生物化学笔记（02）.doc

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1、内容提要：1、氨基酸与蛋白质氨基酸分类：常见蛋白质氨基酸，不常见蛋白质氨基酸，非蛋白氨基酸；氨基酸的酸碱化学，氨基酸两性解离，氨基酸的等电点；氨基酸的旋光性和紫外吸收。蛋白质的共价结构：蛋白质的化学组成和分类，蛋白质功能，蛋白质的形状和大小，蛋白质构象和组织层次。肽：肽键结构，肽的物理化学性质，活性多肽。蛋白质一级结构测定：Sanger试剂，DNS及Edman降解，二硫桥位置确定。蛋白质的三维结构：XRD原理；稳定蛋白质三维结构的作用力，肽平面和两面角；蛋白质的二级结构：-螺旋，-折叠片，-转角；超二级结构和结构域；球状蛋白的三级结构；亚基缔合和四级结构。蛋白质结构与功能的关系：肌红蛋白和血红

2、蛋白的结构与功能，镰刀状细胞贫血病；免疫球蛋白。蛋白质的分离、纯化和表征：蛋白质分子量测定，沉降分析及沉降系数，沉降系数单位，凝胶过滤及SDS-PAGE法测分子量；蛋白质的沉淀；电泳：区带电泳、薄膜电泳、等电聚焦电泳、毛细管电泳。2、酶和辅酶酶催化作用特点：反应温合、高效、专一、可调节控制；酶活性调节控制：调剂酶浓度、激素调节、反馈抑制调节、抑制剂激活剂调节、别构调控、酶原激活，可逆共价修饰；酶的化学本质及其组成，辅酶和辅基，单体酶，寡聚酶和多酶复合体。酶的命名和分类：习惯命名法；国际系统命名法及酶的编号，六大类酶的特征。酶的专一性：“锁与钥匙”学说；诱导楔合假说；过渡态理论，过渡态类似物与医

3、药和农药的设计，催化抗体。酶的活力测定：酶活力单位，比活力。酶工程：化学修饰酶，固定化酶，人工模拟酶。酶促反应动力学：底物浓度与酶反应速度，酶促反应动力学方程式及推导，米氏常数的意义和求法。酶的抑制作用：不可逆抑制和可逆抑制及动力学判断，一些重要的抑制剂，有机磷农药和磺胺药作用机制。温度、PH、激活剂对酶反应影响。酶的作用机制：酶活性部位及研究方法；影响酶催化效率的有关因素：临近和定向效应、底物形变和诱导契合、酸碱催化、共价催化、金属离子催化、多元催化和协同效应、微环境影响；溶菌酶作用机制和胰凝乳蛋白酶。辅酶的结构与活性部位：vit.B1和TPP，维生素PP和辅酶、辅酶，vit.B2和黄素辅酶

4、，泛酸与辅酶A，vit. B6及其磷酸酯，vit. B12，生物素，叶酸，硫辛酸。3、氨基酸代谢氨基酸的脱氧、转氨和联合脱氨基作用，氨基酸脱羧基作用。尿素的形成：氨的转运和尿素循环。氨基酸碳骨架的氧化途径，生酮氨基酸和生糖氨基酸。由氨基酸衍生的生物活性物质：氨基酸与一碳单位，酪氨酸及儿茶酚胺类物质，色氨酸衍生物，组胺，牛磺酸。4、氨基酸及其重要衍生物的生物合成必需氨基酸；氨基酸的生物合成。氨基酸几种重要衍生物：NO的形成，谷胱甘肽，肌酸，血红素，胆红素。5、糖代谢糖的生物学作用：糖的结构特点和糖工程。糖酵解作用：酵解和发酵，酵解全过程和反应步骤；酵解过程中能量转变的估算；丙酮酸去路。柠檬酸循环

5、：丙酮形成乙酰CoA，柠檬酸循环概貌和反应步骤；柠檬酸循环的化学总结算。生物氧化 电子传递和氧化磷酸化：氧化还原电势；电子传递和氧化呼吸链，电子传递抑制剂；氧化磷酸化作用，化学渗透假说，氧化磷酸化解偶联和抑制剂。 戊糖磷酸途径及生理意义；葡糖异生作用及途径；糖原的分解与生物合成。6、脂质和生物膜脂质：脂肪酸结构特点，必需多不饱和脂肪酸。磷脂：甘油磷脂，卵磷脂，脑磷脂，磷脂酰丝氨酸，磷脂酰肌醇，磷脂酰甘油，缩醛磷脂；鞘磷脂，鞘氨醇和神经酰胺。糖脂：脑苷脂，神经节苷脂。类固醇，胆固醇。生物膜的组成与性质：膜脂，胆固醇对膜流动性的调节作用；膜蛋白功能和糖的细胞通信作用；生物膜分子结构的作用力和主要特

