文献检索pubmed讲解资料.ppt

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1、PubMed文献服务系统 及PubMed RSS学科跟踪服务,PubMed简介,PubMed(Medline)由美国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。,提 纲,PubMed概况 PubMed功能栏介绍 认识PubMed文献 PubMed基本检索 PubMed高级检索 主题词MeSH检索 循证及临床查询检索 PubMed全文获取 PubMed RSS学科跟踪,概况,网址：www.ncbi.nlm.nih

2、.gov/pubmed 或 www.pubmed.gov PubMed收录的期刊最早追溯至1865年，共收录了70余个国家36000余种期刊，1900多万篇文献； PubMed 的子集Medline收录的文献最早追溯至1902年，现有记录1790多万篇； 目前每年增加约60余万条文献记录； 在全部记录中有76%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文，共计收录国内出版的期刊170余种。,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,Welcome to PubMed,使用帮助,检索词输入框,常用工具,更多服务,认识PubMed文献,出处SO,篇名TI,作者AU,文献类

3、型(状态),Summary,认识PubMed文献,调整显示设置 可改变显示模 式，显示数量 及检索结果排 序,显示设置,显示摘要,显示数量,排序模式,认识PubMed文献,在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息,作者地址,文献摘要,文献作者,文献篇名,全文链接,文献类型,文献主题词,认识PubMed文献,出版社上传,PreMedline,PubMed,Medline,PubMed数据 库收录的文献 的状态，主要 为Medline,认识PubMed文献,非英文的文献 篇名上有方括 号 且注明 有语种,英文文献,土耳其语, 篇名 ,英文文献,认识PubMed文献,电子优先即最 新文献，一般

4、比印刷出版提 前三个月以上,电子优先,2009年5月,2008年9月,PubMed基本检索,自由词检索 在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。 例如：检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer” 将自动转换为： “neoplasms“MeS

5、H Terms OR “neoplasms“All Fields OR “cancer“All Fields,自由词检索时 PubMed自动 将不规范的词 转换成规范的 词进行检索,自动词汇转换,PubMed基本检索,PubMed基本检索,布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等,逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B,逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NOT B,逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR B,PubMed基本检索,作者

6、姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。 考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。 精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：“smith j“au，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓(全写) +名(缩写)， 之间不用标点 键入作者姓名,smith

7、 j,PubMed基本检索,精确检索避免 PubMed自动 词汇转换，实 现精确查找,“smith j“au,PubMed基本检索,期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：European journal of immunology，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成“Eur J Immunol“Journal OR “european journal of immunology“All Fields进行检索。 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如： Eur J Immunol ，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：0014-2980。 如果一个杂志名恰好

8、是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：“cell“ta,PubMed基本检索,期刊的一般检 索，是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号,Eur J Immunol,PubMed基本检索,期刊的标准检 索，是在期刊 名后面加字段 限定TA. 比 如:“cell“ta,“cell“ta,PubMed基本检索,期刊数据库（journal database) 期刊数据库的作用： 1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，

9、期刊类目等等； 2、可以根据期刊的主题分类，查看medline收录的各学科的期刊，比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)方面的期刊； 2、方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章。 比如：我们想知道期刊Acad Pediatr的全称以及具体的出版社，以方便投稿，如何查？ 操作方法：点击导航栏上的Journal database，打开期刊数据库检索界面，在检索框中输入Acad Pediatr，再点击Go按钮即可。,PubMed基本检索,期刊数据库在 PubMed首页 导航栏的右下 角部分,期刊数据库,PubMed基本检索,期刊数据库可 以查看指定期 刊的详细

10、信息,Elsevier出版,期刊数据库,PubMed基本检索,按期刊主题浏 览medline收 录的各学科的 期刊,期刊主题,期刊数据库,PubMed基本检索,按字母顺序浏 览medline收 录的各学科期 刊,麻醉学方面,PubMed基本检索,期刊数据库可 以方便的查看 medline收录 的各学科方面 的期刊,medline收录的麻醉学方面的期刊,PubMed基本检索,截词检索 截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。 截词符： 用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriop

