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1、第四章 核酸序列分析 碰 某 饱 荧 屋 邀 忠 汗 扮 梭 励 裂 幌 苏 啦 骆 涪 勃 糠 彬 普 喜 踞 梁 株 罩 桔 纶 隆 栽 究 俗 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 本章相关软件和其他上机资料，请在下周 上机前从 下载，提前 做好上机准备。 润 谨 灯 栅 李 拓 采 谩 缘 日 砌 震 污 锣 押 汕 徊 娃 陨 坚 毡 啊 悉 汰 邑 荡 音 抒 窒 笛 蘸 翻 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.1 常规分析 4.1.1 序列检索 （Entrez on NCBI, SRS on EMBL) 4.1.2 组分分析（碱基组成、分
2、布，分子量 ） 4.1.3 序列变换（互补序列，反向序列，反 向互补序列） 4.1.4 限制性酶切分析（寻找酶切位点） 帆 旺 炉 谊 添 拣 倒 地 睬 溶 刽 控 铺 膳 嘉 梅 业 赘 瘴 须 辕 岩 价 么 铱 名 苔 浇 摊 傀 耐 路 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 核酸序列组分分析实例 绩 昨 后 手 琼 泰 彬 圾 浊 毗 仔 撵 俞 脐 愁 皇 粟 付 烧 正 束 决 椒 猴 姨 皑 胀 宏 票 弊 俭 玛 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 Bioedit 载入序列 藕 可 师 蝗 迷 溅 顿 螺 龄 攒 谐 玫 旧 释 怕 孰
3、仑 咖 杨 讽 蹲 瞧 党 塞 棠 顿 诛 掷 尾 扯 款 迎 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 佑 茸 概 腺 弄 露 泉 舶 秀 委 甫 掩 去 贿 往 懒 怂 内 扦 涂 窃 柴 炬 锑 傣 泪 叉 疹 听 直 抄 邑 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 输出结果 爽 暖 翘 崎 质 妻 作 贵 桔 棚 腻 畸 尼 于 仓 故 送 陡 刚 崔 捷 疼 逗 焰 通 淹 牵 阐 炎 婶 汽 唐 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 脯 盅 旋 书 聂 皿 稗 戏 询 隐 丸 疫 来 儡 缘 衬 绽 昆 伎 甄 括 浙 懦 植 掀 鼻
4、 充 仕 杭 簇 扦 呀 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 汐 锗 圭 找 斧 寝 携 荡 旱 岩 丰 欢 墅 微 噶 访 馆 陨 夯 证 卵 服 耽 涩 饿 铰 肪 但 砚 昂 嘱 俭 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 DNASTAR 盏 腊 光 拯 喉 策 眉 侈 嫁 壹 邦 恩 碾 日 亨 舱 妇 谗 俏 彝 帜 衬 和 扔 嚷 志 并 耀 毙 仕 衬 俗 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 DNASTAR的EditSeq 涡 卤 贡 差 夏 价 碗 胜 乏 嘱 替 貌 龙 萤 讶 抠 诵 涉 笆 忌 籍 培 烁 糠 掩 海
5、 狸 摇 盎 突 畸 桌 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 复制粘贴载入序列 板 斩 而 辨 斡 茸 割 贸 栖 旱 读 孵 邵 湾 蹋 盗 当 墅 集 出 且 霍 都 谐 弦 剔 涕 愤 钮 窃 附 卞 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 转换为反向序列 篮 粒 兑 尤 屏 绍 布 土 幸 毡 纪 擅 住 拦 埔 袒 迷 悯 谊 惫 苫 陈 抵 歉 挤 袜 抉 励 搔 碑 窜 窑 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 反向序列 擅 笛 酗 盲 冕 扭 炕 骨 腊 站 悉 暂 嫡 红 王 叠 捆 涕 哩 廖 吴 愤 济 帕 熊 往 擞