6、征。生物膜与物质运输：被动运输与主动运输，钠钾泵，生物大分子跨膜运输。人工模拟膜：模拟膜的功能；模拟膜主要类型：LB膜，BLM和脂质体7、核酸核酸研究进展：生物技术的兴起，转基因产品，基因工程，基因芯片，人类基因组计划。核酸的种类和生物功能。核酸的结构：碱基、核苷与核苷酸；核酸的共价结构，DNA双螺旋结构，DNA的拓扑异构，DNA的四级结构；mRNA、tRNA和rRNA的高级结构。核酸的物理化学性质：核酸的酶水解和核酸的酸碱性质，核酸的紫外吸收。核酸的变性，复性及杂交。8、核酸的降解核酸和核苷酸的分解代谢：嘌呤碱的分解，痛风病起因及别嘌呤醇作用机制；嘧啶碱的分解。核苷酸的生物合成：嘌呤核糖核苷

7、酸的从头合成及补救途径，抗癌和杀菌剂作用原理；嘧啶环的合成；脱氧核糖核苷酸的合成，5-Fu和氨甲喋呤的抗癌作用机制。9、DNA的复制和修复DNA的复制：DNA的半保留复制，复制叉；DNA聚合酶及DNA聚合要素，DNA连接酶和拓扑异构酶。DNA半不连续复制和冈崎片段；DNA复制的起始、延伸和终止；DNA复制的复杂性。DNA损伤修复：错配修复，直接修复，切除修复，重组修复和应急反应。10、RNA的生物合成和加工DNA指导的RNA合成，RNA聚合酶，不对称转录；启动子和转录因子，终止子和终止因子；转录的调节控制，操纵子模型；转录反应四阶段。RNA生物合成的抑制剂：嘌呤和嘧啶类似物，DNA模板功能抑制

8、物，RNA聚合酶抑制剂。RNA转录后加工：原核生物中RNA的加工，真核生物RNA的加工，RNA拼接、编辑和再编码，酶性核酸；RNA生物功能多样性。在RNA指导下RNA和DNA的合成：RNA复制和RNA病毒复制的重要方式，RNA的逆转录和逆转录酶。11、蛋白质生物合成遗传密码：三联密码，遗传密码的基本特性。蛋白质合成及转运：m-RNA是蛋白质合成的模板，t-RNA转运氨基酸，核糖体是蛋白质合成的工厂。翻译的步骤。蛋白质运输及翻译后修饰。12、 基因工程DNA克隆的基本原理：DNA限制酶和连接酶，克隆载体与宿主系统，外源基因导入宿主细胞，分离筛选及克隆；基因文库和c DNA文库。聚合酶链式反应：P

9、CR基本原理，最适条件和发展应用。DNA序列的测定第一章 氨基酸与蛋白质 上册 P1231. 1 氨基酸（一） 蛋白质水解最后成为氨基酸混合物酸水解 得19种 L-AA，色氨酸破坏。碱水解 得色氨酸，其余氨基酸消旋破坏。酶水解 不消旋破坏，但水解不彻底。（二） -氨基酸的一般结构生物体内已发现氨基酸180种，常见氨基酸20种1. 2 氨基酸的分类：常见蛋白质氨基酸，不常见蛋白质氨基酸，非蛋白氨基酸（一） 常见蛋白质氨基酸，或称基本氨基酸。每个氨基酸可用三个字母或单字母简写表示。按侧链R基不同进行分类。（1） 按R基化学结构分类1. 脂肪族氨基酸15个. 中性氨基酸5个甘氨酸 Glycine 氨

10、基乙酸 Gly G 无旋光丙氨酸 Alanine -氨基丙酸 Ala A缬氨酸 Valine -氨基-甲基丁酸 Val V亮氨酸 Leusine -氨基-甲基戊酸 Leu L异亮氨酸 Isoleucine -氨基-甲基戊酸 Ile I. 含羟基或硫氨基酸4个丝氨酸 Serine -氨基-羟基丙酸 Ser S苏氨酸 Threonine -氨基-羟基丁酸 Thr T半胱氨酸 Cysteine -氨基-基丙酸 Cys C甲硫氨酸 Methionine -氨基-甲硫基丁酸 Met M 酸性氨基酸及其酰胺4个天冬氨酸 Aspartic acid -氨基丁二酸 Asp D谷氨酸 Glutamic acid

