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1、4.3 蛋白质结构数据库,目录,4.3.1 PDB数据库 4.3.2 MMDB数据库 4.3.3 SCOP数据库 4.3.4 DSSP数据库,引言,4.3.1 PDB数据库,1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。,2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是
2、蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。,3.数据统计 截止2008年4月，PDB数据库已含有50277 个结构数据，其中约93%是蛋白质的结构。,Other 包括 proteins nucleicacids complexes X-ray NMR Microscopy,4.数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母AZ和数字09组合而成。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。,例1：查询“PDB ID = 1ADZ”的结构数据 (1)登陆PDB网站 http:/www.rcsb.org/pdb/ (2)在上方的搜索栏选中“PDB ID or keyword ” ，在文本框中输入“1ADZ”，单击Site Search按钮，出现结果。,数据查看： (3)分别单击标签Biology 2. pdbread (Read data from Protein Data Bank (PDB) file) 例如: getpdb( 1A00,ToFile, collagen.pdb) pdbdata = pdbread(collagen.pdb),3.pdbplot(Plot 3D protein structure) 例如: pdbplot(1GGZ),