《单细胞测序技术大比拼.doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《单细胞测序技术大比拼.doc（5页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、单细胞测序技术大PK随着“人类细胞图谱”计划的开展，单细胞测序技术已经进入2.0时代，尤其，基于微液滴或者微流控芯片技术的高通量单细胞分选平台的出现，引领生命科学研究进入单细胞生物学时代。目前，国内外以及各种文献报道的单细胞测序技术让人眼花缭乱，不知该如何选择。其实，国内外大规模单细胞技术的平台主要有C1单细胞全自动制备系统、ICELL8 Single-Cell System、IlluminaBio-RadSingle-Cell Sequencing Solution、BD Rhapsody Single-Cell Analysis System和10X Chromium Single Cel
2、l Gene Expression Solution这五种，接下来小编就带你一一了解下：10X GENOMICS技术简介ChromiumTM Single Cell 3 Solution是基于10 X Genomics平台，能够一次性分离、并标记50010000个单细胞，并能在单细胞水平进行检测的技术，其通过微流控系统，将单细胞或长片段DNA分子快速分配到油包水的微反应体系中，每个微反应体系中的单DNA分子会获得唯一的特异性分子标签，制备生成的测序文库可以在illumina平台进行测序，并由10x Genomics提供数据分析及可视化软件，测序实验及分析流程可以和illumina系统无缝衔接。
3、10genomics技术一次可以同时得到大量大细胞数据，但只能得到mRNA信息，LncRNA大部分信息丢失，UMI技术能很好去除认为分析引入duplication及PCR引入SNP位点。同样对RNA质量要求高，降解同样会引起5端信息丢失。10X GENOMICS单细胞转录组测序优缺点10x Genomics单细胞转录组测序优点1、 简单便捷：集单细胞分选、扩增、建库于一体；2、 细胞通量高：每个样本细胞数可达500-10000个；3、 建库周期短：1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库；4、 超高捕获效率：单细胞捕获效率高达65%；5、 真正意义的单细胞：单个液滴捕获到多个细胞的概率极
4、低（0.9%/1000cells）；6、 价格实惠：相较于其它单细胞平台，价格实惠。10x Genomics单细胞转录组测序缺点1、 非全长信息：只能获得3端转录本信息；2、 样本要求高：单个样本细胞起始量达105-106个，活细胞数目需超过80%，建议在90%以上最佳。BD Rhapsody Single-Cell Analysis System该系统采用分子标签技术，能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签，实现了单细胞水平上基因表达谱的绝对定量，同时，每个细胞也会被标记特异性细胞标签，这使高通量平行建库成为可能。结合Rhapsody特有的单细胞分离技术，单次实验可制备10010000个单
5、细胞文库，用户可根据需求定制引物，将检测范围集中在目标基因，大幅降低后续测序成本。优势：实现多样本混合捕获，微孔板的孔数高达22万个；具备成像系统，可观察细胞相关信息；可以实现转录组-蛋白组联合分析。lluminaBio-RadSingle-Cell Sequencing Solution2017年1月17日，Illumina公司和Bio-Rad实验室公司在JP摩根健康大会上发布了IlluminaBio-RadSingle-Cell Sequencing Solution。ddSEQ System是单细胞分析的新一代测序（NGS）工作流程，一次性8个样本，每个样品可以得到50010000个细胞
6、，能够在组织功能、病情进展和治疗反应方面等研究单个细胞的协同作用。与其他高通量捕获平台相比：捕获效率低，仅为3%，成本相对低。优势：操作简单、一次性可8个样本，捕获50010000个单细胞，成本较低。ICELL8 Single-Cell System2015年2月份，Wafergen公司开发ICELL8 Single-Cell System单细胞分选平台，具有通量高，周期快等特点，解决了传统单细胞扩增中通量低，价格贵的问题，在大量细胞的捕获筛选过程中提供了高效的平台。但是，细胞的捕获只有效率30%，成本相对较低。优势：相对而言，流程较简便，每次运行可分离5001000个细胞，可一定程度降低成本
7、。C1 单细胞全自动制备系统Fluidigm推出的C1单细胞自动制备系统，并与单细胞基因表达分析中广泛被采用的BioMark HD微流体PCR系统相结合，能够快速可靠地分离、处理并对单一细胞进行基因组分析。但与其他高通量单细胞平台相比，其通量低、成本高、周期慢、对试验人员要求高，操作较繁琐和困难。目前主要在国内部分科研院所使用，较难应用于高通量单细胞研究。优势：可以获取到转录组的全长信息，但是通量低、价格较贵。总结综上可以看出，各个平台各有特点，根据实际情况考虑多种因素，以选择一种最能满足试验需求的平台。但是，10X Chromium Single Cell Gene Expression S
8、olution平台的通量高、周期快速、成本低、细胞捕获效率高、性能优势比较明显，并且商业化仪器操作简便。10X GENOMICS单细胞转录组测序技术流程单细胞悬浮液制备细胞质检10 X genomics 标记cDNA 片段化文库构建Illumina 测序数据分析案例分析通过10 genomics单细胞转录组测序绘制肺癌肿瘤微环境图谱技术路线研究结果文章共选取5例共19个样本，通过10genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能（信号通路）、关键marker基因和临床预后。共鉴定出52个基质细胞亚群，反映了肿瘤微环境复杂性。对基质细胞的marker基因做生存曲线，发现这些marker基因可以作为肺癌预后诊断的潜在标志物。天津生物芯片10x Genomics系统平台已正式运行，欢迎天津生物芯片的新老客户体验10X Genomics服务！