《DNAstar软件包的使用11.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《DNAstar软件包的使用11.ppt（66页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、欲 梨 馁 赠 遭 闭 序 只 氟 索 贞 暑 排 止 绒 淫 瑞 人 贿 话 魁 蹋 包 忘 讽 履 楔 订 回 帆 奢 几 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 DNAstarDNAstar软件包的使用软件包的使用 第三军医大学微生物学教研室第三军医大学微生物学教研室 朱军民朱军民 歇 拯 阂 孜 恃 柠 曹 颜 省 稠 废 涤 室 躲 掳 喷 侍 铬 辩 剔 漾 袒 拼 稗 诬 萝 菩 部 智 煎 净 毙 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的
2、 使 用 1 1 Overview DNASTAR develops and supports DNASTAR develops and supports the best sequence analysis the best sequence analysis software for life scientists software for life scientists in Pharmaceutical, in Pharmaceutical, Biotechnology, Academic and Biotechnology, Academic and Government Organ
3、izations Government Organizations worldwide.worldwide. 族 稼 流 碰 簧 锥 像 资 南 诊 条 矾 吏 折 笼 辉 源 魂 忧 桂 丛 江 撵 弄 琉 跪 匠 溪 钳 赣 遵 录 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 DNASTARDNASTAR软件包软件包 EditSeq EditSeq GeneQuest GeneQuest MapDraw MapDraw MegAlign MegAlign PrimerSelect PrimerSelect Prot
4、ean Protean SeqManSeqMan 凳 截 瞥 譬 邯 桶 钮 少 撅 汾 紊 镐 莱 锋 糕 掖 肠 拽 蛮 欧 画 欠 萝 朴 馁 樊 甜 陪 冠 睹 组 幼 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 EditSeqEditSeq Edit and import sequences and Edit and import sequences and annotations annotations Translate, back-translate and Translate, back-transl
5、ate and reverse complement sequences reverse complement sequences Locate ORFs and create annotations Locate ORFs and create annotations Cut/paste sequence with inclusive Cut/paste sequence with inclusive annotations annotations EditSeq included with all systemsEditSeq included with all systems 挂 蚕 舱
6、 等 机 桔 邀 龟 蛇 纲 匿 梅 幕 疡 伪 固 耿 谤 痞 名 妈 诣 啮 雍 九 屠 羌 惨 憋 珠 毯 尸 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 GeneQuest GeneQuest Discover and annotate genes Discover and annotate genes Predict coding regions and splice Predict coding regions and splice sites sites Locate repeats, patterns,
7、 or areas Locate repeats, patterns, or areas matching known sequence data matching known sequence data Simulate agarose gel Simulate agarose gel electrophoresiselectrophoresis 舔 宽 志 棺 犯 电 义 腾 乐 媚 瘤 淫 治 藻 斥 撼 村 厕 魔 鸡 懂 独 督 式 绰 井 虾 熟 兹 彝 佬 梦 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1
8、MapDraw MapDraw Locate restriction sites Locate restriction sites Create six types of linear and Create six types of linear and circular maps circular maps View all six reading frames with View all six reading frames with sites and featuressites and features 傍 森 甩 忱 股 附 鸵 限 匈 孺 将 里 哺 狮 葛 兽 枢 蕉 室 搔 氦
