新成人腹泻轮状病毒J19株VP2、VP3的编码基因序列分析.pdf

《新成人腹泻轮状病毒J19株VP2、VP3的编码基因序列分析.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《新成人腹泻轮状病毒J19株VP2、VP3的编码基因序列分析.pdf（4页珍藏版）》请在三一文库上搜索。

1、第2 2 卷 2 0 0 6 第 3 期 C HI NE S E J OUR NAL OF VI R OL OGY 2 2 No . 3 2006 Vo l n 理 a 新成人腹泻轮状病毒J 1 9 株 V P 2 , V P 3的编码基因序列分析 蒋盛军， 纪绍忠， 唐青， 杨红彦， 崔晓英， 毕烨， 阔飘， 高守一 ( 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所， 北京1 0 2 2 0 6 ) 摘要: 利用一种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法， 从新成人腹泻轮状病毒 J 1 9 株的核酸中扩增基因， 克隆 至p M D 1 8 - T中并进行测序和基因序列分析。J 1 9 株的V P 2

2、, V P 3的编码基因为基因2 , 4 ， 分别长2 9 6 9 b p , 2 2 0 4 b p ， 它们分别编码9 7 3 个氨基酸和7 1 9 个氨基酸。 J 1 9 株的V P 2 蛋白序列对B 组人轮状病毒I D I R株的一致 性为4 7 . 2 % ; J 1 9 株的V P 3 蛋白序列对C组人轮状病毒C o w d e n 株一致性为2 5 . 1 %。对J 1 9 株 V P 2的遗传进化分 析表明， J 1 9 株在进化树上的位置靠近外群蛋白以及A, B和 C组轮状病毒分枝的根部， 并且它比较偏向于B组轮 状病毒的分枝。这与V P 6 的遗传进化分析结果相一致。根据上

3、述结果推测J 1 9 株可能是一个与B组轮状病毒的 起源和进化密切相关的毒株之一; 同时， 这表明V P 2 在研究轮状病毒的遗传进化上具有重要价值。关于新成人腹 泻轮状病毒J 1 9 株 V P 2 , V P 3的编码基因的序列分析， 这是首次报道。 关键词: 新成人腹泻轮状病毒; J 1 9 株; 基因; 克隆; 序列分析 中圈分类号: R 3 7 3 . 2文献标识码: A文章编号: 1 0 0 0 一 8 7 2 1 ( 2 0 0 6 ) 0 3 - 0 1 7 2 - 0 4 轮状病毒是人类和动物病毒性腹泻的重要病 原。根据病毒分组抗原蛋白V P 6的特异性， 轮状病 毒一般分为

4、7 个组( A - G ) ; 其中A , B和C组病毒 在人群和动物中皆有发现， 而其它各组的轮状病毒 仅在动物中发现川。目 前在人群中流行的轮状病 毒一般为 A组轮状病毒， 该组病毒每年都造成大量 的婴幼儿腹泻。在中国， 除暴发婴幼儿腹泻外， 还暴 发过由成人腹泻轮状病毒( A d u l t d i a r r h e a r o t a v i r u s ， A D R V ) 引起的大流行， 患者累计上百万人 2 - 4 ) 。该 病毒于1 9 8 3 年在世界上首次发现， 并证明它与一般 轮状病毒不同， 感染对象没有年龄限制， 因为大部分 感染者为成年人， 故该病毒被定名为成人腹

5、泻轮状 病 毒， 归 类为B 组 a ) a 1 9 8 7 年、 1 9 8 8 年在我国 湖南 省和福建省分别在腹泻病原调查中发现病毒核酸的 聚丙烯酞胺凝胶电泳图型与成人腹泻轮状病毒的核 酸电泳图型不同的新轮状病毒。1 9 9 4年和 1 9 9 7 年， 又分别在我国北京、 河北省等地发现与上述病毒 的核酸电泳图型一样的轮状病毒， 该病毒在上述两 地造成两次规模较大的成人腹泻的爆发。血清学分 析结果表明该病毒不与 A组和 B组轮状病毒的血 清发生反应; 由于它的核酸电泳图型和血清学分析 结果与成人腹泻轮状病毒( A D R V) 明显不同而称为 新成人腹泻轮状病毒 ” 。该病毒用原代人胚