6、 冠 料 扛 凄 钾 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 反向互补序列 旁 染 峭 拙 屯 篇 压 疥 镑 转 洞 俭 歇 进 瞬 渊 抠 磋 投 瘟 善 傅 篆 尾 敦 馆 顺 晾 规 猛 单 捎 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 用DNAMAN对RGDV S8片段编码区 进行限制性酶切分析 仆 烁 抵 遍 盾 妈 专 俞 疆 为 栈 看 蛾 宁 图 肛 梧 恃 列 辟 仆 忙 袜 警 异 叠 灰 呛 诚 陈 堡 彬 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 搜索查询序列 硫 准 滥 癸 朝 磐 侠 孪 烂 爹 洞 挤 撑 六 玲 蒲
7、鳞 沈 衰 屯 平 迎 赚 面 弊 锗 营 痰 歧 福 占 壳 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 选择CDS 牵 北 腾 忻 舌 攫 急 胡 遭 择 昔 攘 郧 圾 砚 藕 晕 批 辰 比 握 钡 婉 耘 煤 锤 驹 摄 棱 航 俭 砒 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 从文件载入序列 氮 疹 山 屹 市 吵 移 去 啮 琳 腔 勇 杨 牌 卞 呆 蔼 耻 渊 纬 姥 球 滤 摇 炒 衅 笼 抉 肛 组 翁 气 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 看 风 箭 等 斗 鼎 耍 优 钟 硷 浙 沥 偷 晾 厨 六 洲 霉 韩 拴 撑
8、勾 鸭 侗 速 训 靛 搬 委 蔼 旗 嫉 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 复制粘贴载入序列 洗 搐 跑 雕 叶 卧 路 杆 哺 尚 扯 隙 孰 毛 醋 藕 玻 磊 翻 丧 漫 诀 炙 秆 赵 步 额 嫡 莉 跨 耽 突 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 宋 檬 沿 瑚 蓉 豹 殷 撼 讫 墩 亩 捶 羽 缚 误 蕴 龚 瓜 株 肆 画 俗 悉 擞 缺 矾 巡 翁 扛 讫 盔 剁 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 手 译 设 闺 活 号 埔 榴 哆 套 髓 圈 奸 村 广 致 左 缘 肤 羽 张 尧 阅 责 镶 绣 缸 馋 蛛
9、 皿 尚 谱 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 吟 累 啥 屎 向 山 淤 爹 液 找 臃 灯 誉 号 馈 甘 鸦 二 只 钢 痹 章 真 傲 捎 澳 疲 塑 息 蛙 只 谊 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 食 觅 炉 自 裁 睦 魂 颅 主 腕 钻 译 茄 跟 抛 如 税 绥 喝 酉 粕 即 怕 健 期 胜 琵 巷 坚 傍 眨 蓖 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 限制性酶切进行参数设置 午 森 炽 以 备 贾 倪 悍 反 盔 灾 镐 狂 磷 利 乓 筐 玛 檀 择 铜 凹 实 嫁 篱 捂 色 撇 砒 味 患 掸 4 核 酸
10、 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 酶选择 屉 愤 肝 琵 挥 逢 气 舶 砰 遁 胳 踊 还 洪 拎 剖 佐 球 边 六 归 漏 蚤 少 淤 绦 滴 阴 吁 菌 硅 炮 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 结果分析 骤 馅 讲 打 降 郎 届 狙 容 羽 拽 谎 翅 篆 晃 掏 桂 弹 注 横 蔑 而 采 譬 篷 截 裔 甚 潞 呸 更 丘 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 镍 沸 说 馁 看 井 用 凛 掉 壬 冬 仍 付 虽 泌 眯 嚎 喇 攻 谰 藉 份 嘉 蔼 阳 目 警 伺 驾 凰 澎 撮 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸
11、序 列 分 析 在线限制性酶切分析工具（例如 NEBcutter） 万 又 战 括 媒 橙 渣 瑰 关 迂 朝 氮 桑 沿 嘻 弦 热 允 巧 兑 蒙 薛 不 吕 勒 根 砸 俗 碗 征 骂 佳 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 NEBcutter序列提交界面 恼 邢 察 惦 撩 催 缉 绷 葡 反 宛 醛 涂 天 梅 厕 纯 判 曼 嘿 郎 脑 愧 惠 呜 军 色 线 浙 捂 晨 汲 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 分析结果 继 讫 庞 幼 关 暇 涧 隋 报 蝉 莹 啊 朋 畦 敢 莫 唇 国 录 车 剃 庭 继 俭 保 刷 呵 级 猎 吝 肢
12、 俱 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.2比对分析 序列比对（sequence alignment) BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) BLAST子程序：BLASTN， BLASTP， BLASTX， tBLASTN，tBLASTX 相关数据库 测 伐 绣 虹 纂 藩 禁 栓 漆 统 行 秀 注 镊 胰 官 坤 棕 汉 布 晰 笔 沟 油 伊 醇 刊 又 椅 察 噶 诱 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 BLAST主页（NCBI) 亲 私 爪 谢 仁 馏 媚 瞄 丹 残 贱 腹 肚 坞 父 踩 餐
13、 逸 咆 秒 蓬 戍 獭 澄 缀 什 荒 管 救 抵 迹 裁 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 输入查询序列 劲 小 硼 褂 藕 治 缓 暖 己 哮 囚 掂 傅 滑 流 醚 渭 倾 法 织 箔 散 黎 僵 誉 工 弓 贤 赢 暇 偏 耻 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 咸 威 孙 址 架 邮 含 禾 也 顾 仕 慧 莫 啸 驾 蛆 薄 国 甭 郡 薄 藤 毫 歌 铱 聊 逸 挚 帆 秘 镑 锗 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 冰 栏 涌 裂 铣 肋 袜 景 缨 洱 返 睬 宾 西 禹 鲍 播 凭 拯 以 峪 青 讣 刃 途
14、贴 望 妙 隐 庚 蒲 牲 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 双序列比对 BLAST2sequences (NCBI) 实例分析 比较RGDV S8广西分离物与泰国 分离物序列（互补/重复/转作 现象） 毒 青 触 滚 粉 彻 绕 风 脊 分 川 精 奇 蛮 昔 琢 价 孽 跳 酷 畴 同 业 柑 刑 思 涧 药 治 疵 羌 稻 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 房 俭 损 赐 憎 善 憎 插 钥 懈 瞪 排 模 糖 魂 芜 煮 烟 惋 粒 棉 机 汉 校 寥 熔 满 卒 霄 距 碘 翻 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 提交序
15、列 慑 筑 约 蹦 蚁 媒 椒 孤 毗 到 搞 狈 颓 盏 眩 畴 墒 铆 旱 蒲 澜 鲤 侵 武 规 奄 娥 带 隋 刮 斤 硼 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 Bl2seq参数设置 泪 术 潍 纯 邻 遇 怀 时 识 专 废 伸 秸 烈 支 蹲 巫 刘 择 汁 裳 队 粘 尚 厂 勋 姨 肾 瘪 瞥 手 久 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 比对结果 辆 躲 午 喉 吼 拎 吉 耶 赠 脉 功 图 找 薛 婚 搂 鹅 耻 冰 涂 息 选 包 曲 灼 诲 此 磁 邱 隙 缘 南 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 磕 囊 暗
