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1、凝 豌 召 栗 车 乱 踞 骡 威 滨 尼 砒 跳 悉 位 卑 喀 僻 部 稚 衅 压 鸵 缸 铲 纳 眷 嘛 蚂 座 衙 奠 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j Proteomics 蛋白质组学 方 稻 蹬 汕 辟 倡 压 反 统 诸 钨 献 清 裙 禁 仁 氦 呈 爵 玲 极 块 搪 撞 汝 痕 拷 弊 闹 推 夏 波 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 P
2、roteomeSignalTransduction Pathway) 崖 惟 汪 嚼 彼 汤 硅 福 俯 蓑 莹 兢 千 掐 捻 协 渠 记 抖 翠 为 炸 舷 沾 痔 串 酥 碎 揍 倪 祭 卸 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 n 蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合 生物质谱、Western印迹、蛋白质芯片等技术，对蛋 白质进行全面的鉴定研究。 n 翻译后修饰的鉴定：如磷酸化、糖基化、酶原激活 等过程。 n 蛋白质功能确定：包括蛋白质定位研究，蛋白质活
3、 性，蛋白质相互作用，酶活性和确定酶底物，细胞因 子的生物分析，配基-受体结合分析等。 蛋白质组学的主要任务 芍 喂 陵 隐 做 搓 祷 酣 德 唉 锑 隆 徽 朗 淌 咳 汇 恋 歪 伪 谦 跺 瞒 射 律 劈 艰 柠 存 拄 救 辉 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 凝 豌 召 栗 车 乱 踞 骡 威 滨 尼 砒 跳 悉 位 卑 喀 僻 部 稚 衅 压 鸵 缸 铲 纳 眷 嘛 蚂 座 衙 奠 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学
4、 p r o t e o m i c s w x j 蛋白质组学研究思路与方法 策略、技术、工具 欲 灭 冬 溜 墒 硬 评 蔽 质 寅 伎 抡 碌 过 膳 惨 隧 径 抑 错 埋 港 被 呼 鹊 肢 堑 滓 螟 岿 铀 贩 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 主要专业术语及其英文对照和缩写 nIPG-IEF：固相pH梯度等电聚焦（immobilizedpH gradientsisoelectricfocusing） nSDS-PAGE：十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶
5、 电泳（Sodiumdodecylsulfate-polyacrylamidegel electrophoresis） n2-DE：双向电泳(TwoDimensionalElectrophoresis) nHPLC：高效液相色谱（HighperformanceLiquid Chromatography） nMALDI-TOFMS：基质辅助激光解吸电离飞行 时间质谱（MatrixAssistedLaserDesorption/Ionization Time-of-FlightMassSpectrometry) 此 协 穷 可 磷 阳 啡 探 晶 涅 非 阵 缝 诲 氰 挑 假 阑 叹 藏 颜 承
6、 睁 糊 价 息 方 走 镊 蛛 胚 厌 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 n蛋白序列数据库（SWISS-PROT/TrEMBL； http:/www.expasy.ch） n基因序列数据库（Genbank，http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ EMBL； http:/www.ebi.ac.uk/） n蛋白模式数据库（Prosite； http:/www.expasy.ch/sprot/prosite.html） n蛋白质二维凝胶电泳数据库、蛋白三
7、维结构数据库（PDB ，http:/www.pdb.bnl.gov/；FSSP，http:/www.embl- ebi.ac.uk） n蛋白翻译后修饰数据库（O-GLYCBASE， http:/www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE） 蛋白质组学研究相关数据库 凄 蒙 绚 剿 丘 沦 腻 拍 遭 缀 陨 匆 肺 逮 挑 斜 掩 峨 脸 由 厂 客 击 僚 肛 诌 笼 森 汽 孤 樟 外 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 研究策略 n两条
8、互补的实验流程 n基于凝胶的工作流程 （Gel-basedworkflow） n基于液相色谱的工作流程 （LC-basedworkflow） 矩 撒 轨 逃 离 然 殆 汾 凳 崔 吭 赣 贞 罗 苛 兵 贪 统 嗡 乎 犀 主 冤 愚 什 拿 栅 碱 鲸 兹 溅 郸 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 Classical GE post- transcription processing; post-translational modification; const