6、肾细 胞培养成功， 分离培养成功的病毒定名为新成人腹 泻轮状病毒( n o v e l a d u l t d i a r r h e a r o t a v i r u s , N A D R V ) J 1 9 株 5 ) 。 我们前期对J 1 9 株V P 6的遗传进化分析表明: 它可能是一个新组轮状病毒的一个代表毒株; 同时， 它可能是一个与B组轮状病毒的起源和进化密切 相关的毒株。V P 6 构成轮状病毒的第二层壳; V P 2 是构成轮状病毒的内壳蛋白; V P 3 是V P 2 所构成的 内壳蛋白所包含的一种蛋白， 它具有鸟昔酸转移酶 活性， 它在轮状病毒的复制和转录中起着重要作

7、用。 在上述研究的基础上， 该研究对J 1 9 株V P 2 , V P 3 的 编码基因序列进行了分析， 以进一步阐明J 1 9株的 基因序列特征以及分类学地位。 材料与方法 收稿日期 苍金项目 作者简介 子病毒学研究 通讯作者 : 2 0 0 5 -1 0 -1 8 ; 修回日期: 2 0 0 6 - 0 1 - 1 7 : 国家自然科学基金项目( 3 0 3 4 0 0 8 ) : 蒋盛军 ( 1 9 7 5 一) ， 广西人， 在读博士后， 主要从事分 : 纪绍忠， E - m a i l : s z j i0 0 2 y a h o o . c o m. c n 1 病毒、 质粒和细

8、菌菌株新成人腹泻轮状病毒 J 1 9 株分 离自河北省石家庄市腹泻病人的粪便标本; 大肠杆菌J M1 0 9 由 本实验室保存; p M D 1 8 - T载体购买自 大连宝生物公司。 2 试荆丙烯酞胺、 甲叉双丙烯酞胺、 P o l y e t h y l e n e g l y c o l ( P E G ) ( 6 0 0 0 # ) 购自S i g m a 公司; R N a s e T 1 购自E P I C E N - T R E公司; T 4 R N A l i g a s e与 T a K a R a L A T a q D N A p o l y - m e r a s e

9、购自 大连宝生物公司; Q I A q u ic k P C R F r a g m e n t P u r i f i - c a t i o n K i t 购自Q I A g e n 公司 ; T h e r m o S c ri p T M R e v e r s e T r a n - s c r ip t a s e K i t 购自G I B C O B R L 公司， 其它常用试剂均为国 产。 3期蒋盛军等: 新成人腹泻轮状病毒 J 1 9 株 V P 2 , V P 3的编码基因序列分析 1 7 3 曰.国川川曰囚 同曰阴同同同 叶rFFF甲1 卿翻呻 淤 3131牡卫312

10、93160 ，-1llKI 回5 口J一11 L团 y万 3 病毒的培养和 d s R N A的提取和纯化按纪绍忠报道的 方法培养新成人腹泻轮状病毒J 1 9 株1 5 1 . J 1 9 株的d s R N A 的 提取参照G o u v e a 等的方法 6 进行。 用Q I A g e n P C R片 段 纯化试剂盒纯化J 1 9 株的d s R N A 。提取的d s R N A用1 0 %聚 丙烯酞胺电泳 4 h , 凝胶用硝酸银染色检查 J 1 9 株病毒 d s R - NA图型。 4 墓因的扩增、 克隆和测序此研究使用一种改良的非依 赖核酸序列的单引物扩增方法 7 来扩增V

