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1、。CoMFA使用说明第一步：分子数据库的准备以及登陆sybyl ( 回车键 )在其它软件上将一系列分子进行优化，存成mol2 的格式，如果模板分子是从晶体中取出，则将其它分子在模板分子的基础上进行改造即可，将系列文件的mol2 格式传到sybyl后，注意： 在其它软件上构建的分子在sybyl中有可能不认，所以要检查每一个分子。最好在 sybyl 中构建分子！登陆工作站的方法是在下面的界面中输入用户名和密码login ： exercisepassword ： jiao8514进入 sybyl的方法，在下列界面中输入sybyl精选资料，欢迎下载。sybyl界面第二步建立分子数据库，将优化后的分子放
2、入一个数据库文件中1、建立新的数据库：filedatabase/new ：给数据库命名，后缀为*.mdb 2、向建立的数据库中放入分子，首先将模板分子放入，然后一一放入其它分子file read 选定分子调出， built/edit name molecule 给分子名字 ok 计算分子电荷： computecharges 可供选择的计算电荷的方法很多，一般小分子用： Gasteiger Huckel大分子用： MMFF94蛋白用： pullman将分子放入数据库，file database put molecule按上列顺序将其它分子一一命名，然后放入数据库注意：每放完一个分子后，将前一个分
3、子去掉，方法：build/edit zap（ delete ）molecule建好数据库后，可以检查库中有多少分子。方法File database list molecule ok，结果会在下方的shell中出现数据库中的分子。3、分子叠加file align database弹出下列界面精选资料，欢迎下载。在 database to align中选择已经建好的数据库在 template molecule中选择模板分子在 commin substructure中选定分子的公共部分其它的选项采用默认ok，命名已经叠合好的数据库名字，注意：给数据库的路径，否则该数据库就被保存在exercise的目
4、录下。第三步填入参数调出刚才叠合好的数据库，方法： file molecule spreadsheet open 选中数据库名称弹出下列界面【用 new-database- 选择相应的数据库】精选资料，欢迎下载。填入数据，一般第一列加入活性数据用鼠标选中第二列，点击autofill，弹出下列界面选中 CoMFA ok,弹出下列界面点击 type （ s）中的 steric其它选用默认值，点击add coloum 给出该列的名称ok，该列被自动加上了立体场参数，重复上面步骤，在新的一列加上electroatatic参数。第四步数据分析精选资料，欢迎下载。添加参数后的表格如下：点击 QSAR Pa
5、rtial Least Squares，弹出如下界面精选资料，欢迎下载。1、 留一法点击 leave one out 为红色去掉 use samples ，在 Column filtering中填入过滤值，建议为2（能量大于此值的分子将被过滤），在 components中填入主成分数，可以大一些，这是PLS 的优点之一，即我们填入的主成分数过大，它也能自动找到一个合适的主成分数。最后在Analysis Name中填入文件名。点击Do PLS，提示为 PLS 命名 ok该过程较慢，需要耐心等待。计算完毕，在shell中出现 component 值和 R2 的值，注意此时的主成分数需要在下一步No
6、 cross validation中的 component 中填入。2、非交叉验证：点击 No cross validation在上面的界面中点击No cross validation，填入上一步得到的主成分数，命名 Do PLS，当返回表格后，点击end上面的结果， F 值，立体场，静电场等会在shell中出现第五步查看 CoMFA图在分析表格中点击QSAR View QSARCoMFA,出现下列表格选择 show sterics show 或 show electrostatics，出现立体或静电彩图第六步平动转动：1. 准备工作程序文件： rotate.sh, rotate.spl, t
7、rans.sh, trans.spl, generate_box.awk精选资料，欢迎下载。需要准备的文件：align.mdb, activity.txt结果输出文件：rotate(graph.file,message ),trans(graph.file,message, original)2. 具体步骤2.1转动2.1.1命令： sh rotate.sh注意：可以改变的地方 .dbname 改成要进行转动的数据库；txtname 为活性数据文件；output_file是结果输出文件名； increment为转动角度； select 是 val 的数目。 此步生成很多数据库，完成后把没用的数
8、据库删除。其中调用的 rotate.spl 文件可以修改 step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet2.1.2结果分析：graph.file 文件中前三列是 X，Y，Z 轴的转动角度（ 0，30， 60， 90， ）对应着数据库的名字（ 0，1，2，3， ），例如下图中的第二行 （30 0 0）对应数据库 database1_0_0.mdb.精选资料，欢迎下载。第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2 值。2.2平动2.2.1命令： sh trans.sh转动后得到最好的数据库基础上进行平动。同理转动，
9、修改dbname, txtname,output_file, step_size, increment.同 理 可 以 修 改trans.spl中 的step_size,charge,probe_atom,min_sigma,principle_component.精选资料，欢迎下载。2.2.2结果分析graph.file文件中前三列是X，Y，Z 轴的平动步长（0.00 ， 0.20 ， 0.40 ， 0.60 ， ）对应着数据库的名字（0， 1， 2， 3， ），例如下图中的第二行（0.00 0.00 0.20）对应的格点文件original中的 r0_0_1.rgn.第四、五列是leave
10、-one-out的主成分数和q2 值。找到最佳 q2 对应的格点 r0_0_1.rgn ，打开 original 文件，截取相应部分令存为 trans.rgn ，可以用于后续的交叉验证分析。精选资料，欢迎下载。第七步从工作站上抓图进入工作的文件夹，再打开一个Unix 窗口， Desktop open Unix shell在 shell中运行下面两个程序：snapshot 和 imageworgs在工作的文件夹下进入sybyl打开数据库： file database open调出叠合分子：analyze data base RMSD Fitting调出经过最小二乘法后的活性数据表格：file m
11、olecule spreadsheet open分别调出立体场合静电场的彩图，去掉其它分子，只剩下模板分子，改成ball方法： view mixed rendering ball all ok将光标放在snapshot上，压住左键下拉，将要抓的图圈住（前提是将彩图转到方便观看的角度）右键newfile name *.rgb右键save as文件名 .rgb点击flower图标打开file open *.rgb accept调出刚才的rgb文件file save as file formatTIFF accept将 rgb 文件格式改为TIF 格式即可。精选资料，欢迎下载。Welcome !欢迎您的下载，资料仅供参考！精选资料，欢迎下载