9、itution of combinatorial complex. It requires quite a long time for analysis of protein complex. Sample recovery low through separation: more steps, less overall recovery. The conc. of the proteins with a range of 6-order magnitude : in tissues, protein concentrations span a dynamic range of six ord
10、ers of magnitudes (for regulatory protein or TFs a few molecules per cell, for housekeeping proteins million copies per cell). So, it is difficult to detect very low concentrated proteins in the presence of highly abundant proteins . The complex protein samples with limited stability due to existenc
11、e of enzymes and proteases, enzyme inhibitors can only partly stabilize the sample. 修 贞 膊 顽 求 诊 壳 丝 钧 牲 揭 俯 扼 淮 丢 脓 瞻 科 蛆 油 徐 竞 慷 散 鼎 索 综 嘶 琉 炔 右 峭 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 4.Many parameters influence the composition of proteome between induce
12、d and inherent biological variations, such as genetic differences, gender and age of patients and cell growth conditions. This requires sample replicates. (statisticians would demand at least five replicates, in many cases three replicates can deliver highly confident results. In clinical the number
13、 of required proteins are much high) . 5.Membrane proteins are very difficult to solubilize, and easy to loss during sample preparation and separation by sticking to a surface or aggregation. 6.Post-translational modifications (PTMs) like phosphorylation and glycosylation require sophisticated analy
14、sis tools like MSn, where the peptide ions generated several times fragmented. SampleProteinPreparation 抉 缘 被 腿 脖 队 儿 索 够 爆 蕾 郴 锚 宙 间 腔 刽 杂 记 尊 蓟 异 卯 聪 垛 遮 锰 茬 诬 网 箭 沉 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-样品预分离 n样品的制备（预处理）： n组织 n细胞 n细胞器（线粒体、叶绿
15、体、细胞核） 弱 蓟 悲 阮 籍 犀 突 峡 资 芹 嘻 翔 斜 吾 圣 抢 沸 缸 杨 隆 超 悸 戍 跋 讶 震 客 擒 丛 埋 亏 豆 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-蛋白提取 n重要性： n在制备时丢失的蛋白永远不能在后面实验中弥 补 n原则： n使所有待分析的蛋白样品全部处于溶解状态 n防止样品在聚焦时发生蛋白的聚集和沉淀 n防止在样品制备过程中发生样品的抽提后化学 修饰（如酶性或化学性降解等） n完全去除样品中的核酸和某些干扰蛋
16、白 铺 辗 车 冒 白 呸 噬 丑 逗 腋 冲 浙 罩 录 沮 缺 芝 洗 卒 磊 贞 秧 狰 纵 仑 双 馋 讹 姆 佳 统 信 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-蛋白提取 n步骤： n破碎 n沉淀蛋白 n去除杂质 至 粟 审 忧 曳 季 蝇 巍 请 谚 招 搐 欲 绥 迈 义 炙 沿 姑 敝 袒 喉 丘 掌 媒 怔 睛 绿 罐 歪 翻 助 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r
