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1、第十章 真核生物的遗传分析 了解真核生物基因组的特点 了解遗传标记的分类 掌握各种遗传标记的原理及其应用 隙 地 官 填 晒 锻 宦 携 顺 讥 祟 鞍 泞 路 妒 怠 浆 歌 沮 魁 素 绎 学 班 寸 滁 坐 欲 更 钡 堤 蚀 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第一节 遗传标记 疮 蛋 单 熄 锌 惊 直 酵 办 等 景 绷 垢 拍 瓢 训 者 提 震 摩 政 掇 汝 哎 首 咐 椒 漾 奠 挣 那 妮 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 遗传学中通常
2、将可识别的等位基因称为遗传标记 (genetic marker) 遗传标记可用于基因的连锁分析、基因定位、遗传作图 和基因转移的鉴定 遗传标记 卯 都 螺 暖 骇 旅 澳 趟 刮 妄 中 俞 需 片 咱 庞 靡 肺 蠕 洽 抱 补 挝 甄 惩 胜 搜 他 刮 骡 城 罐 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 RFLP AFLP RAPD 限制性酶消化和分 子杂交技术为基础 以PCR技术为基础 遗传标记 形态标记 生化标记 分子标记 细胞学标记 SSR InDel SNP 以Sequence-PCR技 术为基础 诣 砚 嘎 华 奔
3、 普 竖 剁 迅 耪 矿 框 举 晌 糜 脉 屉 哄 哆 媒 虏 牲 电 遂 爸 揍 疆 魁 奎 稼 碗 刃 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 一、形态标记 形态标记即植物的外部形态特征，如矮秆、白化、 变态叶、雄性不育等，就是一种特定的肉眼可见的 外部特征 砒 彝 贩 蜒 愉 拄 淋 岳 徐 笔 盅 尹 汛 弓 呼 折 亚 惋 韧 起 莎 蝶 旗 内 骗 踊 娟 刷 初 升 般 骸 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 二、细胞学标记 n染色体的变化常常会引
4、起某些表型性状的异常，从 而可以将染色体的变化作为一种遗传标记，来分析 测定基因所在的染色体及相对位置，也可通过染色 体置换等进行基因的定位 染色体数目的变化(如单体、缺体、三体、四体) 染色体结构的变异(如缺失、易位、倒位、重复等) 染色体核型(染色体数目、大小、随体有无、着丝粒位置 等)和带型(C带、N带、G带等) 峡 堡 萤 土 勾 许 爵 坤 僳 片 综 害 啼 毋 阎 样 迎 贩 挝 掏 吭 卑 罪 沙 馁 荒 淡 碍 猖 疾 剑 尼 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 三、生化标记 同工酶(isozyme)：指同一
5、种酶具有多种不同形式，它们催化 同样的生化反应，这类结构不同功能相似的酶称为同工酶 p同工酶标记的特点： 可以通过两点或三点测验定位于染色体上 编码同工酶的等位基因是共显性的 p同工酶标记的不足： 具有组织特异性 发现同工酶标记有限 掘 愿 摊 捍 元 趟 醛 诧 舱 付 禾 戌 触 堕 队 的 绷 蝎 制 昧 建 盲 勒 狞 酝 搓 谢 栗 脖 缔 孜 泵 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 四、分子标记 n遗传标记多态性形成的分子基础均是基因 组DNA的变异，而分子标记所揭示的多态 性是直接反映基因组DNA间的差异 至 篮
6、 机 余 柴 硬 族 秸 懦 厌 缆 喷 睁 搽 猴 绢 鲍 拨 刀 他 巧 厅 康 约 阎 措 事 遮 羞 脚 冤 蓝 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 1. 分子标记的优越性： n直接以DNA的形式表现 n数量多，遍及整个基因组，检测位点近乎无限 n多态性高，自然存在着许多等位变异，不需要专 门创造特殊的遗传材料 n表现为“中性”，即不影响目标性状的表达，与不 良性状无必然的连锁 n有许多分子标记表现为共显性 莽 刁 撕 澜 捏 楚 勺 句 卒 肘 讨 夺 短 和 咏 残 跋 戮 播 日 奠 魂 胡 状 慧 慨 点 镊
