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1、Clustalx简介,Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx（clustalw的PC版本）等。,Clustalx的工作原理,Clustalx输入多个序列,快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。,邻接法(NJ)构建一个树（引导树）,根据引导树，渐进比对多个序列。,多序列比对的意义,用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到进化分析中
2、 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。,数据的输入,1.输入输出格式。 -输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 -输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。,2.注意： -需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中，选择load载入；也可以分别保存，选择append分条载入（此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列）。 -文件中每条序列必须以“”号和注释开头，序列部分则另起一行，其中注释部分就是软件操作过程中序列的标
3、识。 -clustal软件及相关的序列文件要保存在纯英文文件夹下，否则无法载入序列。,实例操作： Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树,Step1 clustalx的下载,www.clustal.org,Step2-执行序列比对,实行序列比对操作,执行序列比对命令后的界面,EMBL-EBI Help Tools Clustal Omega FAQ,可以选择输出任意几条序列的比对打分并保存。文件形式如左图所示，默认保存在clustal所在文件夹下。,打开此文件后选择写字板显示如左图。其中五
4、条序列相应位置上残基的比对得分在右侧显示，当五个残基完全一致时，分值为100分；当有不同残基时，根据选择的矩阵打分方式，不同的残基种类和不同的个数，其得分也不尽相同。,Step3-输出aln和dnd文件,Clustalx的输出结果,.aln格式文件 这个文件是默认输出，可以转换成各种格式，而且很多软件都支持这种格式。 .dnd格式文件 引导树。就是根据两两序列相似值构建的一个指导后面多重联配的启发树 不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源位点的一个综合效应，因此应该用.aln格式文件专门做进化分析。,输 出,Aln文件,dnd文件,写字板打开,Treeview软件打开,DO complete
5、 alighment 后弹窗,点击browse可以自行 选择文件存放位置,不选择的话自动保存在此文件夹下,Aln文件打开,Aln文件可以用于保存序列比对结果，可用专门的多序列比对着色软件如着色，并进一步做功能分析等操作。,Step4-treeview制作进化树,dnd文件用treeview打开。 Treeview软件可以将多序列比对结果以进化树的形式展示，其默认前提是所有蛋白源自同一祖先。枝的长度代表进化距离。在其中两种树状图的左下角有标尺，可根据它来计算进化距离。,Dnd文件载入方式,自动列出所有的dnd文件，选中目标文件直接可以载入,采取open的方式载入dnd文件：,浏览dnd文件存放位置并打开,载入文件后默认以第二种树形图展示,只表现进化关系，不可计算进化距离,根据进化树可以分析其进化关系和进化距离。,可以选择保存为emf图形文件， 用画图程序打开。,