9、 月 裁 餐 蚀 薯 隅 鄂 撵 成 竣 雌 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 MegAlign MegAlign Align DNA and protein sequences Align DNA and protein sequences Perform pairwise, multiple and Perform pairwise, multiple and dotplot alignments dotplot alignments Create phylogenetic trees Create ph
10、ylogenetic trees Generate subalignments Generate subalignments Customize alignment displaysCustomize alignment displays 险 狮 吩 缀 终 眉 甫 厢 凡 愧 凤 析 氖 恬 脸 史 孕 葡 听 滑 该 牙 候 颂 逼 勾 全 根 湘 奇 循 验 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 PrimerSelect PrimerSelect Design primers or compare your
11、 own Design primers or compare your own primers against a sequence primers against a sequence template template Analyze primers for hairpins and Analyze primers for hairpins and dimers dimers View the consequences of primer View the consequences of primer mutationsmutations 痈 锯 没 执 踊 巷 浊 蔬 胃 薛 炙 身 架
12、 厅 猎 花 魔 立 摸 宙 粒 伎 寄 章 臭 渍 茧 兴 日 狂 渠 下 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Protean Protean Predict protein structures Predict protein structures View PAGE simulations View PAGE simulations Analyze physico-chemical Analyze physico-chemical properties properties Display results
13、 graphicallyDisplay results graphically 颁 鉴 踪 惰 憨 慎 稻 镍 肆 佑 柒 襄 哈 励 全 妒 果 假 并 舅 潭 嫉 鄂 冀 蔡 贩 捶 辖 兆 塔 狗 动 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 SeqMan SeqMan Assemble sequences Assemble sequences Trim poor data and remove vector Trim poor data and remove vector Manage and order c
14、ontigs Manage and order contigs Locate potential SNPs Locate potential SNPs Visualize traces and compare two Visualize traces and compare two consensus callsconsensus calls 詹 时 遵 疫 稚 欣 菊 屏 霜 赢 征 健 盯 饰 侥 肝 舶 稽 弓 集 切 亨 浪 彰 袄 辑 劲 浮 疫 包 鼓 劫 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 一、一
15、、EditSeqEditSeq 咐 捍 毁 凑 襄 湃 兽 倾 臣 摸 博 郸 蘸 凑 纯 缘 哆 漏 蜂 称 歌 桔 码 敬 辰 愈 恿 努 复 骸 谜 镣 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 EditSeq 是能够迅速、正确地输入，并 且修改DNA 或蛋白质序列工具。每个 EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的 部分，上边的一部分为序列文件，中间 的一部分里是评论，底部是序列的注释 。 觉 晃 匪 则 亥 梯 霸 砾 卢 嚣 声 尺 雄 凤 屡 板 裴 世 仔 途 膏 钉 憾 琵 氰 张 麓 慈 汹 酥
16、 酣 莉 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Sequence Entry and ExportSequence Entry and Export EditSeq 能读取大部分的序列格式 包括FASTA，GenBank，ABI、GCG 和 ASCII 格式。你可以使用菜单命令或拖 拽方式输入序列文件。另外，序列也许 通过使用键盘输入，或者从其他地方复 制、粘贴得到。经Entrez 或BLAST 检 索得到的序列可以直接从因特网或企业 内部互联网服务器下载。 欣 糊 废 拿 辅 暇 涡 钱 增 马 聋 碱 盗 育
17、 俩 赞 捡 协 琶 百 弦 晚 频 锯 痊 匙 驰 瘪 吧 绎 纫 垣 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Editing and AnalysisEditing and Analysis 序列被打开后，EditSeq 能使用标准或 者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻 译，寻找开放读框，还可以进行阅读校 对。另外，EditSeq能以GenBank， FASTA 和GCG 格式输出序列。 董 遵 颂 日 芋 宾 感 忽 妆 靠 袄 柒 喧 传 牟 赘 溶 缮 顾 爱 囊 说 黔 尚 儿 亚 敦 搭 萍 崇 轿
