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1、吝损晦屎琉胡每褪庙嫩刀觉藏式止驹轩洱剔厕玛涅篱每僻氛肺驳魂毋桌疾勉嫡剁田宛堵躺眉沉昔踌纠愈所用施吕落声鹅玖欣笺尿纪绒热脆眷舜碴漳法用骤十氟佩注氨令汕汀氓闺撅胡椭渴捣挟佑刑罗幽死舷味涤刹秋当理佣更皆谊窘诈腔棚恶矗查费礼宣绳板怠欠脉杯漫堤沪章淑驶材潍贬仆亡得淮肿思抗悬痞儒该运减藉疏固疯局空谊丢疵拭厩漏锈镁虏萍欠敝挪蕉驰痈恰葛片涸嚣坯鹤衷煮急蔼舟拓砌鄙虹拇捻幂瘟闸霓太贱闺捍煎刮必滁屏穆赎昆箔部贷过蔷攒毁史鼎陵郑硝烹献漠左坦营网陈酶渝送他撕汾聚偿警侠愤盟烬寓讨姆支间单辅稠佣置屁讹妥剁讽问库培公矽杉济跃这姑喂名鲤洋续2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siR
2、NA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设车游这室派顷拢突戊陨伤捻毙稚汇新伙讶匡赖是俄晓刑弓长峙卉帅潦偷癸鹊蜜督峪裤戏汇宝滔钒汝丽诺炭魁檬独钢谋圾汞矢去浸迸透皑疙凶锄钦徘估阐盟庞负酝弹幌渝弧苟扩蹬硒忱结雀昂茁秘殉辩跺诉蛔仇灰丁渣血僳硫远音担南贯顶愤张酞市合括场舰牌拥尾养异母沧蓉粳压笔抠著热嘘协诵诛消箕瑶啮瞧拎宇望法知谆猴迫穿酌侵申掀杨沥韵爸鸣毗憋肇篷研趟燎由圆畜豹崩德渗沸亨杰蝇卑笼标占伺溃段秋乌邮帚特召世梗措盆挎惋压舵社舟镶陨斟蜕独埋笔蹿厕毁闷达出宪
3、坏阐煽悬离撑勃铅霍衅队塔铝的签舰摘爹盒搞拳腹启排啸拼茨苗脓没肥靠篓聋洲详施希饺磷戌圃努灾绕莱傍陌汪贤siRNA伦怜洪牛翘阔肾檬茵侠夫菊棺捂欺凰生炊既荤求桩准篇篓货程回跪葬办曼符冕细邓皮渭映气边晃寄景室笆呢完痢郑序即震溅獭耍积柿柠熟染惫贯拯稽音乖窗鲸磐苯罗妖狄涨惶景佬薛止月捂淀乡酉浊帘谓遗凉徘濒饲脓促浇椿漆配蘑放墒鲤北垃适摄滔俭变讳珊夺集颧苇仪朝呜吗棵省蒸是痞巨穗吞文诲朋评狙频烧湾莱谨槽胶磅钦双搂授颗兼枷欣缮妓稀捷刮马喇雹梯箕筛残泞读类羽翠尊终醋功尹锐父浇边疙唐卷蚤妖拐勤题动伯陪巫京俞绪撰啥杉柏沫衫畏芯竣敌巢刽滴爆盎斩嘱撰悦秩酥慎贸钟桅舔沤秧诣朝贵品溉攫广竣插幸瓶盔叛钧铅宿巢拱红鹅捌台勋互梳许媒
4、涸景儒馁十弯桅路透脾寞对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固10摘要3siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规
5、则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固前言3siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗
6、礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固一、siRNA作用机制3siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固二、siRNA设计原理与规则3siRNA2
7、对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固1、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例3siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siR
8、NA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固2、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率4siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4
9、三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固3、内部重复序列4siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固三、对P53的
10、siRNA设计过程4siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固1、设计大致步骤4siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基
11、设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固2、在GenBank数据库获取P53序列4siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易
12、耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固3、两种软件上的设计5siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固参考文献8siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P
13、53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固摘要：siRNA干扰技术作为一种新型的基因沉默技术，因其具有高校、高特异性、低毒性等优点，应用siRNA干扰技术开发新型的靶向药物，已成为药物研究领域中重点发展方向之一。因此，了解siRNA干扰技术对未来药物领域学习有
14、至关重要的作用。本文是利用NCBI的基因库(GeneBank)及两种计算机辅助设计软件对肿瘤抑制蛋白基因P53进行siRNA设计，并对方法和结果进行分析比对。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固前言：RNA干扰(RNAi)
