点 if leading or trailing edge和baseline preference一起用来确定以切线或陡线方式进行面积积分。例如：前者选择20%；后者选择切线方式，其余陡线方式，则总离子流中峰起点与终点丰度差值小于峰高20%者用切线方式积分；其余的峰按陡线方式积分。 Minimum peak area:面积阈值。对目标化合物分析，一般最好选择面积计数 (Area counts) 而不选择最
5、大峰面积百分数 (% of largest peak)。当目标化合物不存在时，系统会去积分噪音峰，因而出现“假阳性”。 Peak location:选择定量报告中保留时间在峰尖或峰重心位置,用于设置化学工作站 积分参数 用于保存当前化学工作站 积分参数 用于加载，修复，保存化学工作站 积分 参数,化学工作站积分参数,确定积分器的初始灵敏度。阈值每增加1, 灵敏度就降低一半。其范围从 -12.0 到 25.0。缺省值为18，但这个值通常太高。阈值是以2 为底的对数.,化学工作站积分文件的扩展名为 .e,提取离子色谱,将所有离子色谱显示在一起,本底扣除,首先在本底处双击鼠标右键，得到一张质谱图。点
6、击File/Subtract Background(BSB),峰纯度,什么是库检索?,PBM 库检索运用所包含的压缩谱图,压缩谱图: 当 U+A 值 最大时， 质谱图包含 15-26 质量 ( “最重要的峰“).,定义,由检索目录决定. 0 - 100% 分组 唯一性和丰度的函数,唯一性: 丰度: 意义:,PBM 库检索的概念,U+A: 予设一个质谱峰重要性的过滤值，对质谱峰进行予筛选 增大 U+A (Default = 2, Range = 1-9) 增加检索时间 不会改变匹配质量 很少发现增加额外的好的匹配 最小峰纯度: 未知谱图中基峰相当于参考谱中基峰的比例 增加 MEP (Defaul
7、t = 50, Range = 20-80%) 减少检索时间 可以排除共流出峰的匹配 Tilting: 应用一个二次函数调整参考谱中的相对丰度，以改善匹配度 ON/OFF (Default=ON) 用外部数据库检索时，设为 OFF 会降低匹配度 Flag Threshold: 为参考谱中重要的离子设定一个相对丰度限制，在此限度之上的离子，要求未知物谱图中含有。 增加 Flag Threshold (Default=3, Range=0-99%) 可以改善匹配度 可以增加匹配的数目 应该与数据采集的阈值吻合 灵活运用,库检索步骤,选择所要检索的谱库,选择 “Spectrum/Select Lib
8、rary.” 输入 ? 选择所需谱库 单击 “OK“,库检索和报告,设置检索策略,选择 “Spectrum/Edit Strategy.“ 设置所需参数 单击 “OK“,库检索和报告,Reverse Search Parameters,U+A: 予设一个质谱峰重要性的过滤值，对质谱峰进行予筛选 增大 U+A (Default = 2, Range = 1-9) 增加检索时间 不会改变匹配质量 很少发现增加额外的好的匹配 最小峰纯度: 未知谱图中基峰相当于参考谱中基峰的比例 增加 MEP (Default = 50, Range = 20-80%) 减少检索时间 可以排除共流出峰的匹配,Tilt
9、ing: 应用一个二次函数调整参考谱中的相对丰度，以改善匹配度 ON/OFF (Default=ON) 用外部数据库检索时，设为 OFF 会降低匹配度 Flag Threshold: 为参考谱中重要的离子设定一个相对丰度限制，在此限度之上的离子，要求未知物谱图中含有。 增加 Flag Threshold (Default=3, Range=0-99%) 可以改善匹配度 可以增加匹配的数目 应该与数据采集的阈值吻合 灵活运用,检索策略,由 McLafferty等建立的以 “uniqueness” 与 “abundance”之和来确定质谱峰的重要性，具有统计学意义. 概率 = 0.5 (U+A)
10、U+A值越高则该离子在所有谱图中出现的几率越小, 因此更有意义,Abundance: 0-100% 分为7组,Uniqueness: 取决于质谱峰在所有谱图中出现的次数，分为13组,基峰: 包括在内 分子离子: 包括在内 合逻辑的丢失: 包括在内,共同的离子: Uniqueness = 0 不和合逻辑的丢失: 唯一性减小,逆检索综述,未知谱 减少至 15-26 个最有意义的离子 与谱库中的谱图相对照 未知谱的峰是否在谱库中? 丰度相同否? 评价比较 显示结果,检索结果,82,182,303,94,198,272,3.0E5,2.0E5,1.0E5,0.0E5,40,80,120,160,200
11、,240,280,检索步骤 未知物谱 简化为10个最有意义的峰 与谱库比较 谱库中是否有这些峰? 丰度比是否正确? 评价对比结果 显示检索结果,Significance = Mass x Abundance,相似指数 =,Perfect match = 1, Perfect mismatch = 0 Reports SI x 10,000,验证手段 分子式计算 氮规则 同位素簇摸样 合理丢失 丢失中性碎片,PBM 检索结果,检索结果,注意: 没有一个检索程式，或一种经验保证100%的正确检索结果. 很多因素会影响检索的质量,检索统计表,检索统计表说明,检索统计表说明(续),检索报告作为方法的一
12、部分,选择 “Method/Edit Method.“ 选择 “LibSearch Report“ 设置所需报告格式 和目的文件,自动库检索,谱库检索报告,影响检索的因素,参数检索,参数检索结果,选用分子结构数据库步骤,点击Add new file,在molstruc处双击左键,在molstruc.sdb处双击左键,点击OK,从view/standard menu 转回原窗口,用户自建库,建立自建库,添加和编辑信息（将用户当前数据文件中的一张质谱图放入自建库）,把商品谱库中的一张放入自建库（连同结构式）,自动化工具: DOSCAN,将光标放在总离子流图中目标化合物处，同时点击鼠标左右键,NIS
13、T检索,标准谱,局部放大,命中者,丰度表,未知谱,比较,标准谱,化合物名字检索,从tools菜单下选择Mass Spectrum Interpreter进入谱图解析,谱图解析,同位素计算,结构信息,可能含Cl、Br数目,通过化合物名称、CAS号、分子式等信息检索,AMDIS Automatic Mass spectral Deconvolution and Identification System 专为GC/MS设计,进入路径：data analysis/spectrum/AMDIS,点击RUN,总离子流,单一色谱峰及提取离子,保留时间,峰形、纯度、信噪比、特征峰等,质谱图(包括自然图和重叠性）,方法流程,