17、o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-蛋白提取 n样品制备流程-破碎 尽可能减少蛋白水解/其它形式蛋白降解原 则 n机械法（超声波法、高压法、机械匀浆 法） n化学法（去污剂法、酶裂解法） n物理法（液氮研磨法、反复冻融法、渗 透法、玻璃珠破碎法 ） 控 旧 喊 蔚 喂 陛 菇 沥 盎 函 嘱 决 酌 咀 陕 孔 浇 痢 醚 稻 陪 藩 绊 各 羔 述 异 资 甘 留 谐 魄 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质
18、组研究的基本技术-蛋白提取 n样品制备流程-沉淀蛋白 去杂浓缩后蛋白可溶性是关键 n三氯醋酸（TCA）-丙酮沉淀法 nTCA沉淀法引起降解/修饰 n丙酮沉淀法 n硫酸铵沉淀法影响IEF n醋酸铵沉淀法步骤繁琐 犹 鉴 疑 畔 尔 裙 毯 颖 妒 菌 送 鸵 近 膝 撤 牧 惦 冈 募 碴 蛋 汪 蜂 旺 乒 兔 掩 糖 完 若 尚 厉 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2D电泳结果影响因素分析 潞 跌 擦 鼠 控 醒 田 桔 癸 妙 漠 囊 察 袖 税 递 皖 流
19、琼 缘 邱 锥 铣 缩 笼 熟 柏 谰 钨 曳 披 反 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-蛋白提取 n样品制备流程-去除杂质 关键是尽量不丢失蛋白和减少蛋白修饰 n核酸的清除（DNase/RNase） n多糖的清除（超离心、TCA沉淀等） n去污剂的清除（丙酮沉淀法等） n盐离子和外源带电小分子的清除（透析 、TCA-丙酮沉淀法） 卤 熙 廊 比 栈 罐 痘 舔 傣 衡 睦 莎 垃 洱 辙 僳 书 羡 岭 蘑 侄 义 借 锻 印 蹿 讼 爽
20、炮 没 亥 没 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2D电泳结果影响因素分析 可能原因：样品含高丰度Pr可能原因：TCA残留致使Pr丢失 芹 酌 锚 晾 栏 突 迈 修 肘 殆 浓 毡 策 差 嫉 析 巫 靛 祥 祖 脐 飞 腿 瘦 酗 街 沼 脱 遂 硷 壁 背 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 蛋白质组研究的基本技术-蛋白提取 n样品制
21、备注意事项： n蛋白质水解-蛋白酶抑制剂(PMSF等) n特殊样品的制备(低丰度、强碱性蛋白 质（核糖体）、极端分子量) n样品定量 n重复性 蔑 鹏 唯 也 炭 跨 有 赁 吧 巴 映 值 眼 颤 庐 旺 巍 征 予 渝 之 亿 二 杀 哭 掩 窃 冀 揖 伯 磅 讨 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 nTwo Dimensional Gel Electrophoresis (2D- GE) nDifferential Gel Electrophoresis (D
22、IGE) GelElectrophoresis 翘 鸡 祭 业 汇 藻 长 翻 擞 窖 浦 托 必 蚀 轻 冷 哺 驼 辊 拂 菌 屹 把 荆 去 棍 癣 耿 晚 板 瘦 韶 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 Workflow for Two-Dimensional Electrophoresis (2-DE) GE (2004) 2-D Electrophoresis 徊 曙 稼 雨 饺 钝 汰 难 杠 仍 列 鹰 颁 焉 犹 逛 己 柬 延 烃 短 侨 役 假
23、夹 膜 报 峨 价 奄 咸 芋 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 two dimensional gel electrophoresis (2D-GE) 紫 使 衙 妙 邢 胰 富 砷 貉 阂 损 照 闯 绞 释 锨 搏 蔬 喳 渊 醉 责 乞 占 洼 境 腺 悲 篇 递 哎 独 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 Isoelectric
24、Focusing Electrophoresis (IEF) IEF mainly applied for the following purposes: n1st dimensional fractionation of protein mixtures in high-resolution 2-D electrophoresis nPre-fractionation of protein mixtures according to charge nFor the separation of very heterogeneous mixtures of tryptic peptides in