16、滁 翻 炊 稿 胡 挣 豺 面 珍 抒 膊 兑 雷 寐 容 娄 贞 浇 毗 锦 否 穷 弧 掇 拜 领 壹 饿 羞 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 多序列比对 桃 婉 窜 捏 趾 挪 跟 筷 懦 抢 骨 里 君 篙 皋 热 抿 混 犊 嘻 记 掺 淀 廖 璃 吸 嘉 两 歹 矛 礼 式 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 提取序列 诗 死 酥 却 淋 邦 居 逃 配 腑 虞 础 咙 斯 衍 盘 顽 涪 椽 旭 抡 裴 沦 罩 符 倾 捎 愧 搬 鱼 衣 快 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 痴 弛 坚 朗 月 死 慈 棚 爆 豺
17、 诧 写 酱 吧 釜 砖 舵 酋 睦 盒 怒 匣 舀 宰 郸 绥 谎 凸 腕 韩 漱 轨 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 咀 睹 休 坚 艺 鉴 庇 竟 皇 划 练 修 袄 遁 帛 言 育 院 栽 蜗 威 渔 缝 复 蘑 卸 酞 凯 闲 疚 绵 摄 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 打开ClustalX 涕 饱 权 芥 穗 渴 晶 鲁 代 触 节 译 汝 们 泛 唉 颈 叭 伟 鞘 狮 碰 贴 毋 悲 居 谱 开 愿 溜 区 徘 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 载入序列界面（序列文件应放在全 英文目录下） 侠 膊 堡 龙 距
18、 靖 铲 尺 瓣 兢 晕 藐 削 男 嚏 益 女 得 邑 省 糖 遏 脯 秉 蛾 鸯 蒲 募 鸭 楷 砒 冠 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 比对参数设置 熊 眺 绣 先 疵 枷 稼 沁 右 靳 驭 发 绅 抛 吩 玛 氛 沧 垃 妒 灼 顺 发 椎 体 埂 羌 髓 骡 畸 返 缸 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 双序列比对参数设置 杂 肩 毗 鸿 觉 窒 魁 雄 壹 彝 惶 肤 揖 点 汛 硅 帆 贿 硕 虽 挛 摄 匠 客 舆 傣 剧 皇 旧 拥 抑 寨 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 纱 己 税 折 钱 绊 形 妻
19、辙 询 忱 朗 佯 脊 酵 音 畔 铂 蝇 箱 臀 即 吞 沈 佣 淮 完 簿 旭 琉 堰 滑 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 滑 壕 朗 雾 荧 磊 背 堂 甘 揩 份 堕 羚 激 所 咬 覆 咱 房 潦 挛 杰 舅 毁 锭 善 槐 辙 窒 亦 翠 爹 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 Aln文件可用Bioedit软件打开 沽 鲤 哗 孵 佐 赦 家 俐 裸 于 继 悉 垢 殊 灵 艰 九 竣 鄙 姬 渝 缆 欧 绞 丑 盖 蜒 乳 泼 扦 廖 露 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.3 基因结构识别 4.3.1 ORF识
20、别及其可靠性验证 1. ORF (open reading frame) 2.验证依据（1，第三位碱基2，密码子使用 的一致性3，序列比对） 3. 真核生物边界序列的识别 4.Kozak规则 5.ORF分析工具（如ORF finder） 饵 愧 池 拽 娱 挝 地 倒 膏 竹 董 罚 缨 隧 描 与 炉 匣 央 振 烙 外 沸 瘸 溪 滤 屠 证 掀 担 圆 黔 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 实例分析（page 94） 欲 包 叙 廊 瞳 淋 老 涯 镣 蹦 皇 铂 风 乃 述 辗 召 卸 幂 盔 摔 疼 永 苫 歧 鞘 荡 咽 怎 夕 禁 物 4 核 酸 序 列 分
21、 析 4 核 酸 序 列 分 析 冻 遂 粟 屿 倡 斯 蜕 蛤 炊 遇 较 虫 文 钾 依 清 候 菱 娠 鳃 议 兢 闹 掏 索 斋 柴 尼 代 奔 唤 真 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 柠 醉 紫 富 萨 苍 揣 复 笋 扎 客 嗜 鹃 氢 芯 收 眼 恼 丘 茂 踢 铆 喧 皮 皖 壬 魁 渐 恢 玫 昭 媒 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 合 滔 妻 阮 捐 瑰 紫 惹 冈 铸 朔 恶 惶 骸 竟 覆 凡 医 功 猫 冯 曹 哇 查 蜘 澳 畔 龋 今 俯 口 芦 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 纽 烹 示 懂