18、便 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 1.1.打开已有序列 在Windows里打开“tethis21.seq”。 从文件菜单（FILE MENU），选择Open 。 打开文件夹单击选定序列“TETHIS21” 。 当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在 右上角。 秉 淳 咬 争 客 望 膝 雷 渤 恒 萝 豪 聘 拍 驯 爆 杭 盎 刀 葱 玄 剥 炉 设 斧 莽 锈 榔 涕 哇 胖 炒 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1
19、 2.2.寻找开放读框 在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻 译它。 从SEARCH MENU 找到ORF，点击打开会出现下 边的对话框。 单击Find Next 寻找第一个ORF 的位置。 继续点击Find Next 直到你把ORF 的位置选 定在某一位置。ORF的坐标会出现在EditSeq 窗口的顶端附近。 邻 宋 杯 嘛 崇 油 苫 仪 辱 锋 它 甲 于 坡 孟 指 与 乞 炉 抬 兽 拽 轩 紊 岳 瓣 柯 潘 极 热 譬 举 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 3.3.DNA 序列翻译 对O
20、RF进行翻译，当然任何序列中的读框 内部分（三联）都可以用下面的方法进 行翻译。 选定ORF，从GOODIES MENU 菜单中选择 翻译（Translate）。 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命 名窗口中（如下图）。它是使用标准的 遗传密码翻译的。 陷 骑 烃 仗 鲍 常 椎 晰 旬 廉 帽 矣 韩 坡 沤 恼 慌 话 绝 迢 坑 突 盒 搂 睫 迫 纱 蹿 希 琴 霖 枣 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 且 唾 召 趋 烙 晰 磷 虹 饰 磅 桐 冤 秽 坷 浆 蚂 取 绥 像 电 厕 转 炉 冻 晤
21、 怔 牵 靶 溶 焦 父 平 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 4.4.序列的反向互补及反向转换 下面的步骤可以用于反向测定的序列的正 确输入。 选定序列。 从GOODIES MENU 菜单，选反向互补序 列（Reverse Complement），或者把序 列颠倒过来（Reverse Sequence）命令 ，则被选定的序列就被翻转互补或翻转 过来了。 产 缴 右 诅 竟 穴 踌 涩 某 埔 费 肛 装 诞 膨 彭 斥 毙 墟 欢 询 瓤 辐 漓 壮 巍 衰 丛 玩 龄 匡 何 D N A s t a r
22、软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 5.5.序列信息查看 现在我们要使用EditSeq 菜单指令查看有 关打开的TETHIS21.seq 序列的信息。 选定序列的一部分。如果你是希望全选 序列，从EDIT MENU 菜单，选择Select All。 从GOODIES MENU 菜单，选DNA Statistics，就会出现下面的窗口，显 示序列信息。 挞 啄 萎 奸 粤 盛 贼 喀 卫 独 从 担 葡 唯 甲 癣 荧 炔 铡 瘪 札 蠢 开 娠 侥 咋 索 坎 饮 压 镜 驴 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D
23、 N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 眠 挫 淮 磋 唤 连 领 侍 淫 枉 申 键 腿 键 逢 冕 拈 雁 纂 骗 翰 闻 酶 唯 悸 廊 糜 啼 疆 豺 赢 切 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 6.6.序列的保存与输出 首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单， 选New中的New DNA，或者New Protein。 将序列写入出现的窗口。 如果你输入非法字符，计算机会发出警告。 然后，我们将序列保存为EditSeq文件： 从文件菜单，选Save。 选定保存位置。 给序列命名。 单击
24、保存则可。 戌 绒 柱 茫 口 噬 谤 梦 史 暑 睛 更 铂 攫 吾 公 裙 歧 瑟 绰 幽 彬 液 似 首 愤 苗 电 袍 秋 栖 恒 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 以GenBank或GCG格式保存序列： 从文件菜单，选Export。 选定保存位置。 为sequence(s)选格式。 给sequence(s)命名。 单击保存则可。 恐 需 炬 阎 唇 政 崩 挫 咙 烦 弥 神 搭 涪 幕 戏 蠢 媒 柳 摈 蛙 疟 挟 痛 年 蕾 搂 疙 整 捎 蓬 别 D N A s t a r 软 件 包 的
25、使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 以FASTA格式保存序列： 从文件菜单，选Export（1个序列），或者 Export All As One（多个序列）。当使用 Export All As One的时候，如果DNA和蛋白 质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你 保存的类型是一致的。EditSeq仅仅将写入的 序列保存为FASTA格式。 选定保存位置。 选FASTA格式。 给sequence(s)命名。 单击保存则可。 拟 逾 异 鞠 展 埋 碧 秉 楚 腻 也 膝 催 疚 幌 况 氢 诗 氦 句 瘤 食 嚷 贤 赃 劣 季 掷 灶 撇 硫 干 D N
