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1、化学信息学,胡 春 沈阳药科大学 2016年10月13日,化学信息学,绪论 化合物的表示法 化学数据库介绍 Internet化学化工信息资源 分子结构信息与计算机推演 化学数据分析处理方法 化工过程计算与仿真,邵学广、蔡文生（南开大学）编著 化学信息学（第三版） 科学出版社2013年出版 本书2001年出版第1版，2005年出版第2版，原为科学版研究生教学丛书之一。,邵学广课题组(南开大学化学信息学实验室)网站链接 ,选用教材,第1章 联机文献检索 1.1 美国化学文摘 1.1.1 美国化学文摘和SciFinder简介 1.2 Web of Science 1.4 期刊全文数据库 1.4.1
2、Science Direct 1.4.2 ACS Publications 1.4.3 RSC Publishing 1.4.4 Springer Link 1.4.5 Wiley Online Library 1.5 国内学术期刊数据库 1.5.1 CNKI 1.7 专利文献查询 第2章 网络图书与网络期刊 第3章 数据库资源 3.1 晶体结构数据库 3.2 波谱数据库 3.3 网上化学手册 3.3.1 化学元素周期表 3.3.2 化合物基本性质数据库 3.3.3 物理化学常数,第4章 化学信息资源查询 4.1 查询 4.2 导航 4.3 ChIN简介 4.4 商业信息 4.5 化学机构信息
3、 第5章 化学信息的计算机表示与建模 5.1 化合物结构编码 5.2 分子图形学 第6章 计算机辅助结构解析与合成设计 第7章 分子模拟 7.1 量子力学 7.2 分子力学 7.4 波谱模拟 7.4.1 1H-NMR谱的量子化学模拟 7.4.2 13C-NMR谱的计算机模拟 第8章 进化计算与优化算法 第9章 小波分析 第10章 多元校正与因子分析,本书目录（部分）,选用教材,缪强（南京大学）编著 化学信息学导论 高等教育出版社2001年出版,主要参考书目,陈明旦、谭凯编著，化学信息学（第二版），化学工业出版社2011年出版 李梦龙、文志宁、熊庆编，化学信息学，化学工业出版社2011年出版 德
4、约翰加斯泰格尔、托马斯恩格编著，梁逸曾等译，国外优秀化学著作译丛化学信息学教程，化学工业出版社2005年出版 李梦龙、王智猛、姜林等编著，化学软件及其应用，化学工业出版社2004年出版 李欣、齐晶瑶、韩喜江编著，基础化学信息学，哈尔滨工业大学出版社2003年出版 余向春编著，化学文献及查阅方法（第三版），科学出版社2003年出版,李梦龙、王智猛、姜林等编著 化学软件及其应用 化学工业出版社2004年出版,李梦龙课题组(四川大学化学与生物信息学中心)网站链接 ,本书目录（部分）,第一章 化学软件概论 第1节 软件概述 第2节 化学软件的分类 第3节 基于互联网的化学软件 第4节 化学软件的网络资
5、源 第5节 化学软件的发展趋势 第二章 ChemOffice的使用 第三章 ChemSketch及其他绘图软件 第8节 其他化学绘图软件 第9节 化学绘图软件比较 第四章 国产化学软件简介 第1节 化学金排 第2节 超级化学助手 第3节 化学品电子手册,第五章 化学实验模拟 第1节 ChemLab2.3概述 第六章 虚拟仪器开发工具LabVIEW6.1 第七章 实验室信息管理系统 第1节 LIMS（实验室信息管理系统）简介 第八章 基于算法的化学计算软件 第1节 MATLAB软件 第九章 计算机辅助化学教学软件 第十章 化学信息与网络数据库的构建,其他参考书目,王荣民、杜正银主编，化学化工信息
6、及网络资源的检索与利用（第三版），化学工业出版社2012年出版 张发爱、赵斌编著，计算机在材料和化学中的应用，化学工业出版社2012年出版 李谦、毛立群、房小敏主编，计算机在化学化工中的应用，化学工业出版社2010年出版 曾炜、孙延辉、李红霞编著，ChemOffice2008实用教程，化学工业出版社2009年出版 张昌松、郭晨洁等编著，Origin7.5入门与提高，化学工业出版社2009年出版 冉鸣主编，化学教育工具软件，化学工业出版社2006年出版 王正烈、王元欣编著，Beilstein有机化学手册使用指南，化学工业出版社2006年出版 彭智、陈悦编，化学化工常用软件实例教程，化学工业出版社
7、2006年出版,李谦、毛立群、房小敏主编 计算机在化学化工中的应用 化学工业出版社2010年出版,该书主要内容： 计算机文献检索 文献管理软件Endnote Excel在正交试验设计和化工最优化中的应用 化学编辑软件ChemSketch 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio 化学化工计算软件Matlab 化工过程模拟软件,冉鸣主编 化学教育工具软件 化学工业出版社2006年出版,该书主要内容： 化学编辑软件ChemSketch, ChemWindows 晶体结构处理软件Diamond 三维空间结构表示软件MS Viewer 虚拟化学实验室COREL Chemlab,彭智、陈悦编
8、化学化工常用软件实例教程化学工业出版社2006年出版,该书主要内容： Word和PPT在化学中的应用 化学编辑软件ChemOffice 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio,第1章 绪论,什么是化学信息学？,化学信息学(ChemoInformatics, Chemical informatics)或称信息化学，是化学科学的一门新的、交叉领域的分支，它是随着计算机化学和化学信息网络化的不断发展而逐渐形成的，化学信息学一词首次提出于1987年诺贝尔化学奖获得者J. M. Lehn 教授的获奖报告中。 关于化学信息学的定义及研究领域，目前国内外的学者有很大的争论，并没有太多的共识。 “