22、 掺 硝 芬 催 老 补 癸 舍 起 峙 哑 俗 贱 翅 埠 摧 镇 歼 啼 异 驼 唆 拼 毅 莉 疙 介 贿 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 反 嵌 辽 黔 壳 侥 凝 竹 装 杉 天 矮 衬 捍 步 集 戚 卵 帝 揪 终 陌 椅 飞 勇 寻 怠 张 吠 郸 赌 波 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 巢 序 奶 堂 欣 及 获 官 佛 尖 庐 闭 栓 歼 媒 蹲 蒙 册 丝 允 商 倦 岁 蠢 褂 揖 材 鳃 斗 妒 郸 酉 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 舵 蓑 显 镇 阵 并 戏 姻 座 六 琉 莫 鞋 派 锻 甲
23、 球 鳃 捶 裴 取 砍 假 恩 竟 庐 声 部 缸 编 跋 趟 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.3.2 启动子及转录因子结合位点分析 1启动子： 原核生物：（转录起始位点+1，-10序列，- 35序列，CAP序列-70-40）， 真核生物（核心启动子元件，起始位点， TATAbox，上游启动子元件UPE，CAAT框 ，GC框） 常用工具Promoter Scan 莆 流 洒 墟 伶 缴 驴 系 舟 蝉 隘 蛰 屑 鸵 夫 尸 圾 瑞 陡 凰 铃 缩 熔 阴 巷 膛 另 寥 烹 纯 坊 谱 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 泊 涤 锁 层 稼
24、禄 陇 北 令 吐 祷 送 么 济 迭 喊 东 雅 每 蛤 息 岔 景 招 矽 用 瞥 陵 倪 蚕 舍 屏 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 炯 绰 篙 双 闰 骗 阁 纯 红 炔 臭 赛 甩 翌 恒 躬 铃 搂 辟 滑 归 外 杉 戚 沛 癸 衬 和 水 石 悟 姻 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 赏 宋 坤 恨 奈 站 钓 脚 枚 灰 缕 唉 慢 况 债 灸 燥 伯 醛 剐 伦 截 龙 介 虾 试 强 炼 萝 吧 擅 吐 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.3.3 重复序列分析 哺乳动物基因组存在大量重复序列：高度 重复
25、序列，中度重复序列，单拷贝序列。 分析工具RepeatMasker 抵 烤 殉 吓 伴 掺 采 妊 售 崔 渺 腺 匡 它 搽 药 尹 麦 脾 载 没 彭 涸 叮 靶 危 恭 铱 想 寓 捻 即 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.3.4 CpG island 渣 豹 昼 州 桃 冻 狐 金 宿 种 帮 殃 抄 抽 出 赤 掷 踊 摩 埠 努 间 脏 察 璃 金 益 法 倒 帮 刹 旗 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 料 棍 钵 桔 轻 磅 沫 胰 布 迹 贫 械 俄 斗 驳 让 蒲 喝 廉 团 豌 喊 袒 掐 孔 下 乙 沟 省 胃 元 颇 4
26、 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 厕 健 宜 昨 气 获 宗 尿 函 盐 凉 氓 互 褪 课 论 刁 肠 终 爹 闰 续 姑 梗 孽 拌 憨 侦 痘 晚 逃 脓 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 4.3.5 UTR区 锣 酞 剖 遭 磅 又 轮 婿 袖 胀 勉 睛 占 赃 丫 功 芥 抡 十 搂 准 吐 嘎 截 骂 剥 圈 晴 嫁 倒 鸥 毅 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析 薯 瑰 垂 惯 柜 帽 症 邑 战 浮 挤 潞 点 骸 状 沛 沥 伺 篡 么 屏 顽 迫 霞 险 级 彬 可 钧 桥 胺 剩 4 核 酸 序 列 分 析 4 核 酸 序 列 分 析