11、P 2 , V P 3 基因。 用 1 %琼脂糖凝胶分离 P C R扩增产物， 割胶回收目的D N A 片段， 然后与p M D一 1 8 T v e c t o r 连接转化J M1 0 9 ， 通过 P C R 鉴定阳性克隆。克隆基因片段的测序由大连宝生物公司完 成。 5 序列分析和进化树的构建利用D N A S T A R , O R F F I N D - E R ( N C B I ) 、 B L A S T( N C B I )以及 P H Y L I P 3 . 5 ( J . F e l s e n - s t e i n ) 软件来分析核酸和蛋白质序列。J 1 9 株蛋白序列

12、的参 比 序列取自G e n B a n k 。在进化树分析中使用的蛋白序列如 下: 呼肠 病毒科 的水 稻 黄矮 病毒 的非 结构蛋 白 P n s 4 ( Q 8 5 4 3 6 ) 为 V P 2 进化树的外群蛋白; V P 2 蛋白序列: A组轮 状病毒毒株: K U ( B A A 8 4 9 6 3 ) , S A l l ( P l X R S R ) , WA ( P l l 2 3 1 ) ; B 组轮状病毒毒株: A D R V ( A A A 4 7 3 5 0 ) , B a n g 3 7 3 ( A A Q 1 8 6 5 4 ) 、I D I R( A 4 9 8

13、 0 8 ) 、I n d i a( B A B 2 0 4 5 5 ) 、 WH 1 ( A A 0 6 2 2 5 0 ) , C组轮状病毒毒株: B r i s t o l ( C A C 4 4 8 9 0 ) , C o w - d e n ( P 2 6 1 9 1 ) 。 性比较揭示: 病毒的 V P 2 1 ) 。 与J 1 9的V P 2相比， A , B和 C组轮状 在蛋白 N 一 端都缺失 3 3个氨基酸( 图 A D R V 姗 1 B a n g 3 7 3 I n d i a I D I R C o w d e n S A I I d 1 9 5 A K T H I

14、H G V D 3 3 A K T H IH 6 V D S 5AK TH 工H GV D 5 5 孟 K T 可 IH G V D S 耳 ID F P . L V I S A 竺 竺 5 工 旦 答V 卫 旦 E l I 5RHR-一R R R T G G K四 AEK EK EK 艺 K E K 艺 K 0TEIVEEKE I l k YRKRGARRETH I L I K0DERH0 EKEDSKNI K IE VIEK LET IRET INDTKDKK D F0K IHDE L 姗 工 B a n g 3 I n d i a I D I R C o 可 北 S A I I A D

15、R V 姗 工 B a n g 3 7 3 I n d i a- I D I R一 仁 0 口 d e n- D IKIS QT - D G Q - - - I PDD IE 5 QY - D G Q - - - I PDD IR 5 Q9 - D G Q - - - I PD 犯 一 K E A 冈E Q v 一 K D 回K 。 v I 团 E E - 一 5A 1 1J 1 9 - - - D S P K 睡 冬 毕理终v 5 1K K E E - - - - I I T D A L K.5 T 1 K T T 5 L L Y L j -一 I L TUF1LKKRT够KLY 图1 J

16、1 9 株与轮状病毒A , B和C组轮状病毒毒株 V P 2 的部分氨基酸序列的同源性比较 F i g u r e 1 P a r t i a l a m i n o a c i d s e q u e n c e c o m p a r i s o n s o f V P 2 f r o m J 1 9 , g r o u p A, B a n d C r o t a v i r u s s t r a i n s 结果 1 J 1 9 株 V P 2的编码基因的序列分析 J 1 9株 的 V P 2的编码基 因 ( 基 因 2 ) 全长 2 9 6 9 b p ， 含一个大的开放阅读框架(

17、 o p e n r e a d i n g f r a m e , O R F ) ， 预测编码一个长为9 7 3 个氨基酸的蛋 白质。它的 5 端包含一个强启动子信号: ( 1 7 .: A G - G A T G G - 2 3 ) ， 即在启动子的一 3为核昔酸 A， 十4为 核昔酸G s l 0 5 端非编码区包含 1 9 个核昔酸“ G - G C A C T T A A G C G C T G C A A G “ ; 3 端非编码区包含 2 8个核昔 酸“ A T C A C G A T C T A G C T T A T T C A A T - A T A C C C “ o