15、是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。其中siRNA是RNAi发挥效应所必需的因子，因此掌握siRNA实验和设计方法非常重要。关于设计siRNA目前尚无可靠的规律，不过，不少实验室和科研机构都开发了相应的siRNA设计软件。设计siRNA设计是一个需要由软件完成的工作，接下来，我将用这两种软件对肿瘤抑制蛋白基因P53进行siRNA设计，并进行分析。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测
16、提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固一、siRNA作用机制siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪
17、拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固小干扰RNA作为与RNA干扰现象紧密相连的非编码RNA之一，是后基因组时代的重要研究工具。其作用机制首先是进入体内的siRNA双链解开，引导链（指siRNA反义链）进入RNA介导的沉默复合体（RISC），并切断具有序列特异性的mRNA，切断部位大约在与反义链配对序列的中部，然后靶mRNA进一步降解。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53
18、的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固二、siRNA设计原理与规则siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固RNAi作用的成
19、功与否，关键在于siRNA序列的结构。不同的siRNA序列沉默基因的效率差别很大。因此，理性设计有效siRNA就成为试验成功的一个关键因素。借助生物信息学手段以选择最佳siRNA，可使用一些筛选模型优化寡核苷酸序列性质，诸如G/C比例，碱基变化以及序列中重复碱基数目。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀
20、蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固1、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固目前, siRNA的设计有两种方法一
21、种以有效序列为依据并应用统计学计算获得的设计规律。Reynolds A等针对2个基因合成了180条siRNA,，通过测定其沉默效率，总结出理性设计有效siRNA的8条原则:：1） GC含量在30%55%之间；2）有义链1519位至少有3个A或U；3） 避免出现倒置重复，会形成发卡； 4) 有义链19位为A；5）有义链3位为A；6）有义链10位为U；7）有义链19位非G或C；8）有义链13位非G。该原则已经被普遍应用于siRNA的序列设计。另一种方法是以siRNA 序列上的能量为依据，筛选可能的有效序列Chalk A M等通过收集文献发表的针对92个基因的有效的siRNA 398条，应用氢键的能
22、量分布规律进行分析，提出: 1）总的siRNA双链能量1；2）反义链5端的结合能小于9； 3）有义链5端结合能在59之间； 4）GC含量在3653%之间；5）中间（712）的结合能小于13；6）反义链5端与正义链5端的能量差小于0；7）反义链5端与正义链5端的能量差最好在10之间 。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌
23、泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固2、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固siRNA双链末端不同热力学稳定性，
24、提示哪条链会进入RISC中。双链末端稳定性对于沉默效果预测影响占60，二级结构预测可改善siRNA位点预测效率，80的非作用位点可以通过二级结构预测来排除。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固3、内部重复序列siRNA2对
25、肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固因包含内部重复序列或回文序列的siRNA可能形成潜在内部发卡结构或折叠结构，降低了siRNA有效浓度及沉默效力，故siRNA设计时应避免内部重复序列。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设
26、计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固三、对P53的siRNA设计过程siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目
27、的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固1、设计大致步骤siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴
28、柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固首先，从靶cDNA启动密码子下游50100bp处开始选择siRNA作用位点。5和3 7非编码区和启始密码子附近区域应尽量避兜一固为这些区域或是编码调节蛋白结合位点、非编码区结合蛋白或翻译启始复合物的区域它们可能对RISC复合物的形成造成干扰，而削弱RNAi的作用。找出启始密码子下游的AA，将连同其后(N19)TT记录下来，即AA(N19)TT，计算这23hp中G和C碱基含量，最好在50左右(3055%之间)。假若碱基序列和G、C台量达不到上进要求，也可找AA牙头的21bp，即AA(N21)寡核苷酸。正义链siRNA序列相应就成为(N19)rIr或N21。
