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1、Diamond 做图,Diamond简介,化学软件Diamond是由德国波恩大学Crystal Impace BbR公司开发研制的一个主要用于绘制和探索晶体结构的专业应用软件。经历了 1.0 2.0 3.0 等几代产品。目前 3.2h。 该软件是构建和编辑晶体结构的专业软件，在晶体方面具有许多其他软件所无法比拟的特殊功能。,构建晶体模型步骤,确定构建哪个晶体的模型 收集资料（查找晶体的晶胞参数和原子的坐标参数） 在Diamond软件中建模。 修改美化标注,创建NaCl晶体结构,首先在相关资料中查到NaCl晶体的结构参数 空间群及晶系 Fm-3m(225) 晶胞参数 a=5.6402 原子坐标参
2、数 Na+1 (0,0,0);Cl-1(1/2,1/2,1/2),在Diamond软件的欢迎界面，选择“Creat a new document 或选择工具栏中的FileNew命令。 在弹出对话框中有三种选择形式：创建一个空白文档、输入结构参数创建文档和从已有文件中采用相关数据创建文件。我们选择第二种类型。,单击这里,输入晶胞中原子的坐标参数（在原子符号后最好写上该原子的价态，如Na为+1，Cl为-1）,以上步骤按系统默认进行,对晶体的展示方式进行设置，因为只需展示一个NaCl晶胞结构，所以在“晶胞占据范围”一栏中选中“Unit cell”，x、y、z可取默认值。,因为只需创建一个简单的NaC
3、l晶胞结构，所以只需将“Creat cell edge”（建立晶胞边框）和“Connect atoms”（链接原子）选中即可。,例2 创建SiO2的晶体结构,1）在相关工具书中查得SiO2的晶体结构参数： 空间群及晶系 P3121（152）三方晶系 晶胞参数 a=4.535 c=5.17 原子坐标参数 Si+4（0.4487，0，0.3333） O-2（0.367,0.2952,0.2427）,对原子显示形式和场景颜色进行设置。在创建原子类型时可设置范围为“2*2*2cell”类型。 为突出石英晶体的规则外形，可以以Si为中心原子创建多面体结构,晶体结构的展示与美化,原子名称 原子价态 空间群
4、,键长,晶体模型的展示形式 在晶体背景的任意空白处单击鼠标右键，选Model 一栏。若点击 Model and Radi.，弹出对话框也可以改变原子显示形式。 或Picture菜单 Model and Radi. 或下方工具栏,例 对刚创建的SiO2晶体结构分组显示,用鼠标框住几个多面体结构的原子使用菜单栏中的 Picture Model and Radii.命令，在弹出对话框选 “Space-filling”model。,另外用鼠标选中一组原子，由于已是多面体形式，要改为其他模式（球棍、椭球、线型），则先要消除这些多面体形式：选择菜单中的 Build/Destroy/Polyhedra命令，
5、则这些原子恢复到标准型。此时，再做Model and Radii.对话框中选其他模式。,测量 键长 键角 扭矩 和两个面之间的夹角。,对原子和键进行编辑 选中，单击右键 对晶体结构添加文字和标注 在工作场景中任意选中一对象，然后单击右键，在Add栏中选Text,为晶体添加多面体结构,例 为NaCl晶胞添加多面体结构。 选中任意一个Na原子。 选 BuildPolyhedra/Add Polyhedra.命令。,点击 Design,录制动画,渲染晶体结构图,1.为原子设置特殊材质 选picture Model and Radii确定晶体表现形式按F9调整结构在场景中的位置 选picture-at
6、om designMaterial 选 use pre defined pov-ray material,2 为晶体结构设置背景 首先选 picture/Representation 命令选Projection中的central 选Tools下的 POV-Ray命令，选Global Setting 图像预览：Tools-POV-Ray，Preview 输出 Render into Bitmap,在Diamond中观看分子结构,在Diamond软件中，不仅可以构建晶体，还可以以最优化的形式展示分子结构。 观察Diamond软件自带的 pyrene.cif文件所代表的晶体 （Tutorial目录下
7、）,打开文件后，一路点下一步直到上面步骤在 If the dataset is a crystal 后面选 Launch the Picture Creation Assistant.,上面创建结构步骤，选择创建分子。,去掉 Creat cell edg 创建边框选项。,芘环晶体结构的不均匀晶胞中的单个分子。,按下 按钮，显示完整晶胞范围内所有原子,但只是单位晶胞内单个的原子，许多原子都是独立的，原子间无键相连，所以用 链接原子,Picture - viewing Direction 改变观察的方向,为两个相互平行的芘环创建平面 选择芘环中任一原子，然后右击鼠标，在下拉菜单中选择Select
8、Molecule命令，于是芘环上所有原子均被选中。 然后选 菜单 Object/Planes/Create Plane Through Atoms 命令，弹出设置平面对话框。确认即生成平面。,用同样的方法，为另一个芘环创建平面。 可以通过 Tools/Calculate/Angle Between Planes 命令来测量二者之间的夹角和距离,例 在Diamond 中展示并观察五氧化二磷分子晶体的结构，并为其添加多面体结构。 五氧化二磷结构文件 P4O10.cry 是2.0 版本中的一个文件，提取出来。用3.0打开。,选择Creat a picture automatically自动打开文件中
9、所保存的图形 选择Launch the picture creation assistant. 则可进行一些自己的设计。,选择创建分子。,如果选择 Creat a blank picture 则得到一空白图形。可以使用不同方式得到五氧化二磷分子晶体的结构。 点击场景 顶部的 按钮，可得到文件中所保存的原始结构图形。,若点击底部的 按钮，则可直接得到分子结构，其显示形式是Diamond默认的。若要清楚了解五氧化二磷分子晶体的连接情况，则可用 创建第一个原子，然后用 逐步显示所创建原子周围的连接情况。用 显示一个晶胞的所有原子，用 将互相有关联的原子连接起来。,选择 Build /Polyhedra/Add Polyhedra 命令，在相应的对话框中设置多面体的中心、周边原子以及多面体的显示形式等。,