11、 -氨基戊二酸 Glu E天冬酰胺 Asparagine -氨基丁二酸一酰胺 Asn N谷氨酸胺 Glutamine -氨基戊二酸一酰胺 Gln Q. 碱性氨基酸2个赖氨酸 Lysine ，-二氨基已酸 Lys K精氨酸 Arginine -氨基-胍基戊酸 Arg R2. 芳香族氨基酸3个苯丙氨酸 Phenylalanine -氨基-苯基丙酸 Phe F酪氨酸 Tyrosine -氨基-对羟苯基丙酸 Tyr Y色氨酸 Tryptophan -氨基-吲哚基丙酸 Trp W3. 杂环族氨基酸2个组氨酸 Histidine -氨基-咪唑基丙酸 His H脯氨酸 Proline -吡咯烷羧酸 Pro

12、P（2） 按R基极性性质分类1. 非极性R基8个Ala(A) Val(V) Leu(L) Ile(I) Pro(P) Phe(F) Trp(W) Met(M)2. 极性不带电R基7个Gly(G) Ser(S) Thr(T) Cys(C) Tyr(Y)Asn(N) Gln(Q)3. 带正电荷R基3个Lys(K) Arg(R) His(H)4带负电荷R基2个 Asp(D) Glu(E)另外 Asx(B)：Asp(D)，Asn(N) Glx(Z)： Glu(E)，Gln(Q)两个Cys常氧化形成胱氨酸Cystie（二）不常见蛋白质氨基酸 P128为相应常见氨基酸修饰而来，如：5-羟赖氨酸，4-羟哺氨

13、酸，-羧基谷氨酸，焦谷氨酸，磷酸丝氨酸，甲状腺素等。（三）非蛋白氨基酸 P1291. L型-氨基酸衍生物 P1282. 、或-氨基酸3. D-氨基酸，如D-Glu和D-Ala常见有：肌氨酸（N-甲基甘氨酸），-丙氨酸，-氨基丁酸，瓜氨酸，鸟氨酸，高半胱氨酸。13 氨基酸的酸碱化学（一） 氨基酸两性解离 -H+ -H+ A+ A0 A-（质子供体） +H+ +H+ （质子受体） Ka1 = A0 H+/ A+ pH=pKa1+lgA0/ A+ Ka2=A-H+/A0 pH=pKa2+lgA-/A0综合pH=pHa+lg质子受体/ 质子供体由此 1.由pH值 、AO/A+或A-/A0测pKa 2.

14、pKa为常数， 由pH计算A0/A+或A-/A03.由质子受体/ 质子供体可计算pH(1) 氨解酸的pKa测定甘氨酸解离曲线 P131 图3-91 mol Gly溶于水，溶液pH=6.0用1 mol NaoH溶液滴定得曲线B，消耗0.5mol时，在pH9.6处有一拐点，此时A0= A- pH=pKa2 测出pKa2=9.6用1 mol Hcl滴定得曲线A，当消耗0.5 mol HCl时得一拐点，pH=pKa1 测出pKa1=2.34带有可解离R基的氨基酸相当于三元酸，有三个pKa值，Glu和Lys滴定曲线见 P132 图3-10（二） 等电点氨基酸或其他带电颗粒处于净电荷为零的兼性离子状态时介

15、质的pH值，用pI表示，又称等电pH。对于Gly ，pI=5.97，为曲线A和曲线B之间的拐点，Gly为兼性离子，净电荷为零。等电点pH值计算：pI=1/2(pKa+)+pKa)Gly pI=1/2(2.34+9.60)=5.97对于带可解离R基的氨基酸 如Asp的pKa，pKa1=2.09 pKa2=3.86 pKa3=9.82等电点 pIP=1/2( pKa+pKa2)=1/2(2.09+3.86)=2.98同理推出 Lys pI=9.74P133 表3-3列出20种氨基酸的pKa值和pI可做常数用，其中七个氨基酸R基有pKa值。1. 4 氨基酸的光学性质（一）旋光性 一个无旋光 Gly

16、17个含一个不对称碳原子，两个含两个不对称碳原子 Thr和Ile，有四种光学异构体。 胱氨酸分子内部对称有内消旋体，有三种异构体。 比旋光为氨基酸物理常数之一，但随pH值变化常见氨基酸比旋光度可用来鉴别氨基酸，P144表 3-4（三） 氨基酸的紫外吸收 max(nm) （摩尔消光系数） Phe 257 2.0102 Tyr 275 1.4103 Tvp 280 5.6103 蛋白质在280nm波长下测光吸收，光吸收值越大，相对纯度越高，常用在蛋白质提纯过程。15 蛋白质的共价结构（一） 蛋白质 氨基酸首尾相连形成蛋白质。平均含氮量为16%蛋白质含量 = 蛋白氮6.25 从细菌到人类所有物种的蛋