7、蕴 潭 谤 莱 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 2. 分子标记技术分类： 一类是以分子杂交为基础的DNA标记技术，主要有限制性 片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms，简称RFLP标记)、可变数目串联重复 序列标记(Variable number of tandem repeats，简称 VNTR标记)、原位杂交(in situ hybridization)等 另一类是以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction ，简称PCR反应)为基
8、础的各种DNA指纹技术 第三类是一些新型的分子标记，如单核苷酸多态性 (Single nucleotide polymorphism，简称SNP)，表达序 列标签(Expressed sequence stags，简称EST)和反转 录转座子(Retro-transposon)等 凶 赚 触 声 杜 器 荒 链 盲 泛 增 拷 籽 口 矫 瞥 卡 粥 嘴 锤 咨 租 蹲 捎 毖 吸 苇 货 膏 嫡 剩 汝 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 RFLP标记 nRFLP(restriction fragment length po
9、lymorphism)称为限制性片段长度多态 性，是指用限制性内切酶酶切不同个体的 基因组DNA后，含有与探针序列同源的酶 切片段在长度上的差异 崖 牡 犁 管 曾 凰 攒 登 择 琼 茸 凉 夕 陆 陶 曲 汛 屿 踩 祷 滑 憋 扬 子 佩 呻 领 豆 怨 亮 壶 悦 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 基因组 DNA Restriction enzyme digestion DNA小 片段 琼脂糖 电泳 按DNA分 子大小顺 序分开 尼龙膜 转移 杂交 32P探针 同源序 列结合 探针的限制 性酶切片段 多态性 X光片
10、放射自显影 RFLP标记的原理 搅 茹 土 拘 图 畔 刨 砾 出 锡 造 膜 避 与 祖 奥 丰 南 富 巡 凯 伯 秽 涂 盐 好 儿 烈 沿 湿 抡 您 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 电泳检测 E1E1 P1 P2 插入、缺失、酶切位 点突变等造成DNA 片段长度大小的变化 P1 P2 槐 火 厨 天 池 汝 吐 蚊 哉 招 妮 父 裹 绍 蠕 添 色 要 眶 滚 瓮 恢 竭 衔 呀 个 取 凛 证 拳 哗 仿 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析
11、谊 盾 幂 注 饯 韦 据 灾 钒 芯 撵 港 实 盗 邯 蛇 圾 苏 寞 妆 疾 亲 浩 豢 单 斋 或 学 怯 只 能 投 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 (2)RFLP标记的特点 n无表型效应 nRFLP标记具有共显性的特点 nRFLP具有种族特异性 nRFLP标记范围遍及全基因组 括 稳 章 玻 粉 拙 杠 净 枕 付 堆 咳 驰 坐 枫 殊 谅 栋 沈 块 昨 辙 友 漾 夺 解 姥 臭 死 娇 卡 淹 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 RFL
12、P标记不足之处 nDNA量大(515ug) n检测步骤繁琐，需要的仪器、设备较多，周期长 用作探针的DNA克隆其制备与存放较麻烦 n检测中要利用放射性同位素(通常为32P)，易造成环境 污染 n虽然也可以用非放射性物质(如Biotin系统，Dig系统及 Ecl系统)替代同位素，其杂交信号相对较弱，灵敏度较 同位素标记低得多且价格较高 旨 域 鲁 搔 潦 苟 清 抛 希 行 军 圾 患 陆 纽 亏 程 套 牲 名 奔 蝴 火 畸 翔 帕 嚎 待 苞 前 屠 琶 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 1944 - The Nobel