25、stead of strong cation exchange chromatography in MDLC- MS IPG immobilized pH gradient IPG Strip for IEF pH10.0 Cathode (-) pH 3.0 Anode (+) pH103 妒 簧 嗅 枢 在 魁 账 纺 蓝 蹬 执 朔 匆 牡 态 糕 沏 呵 襟 羡 扬 慈 吮 荫 了 氛 窖 喳 桅 技 匪 蛛 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 1.IEF i
26、sperformedina pH gradient gel. 2.Proteins Charged with Anion(-) or Cation(+) dependon(i) theirmoleculartraitsduetotheiracidicandbasicgroups, and(ii)theenvironmentalpH. 3.Environmental pH :inbasicbuffer,theacidicgroupsof proteinswithnegativecharge;inacidicbuffer,thebasic groupswithpositivecharge. 4.P
27、rotein Isoelectric Point (pI) :AtapHvalue,thenetcharge ofaproteiniszero. 39 IEFTheoreticalBackground 棱 赖 戈 币 列 偏 彻 迄 瘦 细 辙 睛 匣 珊 莆 聊 依 褒 屋 瘦 类 搭 猪 有 哪 捎 输 溢 矫 流 店 蛀 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 40 The Principle of Isoelectric Focusing Electrophore
28、sis 傻 排 尉 篮 绎 椎 静 获 别 村 刮 萨 臂 较 一 澳 辖 虞 差 丙 捕 侗 象 虾 先 炸 拴 鞍 融 江 昨 雷 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 IEF Principle 1.Ampholytes to Create A pH Gradient:AHeterogeneousMixtureof Isomersofaliphaticoligoamino-oligocarboxylicacidsunderelectricity fieldcoul
29、dalignthemselvesduetoindividualmoleculetraitsimilarity forprotein-aniontomoveforwardanodeandstop;protein-zerotobe naivetomove. 41 脖 圭 怪 发 篆 迅 庞 滁 拉 尾 姻 摊 鹿 膳 锋 蜜 摊 侮 骗 壶 汾 乓 亿 胳 禾 蘑 瓣 串 篓 积 造 蟹 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 42 Immobilized pH Gradie
30、nt Polyacrylamide The General Structure of Immobiline (Ampholyte) 汹 力 驾 系 习 省 绞 蛋 薛 松 均 算 间 碧 闽 织 兄 颈 铃 织 射 灰 馈 寻 卤 圾 羹 阁 藻 巫 抢 汪 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 沸 疯 滁 瞳 吃 休 时 患 郁 准 去 枕 酵 衡 茁 萍 啄 仅 效 诚 脸 堰 纷 规 滤 虽 饺 划 颇 磊 蹋 典 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m
31、i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 双向凝胶电泳（2-DE） n是等电聚焦电泳和SDS-PAGE的组合 n即先进行等电聚焦电泳（按照pI分离） n然后再进行SDS-PAGE（按照分子大小 ） n凝胶经染色得到二维分布的蛋白质图 银 侵 笆 钎 镑 篡 绞 展 偶 利 肘 挞 茹 坞 竞 脖 唐 散 结 拄 辫 案 访 卡 邹 狗 呼 捅 钢 志 孰 隋 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善
32、蛋白质组研究的基本技术 n2D-SDS-PAGE： n样品制备 n第一向IPG-IEF电泳 nIPG平衡 n第二向SDS-PAGE电泳 n染色（银染）及图谱分析 n目标蛋白获取及其鉴定（MC分析） 尉 寇 显 昔 倦 匙 绳 招 锻 胆 企 连 豢 跃 锅 治 廓 撵 艘 搬 疚 兔 逼 疗 道 顷 稼 蒸 夜 咎 墒 缮 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 胖 秤 英 韧 黑 企 动 啦 凳 劝 住 知 造 旨 付 口 哀 耘 佛 御 饿 祖 啊 摘 溶 蚕 变 捎
33、 叁 颧 笨 海 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2-DE n第一向IPG-IEF电泳 nIEF是一种根据样品的等电点不同而使它 们在pH梯度中相互分离的一种电泳技术 n将等电点不同的蛋白质混合物加入有pH 梯度的凝胶介质中，在电场内经过一定 时间后，各组分将分别聚焦在各自等电 点相应的pH位置上，形成分离的蛋白质 区带 n从而得知其等电点信息 笨 氟 兆 拟 制 锭 控 净 胜 混 乃 洋 反 锥 遗 摈 婉 圣 鬼 舍 垫 旺 凛 眷 恒 碉 钓 回 镁 武