17、白质都由这一组20种氨基酸构成。1. 单纯蛋白质：仅由氨基酸组成，如核糖核酸酶，肌动蛋白等。见P158 表 4-1。2. 缀合蛋白质：除氨基酸外，还有非蛋白部分，称为辅基或配基，如血红蛋白、核蛋白、糖蛋白、脂蛋白等，见P158 表 4-2。（二） 蛋白质功能生物界蛋白质种类估计有10101012种，20种氨基酸全排列为Anm=2020。1. 催化（酶）：生物体内化学反应几乎都是在酶催化下进行的。2. 调节：基因表达调控中的蛋白因子，阻遏蛋白和激素中许多为蛋白质，如胰岛素等。3. 转运：血红蛋白输氧气，细胞色素C传递电子。4. 贮存：如种子中谷蛋白，蛋中卵清蛋白。5. 运动：肌动蛋白，驱动蛋白。

18、6. 结构：胶原蛋白，-角蛋白。7. 信息传递：受体蛋白。8. 防御和进攻：免疫球蛋白，毒蛋白如蛇毒。9. 异常蛋白：胶质蛋白。（三） 蛋白质的构象为蛋白质具有的特有空间结构或称三维结构。在生理条件下，蛋白质只有一种或很少几种构象在能量上是有利的。 功能来自构象： 为表达蛋白质结构上不同组织层次，一般采用下列专门术语：1. 一级结构：又称化学结构，指蛋白质多肽链氨基酸连接在一起的顺序，包括二硫键位置，为共价键连接的全部情况。2. 二级结构：多肽链借助氢键排列成自己特有的-螺旋和-折叠片段（P161 图4-1），这些片段构成规则结构，并沿一维方向伸展。3. 三级结构：由二级结构元件（-螺旋，-折

19、叠等）构造成的总三维结构，包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系和侧链在三维空间中彼此间相互关系。4. 四级结构：寡聚蛋白质中各亚基之间在空间上的相互关系和结合方式。 寡聚蛋白是由两条或多条多肽链构成，其中每条多肽链称为亚基或亚单位。 1.6 肽：P162肽为氨基酸的线性聚合物，蛋白质是由一条或多条多肽链构成。（一） 肽和肽键结构肽的命名从N端开始到COOH端，氨基酸残基按顺序从左向右写，-NH2末端在左，-COOH端在右。如Ser-Gly-Phe，称为：丝氨酰甘氨酰苯丙氨酸。一般氨基酸数目20的肽为多肽。（二） 肽的物理化学性质（1） 与氨基酸同，为离子晶格，熔点高，在水溶液中以偶极离

20、子存在。多肽中酰胺的氢不易解离，肽的酸碱性质主要取决于游离末端的-氨基和-羧基，以及侧链R基上的可解离基团，如Glu的-COOH、Lys的-NH2。（2） 滴定曲线：也有等电点，为多价离子等电点。以Gly-Glu-Lys-Ala四肽为例 (P166表4-6)： 当pH 10.2，-+NH3解离，2个NH2、2个COO-，净电荷-2。pH在等电点以上（碱性），多肽带负电荷。pH在等电点以下（酸性），多肽带正电荷。蛋白质滴定曲线更加复杂。（3） 化学反应 与茚三酮在弱酸性溶液中共热显紫色，为-NH2反应（注意：伯胺也可使茚三酮显紫色），氨基酸、多肽均有此反应。Pro为仲胺（亚氨基氨基酸），与茚三酮

21、生成黄色物质。茚三酮反应可用于定性、定量测定氨基酸和多肽。 肽键的双缩脲反应：多肽，蛋白质中有肽键，有此反应，氨基酸没有此反应。双缩脲：H2N-CO-NH-CO-NH2 ，P163。 双缩脲反应：含有两个或两个以上肽键的化合物（如双缩脲或二肽以上等多肽）在碱性溶液中能与CuSO4生成紫红色或紫蓝色复合物，可定性或定量测定蛋白质含量，颜色深浅与蛋白质浓度成正比。（三） 活性多肽：动植物体内存在许多具有生理活性的多肽，多肽药物已获得人们的重视。二肽：肌肽 -Ala-His，抗氧化，抗自由基，消炎，调节免疫。甜二肽 Aspartame Asp-Phe-OCH3，比蔗糖甜200倍。 三肽：谷胱甘肽 -