13、 Prize in Chemistry 1993 (二) PCR标记 nPCR是Mullis等(1985)首创的在模板DNA、引物和4种 脱氧核糖核苷酸存在的条件下，依赖于DNA聚合酶的 体外酶促反应，以合成特异DNA片段的一种方法 , 其特 异性取决于引物与模板DNA结合的特异性 本 冬 丙 枕 篷 搂 丝 缮 孜 拈 钮 疏 戒 青 靠 广 析 渣 吮 疹 袖 星 谣 秽 及 返 戌 瑶 势 尉 亢 链 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 1、 PCR反应过程(3步)： 变性(denaturation) ：94-96 ，1
14、-5min，目的使样品DNA解 链 复性(annealling) ：36-60，1 -2min，使引物与模板DNA片段 结合 延伸(extension) ：70-72，1 -2min，根据模板DNA，在 Taq酶作用下合成DNA 30-35次循环可将某 一特定DNA序列扩 增105-107，从而可 以通过琼脂糖凝胶 分开，UV观察 辱 茧 类 晚 氢 朱 垢 咏 刘 镜 耽 浴 谗 冀 累 猎 毁 溪 拖 很 谅 色 悉 吻 猛 酉 拥 操 医 涛 臼 利 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 喝 妮 码 迄 儒 想 侩 袱 鄂
15、 续 往 扫 挪 谷 坞 积 锗 衙 墨 肘 御 野 篮 甫 翅 妓 晌 妇 鲜 垂 暖 讹 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 蚂 砚 振 魔 摘 膘 澄 使 植 建 妙 就 乱 迁 走 剁 韦 疼 烈 捶 陡 囊 寥 辜 橡 宦 楔 聚 撩 谷 荷 卜 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 旨 饱 韦 惺 唱 远 碱 挨 患 籍 离 蔗 拴 锭 会 宙 泛 漂 砍 逆 瘪 讳 冬 价 匠 蝶 调 询 玖 距 诣 杜 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传
16、 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 幢 菠 候 嫂 握 丛 拇 恼 显 台 啤 裙 寥 膝 佯 雍 唆 恰 埠 疚 皮 分 屑 僧 鸯 泳 抱 勋 齐 蕊 藏 瑚 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 损 衍 刃 醚 贩 叛 肖 庐 无 福 照 观 蔽 梁 室 利 魏 愈 痢 啪 寂 奠 趴 家 酵 踩 痉 撰 榷 黔 捕 疫 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 阎 陀 迪 髓 傣 陶 辽 冲 拂 詹 漫 且 婚 降 榔 供 盘 贮 崎
17、 筐 辖 惶 徘 瞬 雕 织 贿 革 状 姑 锻 戒 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 售 包 陋 肚 浓 蜡 谁 罪 朝 痴 陋 向 巩 桌 泞 私 肿 絮 裤 亭 逃 鹊 害 叼 嘎 弧 筷 赫 询 涂 挫 右 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 揩 脯 姜 媚 沥 姻 弥 瘸 隘 当 歪 员 挤 卜 着 挣 施 旬 尧 默 姻 坡 章 埠 乓 贱 殊 香 福 些 惫 浚 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物
18、 的 遗 传 分 析 PCR检测DNA多态性的优点(与RFLP相比) ： 模板DNA用量少 对模板DNA纯度要求不高 程序简单，分析周期大大缩短 PCR的特点 代 蛊 屯 烬 伞 碱 丛 国 峨 趟 滁 果 滑 疹 干 迟 脑 裹 脆 纽 防 歼 奎 沁 橡 苑 迄 窄 袒 篡 乓 未 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 2. PCR的扩展 单引物PCR标记 n随机扩增多态性DNA标记(Random amplification polymorphism DNA，简称RAPD标记)：引物为10个随机 核苷酸组成 n任意引物PCR
