美国医学文献数据库.ppt

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1、2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,1,医学文献数据库 MEDLINE,2012.12,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,2,一、数据库概况,（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM) 。 （二）收录学科内容： 主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,3,（三）文献来源： 70多个国家

2、和地区；近5600种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及39种语种，回溯至1946年的数据涉及60种语种。45%为美国本土出版文献，91%为英文文献，83%的文献有文摘。(根据2012年数据库help文档）,一、数据库概况,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,4,二、 MEDLINE的检索平台,广域网免费平台： NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）,2019/5/23,复旦大学图书馆

3、文献检索教研室,5,校园网内可用平台（IP控制）： Ovid SP Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search,二、 MEDLINE的检索平台,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,6,校园网内可用平台的Medline,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,7,PubMed数据库检索,http:/www.pubmed.gov,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,8,（一）开发机构： NCBI（美国国立生物技术信息中心） http:/www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术，建立

4、分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,一、 PubMed简介,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,9,NCBI网站,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,10,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列； 获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据

5、库检索。 PubMed等文献数据。,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本),（二） PubMed的特点,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,12,MEDLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE 1946-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有： Pu

6、bMed-OLDMEDLINE for Pre1966,（三） PubMed收录数据,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,13,MEDLINE Inprocess 最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有： PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注Pub

7、Med-as supplied by publisher或PubMed,（三） PubMed收录数据,PubMed记录状态子集,PubMed记录状态子集,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,16,二、PubMed的检索功能,基本检索输入框,检索限制,高级检索,检索指南,检索工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源： 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,17,检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索） 如：aloe psoriasis（芦荟治疗银屑病的文献）,三、PubMed 基本检索规则,多个检

8、索词输入,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,18,检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthma AND (therapy OR treatment) 字段限定符： ，空格按词组匹配 如：aloe AND psoriasisti 如：Stem cell transplantationti,三、PubMed 基本检索规则,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 银屑病出现在篇名中,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,20,字段限定 stem cell transplantati

9、onti,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,21,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟治疗银屑病的文章,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,22,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, so 如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,2019/5/23,复

10、旦大学图书馆文献检索教研室,23,PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,24,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,25,最后修订日期 规范词表词

11、 规范词确立日期 系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,2019

12、/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,27,截词检索：treat* 可检出：treat, treated, treatment. 强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配和扩展检索 如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇 比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：,三、PubMed 基本检索规则,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,28,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,29,自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。

13、如：liver cancer “liver neoplasms“MeSH Terms OR (“liver“All Fields AND “neoplasms“All Fields) OR “liver neoplasms“All Fields OR (“liver“All Fields AND “cancer“All Fields) OR “liver cancer“All Fields,三、PubMed 基本检索规则,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,30,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,自动

14、转换匹配检索词： 如：hypertension therapy Details: (“hypertension“MeSH Terms OR “hypertension“All Fields) AND (“therapy“Subheading OR “therapy“All Fields OR “therapeutics“MeSH Terms OR “therapeutics“All Fields),三、PubMed 基本检索规则,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,32,四、PubMed 检索滤过( filter) ：,PubMed结果显示页,2019/5/23,复旦大学图书馆文

15、献检索教研室,33,五、PubMed 高级检索功能,一个网页中集多种功能于一体,基本检索,检索细节,检索式编制,检索历史,其他检索资源,结果预览,检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。 多个字段检索要分多次输入。,检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。 可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,在History中快速显示检索式与检出篇数,显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词,高级检索界面,检索历史,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,35,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database（规范化

16、医学主题词表） 功能： 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 进入途径： MeSH Database链接：PubMed主页，Advanced Search界面 MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,36,进入 MeSH,MeSH 词表字顺界面,主题词,主题词定义,MeSH详细注释界面,副主题词,同义词,主题词族系,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,选钩副主题词,确定副主题词 之间的关系,添加检索需求,重要主题词确认,不扩展检索确认,MeSH词检索,课题：

17、果蝇的神经发育学研究 关键词：Drosophila neural development 主题词结合自由词检索：,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,41,主题词结合 自由词检索,检索结果,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,42,自由词检索： Drosophila neural development genes,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,43,尚未标引主题词的最新文献补充,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,44,点击标题显示文摘增强格式,文献归类功能,PMC免费全文链

