《网状Meta分析中对R软件nlme程序包的开发与应用.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《网状Meta分析中对R软件nlme程序包的开发与应用.docx（4页珍藏版）》请在三一文库上搜索。
1、网状Meta分析中对R软件nlme程序包的开发与应用1 引言(Introduction)目前，网状Meta分析在不断的发展，基于此，越来越多的软件被陆续研究及开发出来，运算模型也逐渐进入到人们的视野中，受到人们的密切关注，其中包括广义线性模型。广义线性模型的主要特点就是不强制性的改变数据的自然度量，并且GLM模型中的Y分布能够以各种形式指数分布(要想详细了解网状Meta分析及广义线性模型的读者建议阅读参考文献【5】)。nlme程序是基于S语言通过S-PLUS软件实现混合效应模型分析的一款软件。所以，它不仅能够进行线性模型，还能够进行非线性混合效应模型分析，nlme程序还能够实现Meta分析。本
2、文就以R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用文中的实例进行分析。2 软件和程序包的安装和加载(The installation andloading of the software and package)要想研究网状Meta分析对R软件nlme程序包的开发和应用，首先就要安装R软件，其安装根据电脑提示步骤完成即可，本文使用的是R-3.0.1。完成上述步骤以后，安装nlme程序包，安装程序包的命令为：install.package(nlme;)，在程序包安装过程中，会有一个对话框，选中对话框中的CRAN安装，然后安装成功，利用library命令完成加载步骤。那么，软件和程序包就算是安装
3、和加载成功了【1】。3 加载数据及预处理(Data loading and preprocessing)(1)加载数据实现R软件nlme程序包中网状Meta分析的实现和应用主要是将因变量y变为效变量，把自变量x变为干预措施，之后根据干预措施进行比较以此计算线性关系。本文中将y设置成log，将x设置成十三种药物，并且将这些药物之间进行了相应的对比和标记【2】。本文中具有3臂实验，那么就要将数据中的3臂实验分为2臂依次排列(详见表1)，加载数据的程序为：Linedata(2)转化数据线性模拟以前，要计算log和方差，那么就需要使用到metafor程序包【3】。转化数据的步骤为：其一，通过libra
4、ry(metafor;)命令实现数据包的加载和metafor程序包的安装。其二，计算效应量或者因变量log，本例子为二分类数据，所以metafor程序包使用的是escalc命令。其三，将变量的名称进行转换，其代码为：Names(metadata)8:9表示的是8和9行分别对应的数据集。(3)标示药物之后，要对metadata数据中的药物进行相应的配对表示，运用到lme()函数中【4】，标示药物使用的命令程序为：Mark(4)汇总数据数据处理以前，要对之后进行预处理的数据进行总结和搜集【5】，其主要命令为：Totaldata(metadata,matrixdata,mark)说明：kind表示序
5、号；t1、r1表示干预组治疗方案、例子总和；t2、r2表示对照组治疗方案、例子总和；A-E表示十三种药物中的五种都是原始数据；yi表示通过计算得出的研究组效应量对数；vi表示通过计算得出的研究组方差；make表示药物配对的标记结果；本例子中的lme()函数的最终数据集就是变量yi和mark。4 实现网状Mata分析(Implementing the networkmeta-analysis)在选取网状meta分析功能软件以前，要通过mtc.mode()命令设置model，命令为：modeln.chcain=3)【7】其中yi-0+B+C+D+E是固定不变的，-的左边表示效应量，右边表示13种药
6、物。对于自变量要设置n-1个哑变量，其他的用0表示。另外，还要将A换为0进行计算，make表示药物标记。因为不同数据精准计算的不同需求，有时候还要设置参数，包括算法、权重及相关性。运行以上代码之后进行汇总，将A药物作为例子，从而得出命令：summary(lme)。网状数据结构的分析和内涵为：summary(network)Decription【1】MTC dataset:Example´Studie per treatment´A B C D E25 4 5 8 4´Number of narmstudise´2
7、arm 3 arm52125 绘制图形(Drawing graphics)最后一步就是通过R软件的绘图功能，绘制与数据结果相关的图形。下文中的图形就是使用R软件的形式保存的图形。(1)网状关系图nlme程序包中并没有绘制网状关系图的功能，那么就要通过R软件进行。(2)相关图形nlme程序包绘制的图形和命令有四种：其一，收敛诊断。其命令为gelman.plot(results)；具有十三个gelman plot，通过此命令显示par(mfrow=c(3,5) nlme.plot(results,auto.layout=f);其二，轨迹和密集。其命令为plot(results)；其三，森林。其命令
8、为forest(results)；其四，网状关系。其命令为plot(network)。6 结论(Conclusion)网状Meta分析在GLM中的运用正在不断的创新和突破，但是在比较方面还是存在一系列的问题，尤其是在图形绘制方面，另外，其中还要添加一系列的一致性的参数。在进行分析的时候，要先转化数据。nlme程序包为Meta分析打开了全新的方式和思路，目前其还有许多需要完善的部分，比如一致性、异质性的检测等，其最大的缺点就是没有检测功能。社会在不断的发展，nlme程序包也会不断的完善，并且被广泛应用到Meta分析中。参考文献(References)【1】 Fu R,et al.Effectiv
9、eness and Harms of Recombinant Human Bone Morphogenetic Protein-2 in Spine Fusion:a Systematic Review and Meta-Analysis.Annals of Internal Medicine,2013,158(12):890-902.【2】 Ten Broek R P,et al.Different Surgical Techniques to Reduce Post-Operative Adhesion Formation:a Systematic Review and Meta-Anal
10、ysis.Human Reproduction Update,2013,19(1):12-25.【3】 Ghooshkhanei H,et al.Risk Stratification and Prognosis Determination Using(18)F-FDG PET Imaging in Endometrial Cancer Patients:a Systematic Review and Meta-Analysis.Gynecologic Oncology,2014,132(3):669-676.【4】 张超,等.应用R语言netmeta程序包实现网状Meta分析.中国循证医学杂
11、志,2014(5):625-630.【5】 张超,玉明,曾宪涛.R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用.中国循证医学杂志,2014(3):355-360.【6】 YI Yuexiong.网状Meta分析图形结果解读.中国循证医学杂志,2015(1):103-109.【7】 张超,徐畅,曾宪涛.网状Meta分析中网状关系图的绘制.中国循证医学杂志,2013,13(11):1382-1386. 汪徐林,等.Stata软件在网状Meta分析中的应用.现代预防医学,2016,43(19):1387-1391. 罗美玲,等.在R软件中实现单个率的Meta分析.循证医学,2013,13(3):181-184.