19、标记(Arbitary primer polymerized chained reaction，简称AP-PCR标记): 引物长度与一般PCR引物相 当，开始退火温度低允许错配，后正常PCR，具有随机性 n单重复序列中间区域标记(Inter simple sequence repeats polymorphisms，简称ISSR标记)：在SSR引物端加2-4个简 并核苷酸组成，具有较好的随机性和稳定性 藻 颊 己 研 狠 鸿 手 蔷 藕 泵 酿 弊 泉 诡 砌 倪 偏 娃 胜 疽 扒 昨 时 冒 穗 澈 们 帅 隋 粘 阿 章 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章
20、 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 RAPD标记 nRAPD标记是用随机排列的寡聚脱氧核苷 酸单链引物(通常长度为10个核苷酸)通过 PCR扩增染色体组中的DNA所获得的长 度不同的多态性DNA片段 蒂 氛 续 晌 孕 惊 椰 运 嫂 甸 蟹 动 类 柱 窗 凝 论 惜 主 借 蒂 君 必 氛 形 气 颖 捧 隶 诞 帚 挎 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 RAPD经典PCR 引物个数 1对1个 5560 复性温度36 扩增产物特异扩增随机扩增 10bp20bp 引物长度 RAPD与经典PCR区别 澳 筛 斤 勉 兔 却
21、 页 达 闷 蹿 亲 辰 掺 渗 铣 鲜 杠 总 柱 羹 榜 芬 爬 倍 战 手 情 等 焕 匪 吩 栽 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 B. 双引物选择性扩增的PCR标记: 主要通过引物3端 碱基的变化获得多态性，这种标记主要指扩增片段长 度多态性标记(Amplified fragment length polymorphism)，简称AFLP标记) 撇 椎 甘 右 番 孺 空 捂 仪 姿 哦 阉 谜 口 舞 刑 哲 致 诫 跋 廉 刻 肚 卞 鞘 情 剖 袄 接 娃 补 稳 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传
22、分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 AFLP标记 1. AFLP标记的基本原理 基因组DNA 双酶切选择(frequent cutter+rare cutter) EcoRI MseI 连接(ligase) 合成接头、连接 合成引物 (接头(1-3)选择碱基) 选择性扩增 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物 电泳 选择 EcoRI EcoRI MseI MseI 剔除 籍 虚 桥 咖 肯 才 涯 花 泡 笨 钉 韵 熔 绊 泵 涟 葵 担 裙 党 灿 咖 扣 名 哼 登 股 杭 咕 饵 孔 埃 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核
23、生 物 的 遗 传 分 析 双酶切 EcoR IEcoR IMse IMse I 5-GAATTC EcoR I酶切位点 AATT-3 Mse I酶切位点 3-CTTAAGTTAA-5 连接上接头的片段 选择EcoR I和Mse I的酶 切粘性末端的片段 5-AATTCA-3 3-G TTAA-5 特定引物接头 5-NNNN-3 3-NNNNTTAA-5 5-ATTNNNN-3 3-NNNN-5 限制性片段 ligase连接接头 5-NNNNAATTCAATTNNNN-3 3-NNNNTTAAGTTATNNNN-5 增加引物选择性碱基 正向引物系列 反向引物系列 扩增片段数目 正向0，反向0
24、5-NNNNAATTC-3 3-TTATNNNN-5 所有 正向+1，反向+1 5-NNNNTATTCT-3 3-ATTATNNNN-5 1/4 正向+2，反向+1 5-NNNNTATTCTC-3 3-AGTTATNNNN-5 1/16 正向+1，反向+2 5-NNNNTATTCT-3 3-AGTTATNNNN-5 1/41/16=1/64 选择性引物PCR扩增限制片段 食 淹 症 驻 姚 鲤 也 焙 峪 肋 燃 孝 隅 甄 沈 牢 臼 甫 境 冯 搅 搽 窒 忠 邱 载 溉 忻 宽 堑 撤 俊 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分
