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1、PubMedline数据库的使用,张思河,美国国立医学图书馆(National Library of Medicine, NLM)。 收录学科内容： 主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学等生命科学的研究内容。 文献来源： 70多个国家和地区；5000多种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 回溯至1949年的数据涉及60多种语种。4
2、7%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有文摘。,医学文献数据库Medline,PubMed数据库：http:/www.pubmed.gov,是Medline在广域网上免费检索平台 NCBI-PubMed（含非Medline数据）,NCBI网站：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov,美国国立生物技术信息中心 （National Center for Biotechnology Information, NCBI ）,PubMed的特点,(1)收录文献范围广、内容齐全、回溯年限长 (2)免费提供题录、文摘及部分全文 (3)检索功能完善，使用简单方便 (4)提供检索词
3、自动转换匹配功能、MeSH主题词检索 (5)提供相关文献链接:Related citations、Linkout (6)更新速度快:数据实时更新 (7)个性化服务(My NCBI),PubMed收录数据,MEDLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966,MEDLINE Inprocess 最新的MED
4、LINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有： PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-as supplied by publisher或PubMed,PubMed记录状态子集,PubMed记录状态子集,二、PubMed的检索功能,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检
5、索教研室,10,基本检索输入框,检索限制,高级检索,检索指南,检索工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源： 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索） 如：aloe psoriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）,三、PubMed 基本检索规则,多个检索词输入,检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthma AND (therapy OR treatment) 字段限定符： ，空格按词组匹配 如：aloe AND psoriasis ti aloe ti A
6、ND psoriasis ti 如：Stem cell transplantation ti,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 牛皮癣出现在篇名中,字段限定 stem cell transplantationti,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟治疗牛皮癣的文章,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, so 如：Journal of investigative dermatologys
7、o J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期
8、系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,三、PubMed 基本检索规则,截词检索：treat* 可检出：treat, tr
9、eated, treatment. 强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配和扩展检索 如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇 比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：,三、PubMed 基本检索规则,自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。 如：renal failure kidney failureMESH OR (kidneyAll Fields AND failureAll Fields) OR (renalAll Fields AND fa
10、ilureAll Fields),结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,三、PubMed 基本检索规则,自动转换匹配检索词： 如：hypertension therapy Details: (“hypertension“MeSH Terms OR “hypertension“All Fields) AND (“therapy“Subheading OR “therapy“All Fields OR “therapeutics“MeSH Terms OR “therapeutics“All Fields),四、PubMed 检索限制：Limits,PubMed主页、结果显示页
11、、高级检索界面均有Limits链接。,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,全文、免费全文、摘要限定,出版日期限定,文献类型限定,语种限定,研究对象 人/动物限定,性别限定,年龄限定,各种专题的 子数据库限定,五、PubMed 高级检索功能,一个网页中集多种功能于一体,基本检索,检索细节,检索式编制,检索历史,其他检索资源,结果预览,检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。 多个字段检索要分多次输入。,检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。 可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,在History中快速显示检索式与检出篇数,显示
12、转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database（规范化医学主题词表） 功能： 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 进入途径： MeSH Database链接：PubMed主页，Advanced Search界面 MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的,文章A 著者用词： 肾衰竭 renal failure 规范主题词MeSH： 肾功能衰竭 kidney failure,文章B 著者用词： 肾功能衰竭 Kidney failure 规范主题词MeSH： 肾功能衰竭 kidn
13、ey failure,词表中：肾衰竭 见 肾功能衰竭 renal failure see kidney failure,（2）医学主题词表（MeSH）,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,进入 MeSH,MeSH词检索,例1：2006-10年关于舌根癌治疗的文献。 课题分析： 舌根癌的不同表达形式（OR）： tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 治疗的不同表达形式（OR） ： therapy/treat/treatment, surgery
14、, radiotherapy 两个概念之间：舌根癌 AND 治疗,输入自由词，查找规范词,未匹配到规范词,选择提示中相关上级概念词舌癌,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,34,只查重点论述的文献,系统自动扩展检索下位词，勾选后不检索下位词,树形结构,上位词,该词无下位词,输入舌根的自由词检索式，进行AND运算。,初步结果，未限定年份,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,设定的限制,2019/9/6,输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR tre
15、at* OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*),自由词检索查全文献,加工中，无MeSH词,比MeSH多10篇,排序方式选择,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,MEDLINE格式提供所有字段信息,点击标题显示文摘增强格式,文献归类功能,PMC免费全文链接,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接，部分需连外网,输出方式选择,输出方式选择（s
16、end to）,File：保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections：将检索结果存到My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费。,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,需IE7.0以上版本,定期点击链接，接收课题最新相关论文,MeSH词检索,例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 课题分析： 匹配物质名称：mycophenolate mofetil 匹配主题词： renal failure
17、, treatment effect（AND） 匹配副主题词： drug therapy, surgery, therapy,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,59,MeSH检索的优点,查全同义词: 如：renal/kidney failure; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如：chronic/acute kidney failure, ATN,自动扩展检索下位词,上位词,勾选后不扩展下位词,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,60,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词； 扩大：选用上位词，或选用多
18、个同位词； 了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词,复旦大学图书馆文献检索教研室,MeSH检索的优点,提高文献相关度 标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章 Major Topic Headings（加权，重点论述的主题）,带*的是文献 重点论述的主题,MeSH检索的缺陷,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。 新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 如：SARS（03年词表中没有），舌根癌
19、 查上述类型的文献需结合自由词检索,六、PubMed其他资源,2. Journal Database（期刊信息库） 通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。 提供期刊： 在PMC中的免费全文链接 在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。 相关的其他期刊 ,输入待检期刊名,期刊详细信息,全文等链接,七、PMC (PubMed Central),生命科学免费期刊资源中心 免费提供900多种期刊的10多万篇全文 其中部分文献被PubMed涵盖,进入PubMed Central,下拉主页滚动条至底,PMC首页进入高级检索,查找肾衰竭的药物疗法,全文链接,其实你可以进一步学习,2019/9/6,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,作业练习,通过主题词检索pubmedline中近2年关于“肝细胞肝癌”的“生物标志物”的所有英文文献。 通过作者检索pubmedline中清华大学”施一公”教授回国前和后发表的所有论文（不包括综述）。 通过限定标题检索pubmedline中关于“肿瘤”“双特异性抗体”“临床试验”的所有2005年以后综述文章。 将pubmedline中首页中所有链结，试试点开进入，了解具体的链结内容。,2019/9/6,