22、Glu-Cys-Gly，维持红细胞及其蛋白质中Cys的-SH处于还原态。 四肽：促胃酸激素。 五肽：脑啡肽，内源性吗啡，与吗啡受体结合。 蛋氨酸脑啡肽 TyrGlyGlyPheMet。 亮氨酸脑啡肽 TyrGlyGlyPheLeu。 八肽：-鹅膏蕈碱，见P168 图4-6，剧毒毒素。 九肽：牛催产素，牛加压素（升高血压），见P167，两者只差两个氨基酸，但生理作用极不相同。 十肽：短杆菌肽，见P532，为抗生素。 促黄体生成激素释放因子，见P551，为激素。 十六肽：内啡肽，有镇痛作用。 二十四肽：促皮质素（ACTH），治关节炎，已商品化。 二十六肽：蜂素溶血肽，抗关节炎。 五十一肽：胰岛素，

23、降血糖。以活性多肽研究为基础的药物研究：血管紧张素转化酶（ACE）抑制剂（ACEI）的开发是近代高血压治疗史上的重大进展。人体内存在的血管紧张素（Ang）为十肽，无活性，但在ACE作用下转化为血管紧张素（Ang）为八肽，具有收缩血管平滑肌作用，使血压升高。 ACE DRVYIHPFHL(Ang) DRVYIHPF(Ang)。ACEI可使ACE失活，使Ang不能形成Ang，从而降血压，研究Ang活性部位，作用机理，进而设计并合成ACEI，已开发出二十多种降压药物，如巯甲丙脯酸（Captopril）、依那普利（Enalapril）、赖诺普利（Lisonopril）等。1.7 蛋白质一级结构测定 ：

24、P168测定蛋白质中共价键连接的全部情况，包括存在的链内、链间的二硫键位置，氨基酸数目、类型和顺序。蛋白质氨基酸顺序决定其三维结构，而三维结构决定其生物活性和功能。蛋白质中氨基酸顺序是由基因决定的，是联系DNA遗传信息和蛋白质生物功能的桥梁。蛋白质中氨基酸顺序揭示其进化史，具有同一祖先的蛋白质才有相似的氨基酸顺序。如细胞色素C（P182），是一种含血红素的电子转运蛋白，存在于所有真核生物的线粒体中。40多种物种的细胞色素C序列的研究揭示，在细胞色素C中含有的一百多个氨基酸残基，其中有28个位置上的氨基酸残基是相同的（P182 图4-16），这些不变残基对于细胞色素C的生物学功能至关重要，由此可

25、根据细胞色素C序列的物种差异建立进化树（P183 图4-17）。来自任两个物种的细胞色素C间序列的氨基酸差异数目越多则进化位置相差越远。（一） 蛋白质测序样品纯度应97%，测分子量（允许误差10%）。1. 蛋白质分子中多肽链的数目：测N-末端和C-末端残基的摩尔数。寡聚蛋白要用变性剂将亚基拆开。2. 每一多肽链氨基酸组成：鉴定N-末端残基和C-末端残基，定出氨基酸序列参考点。3. 按专一方式断裂成较小的肽片段：可用酶或化学方法完成，并用多种断裂方法，将每条多肽链样品降解成几套有重叠序列片段的肽段。4. 侧各肽段氨基酸序列：常用Edman降解法，用自动序列分析仪。5. 测定片段次序：用重叠肽段确

26、认拼凑出原来完整多肽链的氨基酸序列。6. 确定二硫键位置。（二）N-末端和C-末端氨基酸残基的鉴定 （1）N-末端分析 二硝基氟苯（DNFB或FDNB）法：Sanger反应。2、4-二硝基氟苯称为Sanger试剂，与游离末端氨基反应生成DNP-多肽或DNP-蛋白质，再酸性水解生成DNP-氨基酸（黄色），提取分离后可进行鉴定和定量测定。此方法在蛋白质氨基酸序列分析的历史上起过很大作用。 丹磺酰氯（DNS）法：有荧光，灵敏度高。5-二甲氨基-萘-1-磺酰氯（DNS），结构式见170。 Eman降解苯异硫氰酸酯 (PITC) 法：Phenylisothiocyanate(PITC)能顺序从肽的N-端