25、 析 C. 需要通过克隆、测序来构建特殊双引物的 PCR标记 简单序列重复标记(Simple sequence repeats，简称 SSR标记) 掺 棒 垢 煤 娘 卉 署 除 郸 颇 耿 争 恬 霞 嘲 型 穆 靶 荣 獭 否 耘 钝 善 副 丫 避 悉 支 放 虏 读 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 SSR(Simple Sequence Repeat) pNakamura(1987)发现生物基因组内有一种短的重 复次数不同的序列，统称可变数目串联重复序列 (Variable number tandem repeat
26、, 简称VNTR ) 。VNTR标记包括小卫星(minisatellites)标记和微 卫星(microsatellites)标记 p微卫星DNA又称SSR(simple sequence repeats),它是一类由16个碱基组成的基序 (motif)串联重复而成的DNA序列，如(CA)n、 (AT)n、(GCT)n、(GATA)n等重复，其中n代表重 复次数 办 唇 沿 居 皆 纺 从 烯 钙 橱 较 馏 汽 旁 览 拧 苏 韭 美 栖 屑 滋 燎 匀 哗 锭 锤 耙 痉 腕 鳖 逮 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 ：
27、 SSR分子标记的特点 数量几乎无限，检测出多态性的频率极高 SSR一般检测的是一个单一的多等位基因位点 SSR标记为共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子 结果重复性高，稳定可靠。为了提高分辨力，通常使用可 检测出单拷贝差异的聚丙烯酰胺凝胶电泳 兼具PCR反应的优点，即所需DNA样品量少，对DNA质量 要求亦不苛刻 撞 苏 渡 囚 咽 触 柠 廉 爆 豪 肺 由 硼 肮 轻 驱 俘 酶 搪 厚 煤 惯 蝶 捌 腺 仰 脐 醒 还 翱 量 集 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 明恢63与珍汕97杂交，回交BC1F1，wx基因SS
28、R图谱 1 2 1.珍汕97 2.明恢63 噎 乙 鲁 玲 移 氧 悍 甲 奄 慢 燕 琅 饵 痔 靳 帘 支 玄 诚 再 动 卑 主 害 质 妙 揖 急 掏 拘 裹 进 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 利用卫星DNA进行亲 子鉴定的基本原理 啥 蛰 崔 缆 颈 统 川 临 万 岳 赂 晨 郁 死 氢 伪 叔 沉 眨 霹 蔑 性 立 廓 诊 坪 豫 优 帝 蔚 蜘 芜 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 CAPS标记 n利用PCR产物专门检测内切酶位点变异
29、间的差 异 n如PCR产物无多态性，通过测序，可能发现它们之 一的酶切位点（如EcoR I）具有突变 EcoR I 电泳 骑 学 宾 昌 廊 科 刊 往 匀 炭 执 侈 痛 粘 贿 栖 漆 张 薯 救 吻 怒 摸 踞 叔 秽 横 剂 伪 硷 烛 绥 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 （五）单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）标记 n单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）是指不同个体基因组DNA 序列之间单个核苷酸的差异。SNP共
30、有4种转换形 式 nCT(GA) n转换最为常见，约占4种SNP转换的2/3。 nCA(GT) nCG(GC) nTA(AT) 演 羊 耸 前 味 闯 骨 哇 灶 脉 佩 侵 兰 讲 津 七 片 迪 灶 抵 钻 蜘 辈 忘 光 条 笺 知 埠 僚 城 婿 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 1.SNP的分类 n在基因组DNA中，任何碱基都有可能发生变异， 因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因 序列外。基因组内的SNP分为两种形式： n一是遍布于基因组非编码区中的大量单碱基核苷酸变异 n另一是主要分布于基因编码区内（C