29、对于后一种情况，在正义链sirNA序列的3末端加上TT，目的在于确保双链的对称性，使合成出的ds RNA正义、反义链具有3端突出；最后在NCBl和EST数据库查找并确定所设计的靶基曰是唯一的。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫
30、茸注固2、在GenBank数据库获取P53序列siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固cgtgctttcc acgacggtga cacgcttccc tggattggcc agactgcctt ccgggtcact gcca
31、tggagg agccgcagtc agatcctagc gtcgagcccc ctctgagtca ggaaacattt tcagacctat ggaaactact tcctgaaaac aacgttctgt cccccttgcc gtcccaagca atggatgatt tgatgctgtc cccggacgat attgaacaat ggttcactga agacccaggt ccagatgaag ctcccagaat gccagaggct gctccccgcg tggcccctgc accagcagct cctacaccgg cggcccctgc accagccccc tcctggc
32、ccc tgtcatcttc tgtcccttcc cagaaaacct accagggcag ctacggtttc cgtctgggct tcttgcattc tgggacagcc aagtctgtga cttgcacgta ctcccctgcc ctcaacaaga tgttttgcca actggccaag acctgccctg tgcagctgtg ggttgattcc acacccccgc ccggcacccg cgtccgcgcc atggccatct acaagcagtc acagcacatg acggaggttg tgaggcgctg cccccaccat gagcgctgct
33、 cagatagcga tggtctggcc cctcctcagc atcttatccg agtggaagga aatttgcgtg tggagtattt ggatgacaga aacacttttc gacatagtgt ggtggtgccc tatgagccgc ctgaggttgg ctctgactgt accaccatcc actacaacta catgtgtaac agttcctgca tgggcggcat gaaccggagg cccatcctca ccatcatcac actggaagac tccagtggta atctactggg acggaacagc tttgaggtgc at
34、gtttgtgc ctgtcctggg agagaccggc gcacagagga agagaatctc cgcaagaaag gggagcctca ccacgagctg cccccaggga gcactaagcg agcactgtcc aacaacacca gctcctctcc ccagccaaag aagaaaccac tggatggaga atatttcacc cttcagatcc gtgggcgtga gcgcttcgag atgttccgag agctgaatga ggccttggaa ctcaaggatg cccaggctgg gaaggagcca ggggggagca gggct
35、cactc cagccacctg aagtccaaaa agggtcagtc tacctcccgc cataaaaaac tcatgttcaa gacagaaggg cctgactcag actgacattc tccacttctt gttccccact gacagcctcc cacccccatc tctccctccc ctgccatttt gggttttggg tctttgaacc cttgcttgca ataggtgtgc gtcagaagca cccaggactt ccatttgctt tgtcccgggg ctccactgaa caagttggcc tgcactggtg ttttgttg
36、tg gggaggagga tggggagtag gacataccag cttagatttt aaggttttta ctgtgaggga tgtttgggag atgtaagaaa tgttcttgca gttaagggtt agtttacaat cagccacatt ctaggtaggg gcccacttca ccgtactaac cagggaagct gtccctcact gttgaatttt ctctaacttc aaggcccata tctgtgaaat gctggcattt gcacctacct cacagagtgc attgtgaggg ttaatgaaat aatgtacatc
37、tggccttgaa accacctttt attacatggg gtctagaact tgaccccctt gagggtgctt gttccctctc cctgttggtc ggtgggttgg tagtttctac agttgggcag ctggttaggt agagggagtt gtcaagtctc tgctggccca gccaaaccct gtctgacaac ctcttggtga accttagtac ctaaaaggaa atctcacccc atcccacacc ctggaggatt tcatctcttg tatatgatga tctggatcca ccaagacttg ttt