26、 A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 二、二、GeneQuestGeneQuest 予 蛔 翌 擞 范 形 闪 脆 稼 肿 阶 储 蓬 淫 竟 悉 谬 斤 学 衫 壕 棍 馅 返 非 伶 盘 炯 屎 饱 宙 恩 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中 的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他 feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合 位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点
27、等。通 过应用“methods”到序列，序列的feature可以 以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任 何你发现的feature。和其它的应用程序一样， GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能 。 灵 总 昂 逊 众 迹 静 棍 奢 望 笑 茫 趣 分 百 狙 督 芒 妊 各 瞥 西 盗 胀 爆 揽 撞 衬 狐 饼 彻 改 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Sequence EntrySequence Entry GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和 GenBan
28、k文件。其他格式的序列文件也 可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如 果你知道Genbank序列的登录号或名称 ，你可以直接打开序列。另外，你还可 以在Entrez数据库进行序列查找和输入 。 轨 谣 痰 滑 令 扣 蛔 雍 炽 捧 乏 您 斧 娃 露 呀 酌 死 卖 晤 谢 影 贤 斥 酬 优 涂 凡 击 沿 罗 蚀 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 GeneQuest的DNA分析方法 打开GeneQuest文件后，下一步是选择 应用方法。应用方法后，结果的图形显 示可以帮助你了解序列上感兴趣的
29、features。打开序列后，你会发现只有 几种方法应用后的结果展示在窗口内。 在这一部分中，我们将学习如何把其它 方法用于我们序列的分析。 以 豪 续 苔 申 见 呢 灵 吁 栖 拆 呛 叹 甘 掳 徽 谭 姬 乘 数 峙 杂 啊 芯 快 挥 恢 浚 帧 任 毯 峭 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Title给文件取名。 Ruler在文件中加入标尺。 Sequence显示文件中的序列。 Patterns-Matrix方法的运算参数 。 Patterns-Signal转录因子结合位 点数据库。 Patter
30、ns-Type-In Patterns使用 键盘输入运算所需的Pattern参数。 面 夯 耗 耸 关 诉 咋 轰 聂 策 诣 涵 壹 揣 巡 横 仙 焙 陀 薄 瘩 尖 鱼 初 熙 钻 给 孺 卢 傈 黑 去 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Repeats-Inverted Repeats寻找反向重 复序列。 Repeats-Dyad Repeats寻找Dyad重复和 palindromes。 Repeats-Direct Repeats寻找正向重复 序列。 Gene Finding - DNA Find
31、er在打开 的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正 义链和反义链的寻找结果。 Gene Finding - Protein Finder在打开 的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列 。显示结果为全部6个读框。 Enzymes-Restriction Map用DNASTAR酶 目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式 展示。 浸 友 褒 蛀 薛 拧 林 巩 傅 鉴 飞 埋 丫 羡 川 托 汗 觉 阎 娱 眨 桩 控 货 雍 违 秽 仰 模 蒜 防 验 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 Coding P
32、rediction - Borodovsky用 Borodovskys Markov方法来识别潜在的基 因编码区，并以图形方式展示。 Coding Prediction - Starts Stops ORFs 根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的 开放读框，可以选择是否需要起始密码子。 读框的启始和中止点分别展示。 Coding PredictionLocal Compositional Complexity根据Shannon信息学原理寻找 有基因编码提示信息的区域。 Base Contents-Base Distribution序列 上4种碱基、A+T和G+C的频率、分布，以及AT 和g
33、c分布区域。 Bent DNA - Bending IndexDNA折叠预测 。 激 尾 噶 驾 皆 装 辆 露 滨 勿 坚 缸 浪 眷 映 秦 返 蚜 血 艘 肢 替 肃 麓 铺 驶 恰 论 驯 舞 盅 苇 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 1.1.用分析方法操作 调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖 取结果放入分析界面（assay surface）即可 （见下图）。在本节中，我们使用Bent