18、J 1 9株 V P 2基因和编码蛋白在 G e n - B a n k的注册号分别是 D Q 1 1 3 8 9 8 , A A Z 0 3 4 8 6 0氨基 酸序列同源性比较结果表明J 1 9株 V P 2与所有已 知的B组轮状病毒 5 株毒株( I D I R , A D R V, WH l , B a n 沙7 3 , I n d ia ) 的V P 2 蛋白序列有较高的一致性 ( 4 6 . 0 %一4 7 . 2 %) ， 与 A组 ( S A I 1 ) 和 C组( C o w - d e n ) 轮状病毒的蛋白序列的一致性较低( 1 5 . 1 %一 1 7 . 6 %) o

19、 A, B和C组轮状病毒的V P 2 蛋白序列的 长度分别是 8 8 1 -8 9 2 个、 9 3 4个以及 8 8 4 -8 7 2个 氨基酸。与它们相比， J 1 9 株的V P 2比A , B以及 C 组轮状病毒毒株的 V P 2都要长。氨基酸序列同源 2 J 1 9 株V P 3 的编码基因的序列分析 J 1 9株 V P 3的编码基因 ( 基 因 4 ) 的全长 2 2 0 4 b p ， 含一个大的O R F ， 它预测编码7 1 9 个氨基 酸。它的5 端非编码区仅有 8 个核昔酸“ G G C A C T - T A “ ; 它的3 非编码区端包含 3 6个核昔酸“ G T

20、C A - TAAGTAAC TTAATGAGTTGC TGTAAT AT ACC - C “ a J 1 9 株 V P 3基因和编码蛋白在 G e n B a n k的注 册号分别是 D Q 1 1 3 9 0 0 , A A Z 0 3 4 8 8 。在 A组和 C组 轮状病毒中， 与J 1 9 株V P 3 蛋白序列一致性较高的 是 WA株( 1 8 . 9 %) 和 C o w d e n 株( 2 4 . 6 %) 。因为 B 组轮状病毒的V P 3 基因序列尚无报道， 所以无法将 J 1 9 株的V P 3与 B组轮状病毒的V P 3相比较。A 组轮状病毒的V P 3 蛋白序列的

21、长度为8 2 9 -8 3 5 个 氨基酸， C组轮状病毒的 V P 3蛋白序列的长度为 6 9 2 -6 9 5 个氨基酸。J 1 9株 V P 3 蛋白序列比A组 轮状病毒的V P 3 蛋白序列短， 比C组轮状病毒 V P 3 蛋白病毒序列的长。氨基酸序列比较发现: 与A组 轮状病毒的V P 3 蛋白序列相比较， J 1 9 株和 C组轮 状病毒的V P 3在 C一端均有多处缺失。所有 V P 3 蛋白序列同源性比较结果显示: 在氨基酸序列的中 部具有的一个较大的保守序列“ A L Y - X - L S N - X X - N “图2 ) ， 它可能是 V P 3的一个功能区。 1 7

22、4 病毒学报2 2卷 源上存在紧密的联系， 它们可能是同一起源毒株分 出的两个小分支。 讨论 新成人腹泻轮状病毒 J 1 9株的基因组全长 1 7 9 6 1 b p ， 富含腺嗦岭核昔酸和尿嗜陡核昔酸( A % + U %二 “. 4 9 %) 0 1 1 个基因包含 1 1 个大的开放 阅读框架， 分别编码 6个结构蛋白以及 5 个非结构 蛋白。我们早期的蛋白序列同源性比对结果表明: J 1 9 株的 1 0 个蛋白序列与 B组轮状病毒的相关蛋 白的一致性较高( 1 9 . 6 %-5 5 . 7 %) ; J 1 9的V P 3 蛋 白与猪 C组轮状病毒 C o w d e n 株的相关

