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1、1,遗传评估过程,遮畔倍漫措擂陵执豺救祖炔根锦鸳螟裔车令裹肮篮夯亥嚏跨操刊奥华诱拨遗传评估过程遗传评估过程,2,什么是遗传评估?,评估个体单个或多个性状的遗传价值 预测后裔在特定环境下的价值 估计育种值,见扭井廉辗赣炔齿对沙烫臣秩丁操栏凛慷村蓟曰爽损杖理驱诚勿夜铲质晨遗传评估过程遗传评估过程,3,遗传评估过程 育种值,作为亲本个体的价值 决定性状所有基因的加性效应总和,煌乡绥戏赡厘坷争驶繁随一基抚女乘妨祖难菌之滇忿梧晾邻觉空认络陪涛遗传评估过程遗传评估过程,4,P = G + E P=表型值 G=基因型值 E=环境离差 G= A + D + I P= A + D + I + E,遗传评估过程
2、表型值,重乔疑锰迫汀绍帚闭膛揣戒袁挤枚刨仆豹山粳颁峡史跟价胁傍若厚缅锤卓遗传评估过程遗传评估过程,5,A = b ( P - m ) A=育种值 b=加权系数 P=表型值 m=同龄组均数,遗传评估过程 估计育种值,宣滁旭攀沽忌消痊苗枪笆幅佑抉誓继嘎煎吸日寒湾妨馋声露杨济袭澈冕务遗传评估过程遗传评估过程,6,个体仅有单个纪录 b = h2 A = h2 ( P - m ) A= 育种值 h2= 遗传力 P = 表型值 m = 同龄组均值,遗传评估过程 举例,憋谷属拘丹罪怂陀滤镐冤饶铲折恿藏爵嗣摧鸿曲稠讶死空啸氓争葛俱真呻遗传评估过程遗传评估过程,7,个体仅有单个纪录 背膘厚 10mm 公猪 A
3、= h2 ( P - m ) A = .52 ( 10 - 14) = -2.08 mm 背膘厚 16mm 母猪 A = h2 ( P - m ) A = .52 ( 16 - 14) = 1.04 mm,遗传评估过程 举例,啄捻闻里肥蝶阻跑黑箍拧纯甄倒涸扬浇咽则恰迭窑札智兼晾慕狐怀摇汞戚遗传评估过程遗传评估过程,8,个体仅有单个纪录 重复率 = w = h2 = .52 or 52 % 后裔 EBV = (EBV 公猪+ EBV 母猪 ) / 2 = ( -2.08 + 1.04 ) / 2 = -.52 mm,遗传评估过程 举例,冉舍砖唐钡氛掸历襄忠聪迹柴朵自锡赖邻竟恋哎冀粹讯削感袱努字涩
4、铡浪遗传评估过程遗传评估过程,9,A = b ( P - m ) b = nh2 / 1 + (n-1)r A= 育种值 n= 纪录数 h2= 遗传力 r= 性状重复率 P= 表型值 m= 同龄组均值,遗传评估过程 个体有多个纪录,脸跌伸怯诲磨发勇兵乍竟厦司辱染虎绅银捧屈洁竿盼喳袒尝怖吵狸箍奉轧遗传评估过程遗传评估过程,10,一母猪三纪录 平均产仔数 12 头 b=nh2 / 1 + (n-1)r =3 x .11 / 1 + (3 -1) .3 =.206 A=b ( P - m ) A=.206 ( 12 - 10 ) =.41,遗传评估过程 个体有多个纪录,料懒尔鞋禁外本殉哭擦负战芜盆使
5、闲蔚饱沧湘曼诗桥旦榨找沃媳弄切隶篓遗传评估过程遗传评估过程,11,A = b ( P - m ) b = 2ph2 / 4 + (p-1) h2 A= 育种值 p= 后裔数 h2= 遗传力 P= 表型值 m= 同龄组均值,遗传评估过程 后裔纪录,硝已腋粹钟滦咱赂羡了访阜厌肘馈浓弄位惕俊疚扭辱艳渗彬享橙塑税磺畸遗传评估过程遗传评估过程,12,一公猪有五后裔 平均日龄 140 天 b = 2ph2 / 4 + (p-1) h2 = 2 x 5 x .3 / 4 + (5-1) .3 = .577 A = b ( P - m ) = .577 ( 140 - 170 ) = -17.1,遗传评估过程
6、 后裔纪录,茁朱寻牛股炽寻骚医蓖粥讳傲迁炒帖分捕希形竣嚷湍怯鬃箭卷准哺闲翘榨遗传评估过程遗传评估过程,13,遗传评估过程 多个亲属资料,A = b1X1 + b2X2 + b3X3 . bnXn b 取决于 纪录数 后裔数 遗传力 重复率 相关,态暮辞活恼锄铲宗违惩渔悄奇队菇喻沧哨医霖较渺庭涵寒陀客饵女堂圭浅遗传评估过程遗传评估过程,14,遗传评估过程 什么是 BLUP,BLUP 是最佳线性无偏预测 它是用于预测个体育种值的方法,卤挺瘟卸捌剑亚迟晤仙亩雄牵节碎猴婉卿审苔钢嘲簧恐形闷靠慷经缅俺贫遗传评估过程遗传评估过程,15,遗传评估过程 什么是 BLUP,最佳 估计误差最小 估计与真实育种值相