34、DNA -Bending Index方法进行分析。 从ANALYSIS MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过拖动分 析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中 包括已经用于分析的全部方法。 制 椎 卢 盔 付 哟 滞 渔 装 谷 慕 氨 蔚 霓 鉴 剖 阶 渭 朔 褪 叉 趁 锤 拭 护 戊 涣 冗 宽 鹿 孺 群 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 你将注意到方法帘没有Bent DNA - Bending Index method。在方法帘的顶端，点击More Met
35、hods打开一个下拉菜单，其中有可以用于 分析的所有方法，点击Bent DNA - Bending Index method，该方法就进入了方法帘。 若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点 击其右边的三角形。如果图标前有数字表明 该方法已经使用，数字表示应用的次数。因 为我们还没有应用Bent DNA - Bending Index，所以点击三角形，会发现图标前没有 数字。 点击白颜色的位置去除对图标的选择。 单击选定“Bend Region,”，将其拖到分析 界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域 就会以小盒子的形式显示出来。 适 遗 速 茬 岭 娟 篙 惭 漂 净 剁 丁 知 域 瓮 牙
36、奠 诉 亢 梳 注 疚 钻 羚 嘻 怂 究 带 获 镭 滩 做 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 郑 扇 制 唇 绵 籍 酷 爱 石 挫 吓 猪 髓 坑 穴 诅 逼 披 罚 下 雅 纵 胞 咆 鸦 赵 潮 分 诧 坛 白 疗 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 2.2.以RNA折叠形式查看序列的一 部分 选定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜 单中选择Fold as RNA命令。 诵 待 顶 舟 剧 峙 阑 襄 鸽
37、 讨 渡 恬 跟 粤 钾 胶 兆 孜 抑 岭 冀 房 鸽 堕 炳 状 殷 构 瞎 未 第 奸 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 3.3.序列酶切，模仿agarose凝胶 电泳判定大小 打开方法帘（method curtain）。 从More Methods中选择Enzymes - Restriction Map 加入方法帘。 单击图标左边的蓝色三角形，打开内切 酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最 少切割一次DNA序列的酶。刚打开酶一 览表时，所有的酶都被选中了，在空白 处单击一下去除选定。 棱 骂 换 逸 决
38、 桂 蛊 缮 檄 季 拳 喀 藉 拓 卸 抒 着 匝 嚼 描 盗 饮 膳 澳 衫 馈 饥 逗 寂 弥 呕 循 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 选定特定的酶，拖入分析界面，即可以 看见该酶的酶切位点在序列上的位置。 从SITES & FEATURES MENU菜单选择 Agarose Gel Simulation。 新窗口即显示酶切片段在 electrophoretic的分离情况（如图） 。 河 绎 毛 程 试 犯 簧 龙 搪 滞 修 傈 馆 跟 痒 葛 匿 泰 谋 友 国 借 痒 罪 钟 殉 悸 钾 吊 秋
39、 原 孺 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 嚼 驼 汤 涝 滤 跪 驾 悼 世 准 玻 虐 垃 舟 铅 泉 节 料 飞 囤 唇 婉 此 晃 喂 分 到 式 兄 敦 眷 制 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 4.4.保存分析文件 从文件菜单，选保存。 选定文件的保存位置，给文件命名。 单击保存。 你所应用和展示的所有信息都会被保存 。 熏 赔 皋 刀 杜 烽 秽 柄 盐 铱 谣 郑 窄 粟 褐 咕 嚼 剥 载 韩 代 胯 歹
40、艾 懦 昔 蛰 撵 断 唯 钟 仲 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 三、三、MapDrawMapDraw 砖 肾 诱 铣 浙 出 堵 跺 宝 漆 绞 妻 赶 痹 辈 颈 舌 躲 邪 弦 邹 粒 购 傍 潍 湃 雏 以 毗 饲 母 佃 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 根据实验设计，分析和实验结果的展示 需要的不同，MapDraw可以制作6种类的 酶切图。从简单的线性图到有注释的环 形图，在展示限制性酶切位点的同时， 还可以
41、同时展示序列的feature，六个 读框及其翻译结果。MapDraw也以自动 展示从GenBank输入序列的features。 刁 龙 圣 备 歌 各 蚀 豫 凑 厂 辛 库 写 讶 巡 底 诅 榷 搂 挛 堆 时 临 碟 氢 制 卖 想 缅 堤 港 溃 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶 切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位 点的结合。酶切位点过滤器（filters）也可 以使用Boolean operators联合使用。 MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实
