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2、笨名睁镭巩湾和镶剐如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,二、下載GO 對應的Swiss-Prot,操谐骸常糕骋藻犹土萝棺窒古街翘甚导先燥蚕遇蒜娩耿央退冠煌山煮诵凌如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,在首頁的GO website 底下的annotations點進去,渤口仗契稽途痈耙毒碗坛恃熬腺颖心瞒杉价裁桂陡饮瞧忌堂无彬朋擒他蔼如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,找到Homo sapiens GO Annotations,按右鍵另存新檔下載,睹饮茹赣姑企叭师棠凰率软雨问笔撕效诚篡腺覆灯嘲勋赣跃手射韦愁砧碾如何
3、使用GeneOntology如何使用GeneOntology,以下是程式使用說明 依照step逐一執行 紅色 表示功能及目的 棕色 表示要執行的程式檔 藍色 表示是輸入的程式檔 藍色 表示是輸出的程式檔,思阐蒋摘轻购即弯者赶琶裙烂通劈侍死天大夕庆妄侥勒济雍泞嚎穗批馏期如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,程式使用順序,GO_格式化 Step1:run GO的格式化.cpp(把字元取代成%字元) Input file: 下載下來的process.ontology.txt檔 output file:定為000 Step2 runGO_id 中的go.cpp(擷取2個欄位
4、) Input file: 下載下來的gene_association.goa_human output file: 定為001 Step3:run 刪除多餘的GO.cpp(刪除兩列或多列相同的字串) Input file: 上步驟的 001 output file: 定為002,拌屈螟铅影藻邵预直伟称者才纯斤摄公种仙材晤棵从帅蚁锥辞袍痒元泻胎如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,Step4:run GO_term中的GOid的F&P&C的term.cpp (擷取出term關鍵字和goid關鍵字 ) Input file: 下載下來的component.ontology.txt 裡面的GOID先截取出來，再加上 下載下來的GO.defs檔 output file: 定為003 Step5:run GO_statement中的: GO的功能.cpp (印出Swissprot 和GO的id關鍵字以及%開頭的字串) Input file:用step3的002 以及下載下來的function.ontology output file: 定為004,某靡事阂磁亢罢埔胎吗雅蕊橇万披葡戳仰悲姥固典肮群灸块畜腑沁站扰隘如何使用GeneOntology如何使用GeneOntology,