27、将氨基酸残基一个个切下来，还可用来测定氨基酸序列。PITC与多肽链每反应一次，得到一个PTH-氨基酸和少一个氨基酸残基的肽。PTH (phenylthiohydantoin)： 苯乙内酰硫脲。PTH-氨基酸可用TLC或HPLC快速测定，由此发展出氨基酸序列自动分析仪。 氨肽酶法：用外切酶，从N-末端逐个向里切。最常用的是亮氨酸肽酶，适用于N-末端残基的氨基酸被封闭的肽（如环肽）；N-末端是焦谷氨酸残基时，可使用焦谷氨酸氨肽酶。（2）C-末端分析 肼解法：蛋白质或多肽与无水肼加热发生肼解反应，除C-末端氨基酸以游离形式存在外，其余氨基酸都变成相应的氨基酸酰肼化物。肼进攻肽键而不易与-COOH反应

28、，肼解中Gln、Asn、Cys被破坏。 还原法：用LiBH4还原C-末端氨基酸成氨基醇，肽水解后可分离、鉴定。 羧肽酶法：专一地从肽链C-末端开始逐个降解释放出游离氨基酸，P171图4-7。（三）二硫键断裂： 用变性剂，如8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍使蛋白质变性，分子内部-S-S-露出，并用HSCH2CH2OH处理，则-S-S-变成2个-SH，再用碘乙醇保护-SH不被氧化，P172 图 4-8。 也可用过甲酸氧化，将-S-S-变成2个磺酸基。（四） 氨基酸组成分析：可用氨基酸分析仪进行测定。样品可用酸完全水解（6mol/L HCl），再用碱水解测Trp。测出Asx和Glx，酰胺基总量由

29、水解液中NH4Cl量计算出。P172 表4-8列出一些蛋白质的氨基酸组成。（五） 多肽链部分裂解成小肽段，分别测序：现在一般只能测几十个氨基酸残基肽段，需将蛋白质先裂解成较小肽段，分离后测序。（1） 酶裂解法：常用的蛋白酶有以下几种（为内切酶）： 胰蛋白酶：水解碱性氨基酸的羧基所形成的肽键，如Lys，Arg。 糜蛋白酶（胰凝乳蛋白酶）：肽键羧基端为芳香族氨基酸，如Phe、Trp、或Tyr，以及疏水氨基酸Leu、Met或His。 胃蛋白酶：特异性不太强，切点多，肽键羧基端为芳香族和疏水氨基酸。（2） 化学裂解法：溴化氰BrCN断裂羧基端为Met的肽键，反应见P175 图4-10，生成肽酰高丝氨酸

30、。（六） 肽段氨基酸序列测定（1） Edman化学降解法：每反应一次生成一个PTH-AA，层析分离、鉴定，剩下减少一个残基的肽链，又有新N-端参加下一轮反应。由此进行氨基酸序列自动分析，进行几轮反应就能测出几个残基序列。最低样品用量仅5 pmol。 Edman降解现已有多种改进。如DNS-Edman测序，可提高灵敏度；试剂的改进，用由荧光基团或有色基团标记的PITC可更灵敏。（2） 质谱法：电喷射电离（ESI），见P178 图4-11。使蛋白质离子解吸进入气相，15肽以下均可用。（七） 肽段在多肽链中次序确定用两种或两种以上不同方法断裂多肽样品成两套或几套肽段，由于切口错位，可由重迭肽（两套肽

31、段相互跨过切口而重迭的肽段）确定肽段先后次序，从而拼凑出整个多肽链的氨基酸序列。P179 图4-12。（八） 二硫桥位置的确定用切点多的胃蛋白酶水解肽链，生成比较小的含二硫桥的肽段混合物，将样品点在滤纸中央，在pH6.5进行第一向电泳分离。然后用过甲酸蒸气熏，-S-S-氧化断裂成两个含磺酰丙氨酸（带负电荷）的肽。将滤纸转900，在完全相同条件下再进行第二向电泳，大多数肽段迁移率未变，位于滤纸对角线上，而含磺酰丙氨酸的肽段由于负电荷增加偏离对角线（向正极向），见P178 图4-13。将每对含磺酰丙氨酸的肽段分别取下，进行氨基酸序列分析，推出二硫桥的位置（肽链内或肽链间）。现在越来越多的蛋白质氨基

32、酸序列是由核酸的核苷酸顺序推定的，但仍需氨基酸序列分析配合。1.8 蛋白质的三维结构 P197 第5章蛋白质三维结构由氨基酸序列决定，且符合热力学能量最低要求，与溶剂和环境有关。 主链基团之间形成氢键。 暴露在溶剂中（水）的疏水基团最少。 多肽链与环境水（必须水）形成氢键。（一） 研究蛋白质构象的方法 （1）X-射线衍射法：是目前最明确揭示蛋白质大多数原子空间位置的方法，为研究蛋白质三维结构最主要的方法。 步骤为：蛋白质分离、提纯单晶培养晶体学初步鉴定衍生数据收集结晶解析结构精修结构表达。 （2）其他方法：NMR、紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、二维结晶三维重构。（二） 稳定蛋白质三维结