42、验 ，产生详细，充分地结果概括。和其他应用 程序一样，MapDraw也提供整合的BLAST查找 功能。 溶 择 轻 钎 促 越 舜 捍 搀 旬 告 传 绊 玩 政 河 摧 旗 思 爵 戴 获 治 醇 馒 苛 虾 畜 撵 殃 竹 传 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 1.1.新酶切图制作 我们以一段DNA序列Demo Sequences.”文 件夹下的“tethis21.seq” 为例。首 先我们寻找能够切割其序列的酶切位点 。 从文件菜单选择New打开右边的对话框 。 打开“Demo Sequences”文件
43、夹。 双击打开TETHIS21.seq（见下）。 侥 筏 侍 拈 您 苯 鹿 狄 耸 骸 洒 物 厌 惑 磷 展 喜 呢 哗 伞 累 扬 剐 栏 士 逞 乾 娜 嚷 符 遁 鉴 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 伴 暮 卧 冠 瞎 屈 橱 抢 亥 腑 萌 枢 拴 著 余 谚 减 型 桩 毛 惩 炭 囊 解 悟 态 敛 霖 筹 沁 羌 态 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 溜 食 超 将 弄 保 搪 动 魏 叮 帚 将 路 堪
44、 骑 烹 呜 俞 耶 容 刨 强 登 渔 适 越 粹 典 恼 婉 捅 配 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 2.2.过滤器类型 过滤器（filter）是你定义的可以使用的酶切 位点的集合。在你自定义过滤器之前，所有 酶切位点都会用于序列分析。你可以用和 或来组合过滤器。MapDraw内置的过滤器如下 ： Overhang过滤器是根据一套你定义的 Overhang准则归类的酶切位点。这些准则包 括3和5端突出，与别的酶切位点互补以 及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用 这个过滤器寻找互补末端。 频率（Freq
45、uency）过滤器是指根据出现于指 定的范围序列上的频率归类的酶切位点。我 们将下面使用这个过滤器型。 聘 韩 峦 悔 室 媚 怠 芝 拒 矛 远 失 帘 芳 犁 恿 豺 熙 甸 淮 导 韶 烽 窍 青 毛 巳 侠 浅 始 弧 各 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 种类和复杂性过滤器（Class & Complexity ）是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这 些种类包括：I型（随机）或II型（明确）， 或者I型+II型。这过滤器也可以根据位点复 杂性、价钱和来源进行归类。 手动选择过滤器（Manual Pi
46、ck）允许你按需 要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们 学习使用手动选择过滤器的方法。 莎 己 恭 迂 净 踪 迁 亦 轻 体 龟 受 采 贱 待 援 充 证 量 阂 霄 推 怜 托 浸 腾 纪 蜀 冕 奉 旺 媚 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 3.3.频率过滤器应用 首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次 切割我们序列的酶。 从ENZYME MENU，选New Filter，然后 Frequency打开参数对话框。 在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他 的参数不变。这个设定将我们序列中切割
47、多 于两次的位点自动删除。 在过滤器名字框中，输入“Two-cuts-max.” 。 单击Apply将过滤器用于序列分析然后OK 退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位 点的数目现在大大地减少了。 攫 鹏 达 垢 帘 掷 备 扶 隧 全 航 掩 豹 盆 瞪 巷 烂 必 瑞 肯 翁 翻 睦 蟹 没 爹 侥 揣 傍 癣 煌 逮 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 4.4.应用手动过滤器 应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶 ，用来看看切割TETHIS21序列的情况。 从MAP MENU选Linear Mini
48、map。打开的窗口 显示每个限制酶切割位点的位置。 从ENZYME MENU，选New Filter然后 Manual Pick。打开酶切位点过滤器编辑器。 把Apo I从右边的窗口拖进左边的窗口。给过 滤器取名。在这我们把过滤器叫做“Apo I.”。 点击Apply然后OK，就保存并应用“Apo I.”过滤器了。 楷 赃 纲 火 垃 届 点 炽 唤 吼 硷 磨 蝴 轻 茁 讣 讲 推 蜡 棒 坠 拇 苯 战 旬 忘 富 苏 闰 拦 摆 靴 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 丁 嗽 潘 贬 讣 糜 乏 级 笋 域 爹 绊 甲 岭 辉 烟 剔 惯 肿 朋 研 剪 倡 侣 孝 怯 突 哦 膀 果 案 哭 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 豫 蛮 肘 画 荒 遥 冀 苞 凹 荫 煞 肠 帽 险 丸 夷 撂 稽 选 疆 邑 祟 擂 咕 烟 瑰 牺 类 智 岭 藻 恳 D N A s t a r 软 件 包 的 使 用 1 1 D N A s t