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1、1.28s上面的条带看得见的，主要是剪切前的前体RNA，就是成熟前的前体 RNA ,主要包括不均一核RNA （未剪切成熟的 mRNA前体）和主要是28s, 18s,5s的前体转录子。前体 存在于细胞核（然后加工剪切成28s, 18s, 5s和成熟的小片段的 mRNA。这些成熟的RNA进入到胞浆。所以，真正我们要用的，有功能的mRNA，是存在于胞浆中的成熟的 mRNA,而不是存在于细胞核中的剪切前的前体mRNA,前体mRNA是没有翻译功能的（蛋白质翻译机器，核单倍体是位于胞浆中的）所以，我们真正要测表达水平是胞浆中的成熟的mRNA。所以，很多公司，包括世界核酸分离第一品牌，还特意研发产品，来选择
2、性的来仅仅裂解液细胞膜，而不是细胞核膜，这样没有用的细胞核里面的DNA释放就少，DNA污染也少。而且，没有用处的剪切前的前体不成熟的RNA就可以尽量少提取出来。 真正成熟的mRNA,主要集中在28s和18s之间的荧光背景（一般每条基因mRNA量很少，所以，整体一般看不到明显带，只表现为 28s和18s之间的连续的涂抹带 smear,就是一点染色荧光背景） 所以，是否看到 28s上面的带，完全不是判断 RNA质量好坏的标准。道理就在这里，理论 上我们完全不裂解细胞核，我们就完全提取不到细胞核里面的不均一的前体mRNA，和28s,18s, 5s前体RNA。但是这实际上才是提取RNA最要追求的地方。
3、我们需要的是测定成熟的mRNA的表达量，这才是和下游蛋白翻译直接相关的量。不是通过前体的多少和表达来做实验的， 北京艾德莱 20:20:16所以，真正的判断 RNA好坏的标准是2个：1.28s, 18s是否清晰，尤其是 28S亮度比18s 亮度越大越好，如果 28s只是比18s稍高，或者亮度差不多，即使条带清晰，也已经提示部 分降解了，因为降解，总是从大片段开始降解，从28s降解到18s最后降解到5s。这样降解过程中，28s减少，18s增多，28s： 18s比例就会下降。如果最容易降解的28s都没有降解，（从比例推断），那么更难降解的 mRNA，就推理出肯定是完好的了。当然即使有部分降解 的m
4、RNA，甚至降解一大半，也是可以做PCR扩增的，但是定量就无法比较了。虽然也不会影响PCR扩增，但是这样做荧光定量就很不靠谱了，比如一个降解50%，一个降解了 20%,都能扩出来，但是这样这样实际上就无法对比，精确定量了。另外一个辅助标准： 离心柱型的硅胶模，一般不吸附小片段的5s片段，这样，提取出来的5s应该非常淡，或者看不清楚，如果有部分降解，降解后的片段一般会正好位于5s这个位置，这样，如果离心柱型的试剂盒，要是看到明显的5s片段，而28s： 18s的比例又不是很大，就高度提示有部分降解。5s哪里来的？本来离心柱子不吸附小片段的，就是降解的28s,18s变小，形成了 5s大小的降解片段。
5、请参看正常的电泳图。离心柱型的，都不应该见到明显很亮的5s,见到了就是28s, 18s降解来的小片段。泳道:234567891这张图片就是一个离心柱子提取RNA的不同降解情况的典型例子。泳道1,5,6,7,8,9部分降解了，所以28s是首先降解，28s条带变淡，而部分降解首先是降解成较小的18s左右的片段，所以 18s条带明显变粗，造成 28s： 18s的比例竟然小于1 了。然后在不该看到条带或者应该是很弱的5s位置，出现了较明显的5s大小的降解带。3,4是完全降解了，28s, 18s已经基本降解光了。两条带都看不见了。最后降解成的小片段 正好和5s大小一致，所以在 5s位置看到了大量的一条浓
6、浓的降解小片段，和 5s 一样大小。2就是完全正常提取的 RNA，大家可以看到28s:18s比例大约是2:1,5s位置也基本见不到带。 这就说明完全正常，无降解。小知识：如果不是离心柱子吸附方法提取，而是用异丙醇沉淀，或者乙醇沉淀方法提取的 RNA，因为5s小片段也可以一起沉淀，所以，一般会见到明显的5s带，用这种方法提取见到5s带，是正常的，不提示降解。下面就是trizol提取，可以见到明显 5s带，这个不代表降解。这个时候判断唯一标准，就是28:18s比例至少要大约1.5:1才提示不降解。这成了唯一标准。如果28s和18s差不多亮，甚至18s比28s还亮就提示降解了。当然，如果 5s出奇 的亮，那也提示部分降解了，就是部分降解成5s大小的降解带和5s重叠，造成它超出正常范围的亮。