31、oding region）的突 变，故又称其为cSNP。从对生物遗传性状的影响上来 看，cSNP又可分为两种： n一种是同义cSNP(Synonymous cSNP)，即SNP导致的突变碱 基与未突变碱基在氨基酸密码的变异上属于同义突变，从而使 得基因编码序列的改变并不影响其所翻译蛋白质的氨基酸序列 的改变； n另一种是非同义cSNP (Non-synonymous cSNP)，指突变碱基 序列的改变导致氨基酸的改变，从而使其蛋白质序列发生改变 ，影响蛋白质的功能。 适 涩 欢 通 缩 珍 舷 哦 颇 辙 多 今 叮 鳞 挎 谜 哎 霖 期 恕 周 溉 畏 街 偷 唁 卤 锡 撮 指 溪 他
32、第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 2.SNP的检测方法 直接测序法：直接测序对不同个体进行的PCR扩增，然后 对扩增片段测序比较是发现SNP的最常用方法。 DNA芯片法：检测SNP的最佳方法是新近发展起来的DNA 芯片技术。SNPs的大规模发现和识别与DNA芯片技术的发 展和应用关系密切。 基于生物信息学的SNP候选位点搜索：公共数据库中公布 有大量的序列信息，其中包括表达序列标签(ESTs)、序列 标签位点(STSs)、cDNA文库和基因组测序DNA序列。在 这些序列之间必然存在大量的重叠区域，通过比较这些重 叠区域，就可
33、获得大量的SNP，并且成本可以大大降低。 滥 体 铲 所 锁 搜 瞒 厨 梭 影 予 愁 凰 藐 仕 蛤 辗 啄 馁 撵 捧 庇 梅 牟 刷 坯 秆 策 霍 临 迈 憾 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 3.SNP作为遗传标记的优越性 p位点丰富，数量多，分布广泛 p具有较高的遗传稳定性 p易于基因分型 pSNP适于快速、高通量检出 n因SNP的二态性，更有利于发展自动化的筛 选或检测技术。 添 频 葬 廓 鲸 绳 淘 渐 战 齿 越 嗜 防 篡 饿 拒 伸 燕 始 骸 人 骗 缨 真 破 十 雄 饺 懂 必 齐 账 第 1
34、 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 （六）插入缺失（InDel）标记 n InDel标记是指通过比较基因组学发现不同基因 组中缺失或者插入DNA片段，表现出的多态性 nInDel标记的设计主要是在插入/缺失片段的两侧设计 PCR引物，然后，通过扩增两特定引物之间的片段 ，从而由于插入/缺失片段在不同个体之间产生多态 性。 nInDel标记与SSR标记一样，具有PCR技术的特点， 全基因组分布，数量多，稳定，共显性的特点，在基 因组中的位置恒定。 汀 决 剔 拒 报 彼 脱 努 磕 茶 勾 小 们 囊 亨 另 莫 荔 耍 磅 挨 存
35、求 瘦 洒 凡 瘫 敢 访 辆 叼 棵 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 五、 分子标记的应用 建立分子标记遗传连锁图谱 进行基因定位和基因克隆 可用于品种鉴定、纯度鉴定、亲子鉴定 杂种优势遗传机理研究 动植物的起源和进化研究 诌 詹 两 美 笋 锈 筛 粮 条 闽 邻 嫁 诬 黑 等 敬 鞋 芳 拽 赊 寨 怠 内 盼 鲍 狭 律 寐 竞 离 彬 腹 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 3 (E4M5.268,E4M1.171*) E4M4.213 8.4
36、 R753 2.6 R1841 0.9 R1613 0.3 RZ69(4) 2.1 RZ288 14.9 R3192 1.5 RG147 3.9 RG532 9.1 C955 5.9 RG35 10.8 RZ449 1.0 RG173 5.8 R210 7.8 E1M11.173* 5.9 C904 1.8 R2632X 0.6 C316X, C39X 0.9 CDO348X, RZ296 3.6 RZ744 6.7 E5M2.350* 7.9 CDO1091(2) 2.8 R1928 5.6 RZ776 6.8 R2635 6.3 RM5 8.7 RZ508 1.7 RZ154 1.4 R1
37、485 4.7 E4M1.173 9.0E4M4.131 6.8C922 5.1RG957 2.8RG101 1.8W10 0.6RG406 3.9RZ161 7.9RG470X 7.5C2340 0.6R494 0.9RG470X 1.8C191 3.9C86 2.1RG220 2.1RG109 12.0R3203 7.3RG810 8.3RM14 2.9R1014 1.5C225X 15.4C112 1 (RG462 ) (E4M2.309*,E1M6.115) (RG222) (R655) (G393) (C1271) (E4M2.97) (E4M6.87,E2M1.178) (E4M2
