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1、实验三、多序列比对一、 软件平台clustalX、bioedit、DnaMan二、 过程Clustal:Load Sequence(数据文件必须在ClustalX目录里)菜单Alignment-Alignment Parameters-Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面alignment - do complete alignment,进行完全比对(生成.dnd和.aln文件)比对完成,选择保存结果文件的格式phy:File-Save Sequence as-结果处理:Bioedit: 导入.aln文件 “掐头去尾”editDnaMan: 打开DnaM
2、an,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”,载入Clustal X比对后的.aln文件点击options,参数设置,在这里,你可以设置每行显示的序列,是否显示一致序列,彩色或黑白等点击Output,输出为图形文件实验五、分子进化与系统发育分析一、 软件平台clustalX , MEGA, Phylip(注:phylip使用方法可搜“phylip软件的说明”)TreeView二、 实验过程 ClustalX:(1)使用CLUSTALX多序列比对,输出格式为 *.PHY(具体见上文)(2)下载phylip,双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件;设定适当参数(4n+1);
3、输出outfile1文件。(3)打开PROTPARS(最大简约性法)【可选,具体情况具体分析】,输入outfile1文件后,得到outfile2和outtree1;(4)打开CONSENSE程序,输入outtree2,运行输出outfile3和outtree3文件;(5)树文件outtree3用TREEVIEW软件打开显示MEGA软件:(1)File-open a file/session-打开fasta文件,选择相应的data type(2)Align-edit/build aligns-Retrieve sequences from a file,打开文件;(3)点击Phylogeny 选
4、项,选择建树方法,建树保存。实验六、蛋白质预测一、 实验平台PredictProtein(账号),JPred,SOPMA二、 实验结果首先下载好序列数据(1) PredictProtein:(Dashboard 中右上角Html)二级结构:Prediction(brief);结构域:Protein-Protein binding;Motif:pattern-ID;跨膜区:PHD result;二硫键:Result for query.blastpsimat中的数字;实验七、预测结构并同源建模一、实验平台Swiss-model, modeller, PROCHECK, Molpobity, VM
5、D二、实验过程用swiss-model 和modeller分别预测如下序列的结构,并用PROCHECK和Molpobity分别评价所得预测模型,详细注释所得结果;Modeller用法:(搜索“modeller中文教程”,陈照强博客)、下载模板,并去除杂原子(pdb或swiss-model);将待建序列处理成.ali文件;【P1;naturesequence:nature:0.00:0.00】 (1)单模板:align.py model_single.py evaluate_model1.py(pdb) evaluate_model2.py(ali)使用得到的profile中数据作图; mode
6、ller同源建模后,使用chimera对模型做了1500步的最速下降法,得到最终模型(2) 多模板:评估软件:http:/nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/实验八、蛋白质功能预测1,blast序列,数据库选择nr,保存blast结果,查看domain信息以及系统进化树关系http:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2,protscale工具,web.expasy.org/protscale/3,ProtParam工具计算等电点等信息(Gravy值的范围在2-2之间,正值表面此蛋白为疏水蛋白,负值表明是亲水蛋白)、http:/web.exp
7、asy.org/protparam/4,mitif_scan查找motif、http:/myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan5,三维结构信息,二级结构:http:/gor.bb.iastate.edu/ https:/www.predictprotein.org/ 三级结构:http:/swissmodel.expasy.org/repository/6,相互作用:http:/string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl7,信号肽http:/www.cbs.dtu.dk/services/Signal
8、P/http:/ http:/smart.embl-heidelberg.de/smart/10,蛋白质修饰 http:/ptmcode.embl.de/11,疾病相关 http:/databases.lovd.nl/shared/transcripts/ERBB212,代谢途径 SMART http:/smart.embl-heidelberg.de/ 实验九、蛋白质翻译后修饰磷酸化位点:phosphositePlus:http:/www.phosphosite.org/Login.jsp糖基化位点:dbPTM:http:/dbptm.mbc.nctu.edu.tw/实验十、cytoscape应用实践1导入test.sif文件:importNetwork(Multiple File Types)2修改布局:LayoutCytoscape LayoutSpring Embedded3寻找配体分子chain B直接相互作用的残基:Search框中搜索”B”,SelectNodesFirst Neighbors of Selected Nodes;4将子网络取出:FileNewNetworkFrom Selected Nodes,all edges5不同颜色标注不同相互作用类型:Plugins RINalyzerVisual Properties实验十二、KEGG使用