11、hage ，bacterium，等最多600个单词。,PubMed基本检索,截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。,bacter*TI,PubMed基本检索,字段限制检索 采用字段限制方式进行检索，其规则是： 检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识 如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献. 检索式： crickau AND 1993dp AND DNA,PubMed基本检索,crickau AND 1993dp AND DNA,字段限制检索 其规则是：检 索词+字段 标识,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识 Titleti：篇名字段 Abstract

12、ab：摘要字段 Affiliation ad：著者地址字段。 Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：“smith ja“au Journal titleta：期刊名称。如：cellta Languagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla 比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertensionti AND chila,PubMed基本检索,hypertensionti AND chila,检索文章题目 中含有高血压 的中文文献,PubMed基本检索,常用检索字段描述和

13、标识 Publication datedp:出版日期 指论文所在期刊的出版日期 日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP 要检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如： 1993/01:1995/06DP Publication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。如：reviewpt MeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmh Subheadingssh:副主题词。与主题词组配检索. 比如：检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献。 1995/01:1996/12DP AND hypertensionmh AND revi

14、ewpt,PubMed基本检索,检索 1995 年 到 1996 年出 版的关于高血 压方面的综述 性文献,1995/01:1996/12DP AND hypertensionmh AND reviewpt,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识 FILTER Filter： 由PubMed系统链接的外部资源站点所使用的用来限定文献的技术标识，此检索字段常用来限定检索比如被F1000M评价的文献等 Faculty of 1000是英国现代生物出版集团（BioMed Central）为弥补只用期刊影响因子（IF）来衡量刊物的不足，近年来提出了“Faculty of 1000”计划。从全世界

15、邀请数千名顶尖的生物学家和医学专家，请他们从每年所发表的生物医学SCI论文中评选出一小部分（约占0.1%）的文章，赋予F1000论文称号，推荐给全世界的生物学和医学工作者，并由“Faculty of 1000”中的科学家对F1000论文逐篇加以评论。 例如：检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的被Medline正式收录且被F1000评价过的研究文献”要求查准不要求查全，对此构建的检索式： (nasopharyngeal cancer) AND (Therapy/Narrowfilter) AND medlinesb AND loprovf1000mfilter,Pub

16、Med基本检索,检索鼻咽癌治 疗方面的且被 Medline正式 收录及F1000 评价过的研究 文献,F1000M文献评价,PubMed基本检索,强制检索功能 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。 如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell. 很明显这样的检索结果是不符号要求的。,PubMed基本检索,强制检索,普通检索,“sin

17、gle cell“,single cell,PubMed高级检索,高级检索,PubMed高级检索,限定栏,预览,高级检索界面 下可以看到明 细栏，预览， 检索史，限定 和高级检索等,检索史,明细栏,高级检索,更多服务,PubMed高级检索,姚开泰院士 2001年以来 被Medline 收录的文献,姚开泰,作者,PubMed高级检索,姚开泰院士 2001年以来 被Medline 收录的文献,时间,2001,使用说明,PubMed高级检索,Limit限定,年龄,物种,子集,全文,字段,时间,性别,语言,文献类型,PubMed高级检索,限定检索范围 为近半年来以 英文发表的循 证医学方面的 文献,限

18、定为英文,限定为循证等文献,限定为近半年,PubMed高级检索,限定检索范围 为被Medline 正式收录的有 电子全文链接 的中老年病例,限定为Medline,限定为有电子全文,限定为中老年,主题词MeSH检索,医学主题词表数据库(MeSH Database) 医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。,主题词MeSH检索,医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索 方法: 1

19、、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面； 2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词； 3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词； 4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口； 5、点击Search PubMed将显示检索结果。,主题词MeSH检索,主题词数据库 在PubMed首 页导航栏的右 下角,主题词数据库,主题词MeSH检索,输入普通词 查找对应主题词,MeSH,主题词检索可 以指导用户高 质量地检索医 学文献,主题词MeSH检索,一般一个主题 词还要配合一 个副主题词进 行组合检索

