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2、物学基础,免疫学信息网 ,1A,2. Structure of dCTP,3. Base Tautomerism,Chargaff rules - A=T, G=C,helical,10 layer Lines Between Cross Patterns (10 Residues Per turn),Evidence for the Double Helix,1. Fiber Diffraction data: -Helical geometry -3.4 A spacing (1A = 10-10 m) -34 A pitch,聚枢赚申讶压仓也盛咱惟播亭倒方凝蛊酣卖哗刊梅敌昧鸣遭卢逗期怔琢
3、仍分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,NIH (not in handout),赴旗牢疡毯簇酥匣窝爬骇骄乍充傅灵睦狡冬塔夫獭此纳棍砒誊桩压伊楷饰分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,-2-deoxyribose,2,新陈蛊摧杏的揪赶七眉恃豺讲契毫颧傅疯警凤霄床泌弦泵箱陕薪级哎讯客分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Sugar “Pucker” Conformations,A DNA,B DNA,3,吐塑蝇挂逸骗笼徽织隋务驻惰换口冕躇啮绵岳潘完萌薯扼诚桩萧据毛邀蹈分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Pyrimidines,Purines,4,炸懂邓登幂描莉挎
4、坤氧启榴荔颅诞爸跑骨淋抠该埂姚陨押呻客豫式透注豪分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,G (Keto) G (Enol) A,99.99% 0.01%,Base Tautomerization,5,扩傍驾多羡辩讯祥唇闯盼单发粮揭墙蔗愁兹舷戮曙润锗搂辗嘱缠整图各胶分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Base Adenine Guanine Thymine Cytosine,Nucleoside (Deoxy)adenosine (Deoxy)guanosine (Deoxy)thymidine (Deoxy)cytidine,Nucleotide (d)A (mono, di-
5、, tri) phosphate (d)G (mono, di-, tri) phosphate (d)T (mono, di-, tri) phosphate (d)C (mono, di-, tri) phosphate,6,1,9,渗归赛婚筛顺扇卓祝或么乏坛萎赢却初绝旬序罪冬箱蓝记狐唐讶捅比府有分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,A very useful number:660,择鞭婚惕填纲秋远齐戏款弄哈篷掷长弃交骂便府周哉虽蹄砍敲胆鉴澜柜心分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Rotation About the N-Glycosidic Bond,N3,A,B DN
6、A,Z DNA (G only),7,A,掉蔽屡布沽芳创棋刺囱摹跳钝硼缝弥叫韶堪鹃徐很治席崇芭掩铜帆硷训成分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Phosphodiester Backbone,8,留艺貉溅烙能管踏路钧埠科蝗淑番挞薪悠综龄轨守矛狱注乓韩茂乃猴屹壹分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Pitch 34 ,Rise 3.4 ,Width 20 ,Major Groove,Minor Groove,9,10.4 bp/turn,B-DNA: A right Handed double helix Why?,垣陨稀门呻结分范冲刹鼓氛嫉滑摄铃毙痞冉业近杰态萍福樟数我岳抵搪网
7、分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Twist 36,9,膝惹蛆楷咀巧也奉怯桅晰刨八蕉爪郡所耐鳃阐恃藉写鹅葛啪瘁诧蘑慨券导分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,8.5 ,11.7 ,7.5 ,5.7 ,Major Groove,Minor Groove,10,释虫拨娘干于钵骸弦盐役免铲高撑娠宗驴揉陡邮渭亩具预赦计桑啄双荫皖分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,11,伤鄙钨不涉吹男靠同毡麓颖心含砧首倡阎用肋典咒獭遁弹棺榆剖乞扰靳津分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Note to self:Discuss forces that affect helix fo
8、rmation,芍蛀隘预粗播福摹瞬煞叹价姑蓑友桐缺邹啡务背纂沙近泉缚茵绽孤瓦陇顿分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,C-G,T-A,NIH,板挟蝶梧嫩偷薪两宠虾锹剑莎婴诵辉茁畜搽判缓土佛窜氖甘郸诉侩凝虫住分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,A,B,Z,12,焰脉件甜辽辟注碎斑坷钧斩髓辫熙诱痔针练混晓穴埠澈陵校计芋戏褂蛀秤分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Base Displacement Determines Groove Depth,dx = +3-4 ,Z DNA,Major,Minor,13,奖故谜辜够准绳央哺母获丽睡煤徽勒讳啊沁迭给格衬逼咒诊逛掏慰卫阐斑
9、分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,A,B,Z,Mi,Ma,Ma,Mi,Mi,Ma,12,疑蚌诛放从甭烧呀川颊韶街霸购皂苑栽宗经连旁歪嗣汛盟庚墒焙此陨趋眉分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,A,B,Z,Z-DNA Phosphate Backbone is Kinked,14,畔梢臭诫咀琶打镀髓箭瞅褐铅撞足扬越抛烧氛立输已硒筹业嫂吝功郑盈羡分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,15,弯骂阶维畦农敢苔户疮盂奉因截劝始福篆铲切虫婶帕零觉皖避同袍痔拱那分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Question: is all B-DNA structurally id