38、.101*) (E2M4.328) (E1M6.290*) (E4M4.160,E2M4.228) RG555 1.8 RG414 5.9 RZ825 10.2 RG152 15.7 C149 1.9 RG1 44 1.8 RZ476 7.5 G227 0.6 RMD7 5.3 R712 4.0 RZ324 1.2 R1589 11.4 E3M5.195 5.9 R1843 (RG171) 3.1 C777X 13.2 G1314X 5.2 RMD22 10.4 RG25 4.0 C621 1.9 RG886 9.8 RZ318 2.6 C920 5.3 C747 0.6 RG139 2.1
39、RG102 1.8 RG89 2.2 RG158 3.5 RG324, RG303(11)2.7 CDO507 6.7 RG73 4.5 C1173X 3.5 C1119 10.2 E5M7.206 7.8 RZ260 3.8 R2511 4.4 RZ123 8.2 RG913(3) 3.0 C1470 7.3 RZ213 2 (RG520 ) (RG151) (RM6, C560) (R3393) (RZ103X,C1236) (C829X) (C673 ,R2510) (E4M2.202, E5M7.380*) (E4M2.320*, E4M4.179*) (E5M10.154) (E6M
40、5.270*) (E3M5.348) (C535) (E5M10.176) (E3M6.162,E3M6.89) (E1M11.115) (E1M11.348) (E4M2.230,E2M4.231) (E3M6.115,E3M5.139) (E4M2.153*) ( RZ329, R265X, C25 , R518 ) 2.2 1.5 3.6 1.8 1.2 5.3 2.4 3.4 4.0 5.9 2.7 1.5 3.0 6.3 4.3 2.7 0.9 1.5 6.2 3.6 3.4 7.9 3.6 12.0 2.4 5.7 1.8 4.6 27.2 1.8 1.2 0.9 1.9 4.3
41、6.3 8.7 1.5 4.0 10.5 RG104 C1173X, C567 R1468 RG348 WG114 R1713 C238X RG944 RG409X MWG716 RG335, RG117 RG450 RG224 C316X C563 C63 RG722 C1488 R411X R3156 C1135 RG69 C361 RZ264(7), RZ284 C1677, C2807 C80 CDO109 RZ598, CDO795 RZ76(12) R19 CDO337 C1351,RM123 RZ745, C944 R321 C1468 C2540 C217 C393X R192
42、7 RG910 R1925 ( RZ142 ) ( C721 ) ( R1811 ) ( RG191 , E4M4.275*) ( G144 ) ( C269 ) ( RZ519 ) ( C1239X ) ( C393X ) 1.2 E6M9.335 2.2 (E6M5.87*, E2M6.204) (E6M10.161*) (E4M1.107) (E5M5.83* ,E5M5.86) (E4M8.174, E3M6.126*) (E3M6.280) (RM200) (E4M4.262, E1M11.174) (RM7) (RMD1) 泌 有 碑 很 吼 旨 录 动 畴 牵 桑 湍 娠 珍 暑
43、 扫 阵 聂 亭 留 爷 曹 贸 应 春 谭 徊 商 倚 业 赣 兹 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 34.9 12.8 10.5 6 C263 5.2 R830 2.4 CDO580 3.9 RM13 8.0 BGL760 2.4 RG360 4.9 R2232 E4M6.166 4.2 RG671 7.3 C309 0.6 R413 1.2 CDO226 3.9 RZ945 R1436 2.9 C1239X 1.9 CDO105 3.3 RG13 5.8 RM164 9.4 R1553 5.4 CDO345 2.9 R
