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1、使用 Autodock4 在 Linux 下进行批量对接（命令行）1. 安装1. 从官方网站下载 MGLTools 和 Autodock4 压缩包，按说明解压安装。2. 准 备 MGLTools 应 用 程 序 ： 安 装 完 成 后 ， 将 ./mgltools_i86Linux*/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24目录下的所有应用程序拷贝到个人工作目录。再将 ./mgltools_i86Linux*/bin 目录下的 pythonsh 应用程序拷贝到工作 目录。3. 将 autodock4 压缩包中的 Autogrid4 和 Autodock4
2、也放到工作目录。2. 使用1. 下载对接的配体和受体文件（ *.pdb 格式）。进入工作目录。2. 将 PDB 格式文件转换成 Autodock 识别的 PDBQT 文件：./pythonsh prepare_ligand4.py -ligand.pdb./pythonsh prepare_receptor4.py - receptor.pdb hydrogens -U waters3. 准备 autogrid4 参数文件：./pythonsh prepare_gpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt4. 准备 autodock4 参数文件：./pyt
3、honsh prepare_dpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt5. 运行 Autogrid4: ./autogrid4 -p receptor.gpf6. 运行 Autodock4:./autodock4 -p ligand_receptor.dpf3. 结果分析Autodock 对接结果记录在 *.dlg 文件中，用 Estimated free energy of binding 值评价对接结果， 值越低表示越容易结合。从*.dlg 文件中提取 Estimated free energy of binding 值：egrep DOCKD:USER Run|Cluster|Rank|RMSD from reference structure|USER Estimated '*.dlg后记：本人在使用以上方法进行批量对接过程中， 偶尔有报错情况， 但大部分对接能跑出结果。 祝 君好运！ o_ n）o哈哈