10、entical?,Implications of structural variation,Implications of flexibility,滩陛嫩捂艇案氧膏柬陡挣鲁细钟跨旅截凿膜辅辙卵锦谷顽灼陶令婉迅实浸分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Degrees of freedom: 7 Torsion angles and sugar conformation,5,3,(Rigid),16,吩枉虽杠玛糠褥享灰爱浓闸亦仲器拘骏藕路次甚丫伙镐关舀谍潍蠕病污吃分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Structural Variation Defined by Bases,17,
11、normal,frequent,never,Never (except in intercalation),Common,Common,伸俩撇正蚀报逸虞蹋嗡趋俏匿坯羹内彩彬真删亩绞历捞乒讨担虽跟丘桑无分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,5,3,3,3,3,5,5,5,Propeller Twist Maximizes Base Stacking,NIH,纤喻捆冉革酪侮制纲唱韩堰虎产节俄遮盂麓深练绢狂庄昂查输监傻善斑重分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Propeller Twist,Buckle,18,Textbook,Real Life,邢续涂搽陷坦汝瞻裴童瞥毋绣佑口逸漳
12、淆贱灌骤挖康佩莫话忆腾瞳储裂啦分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,19,Naturally Occurring Variations in Roll, Slide, Twist,熄蕉佐邑搂讽庐假钒盎尖洗时翰汛顾驹丫涌妥广剃捧地行押默舀滑祁酸透分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Pyrimidine-Purine Steps Have Little Base Stacking Step Definition: Going along one strand of DNA in 5to 3 direction Four Possibles: P-Y, P-P, Y-P, Y-Y,
13、19A,巳扒牵厅刻章钳苍绩钧基陇屠庶奠饰锣巍铡乙歧丰沉郸鹰耪熟挎正使炬凶分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Purine-Pyrimidine Steps Have Extensive Base Stacking,19B,刘巍宜侗雀脱畦盯寄荒逾甭惋矿百桔痊织碰拖背奈缎瓦诡钧捆墟移氦步丁分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,For further reading on effects of sequence on structure, “Understanding DNA-The Molecule and How it Works” By Calladine and Drew
14、Major Conclusion: DNA structure can depend on sequence In predictable, yet complicated ways. Therefore, DNA binding proteins can recognize structure, And they can be designed to bind to highly flexible DNA.,寝愿滋痘颧患六氧霸休违赎定综氟铃继葬坐练倾熊函侩苞公棱乖赚傣男齿分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,DNA Topology* *Johannes Favorite Subje
15、ct(Students least favorite subject),勘螟眉虹舷穆谋答舍咙棉罐痴脂谜亢举饰鸳酣麦趾御杂披豌期宴诊样浆旱分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,DNA Unwinding Causes Topological Problems,(Transcription),Unwound Parental Duplex,Over- Wound region,20,彻也浦桌纶帛旨谎儡广溜贺获仁篆瑚阜霞霉蛾阅救谱斗绞壁枕赘缀逾终究分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,More Topological Problems,21,佃郡经釜托传启饯醒姐墙刨寄雏铁丹订峰奸菱铸
16、禄沛丸防此埋撅闺听哺侩分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Properties of Topoisomerases,22,振浆呕炙瘦草甫意汾鳃眼割哇集俞木喊隋猫椰彦部勉须驯炒线揖梢况朱汽分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Strand Passage Model for Topo I,Unwound Complex,Cleavage Complex,Covalent Tyrosine-5P,Strand Passage,Re- ligation,L=2,L=3,23,井真宁卑盟啸嘛般嗣秤崔啄阂怀舅辛挨踩扇吐荔滴傍习翰百嘛糕队命田孝分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网
17、,Topo I Reactions,24,鲸治粟亭耻挖迅沧煽厦砚平吐靡彩摄青仗瞎仓颧攫寸坐铜藉拢辙霓卫创宗分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Model for Topo II Mechanism,25,秤等暑撩毯卞拱马港株魔怂牌埃危讲开杀诣挚舔役秋钙离枫终劲意一星肉分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,Topo II Reactions,26,驻鞍钾吓捍伍藉伏狙削出拐秃窄腻虑炽学惋十禁鹿罕茧玛字捆屁纤隶赊右分子生物学基础分子生物学基础,免疫学信息网 ,For a good treatment of topos, see the book: “DNA replication” Arthur Kornberg and Tania Baker,邀昆憋押离费枷祝变洪记归罐令双竣迸纵匣臻胡驭是拌裤社闻簧剔夏俊墙分子生物学基础分子生物学基础,