23、蛋白的一致 性较高( 2 4 . 6 %) 。因为 B组轮状病毒 V P 3 蛋白序 列尚未见报道， 所以目前还不敢确定J 1 9 的V P 3 蛋 白究竟与那组轮状病毒的相关蛋白序列的一致性最 高。我们对 N A D R V一 J 1 9 株的V P 2的遗传进化分 析表明: N A D R V一 J 1 9 株可能是一个新组轮状病毒 的代表毒株， 同时， 它也与 B组轮状病毒的起源和 进化紧密相关的。除了V P 3以外， J 1 9 株的其余 1 0 个蛋白的同源性分析显示它们对 B组轮状病毒的 相关蛋白具有较高的一致性; 推测J 1 9 株的V P 3 也 应对 B组轮状病毒相关蛋白显示

24、较高的一致性。 V P 2 构成轮状病毒的内壳， 因此， 它与构成第 二层壳的V P 6 一样， 在基因的结构和蛋白功能上具 有很大的相似性。J 1 9 株的V P 2 基因的5 端包含一 个强启动子信号: ( 1 7 - A G G A T G G - 2 3 ) ， 即在启动子 的一 3 为核昔酸A ， 十 4 为核昔酸G a ; 在J 1 9 株的 V P 6 蛋白基因的5 端包含一个强启动子信号: ( 1 7 - A G G A T G G - 2 3 ) ， 即在启动子的一 3 为核昔酸A, + 4 为核昔酸G 8 。 这说明两个蛋白 基因在基因的表达 调控上具有很大的一致性。V P

25、 2是构成轮状病毒 内核的重要结构蛋白， 它也对单链 R N A和双链 R N A具有吸附活性 9 “ 0 . V P 6 蛋白是构成病毒第 二层壳的结构蛋白。将J 1 9 株的V P 2和V P 6蛋白 序列进行比较， 结果发现两者竟有 2 1 . 2 %的序列一 致性。 J 1 9 株的V P 2和V P 6的遗传进化分析也表 明V P 2 和V P 6 在遗传进化上的保守和稳定性。因 为V P 6 是轮状病毒重要的分组抗原蛋白， 而且 V P 6 基因序列容易通过单引物非序列依赖性的扩增方法 得到， 所以在通常情况下利用 V P 6 蛋白序列来做轮 状病毒的进化分析。但是， V P 2蛋

26、白序列( 8 8 1 一 9 7 3 个氮基酸) 比V P 6蛋白序列( 3 9 1 -4 9 6个氨基 酸) 长而有利于保留更多的遗传进化信息， 因此， 这 470翎柳47047D470翎例470470470肠4704704，047047D编4?2472472493 图2 J 1 9 株与轮状病毒A和C组轮状病毒毒株 V P 3 的部分氨基酸序列的同源性比较 F i g u r e 2 P a r t i a l a m i n o a c i d s e q u e n c e c o m p a r is o n s o f V P 3 f r o m J 1 9 , g r o u p

27、 A a n d C r o t a v i r u s s t r a i n s 3 V P 2和 V P 6的遗传进化分析 V P 2 构成轮状病毒的内壳蛋白， V P 6 构成轮状 病毒的第二层壳， 因此， V P 2 应该与 V P 6 一样在遗 传进化上趋于保守和稳定。利用 V P 2 相应的同源 序列以及外群蛋白， J 1 9 株的V P 2的遗传进化树见 图3 。从图3可以看出， 此研究的 V P 2进化树与从 前研究的V P 6 进化树的拓扑结构高度一致 7 1 。 从 V P 2 蛋白的遗传进化树可以看出， J 1 9株在进化树 上的位置靠近外群蛋白以及 A, B和 C组轮

28、状病毒 分支的根部， 并且它偏向于 B组轮状病毒的分支。 根据上述结果推测J 1 9 株可能是一个与B组轮状病 毒的起源和进化密切相关的毒株之一。从 V P 2的 遗传进化树还可以看出， 我国流行的B组成人轮状 病毒毒株( A D R V, WH1 ) 与印度、 孟加拉流行的 B 组成人轮状病毒毒株( B a n g 3 7 3和 I n d i a ) 在进化起 图3 轮状病毒 V P 2的遗传进化分析 F i g u r e 3 P h y l o g e n e t i c a n a l y s i s o f V P 2 f r o m 1 1 9 , g r o u p A, B