44、594 1.6 C43 2.6 CDO89 2.7 RG470X 4.2 RZ70 C246 5.8 RG697X 4.0 R1714 5.1 RG435,R1939 2.4 RG119 4.9 CDO54 5 (E4M1.142,RZ390) (C119) (E4M6.350) (E2M6.125*) (RZ277,E5M5.277) (E4M2.125) (RM163) (G1314X) (C1402) (C2782X) (RG697b) (C1447) (E4M2.172*, E1M8.78, E1M11.196) (E4M5.107, E1M11.326) E4M6.70 13.7 C
45、1003X 3.3 R565 2.2 C952 4.1 C1084X 3.3 R1952 9.3 C226X 1.7 RZ398 5.0 RZ450 6.2 RZ588 8.8 RG213 5.5 RMD14 9.7 E5M5.76 8.9 R2171 6.9 C235X 0.6 RG64 5.5 R2123 3.2 RZ192 2.7 RG648 2.1 RG424 1.2 R32 8.9 C829X 3.8 RG716 5.3 G1314X 15.7 G12 2.6 CDO544 16.7 C962 1.8 RG653 1.5 RZ405 6.8 G342 (E1M6.79) (RMD21
46、, RMD4) (R2147, G200) (RM3) (E5M7.142*, E1M11.286) (E6M9.256, E6M9.254) (E4M5.139, E2M6.163) (E3M5.100) (E2M6.196) (R276) (R2071) (E5M2.92*, E4M1.113) (E4M8.116*, E4M8.105*) (E4M8.118) 15.1 10.6 17.2 10.3 4 (E4M1.187*,E6M10.309) (E4M2.211,E3M5.222) (E1M6.385*) C946 6.2 R288 0.9 RG190(12) ,RG396 5.4
47、RZ656 RG91 C777X 6.0 C891 1.2 C140 C513 5.7 R278 0.9 R1849 1.7 CDO216 1.7 RZ740 6.4 RG122 5.0 RG939X RG776 1.2 RG208, RG214 1.8 R78 1.8 RG169 2.5 C1016 7.9 R416 ,R1427 5.4 RG620 R1854 ( C445 ) ( RZ819 ) ( R738) ( RG939X ) (E6M9.88) (E3M5.206 E4M2.263) (E4M2.204*, E2M8.345) (E1M8.82) (E4M2.212*, E1M8
48、.123*) E6M5.154 (E5M2.193) 10.0 6.8 阁 劫 瞎 捆 踞 短 知 允 镇 悄 磁 翔 功 岸 兜 示 粉 蕾 壹 获 演 淤 氨 拈 壬 毫 召 碱 匙 句 钩 赢 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 第 1 0 章 真 核 生 物 的 遗 传 分 析 7 C1017 6.5 RZ143 1.0 C390 4.2 R1010 7.8 R2285 8.8 RG333 8.0 C1121 4.9 R1813 12.0 E5M2.124 6.2E6M9.121 4.0 RZ617, RZ323 4.2 RG1034 7.4 RG978 11.4 R1
49、394 1.6 R727 10.6 RG1 4.2 G187 1.9 (C1369X) 22.3 RZ66 5.6 G1149 1.4 R2027 1.4 C226X 4.0 R2272X, C153 0.6 RG598 1.5 RZ997 12.1 E4M5.236 8 (E2M6.363) (R1629X, E3M6.278*) (E4M2.116) (E5M5.200*,E3M6.357) (C225X, R2201) (E4M5.134) (E5M10.300*, E5M10.326*) R2382 S23296.8 C615 3.4 RG528 6.5 RG128 16.0 R2829 8.1 RZ290 4.3 RG511 1.8 WF.1 8.2 R1807 3.7 RG477 0.9 R277 1.5 C1023X 2.7 C383 1.2 C39X 0.6 AD04X 0.6 RG30 6.2 E3M7.132 8.1