18、接,七. 显示结果,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接，部分需连外网,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,46,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,47,八. 输出方式选择（send to）,File：保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件

19、发送 Collections：将检索结果存到My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费。,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,48,选择文件保存格式,MEDLINE格式提供所有字段信息,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,49,虽然没有提示有全文，,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,50,文摘里提示有更多资源链接,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,51,最终获取到全文,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,52,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,53,需I

20、E7.0以上版本,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,54,定期点击链接，接收课题最新相关论文,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,55,MeSH词检索,例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 课题分析： 匹配物质名称：mycophenolate mofetil 匹配主题词： renal failure, treatment effect（AND） 匹配副主题词： drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation,药物名称MeSH检索,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研

21、室,57,疾病概念MeSH检索,疗效观察MeSH检索,MeSH检索的优点,查全同义词: 如：renal/kidney insufficiency; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如：acute kidney injury; ATN; chronic kidney insufficiency;,查全子概念： 自动扩展检索下位词,勾选后不扩展下位词,树形结构,上位词,MeSH检索的优点,查全同义词,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,63,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词； 扩大：选用上位词，或选用多个同位词；

22、了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,64,MeSH检索的优点,提高文献相关度 标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章 Major Topic Headings（加权，重点论述的主题）,带*的是文献 重点论述的主题,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,65,MeSH检索的缺陷,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。 新词、一些很

23、专指的概念没有对应的规范词。 如：SARS（03年词表中没有），舌根癌 查上述类型的文献需结合自由词检索,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,66,九、PubMed其他资源,2. Journal in NCBI Database（期刊信息库） 通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。 提供期刊： 在PMC中的免费全文链接 在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。 相关的其他期刊 ,输入待检期刊名,期刊详细信息,全文等链接,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,68,十、PMC (PubMed Central),生命科

24、学免费期刊资源中心 免费提供900多种期刊的10多万篇全文 其中部分文献被PubMed涵盖,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,进入PubMed Central,下拉主页滚动条至底,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,70,PMC首页进入高级检索,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,71,查找肾衰竭的药物疗法,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,71,全文链接,GoPubmed文献分析,2019/5/23,复旦大学图书馆文献检索教研室,73,GoPubmed文献分析工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯

25、顿大学合作开发，对PubMed检索结果进行筛选、分析的工具。 智能搜索、交互式筛选找出重要论文。,为什么GoPubMed有如此大的功能？,包括生物医学所有概念及其语义关系,WWW,Gopubmed的统计分析功能,GoPubMed可以告诉我们4W,What,Who,Where,When,自动显示备选主题词 鼠标移动至主题词可显示注解、同义词等,最近检索历史,四个“W”,查看发表文献最多的作者,案 例 分 析,H1N1流感的研究进展 利用GoPubMed查找相关文献，并了解以下四个“W”：What ，Who，Where，When； 了解涉及甲流病毒研究的文章； 查找中国内地（不含省港澳）关于达菲治

26、疗甲流influenza A virus H1N1的研究文章,输入规则同PubMed,分析功能,时间分析,国家分析,城市分析,刊物分析,地区分布图,主题分析,作者分析,研究人员关系网,线条越多，线形越多，地位越重要,课题发展趋势,高频词列表,按研究领域分类,What,What 文献按研究领域分类,了解专家们的研究,了解研究的分布,用稿期刊分析,按时间分析,找寻最新文献，了解研究进展,了解抗病毒药物应用于甲流的情况 Antiviral Agents 382,相关的Mesh词,链接到维基百科,摘要,期刊信息,查找中国内地使用达菲治疗甲流的研究文章,点击知识点选择框 +表示逻辑与AND -表示逻辑非NOT 空白表示无限制,自动同步生成检索式，点击“Find it”检索即可,检索结果处理,显示所有记录的摘要,打开结果输出菜单,显示文献统计分析,显示当前记录摘要,将当前记录加入剪贴板,管理者模式,管理者模式,用户可以以管理者的角度对计算出来的相关概念进行评价。 + 表示高度相关 o表示相关性弱 表示不相关不正确 还可以进行概念检索 评价的时候用鼠标点击即可,从本记录中计算出来的相关概念,检索结果处理,显示文摘 输出文件（Endnote） 显示统计数据,输出记录 可以链接到全文,挑选文献并添加至剪贴板,将记录从剪贴板中去除,获取全文,