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1、蛋白结构分析和比较姓名学号日期年月日1. 阅读分子月报科普短文，参阅相关文献，从蛋白质结构数据库下载以下蛋白质三维结构原子坐标文件，利用 Swiss-PdbViewer显示观察，说明其结构特点。1) 猪胰岛素(4INS):(1) 由几个亚基组成，每个亚基有几条多肽链，每条多肽链由哪些二级结构单元组成；(2) 每条多肽链有几对链内二硫键，多肽链之间由几对二硫键连接；(3) 每个亚基如何与锌原子结合。2) 抹香鲸肌红蛋白(1MB0):(1) 由几股alpha螺旋组成；(2) 与血色素卟啉环中央铁原子以配位健结合的是哪个组氨酸，该组氨酸位于第几股alpha螺旋；(3) 与血色素携带的氧分子通过氢键连
2、接的是哪个组氨酸，该组氨酸位于第几股alpha螺旋。3) 小鼠免疫球蛋白(1IGT):1) 由几个亚基组成，每个亚基各有几个结构域；2) 两条重链之间由几对二硫键连接，重链和轻链之间由几对二硫键连接；3) 每个结构域内部的二硫键和色氨酸如何形成疏水内核；4) 多糖链对稳定分子结构的作用。4) 水母(Jellyfish )绿色荧光蛋白(1GFL):(1) 选择PDB原始文件中二聚体 A链，保存为单个亚基 1GFLa.pdb;(2) 打开1GFLa.pdb，并用不同颜色显示二级结构beta折叠；(3) 找出分子内部发光基团 Ser65-Tyr66-Gly67并说明其发光机理。5) 核小体(1AOI
3、):(1) 用不同颜色显示组蛋白 8个亚基；(2) 观察DNA分子碱基配对特点；(3) 显示组蛋白表面与 DNA相互作用的碱性氨基酸。2. 斑头雁和灰雁血红蛋白比较实例1) 从UniProt数据库中提取斑头雁和灰雁血红蛋白alpha亚基序列，进行序列比对，找出差异位点。2) 用SwissPDB-Viwer软件中选择并保存灰雁氧合血红蛋白1FAW中四个亚基中的A链B链两个亚基。3) 用结构叠合方法分析比较灰雁氧合血红蛋白A链B链两个亚基与斑头雁血红蛋白1A4F两个亚基的结构，计算基于alpha碳叠合后的均方根误差(RMSD )。4) 找出斑头雁血红蛋白 A链第119位丙氨酸侧链beta碳原子CB
4、和B链55位亮氨酸 侧链末端两个碳原子 CD1和CD2，分别测量 A119CB和B55CD1、B55CD2之间 的距离。5）找出灰雁血红蛋白 A链第119位脯氨酸侧链gamma碳原子CG和B链55位亮氨 酸侧链末端两个碳原子 CD1和CD2，分别测量 A119CG和B55CD1、B55CD2之 间的距离。6）根据上述分析结果，参阅相关文献，说明斑头雁和灰雁血红蛋白A119侧链大小和柔性不同，如何影响其构象变化，从而进一步引起氧气结合能力的变化。7）利用模拟突变的方法，将灰雁血红蛋白A链第119位脯氨酸突变成丙氨酸，测量突变后的A119CB和B55CD1、B55CD2之间的距离。3. 课题相关蛋白质结构分析1）在蛋白质结构数据库中下载课题相关或分子月报中你最感兴趣的蛋白质分子，用 Swiss-PdbViewer 显示其结构。2）该蛋白质有几个亚基，其二级结构是否含有alpha螺旋和beta折叠。3）该蛋白质是否含二硫键，其配对方式如何。4）该蛋白质是否含小分子配体或金属原子，结合方式如何。5）该蛋白质的功能是什么，与结构的关系如何。