33、构的作用力（1） 弱相互作用（或称非共价键，或次级键）1. 氢键 2. 疏水作用（熵效应） 3. 范德华力 4. 离子键（盐键）（2） 共价二硫键（三） 酰胺平面和二面角 P 205 图5-11（1） 酰胺平面（肽平面）：肽键上的四个原子和相连的C1和C2所在的平面。（2） 两面角：每个氨基酸有三个键参与多肽主链，一个肽键具有双键性质不易旋转，另两个键一个为C1与羰基形成的单键，可自由旋转，角度称为，另一个为NH与C2形成的单键也可自由旋转，角度称为，和称为二面角或构象角，原则上可取-1800+1800之间任意值（实际受立体化学和热力学因素所限制），肽链构象可用两面角和来描述，由和值可确定多肽

34、主链构象。（四）二级结构 P207 多肽链折叠的规则方式，是能量平衡和熵效应的结果。主链折叠由氢键维持（主要），疏水基团在分子内，亲水基团在分子表面。 常见的二级结构元件：-螺旋，-折叠片，-转角和无规卷曲。（1） -helix：蛋白质含量最丰富的二级结构。肽链主链围绕中心轴盘绕成螺旋状紧密卷曲的棒状结构，称为-螺旋。1. 两面角 和分别在-570和-470附近（：从C向N看，顺时针旋转为正，逆时针为负；：从C向羰基看，顺时针为正，逆时针为负。）2. 每圈螺旋含约3.6个氨基酸残基，由H键封闭的环中原子数为13，此种-螺旋又称3.613-螺旋，每周螺距为0.54nm，R基均在螺旋外侧，P208

35、 图5-14。3. -螺旋本身是一个偶极矩，N-末端带部分正电荷，C-末端积累部分负电荷；-螺旋几乎都是右手螺旋而有手性，并有旋光性，可用圆二色性（CD）光谱研究。4. 影响-螺旋形成的因素：R基小且不带电荷，易形成-螺旋。如Poly Lys在PH7时，R基带正电荷，静电排斥，不易形成-螺旋，但若PH=12，消除R基正电荷可形成-螺旋。Poly Ile由于R基大，虽不带电也不易形成。 Pro由于无酰胺H，不能形成链内氢键，所以当Pro和羟脯氨酸存在时，-螺旋中断，产生一个结节。（2） -折叠片：第二种常见的二级结构两条或多条相当伸展的多肽链侧向通过氢键形成的折叠片状结构，如P210 图5-17

36、。肽链主链呈锯齿状，肽链长轴互相平行。氢键：在不同的肽链间或同一肽链的不同肽段间形成，氢键与肽链长轴接近垂直。R基：交替分布在片层平面两侧。有两种类型：平行结构（相邻肽链同向）和反平行结构（相邻肽链反向），见P210图5-18。（3） -转角和-凸起 -转角是球状蛋白的一种简单的二级结构元件。为第一个氨基酸残基的羰基与第四个残基的N-H氢键键合，形成一紧密的环在肽链回折或弯曲时形成，使多肽链出现1800急剧回折，见P211 图5-19。 -转角处Gly和Pro出现几率很高。 -凸起：是在-折叠股中额外插入一个残基，凸起股产生小弯曲（P212图5-20），可引起肽链方向稍有改变。（4） 无规卷曲

37、：泛指那些不能归入明确的二级结构的多肽区段，实际上不是完全无规，而是像其他二级结构那样具有明确而稳定的结构。常构成酶的活性部位和蛋白质的功能部位。（五）超二级结构若干相邻的二级结构单元彼此相互作用，形成种类不多、有规则的二级结构组合或二级结构串，在多种蛋白质中充当三级结构的构件，如P221 图5-29所示，有，等。（六）结构域 多肽链在二级结构或超二级结构基础上形成的三级结构（局部折叠区），是相对独立的紧密球状实体，称为结构域或域，是球状蛋白质的独立折叠单位。 对于较小的球状蛋白质分子或亚基，结构域就是三级结构；对于较大的球状蛋白之或亚基，其三级结构往往由两个或多个结构域缔合而成，为多结构域。

