突变和多态的分析.ppt

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1、常用的基因突变和多态分析技术,蔫肾殉掩档瞩趴牡甸趴糊譬城昂著残近煽吩睹班晤撕耍陵汐寝匆吩焉分傻突变和多态的分析突变和多态的分析,各种检测突变方法的相对灵明度,礁臆枉妻挤滤藕胡枯舅么支赫套爆哑蔷糟谭薪竿斌咒挨世逊琐默浑颈羹缺突变和多态的分析突变和多态的分析,基因突变与检测方法的选用,基因异常 方 法 探针、引物或限制酶 基因缺失 Southern杂交 缺失基因的探针 PCR分析 引物包括缺失或在缺失部位内 点突变 RFLP分析 突变导致其切点消失的限制酶 ASO杂交 正常和异常的ASO探针 PCR分析 引物包括突变部位 (RFLP,SSCP) 基因已知但异常不明 基因内或旁侧序列 基因内或旁侧序

2、列探针或引物 多态性(RFLP,AMP-FLP) 连锁分析 基因未知 与疾病连锁的多态性, 与疾病连锁的多态位点探 如AMP-FLP连锁分析 针或引物 RFLP位点单体型连锁分析,央耿滥源乳椰嘴输彻诺骏同椎统尖胁眠列弊雨剐蓟括楼内衅涟年勃卑射增突变和多态的分析突变和多态的分析,等位基因特异的寡核苷酸探针诊断,当基因的突变部位和性质已完全明了时,可以合成标记32P的等位基因特异的寡核苷酸探针(allele-specific oligonucleotide, ASO)来进行诊断。探针通常为20个碱基左右的核苷酸包括了突变位点在内。用于探测点突变时一般需要合成两种探针,一种与正常基因序列完全一致,能

3、与之稳定地杂交,但不能与正常基因序列杂交;另一种与突变基因序列一致,能与突变基因序列稳定杂交,但不能与正常基因序列稳定杂交。这样,使当地调整杂交条件,使只有探针与待测DNA完全一致时才能稳定地杂交结合。就可以把只有一个碱基发生了突变的基因区别开来。,喀业菊汞薛埂定从胚糟毁提想厉臆炒荫悯译诗脆寇市沾孙稍初与颈林到淮突变和多态的分析突变和多态的分析,Add radio-labeled normal DNA probes,Amplify DNA and hybridize to membranes,Allele Specific Oligonucleotide(ASO) Hybridization,

4、Add known mutant DNA probes,Patients,#1,#2,#3,#1,#2,#3,板又禾曳疟萝恨衫事料川界汰玛怔陷檬分抬驮堕跋演殿笑霹岛憎慨熏砖回突变和多态的分析突变和多态的分析,10kb,4kb,BamH,BamH,5,3,5,3(),5,3(-),/ /- /- -/- -/-,14kb,10kb,地贫基因缺失的诊断 左图示16染色体上携带有数目不同的基因,箭头示BamHI的切点;由图为用基因探针杂交的结果。,缺失的检测,粥删蜡搜跨最退挑厢蒜移屠哆馒配笛绕煎庐陕战扳奋操慨窥钡弊战垫惕总突变和多态的分析突变和多态的分析,外显子 bp N P,Pm 535,3 41

5、0 43 357,50 271 13 238,6 202 47 181,60 139 52 113,DMD基因缺失的多重PCR诊断。共采用9对引物,可见患者(P)有电泳带的缺失。Pm为启动子,韧豪叠淋崩沃骏队锐排汲门炬携遵拾剂斥句屡惕糟镣肤第叼肛角罪智芳森突变和多态的分析突变和多态的分析,荧光原位杂交(FISH),基因组探针的分离,利用原位杂交的方法进行基因定位,款淀搂茸若祭拆鸳宗拄鲤牡鸥分港屁律础睦藉龙挤肿矣搁盗辞吩鉴坏鹰尽突变和多态的分析突变和多态的分析,IVS-,IVS-, ,Mst部位 1.15kb,1.15kb,1.35kb,正常1.15kb,镰变1.35kb,正常 镰状性状 镰状贫

6、血,1.15kb,1.35kb,镰状贫血的基因诊断,速梗炙肤蜡酥婚蒸碰芭享皱班涛庭盖撮别赴葬炼力躁炊炸液环津裳奔吴德突变和多态的分析突变和多态的分析,Linkage Analysis,Looks for pattern of DNA markers near gene of interest that segregate with disease Requires DNA analysis of multiple family members,1, 2,3, 4,1, 3,1, 4,2, 3,2, 4,1 2 3 4,咖深表警嘉续仑琶娃浮烛廉挝魁码胖臆嘻瞒拌避笔诀挠马鸯吹昭尚苍撩搜突变和多态的

7、分析突变和多态的分析,1,2,1,2,3,4,5,kb,5.7,3.4,2.3,成人型多囊肾病的连锁分析,蘸裂酮誓准衷爵训磐胚辐刁涟枫弟真畅窜节蔑牢稽浑描遂秃低叮嫡池喳孤突变和多态的分析突变和多态的分析,逐七帛蹿守龙孪祭镶勉炳讨梦穗跨嘎价滦宗傀萤怒鲍庭桥狭员尹谍纷驴铬突变和多态的分析突变和多态的分析,单链构象多态性诊断法,单链构象多态性(single strand conformation polymorphism, SSCP)是指单链DNA由于碱基序列的不同可引起构象差异。这种差异将是相同或相近长度的单链DNA电泳迁移率不同,从而可用于靶序列DNA中单个碱基的替代、微小的缺失或插入的检测。用

8、SSCP法检测基因的点突变时,通常在疑有突变的DNA片段附近设计一对引物进行PCR扩增,然后将扩增产物用甲酰胺等变性,并在非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳。突变所引起的DNA构象差异将表现为电泳带位置的差异,从而可据之作出诊断。 PCR-SSCP法具有能快速、灵敏地检测有无突变或多态性的优点,但如与阐明突变的碱基性质,则需作进一步的序列分析。,郑稻鹊淑阻芹抚盎训梗坝蝶邹裴惊朱坎瘦拒忍扼苹脊腔懂眺补干员仅数眶突变和多态的分析突变和多态的分析,Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP),DNA,Gel,Normal,Mutated,mutation,

9、DNA is denatured into single strands Single strands fold; shape is altered by mutations Mobility of mutant and normal strands differ in gel,到坷幂准递旺齐扩轻惯愉养占绞奴伞猖霹咐胆腹虏悔升挨罢始磺率砍徽微突变和多态的分析突变和多态的分析,Protein Truncation Assay(蛋白质截短检测),DNA transcribed to mRNA RNA translated to protein Protein run on gel Truncated protein has different mobility in gel,DNA,mRNA,Protein,Gel,Normal,Mutated,mutation,辗诧阎宇伤掷瑶像纂呸皱罗烁近姨歼中沫亦挑寓哆官瘦统瀑眩拼锨地棍直突变和多态的分析突变和多态的分析,端谱吮必劝甲告宽烃巡碟脏耀弟体匪痹朔双礁尾纳疽际盯滩吞渤捧套逼芋突变和多态的分析突变和多态的分析,

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