29、a n d C r o t a v i r u s s t r a i n s 3期蒋盛军等: 新成人腹泻轮状病毒J 1 9 株 V P 2 , V P 3的编码基因序列分析 1 7 5 也说明V P 2 在研究轮状病毒的遗传进化上具有重 要的价值。 此研究采用的一种改进的非依赖核酸序列的单 引物扩增方法使克隆轮状病毒大片段基因变得容 易1 7 1 ， 因此， 该方法的广泛应用将有利于V P 2 基因 等大片段轮状病毒的基因克隆。在获得大量 V P 2 蛋白序列的基础上， 今后有望对轮状病毒的起源和 进化上做更深人的分析。 参考文献: 1 0 7 9. 4 C h e n g C M, H u

30、 a n g T , B r i d g e r J C , e t a l . C h i n e s e a d u l t r o t a v i r u s is a g r o u p B r o t a v i r u s J . L a n c e t , 1 9 8 5 , 2 : 1 1 2 3 一 1 1 2 4 . 5 纪绍忠， 毕烨， 杨红彦， 等 . 引起成人腹泻的新轮状病毒在原代 人胚肾细胞上的培养和传代 J . 中华医学杂志， 2 0 0 2 , 8 2 : 1 4 - 1 8. 6 G o u v e a V , G l a s s R 1 , Wo o d s

31、 P , e t a l . P o l y m e r a s e c h a in r e a c t i o n a m p l i f i c a t i o n a n d t y p i n g o f r o t a v i r u s n u c l e i c a c i d f r o m s t o o l s p e c i - m e n s j . J C l i n Mic r o b i o l , 1 9 9 0 , 2 8 : 2 7 6 一 2 8 2 . 7 L a m b d e n P R , C o o k e S J , C a u l E O

32、, e t a l . C lo n i n g o f n o n c u lt i v a t - a b l e h u m a n r o t a v i r u s e s b y s i n g l e p r i m e r a m p l i f i c a t i o n 1 9 9 2 , 6 6 : 1 8 1 7一1 8 2 2 . . J . J V i r o l , 1 K a p i k i a n A Z , C h a n o c k R M. R o t a v i r u s e s A . F i e ld s B N , K n i p e 8 J

33、K o z a k M. P o s s i b l e r o l e o f fl a n k i n g n u c l e o t i d e in r e c o g n i t i o n o f t h e D M , H o w le y P M ( e d s ) . F ie ld s V i r o lo g y M I . 3 d e d . P h i la d e lp h ia : A G U in it ia t o r c o d o n b y e u k a ry o t ic r ib o s o m e s J . N u c l e ic A c i

34、d s L i p p i n c o t R a v e i n , 1 9 9 6 . 1 6 5 7 一1 7 0 8 . R e s , 1 9 8 1 , 9 : 5 2 3 3 一5 2 6 2 . 2 H u n g T , C h e n G M, W a n g C A , e t a l . Wa t e r b o r n e o u t b r e a k o f r o - 9 B o y l e J F , H o lm o r e K V . R N A一 b i n d in g p r o t e i n s o f b o v i n e t o - t a

35、 v i r u s d i a r r h e a in a d u l t s in C h i n a c a u s e d b y a n o v e l r o t a v i r u s J .t a v i r u s J . J V i r o l , 1 9 8 6 , 5 8 : 5 6 1 一 5 6 8 . L a n c e t , 1 9 8 4 , 1 : 1 1 3 9 一1 1 4 2 . 1 0 L a b b e M, C h a r p li l e n n e A , C r a w f o r d S E , e t a l . E x p r e

36、 s s io n o f t o - 3 1 H u n g T , C h e n G M, Wa n g C A , e t a l . R o t a v i r u s 一 li k e a g e n t i n t a v i r u s V P 2 p r o d u c e s e m p t y c o r e 一l i k e p a r t i c l e s J . J V i r o l , a d u l t n o n b a c t e r ia l d i a r r h e a i n C h in a J . L a n c e t , 1 9 8 3