38、 结构域形成再缔合成三级结构动力学更为合理，特定三维排布的结构域形成，有利于结构域之间活性中心的形成，结构域之间的柔性肽链形成的铰链区有利于活性中心与底物结合，以及别构中心结合调节物发生别构效应。（七）球状蛋白质的三级结构 球状蛋白质三级结构具有明显的折叠层次： 二级结构超二级结构结构域三级结构四级结构（多聚体）。 分子是紧密球体或椭球状实体，所有原子体积占7277%，空腔约25%。疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面，球状蛋白是水溶性的。球状蛋白表面上的疏水空穴常用于结合底物、效应物等配体，为行使生物功能的活性部位。（八）蛋白质折叠和结构预测（1） 蛋白质变性：天然蛋白质分子受某些

39、物理化学因素，如热、紫外线照射或酸、碱、有机溶剂、变性基的影响生物活性丧失，溶解度降低及物理化学常数改变的过程称为蛋白质变性。蛋白质变性为分子中次级键破坏，天然构象解体，但变性不涉及共价键（肽键和二硫键）的破裂，一级结构保持完好，只是物化性质和生化性质改变。变性剂： 能与多肽主链竞争氢键，破坏二级结构，如尿素、盐酸胍等； 表面活性剂：破坏蛋白质疏水相互作用，使非极性基团暴露于介质水中，如十二烷基硫酸钠。变性是一个协调过程，在所加变性剂很窄的浓度范围内，或很窄的pH或温度区间内突然发生。（2） 氨基酸序列规定蛋白质的三维结构核糖核酸酶的变性和复性试验：牛胰核糖核酸酶，为124个氨基酸残基组成单链

40、，包含四个二硫键。变性：加8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍和巯基乙醇（还原二硫键），酶变性，紧密结构伸展成松散的无规卷曲构象。复性：将尿素等变性剂和巯基乙醇用透析法除去，酶活性又可恢复，最后达原活性的95100%。P235 图5-49。加入极微量巯基乙醇，有助于二硫键重排，加速酶的复性。复性：变性的蛋白质在一定条件下重建其天然构象恢复其生物活性。蛋白质天然构聚处于能量最低状态，理论上变性是可逆的，但实际上由于复性所需条件复杂，不易满足而常常遇到困难。根据分子生物学一个中心原理：顺序规定构象，活性依靠结构，蛋白质结构是可预测的。全新蛋白质设计和蛋白质工程更需要蛋白质结构预测。（九）亚基缔合和

41、四级结构（1） 蛋白质四级结构涉及亚基种类和数目，以及亚基在整个分子中空间排布（对称性），亚基的接触位点（结构互补）和作用力（主要是非共价相互作用）。大多数寡聚蛋白质分子亚基数目为偶数，亚基种类一般是1或2种。（2） 四级结构缔合的驱动力：弱相互作用（氢键、疏水相互作用，范氏力，盐键），有的亚基聚合还借助亚基之间的二硫桥，如抗体是由两条重键和两条轻链组成的四聚体，二硫键将两条重链与轻链连接在一起，P276 图6-29。（3） 亚基缔合方式：亚基缔合主要是疏水相互作用，缔合专一性则由表面的极性基团的氢键和离子键提供。许多蛋白质借异种缔合（相同亚基，但相互作用表面不同）。形成线性或螺旋形的大聚合体

42、，如病毒颗粒外壳，P248 图 5-56显示人免疫缺陷病毒（HIV-I）的核壳由几百个外壳蛋白亚基组成。（4） 四级结构对称性：是四级结构蛋白主要性质之一，有旋转对称轴，如二聚体，四聚体。（5） 四级缔合在结构和功能上具有优越性：可增强结构稳定性，提高遗传经济性和效率，使编码所需DNA减少，可使催化基团汇集在一起；具有协同性和别构效应。别构效应：多亚基蛋白质一般具有多个结合部位，结合在蛋白质分子的特定部位上的配体对该分子和其他部位所产生的影响（如改变亲和力或催化能力）称为别构效应。具有别构效应的蛋白质为别构蛋白质，酶称为别构酶，具有调节代谢的功能。1.9 蛋白质结构与功能的关系： P252，第六章从厌氧生物转化为好氧生物是生物进化中的一大进步。脊椎动物中血红蛋白在血液中起到载氧和输氧的作用，肌红蛋白在肌肉中起贮氧和氧在肌肉中分配的作用。（一） 肌红蛋白（Mb）的结构与功能（1） 三维结构：由一条多肽链和一个血红素辅基构成，相对分子量16700，含153个氨基酸残基。分子中多肽链由8段-螺旋组成，分子结构致密结实，带亲水基团侧链的氨基酸分布在分子外表面，疏水氨基酸侧链几乎全埋在分子内部，见P253 图6-1。（2） 辅基血红素：由二价铁和原卟啉组成，原卟啉由4个吡咯环组成，见P254 图6-2。铁原子只有亚铁态的