20、,选择副主题词,Search Box with AND,主题词MeSH检索,点Sent to 将 检索词添加到 检索表达式浏 览窗口,主题词MeSH检索,Search PubMed,主题词检索可 以达到比较满 意的查全率和 查准率,主题词MeSH检索,主题词检索是 在有主题标引 的Medline数 据库中检索,主题词检索结果,主题词MeSH检索,普通词不是规 范化的主题词 检索结果相关 度低,普通词检索结果,临床查询检索,“Clinical queries”是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器” （Clinical Methodology Filters），这组检索策略模型是由加

21、拿大临床流行病学和生物统计学研究人员Haynes RB等人在1994年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。,临床查询检索,使用方法: 1、点击主页左侧导航栏的Clinical Queries进入临床查询页面； 2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定检索结果是查全(sensitive)，还是查准(specific)； 3、点击GO按钮执行检索。 例如： 检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的研究文献”,临床查询检索,临床查询在 PubMed首 页导航栏的 中间部分,临床查

22、询,临床查询检索,临床查询主要 用于检索临床 方面的研究文 献,临床查询检索,临床查询检索,临床查询主要 包括某种疾病 的治疗，诊断 病因和预后四 个方面,检索结果,PubMed全文获取,通过PubMed检索出来的文献，部分我们通过浏览摘要即可，部分我们还需要查看全文，以作进一步的研究，那么，我们如何获取全文呢？ 一：免费的全文,PubMed全文获取,PubMed收录 的文献大约有 5%是免费的 可以直接打开 全文,免费全文可直接打开,PubMed全文获取,打开PDF全文,免费的全文并 不代表学术价 值低，大部分 的生命科学的 全文都是免费 的,PubMed全文获取,二：学校已订购的全文 如果

23、我们所需要的文献，学校已订购了该文献所在的全文型数据库，我们也可以直接打开或到相应的全文数据库中查找。,国内出版的期 刊，学校一般 都有订购，请 查找清华同方 或维普，万方,学校已订购,PubMed全文获取,PubMed全文获取,SpringerLink 和EBSCO等外 文全文库，一 般学校也有订 购,学校已订购,PubMed全文获取,学校未订购的 全文，如果不 是免费的，一 般需要付费,学校未订购,PubMed RSS学科跟踪,RSS，也称为“RSS 源”、“XML源”或“Web 源”等，通常在时效性比较强的内容上使用RSS订阅能更快速获取最新信息，利用PubMed的RSS服务，有利于第一

24、时间获取国际上关于某课题或某一方面的最新报道。 比如，我是一名临床大夫，我比较关注国际上关于鼻咽癌治疗方面的最新报道，我该如何订阅这个最新报道（RSS）呢？ 订阅最新报道（RSS）首先需要自己制定一个检索式：,PubMed RSS学科跟踪,需要订阅临床 方面的最新报 道(RSS)，建 议通过临床查 询来检索,制定检索式,说明：,订阅临床方面的RSS（比如某种疾病的诊断或治疗等），建议通过临床查询(Clinical Queries)来检索，这样可以确保检索质量； 订阅课题方面的RSS，建议通过自由词来检索，这样可以检索到最新的电子优先文献，若检索结果在100条以上，建议进一步限定； 首次订阅PubMed RSS，系统默认会为订阅者提供目前所能检索到的所有文献的全文，如果您只需要以后更新的最新文献(不需要这些目前能检索到的文献)，请单独说明。,PubMed RSS学科跟踪,PubMed RSS学科跟踪,点击 RSS,检索策略可以 反复的修改， 直到满意后再 申请订阅最新 报道(RSS),系统要求为订 阅的RSS起个 名字，我们可 以按系统默认 直接点创建,点创建Create RSS,PubMed RSS学科跟踪,桔红色的标记 “XML”即为订 阅的RSS文件 我们需要复制 这个文件,PubMed RSS学科跟踪,点鼠标右键,选择“复制快捷方式(T)”,谢 谢！,