介绍几个图论和复杂网络的程序库.doc

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1、介绍几个图论和复杂网络的程序库刚加入复杂网络圈子,暂时还没有成熟的研究内容,先发个资料性的东西占坑:)作复杂网络研究离不开对各种实际或模拟网络的统计、计算、绘图等工作。对于一般性的工作,我们可以用Pajek、Netdraw和Ucinet等软件完成。但对一些特殊应用(比如自己开发了一个新模型),现有的软件不能提供相应的建模或计算功能,这时就必须要通过编程的办 法来解决问题了。在这篇文章中,向大家介绍我使用过的4个面向图论及复杂网络分析的程序库,它们可以(分别或同时)用C、C+、C#和Python等语言调用。同时这些库都是开源的,可以通过研读它们的源代码提高编程水平。好,下边开始介绍,第一位出场的

2、是:一、Boost Graph Library准” C+标准库Boost Graph Library ( BGL )是C+ Boost库的成员之一。Boost是一个经过千锤百炼的C+库,作为标准模板库 STL的后备,是 C+标准化进程的发动机之一。Boost库由C+标准委员会库工作组成员发起,在C+社区中影响甚大,是不折不扣的准”标准库。BGL的特点是灵活性和高运行效率。BGL是以模板的形式提供的,这意味着你可以在模板的基础上创建自己的类型,比如自定义的节点类。BGL的开发者是世界上最顶尖的C+专家,这个库中实现的各种图算法具有非常高的执行效率,而且BGL本身具有工业强度,你可以放心的使用它。

3、此外, BGL的代码结构良好,是非常值得研读的精品,对于学习算法 与数据结构会有很大的帮助。从我的角度来看,BGL的缺点是没有提供复杂网络分析的算法,所以在实际中我使用的还 不多。建议对于分析大规模的网络问题时使用这个库,利用它良好的图数据结构,开发自己的复杂网络分析算法,将会获得很高的执行效率。参考资源:BGL 官方网站: http:/www .boost.org/doc/libs/1_42_0/libs/graph/技术书籍The Boost Graph Library,作者:Jeremy G. Siek, Lie-Qua n Lee,An drew Lumsdaine,见:使用Boost

4、 Graph library,一个简短的BGL使用介绍,适合快速上手,见: Boost Graph Library 学习笔记,讨论学习 BGL 中遇到的问题,见: http:/blog.csd n.n et/magicblue/archive/2009/05/22/4208976.aspx二、QuickGraph .NET 平台下的 BGLQuickGraph是一个用C#语言编写的.NET组件库,所提供的算法与BGL类似,可以看作是Boost Graph Library 在.NET平台下的实现。目前 QuickGraph 的最高版本是 3.3,支持.NET 2.0 和.NET 3.5 平台。对

5、于复杂网络研究, QuickGraph能够提供的帮助与 BGL基本类似。如果你对 C#语言(以 及其它支持.NET的语言)比较熟悉,可以考虑选择这个库。但由于 .NET程序是在虚拟机 下运行的原因,所以效率不够高,不适合处理大规模的计算问题。参考资源:QuickGraph 官方网站:中文资料暂时还找不到。三、igraphC语言写的复杂网络分析库igraph是一个建立和操纵无向图、有向图的开源C程序库,它既包含经典图论里的各种算法(例如最小支撑树、网络流等),也包含了最近的出现的一些网络分析算法(如社团结构 搜索等)。igraph是C写的,这意味着你很容易在C/C+中使用它。如果你不熟悉这两种语

6、言,或者觉得用C/C+太繁琐的话,igraph还提供了 R语言(一种国外很流行的统计分析语言)和 Python语言的接口,所以也很适合科研人员使用(我现在用的是 Python,调用igraph很简单)。参考资料:igraph 官方网站:关于 Python 语言的介绍,见:http:/zh.wikipedia.org/wiki/Python关于 R 语言的介绍,见: http:/zh.wikipedia.Org/wiki/R 语言四、NetworkX全面支持复杂网络分析的Python包NetworkX 是一个创建和操纵复杂网络,并对复杂网络的结构、功能和动力学进行研究的Python包,它提供了目

7、前应用最广泛的一些复杂网络分析算法,当然也包括基本的经典图论算法。NetworkX目前只能在 Python语言中使用(这也是我学 Python的原因之一,见从C#到Python谈谈我学习 Python 周来的体会)。我个人认为NetworkX比igraph要好用,因为NetworkX的文档更清晰易读,程序结构组织 得也很好,我现在主要在用这个包。但NetworkX的执行效率多数情况下会比 igraph要低(见 Drew Con way 所作的对比:http:/files.meetup.eom/1406240/s na_in _R.pdf)。所以也不适合作太大规模的网络分析计算。此外,Netwo

8、rkX和Python的一个绘图包Matplotlib结合得很好,可很方便地进行复杂网络可视化。参考资源:NetworkX 官方网站:http:/networkx.lanl.gov/Matplotlib (科学绘图的 Python 包):五、总结本文介绍了图论与复杂网络研究常用的一些程序库。用好这些程序库(以及其它一些软件工具),可以避免我们无谓的 re-invent the wheel ,从而提高工作效率。在网上了解到,国外 同行用这些库的很多,而在国内还很少搜索到这方面的资料(除了BGL )。作为我进复杂网络圈的敲门砖,向各位圈友推荐这几个库。另外,我近期正在学习Python 和 NetworkX ,如果您感兴趣,欢迎和我交流: )附:几个库的开发及调用语言对比 (*看来学 Python 还是不错的, 这几个库都可以调用 -_- ) 库名称 原始开发语言 可用某语言调用BGL C+ C+/ Python (通过 boost-python )QuickGrap C#支持 .NET 平台的任何语言 (Python 程序员可用 IronPython)igrap C C/C+/R/Python (理论上至少有 50 种语言可直接或间接调用 C 程序)Network Python Python

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