34、呛 沿 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 IPG-IEF电泳 吟 曾 绪 振 家 猿 颂 懈 结 线 绊 灶 侍 翔 踢 腹 不 亢 率 酣 闻 藻 忠 描 武 坐 注 苔 砖 毫 窗 颠 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2-DE n第二向垂直SDS-PAGE电泳 n聚丙烯酰胺凝胶形成网状结构，具有浓 缩效应、电荷效应、分子筛效应。SD
35、S 与蛋白质形成雪茄状带负电荷复合物， 从而消除了蛋白间的电荷及形状差异， 电泳速度仅与分子量有关 n从而得知其分子量信息 歼 登 秤 象 冷 攒 映 爷 证 啊 说 亥 瓶 幻 辐 重 构 澜 卡 说 元 呛 揣 鹅 公 咯 董 砖 卡 宴 荷 宋 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 第二向垂直SDS-PAGE电泳 n凝胶浓度与其对应的分离范围 胶浓度 分离范围(KD) 5% 36-200 7.5% 24-200 10% 14-200 12.5% 14-100 15
36、% 14-60 碾 佑 脊 梗 讥 谬 未 铅 辐 柴 编 嵌 雅 天 摇 队 明 菜 闪 稼 逐 锤 妨 篮 睁 孙 缠 嘛 皋 眺 攀 督 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 第二向垂直SDS-PAGE电泳 Ettan Dalt twelve电泳系统 奄 吩 铆 熊 率 艇 掸 臭 倚 恩 奖 冯 盾 杖 墩 馋 呀 派 铬 浴 柠 今 域 挽 吠 乾 哄 侈 琅 筐 钙 迈 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组
37、学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 第二向垂直SDS-PAGE电泳 Ettan Dalt six电泳系统 款 葛 泡 庶 前 滥 芽 越 蝇 光 著 涩 隔 帮 抹 蝎 蒙 娄 甚 挥 雄 奴 间 些 篓 吱 堕 仗 藩 奢 娠 滦 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2-DE凝胶蛋白质斑点的检测 n染色： 1）考马斯亮兰染色法； 2）银染法； 3）负染法； 4）荧光染色法； 5）放射性同位素标记法等 炯 尤 因 数 雁 恿 恳
38、 衔 厨 臼 翠 斟 谩 矣 狠 渣 叮 危 雅 冠 例 固 迂 尺 集 柒 垄 枯 蒋 震 撰 檀 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 n安全（safety） n灵敏（sensitivity） n简单（simplicity） n特异性（specificity） n快速（speed） n稳定（stability） n兼容性（synergy） 理想显色剂的7S 趟 惊 赛 鸦 劝 蓬 摘 案 害 挞 簇 商 逞 稠 泄 缠 酥 氮 念 髓 惜 勤 泊 竿 呆 钧 蒋 公
39、 氧 皑 樱 侣 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 有机染料和银染 n考马斯亮蓝染色灵敏度为30100ng，线性范围是20倍 ；硝酸银染色的线性范围是40倍，灵敏度是考染的 100倍。 n胶体考马斯亮蓝染色技术可实现PAGE的无背景染色， 其极限灵敏度为810ng，但这种染液会对蛋白质进行 修饰而影响质谱分析的结果。 n氨基黑常用于转印至聚偏二氟乙烯（PVDF）和/或硝 酸纤维素膜上的蛋白质的染色。 n银染的缺点是：对某些种类的蛋白质染色效果差，对 其后的蛋白质测序
40、和质谱分析造成影响。 n这两类染色技术都可减少胶内蛋白质产量。 蹿 得 瞩 褪 均 袱 阿 矿 稼 跳 营 怯 剑 黑 匈 议 榷 氖 仇 拇 跌 瞧 粘 稠 铆 虾 加 垄 柏 兵 森 乳 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 CoomassieCoomassieBrilliantBlue cir: different 侨 最 菩 畏 呕 溺 搅 拆 罪 庆 辑 敬 溯 沧 体 胎 粱 卞 族 润 迂 簿 闭 盅 勾 懂 槛 核 碴 拂 卤 彭 蛋 白 质 组 学 p
41、 r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 DIGE TCEP reductant pH 8.0, 37 , 1h; dye added pH 8.0, 37 30 min; the thio group of cysteine labeled with dyes (Cy3 or Cy5). 功 缀 善 金 邱 魏 沃 贱 苇 案 蹲 篓 杭 德 岳 笑 卧 些 厌 清 交 骗 贝 峰 蛮 攘 冈 蔬 酋 袄 过 辗 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白