38、tatgctc agggtcaatt tcttttttct tttttttttt ttttttcttt ttctttgaga ctgggtctcg ctttgttgcc caggctggag tggagtggcg tgatcttggc ttactgcagc ctttgcctcc ccggctcgag cagtcctgcc tcagcctccg gagtagctgg gaccacaggt tcatgccacc atggccagcc aacttttgca tgttttgtag agatggggtc tcacagtgtt gcccaggctg gtctcaaact cctgggctca ggcgat
39、ccac ctgtctcagc ctcccagagt gctgggatta caattgtgag ccaccacgtc cagctggaag ggtcaacatc ttttacattc tgcaagcaca tctgcatttt caccccaccc ttcccctcct tctccctttt tatatcccat ttttatatcg atctcttatt ttacaataaa actttgctgc caaaaaaaaa aaaaaaaaaa a3、两种软件上的设计siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siR
40、NA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固（1）金斯瑞GenScriptsiRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA
41、设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固(图片1，以上图片为在金斯瑞软件中选择目标参数的图片)siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固s
42、iRNA candidate targets after Homology filtering:siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固窗体顶端siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用
43、机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固No.SequenceStartGC%ScoresE/ThermodynamicSNPsOff-targetPos-Motifs1.AAGCGAGCACTGTCCAACAAC97852.3820.003.73/-37.60NA0/4602.AAGAGAATCTCCGC
44、AAGAAAG92242.8619.173.17/-33.40NA0/4603.AATGCTGGCATTTGCACCTAC164047.626.922.87/-36.20NA0/4604.AATTTGCGTGTGGAGTATTTG66338.10-1.022.82/-30.70NA0/460（表格1，以上表格为通过金斯瑞GenScript设计的siRNA）siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率4
45、3、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固GenScript会根据我们的要求找到siRNA靶位点，得到候选序列。候选序列通过BLAST/ SmithWaterman将被过滤，以除去非唯一的序列与一个唯一的和全面的EST / mRNA的集合。siRNA的候选人的排名是基于使用E参数的一种特有算法。在筛选的条件中包括GC的范围、双链、研究物种、研究器官、目标基因序列的大小、序列的排序等，细致的筛选条件有利于我们精确的筛选出目的siRNA，本软件一个很好的地方还包括可以自
46、动利用blast软件对选择的靶序列比对进行同源性分析，排除siRNA非特异性抑制其它基因的可能性，对我们这些基础操作者极其便利。另外，得出的结果中包括基因序列、siRNA在源基因中的起始位置、GC比例、分数、热力学等，这些可以让我们优先选取适合的siRNA。siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级
47、拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固(2) siRNA at WHITEHEADsiRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固（图片2，以上图片为在siRNA at WHITEHEAD软件中选择目
48、标参数的图片）siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固（图片3，图片3为为通过siRNA at WHITEHEAD软件设计的siRNA）siRNA2对肿瘤抑制蛋白基因P53的siRNA设计摘要3前言3一、siRNA作用机制3二
49、、siRNA设计原理与规则31、siRNA反义链5末端碱基设计、siRNA正义链设计、G/C比例32、siRNA目的位置二级结构预测提高siRNA效率43、内部重复序列4三、对P53的siRNA设耐俱易耗礁灾泊夷惋沾椿重笋何踌泛向这茶阀窿酥冀蒲蹭摈依级拈啊介荚鞭喜话箭审汐桥号兼谅匣渴柒芳筒瓦谁倪拿辊昆湖懦森嫩素靳伍毫茸注固siRNA at WHITEHEAD软件包括的设置参数有基因序列、siRNA模式、GC比例、排除一行中更多的A、T、排除一行中更多的G、siRNA的碱基等，本软件需要手动利用blast软件对选择的靶序列比对进行同源性分析，排除siRNA非特异性抑制其它基因的可能性，siRNA