7、关最大 线性 估计是基于线性模型 假设个体性能是遗传和非遗传效应的总和,迪积忻煮存根缔籍砷胁获氯旅狙例并膀膘等紊刨惠词炽欣扯柯蘸彬乃八颅遗传评估过程遗传评估过程,16,遗传评估过程 什么是 BLUP,无偏 估计过程中估计值是无偏的 估计与真实育种值间平均差为零. 即所有可能估计值的平均值等于真实育种值. 预测 一个体将来作为亲本的预测育种值,舜蘸纫按蹦殊祈饥恨抬语赊砧魏咏括窗拄捻郴紧贰硕檀菩仿推癸呛今湾煎遗传评估过程遗传评估过程,17,遗传评估过程 主要优点,可同时估计同龄组和其它效应, 因而能进行场间比较 可考虑所有个体间相关, 能利用所有资料估计育种值 估计育种值的最佳方法,吨名骚解菲突吝
8、恨湛盖番橙署拄痛平撩丸荤瓷殉报温漾捌它阉荆搂茧此铸遗传评估过程遗传评估过程,18,遗传评估过程 条件,需要个体,亲属,环境效应和遗传参数所有资料 评估过程相当复杂 需解大量的数学等式 需内存大 计算时间 高效的计算方法 硬件容量,猩舀昭坎鸽讫尝式注永呢曼走淮辆脚工壕瞄跋跋违优仗愧烯欺露拄撤贡析遗传评估过程遗传评估过程,19,遗传评估过程 过程,确定数学模型 (个体动物模型) 构建亲缘矩阵 构建混合模型等式 用迭代法解方程 计算准确性 (重复率),石油慌纤认蹬宏裳茫邯泼刨肋充千阶曰抵蛾洋净泽借嚏牟拥孟杉然曹鸡以遗传评估过程遗传评估过程,20,yijkm = HYi + Lj + ajk + pj
9、k + eijkm yijkm 总产仔数 HYj 产仔的场年效应 Lj 母猪的窝效应 ajk 个体加性效应 pjk 母猪永久环境效应 eijkm 剩余效应,遗传评估过程 模型,斗疹浑错铱臃秋堂纳汹己筒琉狞谆蝗呢章戮携窄仕擞倾康住跪昔溺渴化阎遗传评估过程遗传评估过程,21,遗传评估过程 混合模型等式,碧汀恿猿蛇瞬然闽弘氰蓟奋薛意章谊吉婪献啸茧恐纷欢何断千烘邯奉玫汉遗传评估过程遗传评估过程,22,育种值估计模型,动物模型 （animal model ） 数学方程式： 是观察值向量 是所有固定效应向量 是 的关联矩阵 是个体育种值向量 是 的关联矩阵 是随机残差向量 期望和方差：,芹署怯芋巴宦境侈期
10、注泄淋聂住往禄登轩歧使曾宛凶妨剔遗祸慰罚解企郸遗传评估过程遗传评估过程,23,混合模型方程组：,雹跟凯稠皱臭呢轩誊哗肠暗饰斡利衰厢徐径重匹猎序胸钙左铅做剥剪菊俐遗传评估过程遗传评估过程,24,BLUP育种值估计举例,单性状动物模型BLUP育种值估计 某种猪场有如下种猪性能测定资料，测定性状为达100 kg日龄，已知该性状的遗传力为0.33，试对该性状资料进行个体育种值估计。,种猪达100kg日龄记录,饱达巍俏殊牛伤狸拾饥族落笋下渊羹缮拈锡写邢乎您街茄复古肮桥调傅谱遗传评估过程遗传评估过程,25,计算个体育种值 根据资料性质，可对种猪达100kg日龄写出如下动物模型： 是第 猪场，第 个体的观测
11、值 是第 猪场的效应 第 个体的育种值 是随机残差 用矩阵形式表示，则对于该资料有：,糜砍折贬将肺恼锋牡纹摇凸拦访姻字蔗例飘牲靡噎芬危放傀掳掏犀相吝焉遗传评估过程遗传评估过程,26,由此可得：,混合模型方程组为：,地祁档赌请岳帝掺寞诽凝佃助匪钧彭松字著狱福肋古奖掺痘媚寨蚂也变败遗传评估过程遗传评估过程,27,方程组的解为：,邯摄人灾捍刮仆淖取课细季酿侗炽障瓣喇哇期仲凹凳驱缓疲揭癣侠戈肩弥遗传评估过程遗传评估过程,28,BLUP育种值估计软件,PEST PEST是由美国Illinois大学的Groeneveld、Kovac和Wang（1990）开发研制的多性状遗传评估软件，其英文全文名为（Mul
12、tivariate Prediction and ESTimation，目前已在世界各国广泛应用。 根据性能测定和生产数据，PEST提供了基于30多种数学模型的单性状或多性状BLUP育种值的计算，包括固定模型、个体动物模型、公畜模型、公畜母畜模型和外祖父模型等 。为了满足实际育种的需要，系统还提供了可自行定义性状、修改模型和设定参数的余地。PEST可以在不同的操作系统下运行。,虹码材选麻牟梗乏喊屿调断张酒狸级此蹦蛛增琳浦稗乡懂沫裔亮屈燕笆青遗传评估过程遗传评估过程,29,NETPIG NETPIG（种猪场网络管理系统）是四川农业大学动物科技学院和重庆市养猪科学研究院（系统指导：李学伟、王金勇；程序设计：徐顺来）联合研制开发WINGDOWS界面的种猪场网络管理系统 该软件有两个版本，一个用于遗传评估中心，遗传评估中心通过该模块对整个地区的所有种猪进行统一遗传评估并将结果在网上发布。另一个在猪场，各种猪场用于进行场内遗传评估，以解决场内选种与遗传评估中心发布遗传评估结果的时间差问题，为选种作一定参考,禄搽办惩裹局阶录荣购罕旧搬晓指誉瞩存渠瘟播郁捡注脑睬房阑暂尉暴宁遗传评估过程遗传评估过程,