9、化学信息学”一词高频出现在2001年9月在南京召开了第2届全国化学信息学会议。,什么是化学信息,到了20世纪，人们认为化学是研究分子的科学。在这100年中，美国化学文摘(CA)上登录的天然和人工合成的分子和化合物的数目已从1900年的55万种，增加到目前的6513万多种(2013.12)。没有别的科学能像化学那样制造出如此众多的新分子、新物质。特别是20世纪后期合成化学的大发展，人们已经收集了大量功能分子的信息。包括它们的合成、结构、性质等等，现在还在以越来越快的速度合成出新化合物。许多工作仅为创造新分子或新结构，无意于它们的实际用途。也有些虽然考察过某种性质，但是可能当时漏掉另一重要性质。况
10、且，当我们总结结构与功能的关系时，需要功能表现有差别的一系列有关化合物的资料，哪怕是没有实际用处的化合物。因此，我们越来越需要结构性质功能的资料。,化学信息学的发展概况,CAS is the leading provider of organic, inorganic,and biosequence substance information.,CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and Markus
11、h substance information.,CAS Registry Number http:/www.cas.org/content/counter,化学信息学的发展概况,CAS is the leading provider of organic, inorganic,and biosequence substance information.,CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and M
12、arkush substance information.,2011年3月,2013年12月7日,2014年11月14日,2016年10月13日,什么是化学信息,此外，经过长期积累，堆起了一座各种各样物质的信息的大山。它是埋藏着大量宝藏的知识资源，而且这座大山还在以极快的速度增加。可是当我们需要寻找具有某种功能的化合物时，又去合成各种各样的化合物提供筛选。因此，我们应该意识到从这座信息大山中可以发现有用的物质。信息技术包括计算机的智能化给我们带来从信息大山中快速挖掘功能化合物和基本数据的可能，这些基本数据是解决问题的基础。,什么是化学信息,化学信息主要来源有： （1）传统的文本记录中的化学信息
13、。 （2）因特网中的化学信息。它是指化学信息的网络化，主要有联机文献检索、数据库资源、化学机构信息等。（3）计算机模拟获得的化学信息。它是指借助计算机和一些软件对化学物质的性质、化学反应、化学过程等进行模拟，以实现某些用实验手段难以完成或无法完成的任务。如化学波谱模拟、化学反应的动力学模拟、分子模拟。 （4）用化学计量学方法获得的信息。它是指利用计算机和应用数学以及统计学方法在化学尤其是在分析化学中的应用来确定最合适的分析方法、选择最优的测量过程以及如何对实验的原始数据进行处理以从中提炼新的、 更多的有价值的化学信息。,化学信息学,目前化学领域的知识并非都来自于传统实验室的经验测量，其中部分是
14、根据已有知识和定理通过计算机推演、大规模计算预测与模拟得到的。为此，美国化学会在期刊Journal of Chemical Information and Computer Sciences上增加了副标题“Includes Chemical Computation and Molecular Modeling”。化学信息学正在设法提供一个以化学结构为框架的通用化学语言，来组织化学领域的全部知识。,化学信息学,化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学学科，它利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播，以实现化学信息的提取、转化与共享 ，揭示化学信息的实质与内在联系
15、， 促进化学的知识创新和发展。,化学信息学,化学信息学研究的内容主要包括： （1）利用计算机技术和计算机网络技术对化学信息进行表示和计算机管理； （2）利用计算机技术对复杂的化学信息进行解析， 以快捷、方便的方式最大限度的提取和利用有用信息； （3）利用计算机对化学信息和化学体系进行模拟； （4）利用计算机和计算机网络技术收集、传播和共享化学信息。,化学信息学课程情况,美国化学会化学信息分会和图书馆协会在Indiana大学成立了化学信息教学资料交换中心（The Clearinghouse for Chemical Information Instructional Materials (CCI
16、IM)），负责收集、发布和分发化学信息资源。 美国化学会还设立了化学信息教育委员会（American Chemical Society Division of Chemical Information Education Committee）。 美国、欧洲、澳大利亚的很多大学开设了化学信息学类的课程，美国Indiana大学已经有超过40人获得了化学信息学硕士学位。,化学信息学课程情况,我国教育部理科化学教学指导委员会也把“化学信息学”列入了1998年10月制定的化学专业和应用化学专业化学教学基本内容中。 在2011年由教育部高等学校化学类专业教学指导分委员会编制的高等学校化学类专业指导性专业规范中，要求化学类专业化学教学基本内容需包括“化学信息的获取、处理和表达”；化学实验教学要培养学生“具有查阅资料、获取信息的能力”。,沈阳药科大学应用化学专业教学计划（学科基础课）部分,化学信息学,化学化工文献学 化学图形学 化学知识体系的计算机表示、管理与网络传输 化学信息的解析与处理 化学知识的计算机推演 化学教育与教学的现代技术与远程信息资源,Thank you very much!,