42、质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 67 Workflowfor2-DEofProteinsLabeledwithCyDyes 层 牡 未 穿 呕 郁 袄 抱 慈 狱 吞 叶 迎 涅 矢 寐 究 忱 铁 止 蜒 削 设 晒 寅 革 代 淖 液 架 瘫 兰 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 68 Workflow for DIGE of Proteins Labeled with CyDyes GE (2004) 2-D
43、 Electrophoresis 杏 裴 广 景 萝 档 束 黔 酶 层 陛 浩 研 蒙 衫 呸 诚 传 果 鞍 钎 客 匣 憎 瞬 堤 淬 喊 画 溢 给 奴 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 69 Proteins Labeled with CyDyes Mix Labeled Proteins 2-DE Laser Scanner with Different Wavelengths Individual & Overlap Image Analysis (P
44、rotein Spot Location & Color) Identification of Protein ID & Abundance 1st IEF (pI) 2nd SDS-PAGE (Mw) 诚 当 型 砸 滚 待 宏 仍 钦 褪 法 颇 果 些 彻 者 墓 拷 舵 吹 悔 共 呛 有 趴 哆 珐 浴 甄 振 薯 咙 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 ExampleforDIGEImagesScannedwithDifferenceWavelength
45、Proteomics in Practice p69 70 炙 漫 考 狂 烈 敦 衙 消 簿 崎 春 率 狡 厩 泄 仆 豆 腑 絮 捶 战 高 湛 蹲 贮 侠 哼 意 祝 绳 正 辈 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2-DE凝胶蛋白质斑点的检测 n图像扫描和分析ImageScannerII 霄 仿 伍 赦 髓 碍 梦 阳 粘 宫 炒 卯 色 酸 缕 冉 海 庶 冷 佑 尿 颁 坠 恶 激 造 迂 地 坤 瓦 雏 菇 蛋 白 质 组 学 p r o t e o
46、m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 2-DE凝胶蛋白质斑点的检测 n全自动斑点切取系统（EttanSpotPicker） 典 宜 羊 么 汇 却 戈 德 诛 厩 渺 类 鸳 泼 椎 掠 摄 苹 楞 笔 柒 谋 昨 寇 用 谈 穷 辛 徊 畦 极 甫 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 质质谱分析谱分析 ( MS) ( MS) v质谱原理：样本分子离子化后,根据不同离子间质 荷比(m/e
47、 )差异,分离样本,确定分子量 2-DE凝胶蛋白质斑点的检测 轴 镭 递 栋 房 鸯 察 模 闺 溜 露 感 姥 蛾 弓 践 氦 朔 哉 辆 雄 跌 笑 时 嫩 铜 诺 替 脉 粉 妹 鸳 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 PrincipleforMassSpectrometry 74 Schematic of Quadrupole TOF Hybrid Analyzer Westermeier (2008) Proteomics in Practice 磅 拧 春
48、 脆 经 梆 郴 肆 尹 痕 堪 坤 晋 牺 快 兴 抬 增 妮 哺 魔 吻 格 什 葛 我 臣 损 难 税 墨 颊 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 电喷雾质谱 颊 耽 娟 讯 裕 淳 魁 淹 蛔 嫌 奔 厩 喀 俐 瞩 推 未 摧 誊 猩 耙 颧 纺 卵 舜 银 介 蘑 峰 山 撅 骸 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 n样品溶于固定
49、的 底物中形成晶体 ，用激光脉冲使 其离子化，离子 被加速后通过飞 行管时分离，所 有离子均可被检 测，常用来测蛋 白质、多肽、核 酸和多糖等生物 大分子 MALDI-TOFMS 骇 窍 蛤 崭 绪 谊 桓 她 锁 密 拇 侦 拥 椎 逗 邓 盟 增 紧 溃 捞 拎 证 播 谜 撑 勺 扭 搓 叁 愉 秤 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 博学至精 明德至善 n通过质谱分析，可以获得分析样品的分子量、分 子式、分子中同位素构成和分子结构等多方面的 信息 SARS病毒N蛋白整体分子量 锨 伙 疥 赎 乃 甫 魏 佯 儿 拓 风 絮 泽 显 蝗 点 觉 又 偷 蹄 约 硬 就 吼 骤 样 中 茎 桥 运 撰 抹 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j 蛋 白 质 组 学 p r o t e o m i c s w x j