37、， 2 : 1 0 7 8 一1 9 9 1 , 6 5 : 2 9 4 6 一 2 9 5 2 . S e q u e n c e A n a l y s i s o f t h e V P 2 a n d V P 3 G e n e s o f a N o v e l A d u l t D i a r r h e a R o t a v i r u s S t r a i n J 1 9 J I ANG S he n g - J u n， J I S h a o - z h o n g , T A N G Q i n g ， Y A N G H o n g - y a n , C UI

38、X i a o - y i n g , B I Y e , K A N B i a o , G A O S h o u - y i ( N a t i o n a l I n s t i t u t e f o r C o m m u n i c a b l e D i s e a s e C o n t ro l a n d P r e v e n t i o n ， C h i n e s e C e n t e r f o r D i s e a s e C o n t ro l a n d P r e v e n t i o n , B e ij i n g 1 0 2 2 0 6 ,

39、 C h i n a ) A b s t r a c t : G e n e s o f a n o v e l a d u l t d i a r r h e a r o t a v i r u s( N A D R V) p r i me rs e q u e n c e - i n d e p e n d e n t a mp l i f i c a t i o n me t h o d , c l o n e di n t o s t r a i n J 1 9 w e r e a m p l i f i e d b y a n i m p r o v e d s i n g l e

40、p MD l 8 - T v e c t o r , s e q u e n c e d a n d a n a l y z e d . G e - n o m i c s e g m e n t s 2 ， 4 e n c o d i n g V P 2， V P 3 o f N A D R V - J 1 92 9 6 9 b p , 2 2 0 4 b p i n l e n g t h , a n d t h e d e d u c e d p r o t e i n sw e r e 9 7 3 a a a n d 7 1 9 a a , r e s p e c t i v e l

41、y . I d e n t i t y o f V P 2 o f J 1 9 t o h u m a n g r o u p Br ot avi r us s t r a i n I DI R w a s 4 7 . 2%a n d t h a t o f V P 3 o f J 1 9 t o h u m a n g r o u p C r o t a v i r u s s t r a i n C o w d e n w a s 2 5 . 1 %， P h y l o g e n e t i c a n a l y - s i s o f V P 2 s h o w e d t h a

42、 t N A D R V - J 1 9 p o s i t i o n e d c l o s e l y t o o u t g r o u p a n d t h e a n c e s t r a l n o d e s o f g r o u p A, B a n d C l i n e a g e s , a l t h o u g h w i t h a p r e f e r r e d a s s o c i a t i o n w i t h g r o u p B l i n e a g e , w h i c h c o r r e s p o n d e d t o

43、t h e p h y l o g e n e t i c a n a l y s i s o f V P 6 . T h e a b o v e r e s u l t s a l l o w e d u s t o d e d u c e a c o n c l u s io n t h a t J 1 9 w o u l d b e a s t r a i n c l o s e l y r e l a t e d t o t h e e v o l u t i o n a n d o r i g i n o f g r o u p B r o t a v i r u s e s a n

44、 d t h e y a l s o i n d i c a t e d t h a t V P 2 w o u l d b e v a l u a b l e f o r s t u d y i n g t h e e v o l u t i o n a n d o r i g i n o f r o t a v i r u s e s . T h i s s t u d y i s t h e f i r s t r e p o r t o n s e q u e n c e a n a l y s i s o f g e n e s o f N A D R V - J 1 9 e n c o d i n g VP 2 a n d VP 3 . K e y w o r d s : n o v e l a d u l t d i a r r h e a r o t a v i r u s ; J 1 9 s t r a i n ; g e n e ; c l o n i n g ; s e q u e n c e a n a l y s i s C o r r e s p o n d i n g a u t h o r : J I S h a o- z h o n g , E - m a i l : s z j i 0 0 2 y a h o o . c o in. c n